hdiff output

r29398/groupRigidBodyINC.f90 2015-11-17 23:34:29.793708952 +0000 r29397/groupRigidBodyINC.f90 2015-11-17 23:34:29.981711475 +0000
  1: !  1: !
  2: ! This program constructs the list of groups for the generalised rigid body minimization   2: ! This program constructs the list of groups for the generalised rigid body minimization 
  3: ! Halim Kusumaatmaja  3: ! Halim Kusumaatmaja
  4: !  4: !
  5: ! You require two files in the directory with this program to run it:  5: ! You require two files in the directory with this program to run it:
  6: ! - minimisedstartingpoint.pdb - a reference structure which the internal rigid body coordinates will be taken from  6: ! - minimisedstartingpoint.pdb - a reference structure which the internal rigid body coordinates will be taken from
  7: ! - coords.inpcrd - a matching AMBER 'inpcrd' format file to provide more accurate coordinates than in the PDB  7: ! - coords.inpcrd - a matching AMBER 'inpcrd' format file to provide more accurate coordinates than in the PDB
  8: !  8: !
  9: ! Before you compile this program, uncomment a single READ line for the PDB and check the title line in coords.inpcrd is empty!  9: ! Before you compile this program, uncomment a single READ line for the PDB and check the title line in coords.inpcrd is empty!
 10: ! Also, check that minimisedstartingpoint.pdb does not contain a title line!  
 11:  10: 
 12: PROGRAM MAIN 11: PROGRAM MAIN
 13:   IMPLICIT NONE 12:   IMPLICIT NONE
 14:   INTEGER, PARAMETER :: TNATOMS = 22000 13:   INTEGER, PARAMETER :: TNATOMS = 10000
 15:   INTEGER ATOMNO(TNATOMS), RESIDUENO(TNATOMS), J1, J2, J3, J4, J5, J6, J7, IOSTATUS, TRESIDUE, TATOM, TGROUP 14:   INTEGER ATOMNO(TNATOMS), RESIDUENO(TNATOMS), J1, J2, J3, J4, J5, J6, J7, IOSTATUS, TRESIDUE, TATOM, TGROUP
 16:   INTEGER GROUPMEMBERS(TNATOMS, TNATOMS), GROUPCOLOUR(TNATOMS) 15:   INTEGER GROUPMEMBERS(TNATOMS, TNATOMS), GROUPCOLOUR(TNATOMS)
 17:   INTEGER DUMMYINT 16:   INTEGER DUMMYINT
 18:   CHARACTER(LEN=6) RECORDNAME 17:   CHARACTER(LEN=6) RECORDNAME
 19:   CHARACTER(LEN=4) ATOMNAME(TNATOMS) 18:   CHARACTER(LEN=4) ATOMNAME(TNATOMS)
 20:   CHARACTER(LEN=1) DUMMY1, DUMMY2 19:   CHARACTER(LEN=1) DUMMY1, DUMMY2
 21:   CHARACTER(LEN=3) RESIDUENAME(TNATOMS) 20:   CHARACTER(LEN=3) RESIDUENAME(TNATOMS)
 22:   DOUBLE PRECISION X(TNATOMS), Y(TNATOMS), Z(TNATOMS) 21:   DOUBLE PRECISION X(TNATOMS), Y(TNATOMS), Z(TNATOMS)
 23:   DOUBLE PRECISION DUMMYDP 22:   DOUBLE PRECISION DUMMYDP
 24:   CHARACTER(LEN=80) FNAME 23:   CHARACTER(LEN=80) FNAME
 81:   RESIDUEDATABASE(:) = 'OOO' 80:   RESIDUEDATABASE(:) = 'OOO'
 82:  81: 
 83: ! ------------------------------------------------------------- 82: ! -------------------------------------------------------------
 84: ! hk286 - input 83: ! hk286 - input
 85: ! ------------------------------------------------------------- 84: ! -------------------------------------------------------------
 86:  85: 
 87:   OPEN(UNIT=1,FILE='minimisedstartingpoint.pdb',STATUS='UNKNOWN') 86:   OPEN(UNIT=1,FILE='minimisedstartingpoint.pdb',STATUS='UNKNOWN')
 88:   J1 = 1 87:   J1 = 1
 89:   DO 88:   DO
 90:  89: 
 91: ! ------------------------------------------------------------------------------------ 
 92: ! ACTION REQUIRED: MAKE SURE ONLY A SINGLE READ LINE IN THE BLOCK BELOW IS UNCOMMENTED 90: ! ACTION REQUIRED: MAKE SURE ONLY A SINGLE READ LINE IN THE BLOCK BELOW IS UNCOMMENTED
 93: ! ------------------------------------------------------------------------------------ 
 94:  
 95: ! PDB format 1: from ambpdb (make sure you delete the REMARK line from the top before running this) 91: ! PDB format 1: from ambpdb (make sure you delete the REMARK line from the top before running this)
 96: !ATOM      1  N   TRP     1       3.613   2.061  -0.003  1.00  0.00           N 92: !ATOM      1  N   TRP     1       3.613   2.061  -0.003  1.00  0.00           N
 97: !     READ(1,*,IOSTAT=iostatus) RECORDNAME, ATOMNO(J1), ATOMNAME(J1), RESIDUENAME(J1), RESIDUENO(J1), X(J1), Y(J1), Z(J1), DUMMYDP, DUMMYDP, DUMMY2 93: !    READ(1,*,IOSTAT=iostatus) RECORDNAME, ATOMNO(J1), ATOMNAME(J1), RESIDUENAME(J1), RESIDUENO(J1), X(J1), Y(J1), Z(J1), DUMMYDP, DUMMYDP
 98:  
 99: ! PDB format 2: from GMIN or OPTIM with AMBER12 (make sure you delete the REMARK line from the top before running this) 
100: !ATOM      1  N   TRP     1       3.613   2.061  -0.003  1.00  0.00            
101:      READ(1,*,IOSTAT=iostatus) RECORDNAME, ATOMNO(J1), ATOMNAME(J1), RESIDUENAME(J1), RESIDUENO(J1), X(J1), Y(J1), Z(J1), DUMMYDP, DUMMYDP 
102:  94: 
103: ! PDB format 3: from GMIN or OPTIM with AMBER9 or NAB (includes a chain ID e.g. A in example below) 95: ! PDB format 2: from GMIN or OPTIM (includes a chain ID e.g. A in example below)
104: !ATOM      1 N    TRP A   1       3.613   2.061  -0.003  1.00   1.00 N 96: !ATOM      1 N    TRP A   1       3.613   2.061  -0.003  1.00   1.00 N
105: !     READ(1,*,IOSTAT=iostatus) RECORDNAME, ATOMNO(J1), ATOMNAME(J1), RESIDUENAME(J1), DUMMY1, RESIDUENO(J1), X(J1), Y(J1), Z(J1), DUMMYDP, DUMMYDP, DUMMY2 97:      READ(1,*,IOSTAT=iostatus) RECORDNAME, ATOMNO(J1), ATOMNAME(J1), RESIDUENAME(J1), DUMMY1, RESIDUENO(J1), X(J1), Y(J1), Z(J1), DUMMYDP, DUMMYDP, DUMMY2
106:     98:    
107: ! PDB format 4: fixed format PDB files (deal with fixed formatting of pdb files - Mark Oakley) 99: ! PDB format 3: fixed format PDB files (deal with fixed formatting of pdb files - Mark Oakley)
108: !     READ(1,'(A6,I5,X,A4,X,A3,2X,I4,4X,3F8.3)',IOSTAT=iostatus) &100: !     READ(1,'(A6,I5,X,A4,X,A3,2X,I4,4X,3F8.3)',IOSTAT=iostatus) &
109: !     RECORDNAME, ATOMNO(J1), ATOMNAME(J1), RESIDUENAME(J1),  RESIDUENO(J1), X(J1), Y(J1), Z(J1)101: !     RECORDNAME, ATOMNO(J1), ATOMNAME(J1), RESIDUENAME(J1),  RESIDUENO(J1), X(J1), Y(J1), Z(J1)
110: 102: 
111: ! mo361 - Clean up whitespace in strings103: ! mo361 - Clean up whitespace in strings
112:      ATOMNAME(J1)=ADJUSTL(ATOMNAME(J1))104:      ATOMNAME(J1)=ADJUSTL(ATOMNAME(J1))
113:      RESIDUENAME(J1)=ADJUSTL(RESIDUENAME(J1))105:      RESIDUENAME(J1)=ADJUSTL(RESIDUENAME(J1))
114:      IF (iostatus<0) THEN106:      IF (iostatus<0) THEN
115:         J1 = J1 - 1107:         J1 = J1 - 1
116:         PRINT *, J1108:         PRINT *, J1
117:         CLOSE(222)109:         CLOSE(222)


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0