hdiff output

r29832/PATHSAMPLE.tex 2016-01-25 14:30:09.204279647 +0000 r29831/PATHSAMPLE.tex 2016-01-25 14:30:09.404282316 +0000
837: {\it intrepsep} is the minimum difference in order number of atoms for which repulsive837: {\it intrepsep} is the minimum difference in order number of atoms for which repulsive
838: terms are added to the potential. The default is zero; there are no repulsive terms838: terms are added to the potential. The default is zero; there are no repulsive terms
839: between constrained atoms.839: between constrained atoms.
840: 840: 
841: \item {\it ITOL x\/}: principal moment of inertia tensor difference criterion for 841: \item {\it ITOL x\/}: principal moment of inertia tensor difference criterion for 
842: distinguishing stationary points. All three values are compared for stationary points842: distinguishing stationary points. All three values are compared for stationary points
843: in the initial setup phase. However, unlike {\tt PATHSAMPLE.2.0}, the alternative843: in the initial setup phase. However, unlike {\tt PATHSAMPLE.2.0}, the alternative
844: criterion specified by {\it GEOMDIFFTOL\/} is used to distinguish stationary points844: criterion specified by {\it GEOMDIFFTOL\/} is used to distinguish stationary points
845: in {\tt PATHSAMPLE.2.1}.845: in {\tt PATHSAMPLE.2.1}.
846: 846: 
847: \item {\it JOBSPERNODE jpn\/}: WARNING This keyword is now deprecated and any jobs that include it 847: \item {\it JOBSPERNODE jpn\/}: specifies the number of jobs to run on each core for a
848: will stop with an error message. It specified the number of jobs to run on each core for a 
849: calculation using a scheduler such as PBS to send jobs to distributed nodes. The cores 848: calculation using a scheduler such as PBS to send jobs to distributed nodes. The cores 
850: must be defined by the job submission script in the {\tt nodes.info} file.849: must be defined by the job submission script in the {\tt nodes.info} file.
851: The keyword is not called {\tt JOBSPERCORE} for historical reasons and backward compatibility.850: The keyword is not called {\tt JOBSPERCORE} historical reasons and backward compatibility.
852: Unless you really want to run more than one job per available core at one time then851: Unless you really want to run more than one job per available core at one time then
853: {\it jpn} can be omitted: the default value is one. The {\it PBS} keyword should852: {\it jpn} can be omitted: the default value is one. The {\it PBS} keyword should
854: probably be used instead of {\it JOBSPERNODE} going forward. 853: probably be used instead of {\it JOBSPERNODE} going forward. 
855: 854: 
856: \item {\it KMC n1 x n2\/}: perform {\it n1} KMC runs having iteratively removed855: \item {\it KMC n1 x n2\/}: perform {\it n1} KMC runs having iteratively removed
857: minima with {\it n2} connections or fewer.856: minima with {\it n2} connections or fewer.
858: {\it x} specifies a pair threshold for the product, {\it p}, of forward and backward857: {\it x} specifies a pair threshold for the product, {\it p}, of forward and backward
859: branching probabilities between two minima.858: branching probabilities between two minima.
860: If {\it p} is greater than {\it x} then a leapfrog move will be attempted to a859: If {\it p} is greater than {\it x} then a leapfrog move will be attempted to a
861: different connected minimum when either of the pair is encountered.860: different connected minimum when either of the pair is encountered.
1665: 1000 iterations of the committor probabilities are performed every cycle,1664: 1000 iterations of the committor probabilities are performed every cycle,
1666: removing minima with one connection or fewer, and using a successive1665: removing minima with one connection or fewer, and using a successive
1667: overrelaxation parameter of 1.99.1666: overrelaxation parameter of 1.99.
1668: Rate constants are calculated using graph transformation every 10 cycles,1667: Rate constants are calculated using graph transformation every 10 cycles,
1669: again removing minima with one connection or fewer.1668: again removing minima with one connection or fewer.
1670: \medskip1669: \medskip
1671: 1670: 
1672: \begin{table}[H]1671: \begin{table}[H]
1673: \begin{center}1672: \begin{center}
1674: \begin{tabular}{ll}1673: \begin{tabular}{ll}
1675: %JOBSPERNODE & 2 \\1674: JOBSPERNODE & 2 \\
1676: NATOMS       &  56 \\1675: NATOMS       &  56 \\
1677: SYSTEM        & BL \\1676: SYSTEM        & BL \\
1678: STARTFROMPATH & startup 9 16 \\1677: STARTFROMPATH & startup 9 16 \\
1679: COMMENT & ADDPATH add \\1678: COMMENT & ADDPATH add \\
1680: GT & 1 10 \\1679: GT & 1 10 \\
1681: TEMPERATURE&    0.42 \\1680: TEMPERATURE&    0.42 \\
1682: DSCALE      &    3.0 \\1681: DSCALE      &    3.0 \\
1683: PSCALE       &   1.0 \\1682: PSCALE       &   1.0 \\
1684: PFOLD         &  1000 1 1.99 \\1683: PFOLD         &  1000 1 1.99 \\
1685: CYCLES      &    500 \\1684: CYCLES      &    500 \\
1735: GEOMDIFFTOL        &   0.1D0  \\1734: GEOMDIFFTOL        &   0.1D0  \\
1736: DIRECTION   &   AB \\1735: DIRECTION   &   AB \\
1737: EXEC        &  /home/wales/bin/OPTIM \\1736: EXEC        &  /home/wales/bin/OPTIM \\
1738:  & \\1737:  & \\
1739: comment READMIN min.data.info.start \\1738: comment READMIN min.data.info.start \\
1740: comment READMIN min.data.info.finish \\1739: comment READMIN min.data.info.finish \\
1741: comment CPUS 1 \\1740: comment CPUS 1 \\
1742:  & \\1741:  & \\
1743: DIJINITCONT EXP \\1742: DIJINITCONT EXP \\
1744: CYCLES        100 \\1743: CYCLES        100 \\
1745: %JOBSPERNODE 1 \\1744: JOBSPERNODE 1 \\
1746: PAIRLIST 11745: PAIRLIST 1
1747: \end{tabular}1746: \end{tabular}
1748: \end{center}1747: \end{center}
1749: \end{table}1748: \end{table}
1750: \medskip1749: \medskip
1751: 1750: 
1752: The commented lines were used to read in the initial {\tt min.data.info} files.1751: The commented lines were used to read in the initial {\tt min.data.info} files.
1753: A similar procedure can be used if an initial {\tt path.info} file is available1752: A similar procedure can be used if an initial {\tt path.info} file is available
1754: without a complete connection between the desired end points.1753: without a complete connection between the desired end points.
1755: 1754: 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0