hdiff output

r29881/commons.f90 2016-01-31 22:30:05.124779032 +0000 r29880/commons.f90 2016-01-31 22:30:06.632799265 +0000
 98:      &        BARRIERSHORT, FREEZE, RATESHORT, DUMMYRUNT, REWEIGHTT, REGROUPFREET, RFMULTIT, REGROUPFREEABT, READMINT, & 98:      &        BARRIERSHORT, FREEZE, RATESHORT, DUMMYRUNT, REWEIGHTT, REGROUPFREET, RFMULTIT, REGROUPFREEABT, READMINT, &
 99:      &        DUMPGROUPST, FREEPAIRT, KSHORTESTPATHST, KSHORT_FULL_PRINTT, DIJINITFLYT, BHINTERPT, ICINTERPT, & 99:      &        DUMPGROUPST, FREEPAIRT, KSHORTESTPATHST, KSHORT_FULL_PRINTT, DIJINITFLYT, BHINTERPT, ICINTERPT, &
100:      &        DUMMYTST, DOCKT, DSTAGE(6), USEPAIRST, LOWESTFRQT, BISECTT, NGTDISCONNECTALL, ANGLEAXIS2, TFOLDT, &100:      &        DUMMYTST, DOCKT, DSTAGE(6), USEPAIRST, LOWESTFRQT, BISECTT, NGTDISCONNECTALL, ANGLEAXIS2, TFOLDT, &
101:      &        SLURMT, INDEXCOSTFUNCTION, CVT, DOST, IMFRQT, CLOSEFILEST, PULLT, FRICTIONT, ATOMMATCHFULL, &101:      &        SLURMT, INDEXCOSTFUNCTION, CVT, DOST, IMFRQT, CLOSEFILEST, PULLT, FRICTIONT, ATOMMATCHFULL, &
102:      &        INTCONSTRAINTT, CHECKCONINT, INTLJT, INTERPCOSTFUNCTION, REMOVEUNCONNECTEDT, ATOMMATCHDIST, &102:      &        INTCONSTRAINTT, CHECKCONINT, INTLJT, INTERPCOSTFUNCTION, REMOVEUNCONNECTEDT, ATOMMATCHDIST, &
103:      &        DBPT, DBPTDT, DMBLPYT, EFIELDT, MSSTOCKT, NTIPT, PAHAT, PAPT, PATCHYDT, STOCKAAT, RBAAT, RBSYMT, TRAPT, SILANET, &103:      &        DBPT, DBPTDT, DMBLPYT, EFIELDT, MSSTOCKT, NTIPT, PAHAT, PAPT, PATCHYDT, STOCKAAT, RBAAT, RBSYMT, TRAPT, SILANET, &
104:      &        OHCELLT, INTFREEZET, LPERMDIST, PBST, RANDOMMETRICT, SSHT, ALLTST, USERPOTT, CHECKMINT, &104:      &        OHCELLT, INTFREEZET, LPERMDIST, PBST, RANDOMMETRICT, SSHT, ALLTST, USERPOTT, CHECKMINT, &
105:      &        CHECKTST, CHECKSPT, FROMLOWESTT, ADDMINXYZT, MACHINE, RATESCYCLET, NOINVERSION, NEWCONNECTIONST, NIMET, NIHEAM7T, &105:      &        CHECKTST, CHECKSPT, FROMLOWESTT, ADDMINXYZT, MACHINE, RATESCYCLET, NOINVERSION, NEWCONNECTIONST, NIMET, NIHEAM7T, &
106:      &        NIH2LEPST, DISTANCET, RATETARGETT, TARGETHIT, ALLOWABT, MICROTHERMT, RFKMCT, REGROUPKMCT, ONEREGROUPT, PHI4MODT, &106:      &        NIH2LEPST, DISTANCET, RATETARGETT, TARGETHIT, ALLOWABT, MICROTHERMT, RFKMCT, REGROUPKMCT, ONEREGROUPT, PHI4MODT, &
107:      &        PERSISTT, REGROUPPERSISTT, NOLABELST, SHANNONT, MAKEPAIRS, SKIPPAIRST, PERSISTAPPROXT, ALLCOMPONENTST, &107:      &        PERSISTT, REGROUPPERSISTT, NOLABELST, SHANNONT, MAKEPAIRS, SKIPPAIRST, PERSISTAPPROXT, ALLCOMPONENTST, &
108:      &        SHANNONRT, SHANNONZT, CUDAT, MLLJAT3, MLP3T, DIJPRUNET, PRINTSUMMARYT, MKTRAPT, MLPB3T108:      &        SHANNONRT, SHANNONZT, CUDAT, MLLJAT3, MLP3T, DIJPRUNET, PRINTSUMMARYT, MKTRAPT
109: 109: 
110:       LOGICAL, ALLOCATABLE :: SHIFTABLE(:)110:       LOGICAL, ALLOCATABLE :: SHIFTABLE(:)
111:       CHARACTER(LEN=80) COORDSLIGANDSTR, COORDSCOMPLEXSTR, COORDSPROTEINSTR111:       CHARACTER(LEN=80) COORDSLIGANDSTR, COORDSCOMPLEXSTR, COORDSPROTEINSTR
112:       CHARACTER(LEN=80) EXEC,EXECGMIN112:       CHARACTER(LEN=80) EXEC,EXECGMIN
113:       CHARACTER(LEN=80) PATHNAME, MINNAME, ADDMINXYZNAME, ALLCOMPS113:       CHARACTER(LEN=80) PATHNAME, MINNAME, ADDMINXYZNAME, ALLCOMPS
114:       CHARACTER(LEN=150) COPYFILES114:       CHARACTER(LEN=150) COPYFILES
115:       CHARACTER(LEN=80) USEPAIRSFILE115:       CHARACTER(LEN=80) USEPAIRSFILE
116:       CHARACTER(LEN=80) MAKEPAIRSFILE116:       CHARACTER(LEN=80) MAKEPAIRSFILE
117:       CHARACTER(LEN=2) DIRECTION117:       CHARACTER(LEN=2) DIRECTION
118:       CHARACTER(LEN=5) UNCONNECTEDS118:       CHARACTER(LEN=5) UNCONNECTEDS


r29881/connectodata.f 2016-01-31 22:30:05.312781551 +0000 r29880/connectodata.f 2016-01-31 22:30:06.820801785 +0000
165: 165: 
166:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! 166:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! 
167:          OPEN(2,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')167:          OPEN(2,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')
168:          WRITE(2,'(3G25.15)') LOCALPOINTS1(1:3*NATOMS)168:          WRITE(2,'(3G25.15)') LOCALPOINTS1(1:3*NATOMS)
169:          CLOSE(2)169:          CLOSE(2)
170: 170: 
171:          FPOO='finish.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))171:          FPOO='finish.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))
172:          OPEN(1,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')172:          OPEN(1,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')
173:          WRITE(1,'(3G25.15)') LOCALPOINTS2(1:3*NATOMS)173:          WRITE(1,'(3G25.15)') LOCALPOINTS2(1:3*NATOMS)
174:          CLOSE(1)174:          CLOSE(1)
175:       ELSE IF (MLP3T.OR.MLPB3T) THEN175:       ELSE IF (MLP3T) THEN
176:          FPOO='odata.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) 176:          FPOO='odata.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) 
177:          OPEN(2,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN',POSITION='APPEND')177:          OPEN(2,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN',POSITION='APPEND')
178:          WRITE(2,'(A2,2X,F20.10)') (ZSYMBOL(J2),LOCALPOINTS1(J2),J2=1,NOPT)178:          WRITE(2,'(A2,2X,F20.10)') (ZSYMBOL(J2),LOCALPOINTS1(J2),J2=1,NOPT)
179:          CLOSE(2)179:          CLOSE(2)
180:          FPOO='finish.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))180:          FPOO='finish.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))
181:          OPEN(1,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')181:          OPEN(1,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')
182:          WRITE(1,'(F20.10)') (LOCALPOINTS2(J2),J2=1,NOPT)182:          WRITE(1,'(F20.10)') (LOCALPOINTS2(J2),J2=1,NOPT)
183:          CLOSE(1)183:          CLOSE(1)
184: 184: 
185:       ELSE185:       ELSE


r29881/getallpaths.f 2016-01-31 22:30:05.500784078 +0000 r29880/getallpaths.f 2016-01-31 22:30:07.008804308 +0000
 43:       NMINOLD=NMIN 43:       NMINOLD=NMIN
 44:       IF (MACHINE) THEN 44:       IF (MACHINE) THEN
 45:            OPEN(1,FILE='path.info',STATUS='OLD',form='unformatted') 45:            OPEN(1,FILE='path.info',STATUS='OLD',form='unformatted')
 46:       ELSE 46:       ELSE
 47:            OPEN(1,FILE='path.info',STATUS='OLD') 47:            OPEN(1,FILE='path.info',STATUS='OLD')
 48:       ENDIF 48:       ENDIF
 49:       NFRQS=3*(NATOMS-NGLY) 49:       NFRQS=3*(NATOMS-NGLY)
 50:       NVARS=3*NATOMS 50:       NVARS=3*NATOMS
 51:       IF (PHI4MODT) NFRQS=NATOMS 51:       IF (PHI4MODT) NFRQS=NATOMS
 52:       IF (PHI4MODT) NVARS=NATOMS 52:       IF (PHI4MODT) NVARS=NATOMS
 53:       IF (MLP3T.OR.MLPB3T) NFRQS=NATOMS 53:       IF (MLP3T) NFRQS=NATOMS
 54:       IF (MLP3T.OR.MLPB3T) NVARS=NATOMS 54:       IF (MLP3T) NVARS=NATOMS
 55: C 55: C
 56: C  Nasty things can happen if an OPTIM job crashes and leaves a path.info file incomplete. 56: C  Nasty things can happen if an OPTIM job crashes and leaves a path.info file incomplete.
 57: C  A transition state could be written without the necessary minima.  57: C  A transition state could be written without the necessary minima. 
 58: C  To avoid this problem, we now parse the path.info file first and only read in complete triples. 58: C  To avoid this problem, we now parse the path.info file first and only read in complete triples.
 59: C 59: C
 60: C  To avoid non-Morse points and higher index saddles getting into the database we now skip 60: C  To avoid non-Morse points and higher index saddles getting into the database we now skip
 61: C  a triple where any stationary point has an inappropriate normal mode frequency. 61: C  a triple where any stationary point has an inappropriate normal mode frequency.
 62: C  We must therefore avoid writing to the open min.data and ts.data files until we 62: C  We must therefore avoid writing to the open min.data and ts.data files until we
 63: C  have parsed the data! 63: C  have parsed the data!
 64: C 64: C
 65:       NCOUNT=0 65:       NCOUNT=0
 66:       DO 66:       DO
 67:          READ(1,*,END=123) DUMMYSTRING 67:          READ(1,*,END=123) DUMMYSTRING
 68:          NCOUNT=NCOUNT+1 68:          NCOUNT=NCOUNT+1
 69:       ENDDO 69:       ENDDO
 70: 123   REWIND(1) 70: 123   REWIND(1)
 71:       IF (NOFRQS) THEN 71:       IF (NOFRQS) THEN
 72:          NTRIPLES=NCOUNT/(3*(NATOMS+2)) 72:          NTRIPLES=NCOUNT/(3*(NATOMS+2))
 73:          J1=NTRIPLES*3*(NATOMS+2) 73:          J1=NTRIPLES*3*(NATOMS+2)
 74:          IF (DEBUG) PRINT '(2(A,I8))','getallpaths> number of triples=',NTRIPLES,' number of trailing lines=',NCOUNT-J1 74:          IF (DEBUG) PRINT '(2(A,I8))','getallpaths> number of triples=',NTRIPLES,' number of trailing lines=',NCOUNT-J1
 75:       ELSEIF (PHI4MODT.OR.MLP3T.OR.MLPB3T) THEN 75:       ELSEIF (PHI4MODT.OR.MLP3T) THEN
 76:          IF (MOD(NATOMS,3).EQ.0) THEN 76:          IF (MOD(NATOMS,3).EQ.0) THEN
 77:             NTRIPLES=NCOUNT/(3*(2*(NATOMS/3)+2)) 77:             NTRIPLES=NCOUNT/(3*(2*(NATOMS/3)+2))
 78:             J1=NTRIPLES*(3*(2*(NATOMS/3)+2)) 78:             J1=NTRIPLES*(3*(2*(NATOMS/3)+2))
 79:          ELSE 79:          ELSE
 80:             NTRIPLES=NCOUNT/(3*(2*(NATOMS/3+1)+2)) 80:             NTRIPLES=NCOUNT/(3*(2*(NATOMS/3+1)+2))
 81:             J1=NTRIPLES*(3*(2*(NATOMS/3+1)+2)) 81:             J1=NTRIPLES*(3*(2*(NATOMS/3+1)+2))
 82:          ENDIF 82:          ENDIF
 83:          IF (DEBUG) PRINT '(2(A,I8))','getallpaths> number of triples=',NTRIPLES,' number of trailing lines=',NCOUNT-J1 83:          IF (DEBUG) PRINT '(2(A,I8))','getallpaths> number of triples=',NTRIPLES,' number of trailing lines=',NCOUNT-J1
 84: ! hk286 84: ! hk286
 85:       ELSEIF ( (.NOT. NOFRQS) .AND. RIGIDINIT) THEN 85:       ELSEIF ( (.NOT. NOFRQS) .AND. RIGIDINIT) THEN


r29881/keywords.f 2016-01-31 22:30:05.688786598 +0000 r29880/keywords.f 2016-01-31 22:30:07.196806832 +0000
336:       ELOWBAR=TINY(1.0D0)336:       ELOWBAR=TINY(1.0D0)
337:       EHIGHBAR=HUGE(1.0D0)337:       EHIGHBAR=HUGE(1.0D0)
338:       BAILDIST=TINY(1.0D0)338:       BAILDIST=TINY(1.0D0)
339: !339: !
340: ! To document...340: ! To document...
341: !341: !
342: !342: !
343: ! Neural network potential343: ! Neural network potential
344: !344: !
345:       MLP3T=.FALSE.345:       MLP3T=.FALSE.
346:       MLPB3T=.FALSE. 
347: !346: !
348: ! MK trap potential347: ! MK trap potential
349: !348: !
350:       MKTRAPT=.FALSE.349:       MKTRAPT=.FALSE.
351: 350: 
352:       PHI4MODT=.FALSE.351:       PHI4MODT=.FALSE.
353:       MLLJAT3=.FALSE.352:       MLLJAT3=.FALSE.
354:       RELATIVEET=.FALSE.353:       RELATIVEET=.FALSE.
355:       RATETARGETT=.FALSE.354:       RATETARGETT=.FALSE.
356:       RATETARGETAB=HUGE(1.0)355:       RATETARGETAB=HUGE(1.0)
1381:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLLJAT3') THEN1380:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLLJAT3') THEN
1382:          MLLJAT3=.TRUE.1381:          MLLJAT3=.TRUE.
1383: !1382: !
1384: ! Three layer neural network (multilayer perceptron) with1383: ! Three layer neural network (multilayer perceptron) with
1385: ! MLPIN inputs (columns per data item)1384: ! MLPIN inputs (columns per data item)
1386: ! MLPOUT outputs1385: ! MLPOUT outputs
1387: ! MLPHIDDEN hidden nodes1386: ! MLPHIDDEN hidden nodes
1388: ! MLPDATA data lines in MLPdata file (last column MLPIN+1 for correct outputs, numbered one to MLPOUT)1387: ! MLPDATA data lines in MLPdata file (last column MLPIN+1 for correct outputs, numbered one to MLPOUT)
1389: ! MLPLAMBDA coefficient for regularisation1388: ! MLPLAMBDA coefficient for regularisation
1390: !1389: !
1391:       ELSE IF ((WORD.EQ.'MLP3').OR.(WORD.EQ.'MLPB3')) THEN1390:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLP3') THEN
1392:          MLP3T=.TRUE.1391:          MLP3T=.TRUE.
1393:          ZSYM='  '1392:          ZSYM='  '
1394:          CALL READI(MLPIN)1393:          CALL READI(MLPIN)
1395:          CALL READI(MLPHIDDEN)1394:          CALL READI(MLPHIDDEN)
1396:          CALL READI(MLPOUT)1395:          CALL READI(MLPOUT)
1397: !        CALL READI(MLPDATA)1396: !        CALL READI(MLPDATA)
1398: !        IF (NITEMS.GT.5) CALL READF(MLPLAMBDA)1397: !        IF (NITEMS.GT.5) CALL READF(MLPLAMBDA)
1399:          IF (WORD.EQ.'MLPB3') THEN1398:          WRITE(*,'(A,4I8,G20.10)') 'MLP3 potential with Nin, Nhidden, Nout=',
1400:             MLPB3T=.TRUE. 
1401:             WRITE(*,'(A,4I8,G20.10)') 'MLP3 potential with bias nodes and Nin, Nhidden, Nout=', 
1402:      &                                   MLPIN,MLPHIDDEN,MLPOUT1399:      &                                   MLPIN,MLPHIDDEN,MLPOUT
1403:             NMLP=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT)+11400:          NMLP=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT)
1404:          ELSE 
1405:             WRITE(*,'(A,4I8,G20.10)') 'MLP3 potential with Nin, Nhidden, Nout=', 
1406:      &                                   MLPIN,MLPHIDDEN,MLPOUT 
1407:             NMLP=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT) 
1408:          ENDIF 
1409:          NATOMS=NMLP1401:          NATOMS=NMLP
1410:          NOPT=NMLP1402:          NOPT=NMLP
1411:       ELSE IF (WORD.EQ.'MACHINE') THEN1403:       ELSE IF (WORD.EQ.'MACHINE') THEN
1412:          MACHINE=.TRUE.1404:          MACHINE=.TRUE.
1413: C1405: C
1414: C Macrocycle1406: C Macrocycle
1415: C This adds cyclic isomers to the MINPERMDIST1407: C This adds cyclic isomers to the MINPERMDIST
1416: C Used for cyclic peptides with repeating sequences (e.g. cyclo-[GlyProGlyPro])1408: C Used for cyclic peptides with repeating sequences (e.g. cyclo-[GlyProGlyPro])
1417: C1409: C
1418:       ELSE IF (WORD.EQ.'MACROCYCLE') THEN1410:       ELSE IF (WORD.EQ.'MACROCYCLE') THEN


r29881/main.F 2016-01-31 22:30:05.876789123 +0000 r29880/main.F 2016-01-31 22:30:07.412809729 +0000
174:          KAPPA=2*NATOMS-3174:          KAPPA=2*NATOMS-3
175:          IF (BULKT) THEN175:          IF (BULKT) THEN
176:             NFSTART=1176:             NFSTART=1
177:             NFFINISH=2*NATOMS-2177:             NFFINISH=2*NATOMS-2
178:             KAPPA=2*NATOMS-2178:             KAPPA=2*NATOMS-2
179:          ENDIF179:          ENDIF
180:       ELSE IF (GTHOMSONT) THEN180:       ELSE IF (GTHOMSONT) THEN
181:         NFSTART = 1181:         NFSTART = 1
182:         NFFINISH = 3*NATOMS - 3182:         NFFINISH = 3*NATOMS - 3
183:         KAPPA = 3*NATOMS - 3183:         KAPPA = 3*NATOMS - 3
184:       ELSE IF (MLP3T.OR.MLPB3T) THEN184:       ELSE IF (MLP3T) THEN
185:          NFSTART=1185:          NFSTART=1
186:          NFFINISH=NATOMS186:          NFFINISH=NATOMS
187: !187: !
188: ! This choice for kappa just gives the additive half kT per non-zero vibrational188: ! This choice for kappa just gives the additive half kT per non-zero vibrational
189: ! frequency for the configurational part of the heat capacity. This will be the 189: ! frequency for the configurational part of the heat capacity. This will be the 
190: ! high T limit.190: ! high T limit.
191: !191: !
192:          KAPPA=NATOMS-1192:          KAPPA=NATOMS-1
193:       ELSE IF (MLLJAT3) THEN193:       ELSE IF (MLLJAT3) THEN
194:          NFSTART=1194:          NFSTART=1


r29881/minpermdist.f90 2016-01-31 22:30:06.060791592 +0000 r29880/minpermdist.f90 2016-01-31 22:30:07.600812252 +0000
 49: !  +/- RMATCUMUL ROTA (COORDSA - CMA) = permutation(DUMMYA) 49: !  +/- RMATCUMUL ROTA (COORDSA - CMA) = permutation(DUMMYA)
 50: !  where +/- is given by the value of INVERT. 50: !  where +/- is given by the value of INVERT.
 51: !  The centres of coordinates for COORDSA and COORDSB can be anywhere. On return, the 51: !  The centres of coordinates for COORDSA and COORDSB can be anywhere. On return, the
 52: !  centre of coordinates of COORDSA will be the same as for COORDSB, unless we 52: !  centre of coordinates of COORDSA will be the same as for COORDSB, unless we
 53: !  are doing an ion trap potential. 53: !  are doing an ion trap potential.
 54: ! 54: !
 55: SUBROUTINE MINPERMDIST(COORDSB,COORDSA,NATOMS,DEBUG,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE,DIST2,RIGID,RMATBEST,USEINT) 55: SUBROUTINE MINPERMDIST(COORDSB,COORDSA,NATOMS,DEBUG,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE,DIST2,RIGID,RMATBEST,USEINT)
 56: USE COMMONS,ONLY : NPERMGROUP, NPERMSIZE, PERMGROUP, NSETS, SETS, GEOMDIFFTOL, AMBERT, NFREEZE, CHARMMT, RBAAT, PULLT, & 56: USE COMMONS,ONLY : NPERMGROUP, NPERMSIZE, PERMGROUP, NSETS, SETS, GEOMDIFFTOL, AMBERT, NFREEZE, CHARMMT, RBAAT, PULLT, &
 57:   &               ANGLEAXIS, PERMISOMER, PERMDIST, ZSYM, INTCONSTRAINTT, INTLJT, OHCELLT, ATOMMATCHDIST, LPERMDIST, & 57:   &               ANGLEAXIS, PERMISOMER, PERMDIST, ZSYM, INTCONSTRAINTT, INTLJT, OHCELLT, ATOMMATCHDIST, LPERMDIST, &
 58:   &               TRAPT, NRANROT, MACROCYCLET, MCYCLEPERIOD, MCYCLEREPEATS, NOINVERSION, GTHOMSONT, & 58:   &               TRAPT, NRANROT, MACROCYCLET, MCYCLEPERIOD, MCYCLEREPEATS, NOINVERSION, GTHOMSONT, &
 59:   &               RATETARGETT, MLP3T, NOPT, MKTRAPT, MLPB3T 59:   &               RATETARGETT, MLP3T, NOPT, MKTRAPT
 60: USE PORFUNCS  60: USE PORFUNCS 
 61: USE UTILS,ONLY : GETUNIT 61: USE UTILS,ONLY : GETUNIT
 62:  62: 
 63: IMPLICIT NONE 63: IMPLICIT NONE
 64:  64: 
 65: INTEGER :: MAXIMUMTRIES=10 65: INTEGER :: MAXIMUMTRIES=10
 66: INTEGER NATOMS, NPERM, PATOMS, NTRIES, BESTINVERT, I, LUNIT 66: INTEGER NATOMS, NPERM, PATOMS, NTRIES, BESTINVERT, I, LUNIT
 67: INTEGER INVERT, NORBIT1, NORBIT2, NCHOOSE2, NDUMMY, LPERM(NATOMS), J1, J2, NCHOOSE1, OPNUM, J3, NROTDONE 67: INTEGER INVERT, NORBIT1, NORBIT2, NCHOOSE2, NDUMMY, LPERM(NATOMS), J1, J2, NCHOOSE1, OPNUM, J3, NROTDONE
 68: INTEGER NORBITB1, NORBITB2, NCHOOSEB1, NCHOOSEB2 68: INTEGER NORBITB1, NORBITB2, NCHOOSEB1, NCHOOSEB2
 69:  69: 
 79: LOGICAL, INTENT(IN) :: USEINT 79: LOGICAL, INTENT(IN) :: USEINT
 80: DOUBLE PRECISION PDUMMYA(3*NATOMS), PDUMMYB(3*NATOMS), LDISTANCE, DUMMYC(3*NATOMS), XDUMMY 80: DOUBLE PRECISION PDUMMYA(3*NATOMS), PDUMMYB(3*NATOMS), LDISTANCE, DUMMYC(3*NATOMS), XDUMMY
 81: INTEGER NEWPERM(NATOMS), ALLPERM(NATOMS), SAVEPERM(NATOMS), NMAXINT, NMININT, BESTPERM(NATOMS) 81: INTEGER NEWPERM(NATOMS), ALLPERM(NATOMS), SAVEPERM(NATOMS), NMAXINT, NMININT, BESTPERM(NATOMS)
 82: DOUBLE PRECISION CONSTRAINTE, XYZLOCAL(6*NATOMS), LMINCOORDS(2,3*NATOMS) 82: DOUBLE PRECISION CONSTRAINTE, XYZLOCAL(6*NATOMS), LMINCOORDS(2,3*NATOMS)
 83: INTEGER :: MCYCLESTEP =1,MCYCLESHIFT 83: INTEGER :: MCYCLESTEP =1,MCYCLESHIFT
 84:  84: 
 85: ! hk286 85: ! hk286
 86: IF (GTHOMSONT) THEN 86: IF (GTHOMSONT) THEN
 87:    CALL GTHOMSONMINPERMDIST(COORDSB,COORDSA,NATOMS,DEBUG,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE,DIST2,RIGID,RMATBEST,USEINT) 87:    CALL GTHOMSONMINPERMDIST(COORDSB,COORDSA,NATOMS,DEBUG,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE,DIST2,RIGID,RMATBEST,USEINT)
 88:    RETURN 88:    RETURN
 89: ELSEIF (MLP3T.OR.MLPB3T) THEN 89: ELSEIF (MLP3T) THEN
 90:    DISTANCE=0.0D0 90:    DISTANCE=0.0D0
 91:    DO J1=1,NOPT 91:    DO J1=1,NOPT
 92:       DISTANCE=DISTANCE+(COORDSA(J1)-COORDSB(J1))**2 92:       DISTANCE=DISTANCE+(COORDSA(J1)-COORDSB(J1))**2
 93:    ENDDO 93:    ENDDO
 94:    DISTANCE=SQRT(DISTANCE) 94:    DISTANCE=SQRT(DISTANCE)
 95:    RETURN 95:    RETURN
 96: ENDIF 96: ENDIF
 97:  97: 
 98: NROTDONE=-1 98: NROTDONE=-1
 99: MAXIMUMTRIES=MAX(MAXIMUMTRIES,NRANROT+1) 99: MAXIMUMTRIES=MAX(MAXIMUMTRIES,NRANROT+1)


r29881/newconnodata.f 2016-01-31 22:30:06.252794167 +0000 r29880/newconnodata.f 2016-01-31 22:30:07.784814719 +0000
 62:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN') 62:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')
 63:          WRITE(LUNIT,'(3F20.10)') (LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+1),LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+2), 63:          WRITE(LUNIT,'(3F20.10)') (LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+1),LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+2),
 64:      &                               LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+3),J2=1,NATOMS) 64:      &                               LOCALPOINTS1(3*(J2-1)+3),J2=1,NATOMS)
 65:          CLOSE(LUNIT) 65:          CLOSE(LUNIT)
 66:       ELSE IF (AMHT) THEN 66:       ELSE IF (AMHT) THEN
 67:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) !  67:          FPOO='start.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! 
 68:          LUNIT=GETUNIT() 68:          LUNIT=GETUNIT()
 69:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN') 69:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN')
 70:          WRITE(LUNIT,'(3G25.15)') LOCALPOINTS1(1:3*NATOMS) 70:          WRITE(LUNIT,'(3G25.15)') LOCALPOINTS1(1:3*NATOMS)
 71:          CLOSE(LUNIT) 71:          CLOSE(LUNIT)
 72:       ELSE IF (MLP3T.OR.MLPB3T) THEN 72:       ELSE IF (MLP3T) THEN
 73:          FPOO='odata.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))  73:          FPOO='odata.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) 
 74:          LUNIT=GETUNIT() 74:          LUNIT=GETUNIT()
 75:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN',POSITION='APPEND') 75:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN',POSITION='APPEND')
 76:          WRITE(LUNIT,'(A2,2X,F20.10)') ('  ',LOCALPOINTS1(J2),J2=1,NOPT) 76:          WRITE(LUNIT,'(A2,2X,F20.10)') ('  ',LOCALPOINTS1(J2),J2=1,NOPT)
 77:          CLOSE(LUNIT) 77:          CLOSE(LUNIT)
 78:       ELSE IF (PHI4MODT) THEN 78:       ELSE IF (PHI4MODT) THEN
 79:          FPOO='odata.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! workaround for Sun compiler bug 79:          FPOO='odata.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) ! workaround for Sun compiler bug
 80:          LUNIT=GETUNIT() 80:          LUNIT=GETUNIT()
 81:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN',POSITION='APPEND') 81:          OPEN(LUNIT,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='UNKNOWN',POSITION='APPEND')
 82:          WRITE(LUNIT,'(A2,2X,F20.10)') ('  ',LOCALPOINTS1(J2),J2=1,NATOMS) 82:          WRITE(LUNIT,'(A2,2X,F20.10)') ('  ',LOCALPOINTS1(J2),J2=1,NATOMS)


r29881/tssearch.f 2016-01-31 22:30:06.440796689 +0000 r29880/tssearch.f 2016-01-31 22:30:07.976817295 +0000
163:                      RANDOM=DPRAND()163:                      RANDOM=DPRAND()
164:                      RANARRAY(3*(L2-1)+2)=(RANDOM-0.5D0)*2.0D0*PERTVALUE164:                      RANARRAY(3*(L2-1)+2)=(RANDOM-0.5D0)*2.0D0*PERTVALUE
165:                      RANDOM=DPRAND()165:                      RANDOM=DPRAND()
166:                      RANARRAY(3*(L2-1)+3)=(RANDOM-0.5D0)*2.0D0*PERTVALUE166:                      RANARRAY(3*(L2-1)+3)=(RANDOM-0.5D0)*2.0D0*PERTVALUE
167:                   ENDIF167:                   ENDIF
168:                ENDDO168:                ENDDO
169:                WRITE(1,'(3F20.10)') (POINTS(3*(L2-1)+1)+RANARRAY(3*(L2-1)+1),169:                WRITE(1,'(3F20.10)') (POINTS(3*(L2-1)+1)+RANARRAY(3*(L2-1)+1),
170:      &                               POINTS(3*(L2-1)+2)+RANARRAY(3*(L2-1)+2),170:      &                               POINTS(3*(L2-1)+2)+RANARRAY(3*(L2-1)+2),
171:      &                               POINTS(3*(L2-1)+3)+RANARRAY(3*(L2-1)+3),L2=1,NATOMS)171:      &                               POINTS(3*(L2-1)+3)+RANARRAY(3*(L2-1)+3),L2=1,NATOMS)
172:                CLOSE(1)172:                CLOSE(1)
173:             ELSEIF (MLP3T.OR.MLPB3T) THEN173:             ELSEIF (MLP3T) THEN
174:                CALL MYSYSTEM(STATUS,DEBUG,'cp odata.tssearch odata.'//TRIM(ADJUSTL(J3STR)))174:                CALL MYSYSTEM(STATUS,DEBUG,'cp odata.tssearch odata.'//TRIM(ADJUSTL(J3STR)))
175:                FPOO='odata.'//TRIM(ADJUSTL(J3STR)) ! this line works around a Sun compiler bug175:                FPOO='odata.'//TRIM(ADJUSTL(J3STR)) ! this line works around a Sun compiler bug
176:                OPEN(1,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='OLD',POSITION='APPEND')176:                OPEN(1,FILE=TRIM(ADJUSTL(FPOO)),STATUS='OLD',POSITION='APPEND')
177:                WRITE(1,'(A)') 'VARIABLES'177:                WRITE(1,'(A)') 'VARIABLES'
178:                DO L2=1,NOPT178:                DO L2=1,NOPT
179:                   IF (FROZEN(L2)) THEN179:                   IF (FROZEN(L2)) THEN
180:                      RANARRAY(L2)=0.0D0180:                      RANARRAY(L2)=0.0D0
181:                   ELSE181:                   ELSE
182:                      RANDOM=DPRAND()182:                      RANDOM=DPRAND()
183:                      RANARRAY(L2)=(RANDOM-0.5D0)*2.0D0*PERTVALUE183:                      RANARRAY(L2)=(RANDOM-0.5D0)*2.0D0*PERTVALUE


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0