hdiff output

r29758/PATHSAMPLE.tex 2016-01-18 10:30:15.245024982 +0000 r29757/PATHSAMPLE.tex 2016-01-18 10:30:15.441027575 +0000
634: Once {\it n1\/} attempts have been tried for the highest transition state we634: Once {\it n1\/} attempts have been tried for the highest transition state we
635: move to the second-highest, and so on.635: move to the second-highest, and so on.
636: Minima with {\it n2} connections or fewer are iteratively removed before the network636: Minima with {\it n2} connections or fewer are iteratively removed before the network
637: analysis. The default value for {\it n2} is one.637: analysis. The default value for {\it n2} is one.
638: The {\it string\/} argument, which is optional, only has an effect if it is the638: The {\it string\/} argument, which is optional, only has an effect if it is the
639: word `BARRIER'. In this case the pairs of minima to connect are sorted according to the 639: word `BARRIER'. In this case the pairs of minima to connect are sorted according to the 
640: largest barrier 640: largest barrier 
641: that separates them. Otherwise they are sorted in order of increasing641: that separates them. Otherwise they are sorted in order of increasing
642: energy of the minimum that is separated from the product region.642: energy of the minimum that is separated from the product region.
643: 643: 
644: \item {\it DIJPRUNE exp or n max p1 p2\/}: using the existing best path calculation 
645: in {\it DIJINITCONT\/} it creates a new file {\tt min.retain} which only contains minima 
646: on the best path. The weighting option are identical to {\it DIJINITCONT\/}. It requires 
647: that {\it CYCLES\/} is set to 1. 
648: Allows consequently to remove all other minima (useful to keep databases small). 
649:  
650: \item {\it DIRECTION a\/}: the direction (`AB' or `BA') determines the sense of a path, for 644: \item {\it DIRECTION a\/}: the direction (`AB' or `BA') determines the sense of a path, for 
651: contexts where forward and backward or reactant and product need to be defined. Note the use 645: contexts where forward and backward or reactant and product need to be defined. Note the use 
652: of the spectroscopists' convention, whereby `AB' means from B to A . The default is `AB'. 646: of the spectroscopists' convention, whereby `AB' means from B to A . The default is `AB'. 
653: 647: 
654: \item {\it DSCALE x\/}: specifies how the separation between local minima, {\it d}, is used648: \item {\it DSCALE x\/}: specifies how the separation between local minima, {\it d}, is used
655: to select the pair used in the next attempted connection. If649: to select the pair used in the next attempted connection. If
656: $\exp(-(d-x)/x) < $ a random number drawn from $[0,1]$ then the distance criterion is accepted.650: $\exp(-(d-x)/x) < $ a random number drawn from $[0,1]$ then the distance criterion is accepted.
657: There is also a criterion for the difference in committor probabilities (see {\it PSCALE}).651: There is also a criterion for the difference in committor probabilities (see {\it PSCALE}).
658: If $d<x$ then the distance criterion is always satisfied; above $x$ the probability652: If $d<x$ then the distance criterion is always satisfied; above $x$ the probability
659: of acceptance decreases exponentially.653: of acceptance decreases exponentially.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0