hdiff output

r29787/OPTIM.tex 2016-01-21 11:30:16.096166302 +0000 r29786/OPTIM.tex 2016-01-21 11:30:16.480171330 +0000
846: by progressively increasing a spring potential that attracts the system to the846: by progressively increasing a spring potential that attracts the system to the
847: final geometry.847: final geometry.
848: 848: 
849: \item {\it DUMPALLPATHS\/}: prints a summary of every min-sad-min path 849: \item {\it DUMPALLPATHS\/}: prints a summary of every min-sad-min path 
850: found during a {\it CONNECT} or {\it NEWCONNECT\/} run to850: found during a {\it CONNECT} or {\it NEWCONNECT\/} run to
851: file {\tt path.info}. For each stationary point the energy, point group order and symbol, 851: file {\tt path.info}. For each stationary point the energy, point group order and symbol, 
852: Hessian eigenvalues and coordinates are given. Hessian eigenvalues are computed852: Hessian eigenvalues and coordinates are given. Hessian eigenvalues are computed
853: for all stationary points. This min-sad-min format corresponds to the {\it TRIPLES\/}853: for all stationary points. This min-sad-min format corresponds to the {\it TRIPLES\/}
854: keyword in the PATHSAMPLE program.854: keyword in the PATHSAMPLE program.
855: 855: 
856: \item {\it DUMPBESTPATH\/}: after the last cycle in {\it NEWCONNECT\/} another Dijkstra analysis is run, 
857: the best path according to this analysis is then written to {\tt path.info}. Useful to prevent a 
858: fast increase in the database size in PATHSAMPLE. 
859:  
860: \item {\it DUMPFRQS\/}: if the frequency of a stationary point is calculated, it is written to a file856: \item {\it DUMPFRQS\/}: if the frequency of a stationary point is calculated, it is written to a file
861: {\tt frqs.dump}. The keyword is mainly meant for the {\it GETMINFRQS} and {\it GETTSFRQS} options in PATHSAMPLE. It requires857: {\tt frqs.dump}. The keyword is mainly meant for the {\it GETMINFRQS} and {\it GETTSFRQS} options in PATHSAMPLE. It requires
862: that {\it ENDHESS} or {\tt ENDNUMHESS} are used.858: that {\it ENDHESS} or {\tt ENDNUMHESS} are used.
863: 859: 
864: \item {\it DUMPDATA\/}: creates a file in PATHSAMPLE {\tt min.data} format for the minimum found860: \item {\it DUMPDATA\/}: creates a file in PATHSAMPLE {\tt min.data} format for the minimum found
865: following a minimisation. Useful for a discrete path sampling initial path run to861: following a minimisation. Useful for a discrete path sampling initial path run to
866: create entries for the two endpoints.862: create entries for the two endpoints.
867: 863: 
868: \item {\it DUMPINTEOS n\/}: creates the file {\tt EofS.int} for QCI runs. 864: \item {\it DUMPINTEOS n\/}: creates the file {\tt EofS.int} for QCI runs. 
869: {\it n\/} is the dump frequency.865: {\it n\/} is the dump frequency.


r29787/PATHSAMPLE.tex 2016-01-21 11:30:16.284168763 +0000 r29786/PATHSAMPLE.tex 2016-01-21 11:30:16.668173793 +0000
967: {\tt points.ts}, {\tt min.A} and {\tt min.B} files from directory {\it dir} with967: {\tt points.ts}, {\tt min.A} and {\tt min.B} files from directory {\it dir} with
968: those in the current directory. Common stationary points are identified and968: those in the current directory. Common stationary points are identified and
969: not repeated. Merged results are created corresponding to all six of the above files.969: not repeated. Merged results are created corresponding to all six of the above files.
970: 970: 
971: \item {\it MINBARRIER x\/}: use in the post-processing analyses to set a criterion for excluding a transition 971: \item {\it MINBARRIER x\/}: use in the post-processing analyses to set a criterion for excluding a transition 
972: state if the barrier in either direction is lower than {\it x\/}. Designed to allow exclusion of TSs 972: state if the barrier in either direction is lower than {\it x\/}. Designed to allow exclusion of TSs 
973: present in the database that lie lower in potential energy than the connected minima, by setting {\it x\/} to zero. 973: present in the database that lie lower in potential energy than the connected minima, by setting {\it x\/} to zero. 
974: The default value is (basically) minus infinity. Note that a transition state may legitimately lie lower 974: The default value is (basically) minus infinity. Note that a transition state may legitimately lie lower 
975: than the connected minima in free energy.975: than the connected minima in free energy.
976: 976: 
977: \item {\it MINGAP x RATIO\/}: sets a cut off for what connections should be tried in a Dijinit run. 
978: Either {\it x} is the minimum distance between two minima for a connection run to be started, or if RATIO 
979: is used, x is the fraction of the maximum pair distance that is then used as minimum. Should be used to  
980: focus searches on large gaps in the database and ignore small connections entirely. 
981:  
982: \item {\it NATOMS n\/}: the number of atoms in the system; must be present.977: \item {\it NATOMS n\/}: the number of atoms in the system; must be present.
983: 978: 
984: \item {\it NCONNMIN n\/}: specifies that minima with {\it n} connections or fewer979: \item {\it NCONNMIN n\/}: specifies that minima with {\it n} connections or fewer
985: should be disregarded in regrouping and rate calculations. This parameter980: should be disregarded in regrouping and rate calculations. This parameter
986: can be set via other keywords, but {\it NCONNMIN} is provided for use with981: can be set via other keywords, but {\it NCONNMIN} is provided for use with
987: {\it SGT}, {\it DGT}, {\it SDGT} and also {\it PFOLD}. The connection condition is evaluated recursively.982: {\it SGT}, {\it DGT}, {\it SDGT} and also {\it PFOLD}. The connection condition is evaluated recursively.
988: 983: 
989: \item {\it NEWCONNECTIONS n maxattempts firstmin\/}: 984: \item {\it NEWCONNECTIONS n maxattempts firstmin\/}: 
990: this keyword provides a fully parallelised way to grow a database using single-ended985: this keyword provides a fully parallelised way to grow a database using single-ended
991: transition state searches.986: transition state searches.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0