hdiff output

r29324/Gthomson.f90 2015-11-17 23:34:14.857508661 +0000 r29323/Gthomson.f90 2015-11-17 23:34:15.421516214 +0000
 98:    IF ((TWOD.OR.PULLT.OR.(GTHOMSONT .AND.(GTHOMMET < 5))).AND.(INVERT.EQ.-1)) THEN ! reflect in xz plane 98:    IF ((TWOD.OR.PULLT.OR.(GTHOMSONT .AND.(GTHOMMET < 5))).AND.(INVERT.EQ.-1)) THEN ! reflect in xz plane
 99:       DO J1=1,NATOMS 99:       DO J1=1,NATOMS
100:          DUMMYC(3*(J1-1)+1)=DUMMYA(3*(J1-1)+1)100:          DUMMYC(3*(J1-1)+1)=DUMMYA(3*(J1-1)+1)
101:          DUMMYC(3*(J1-1)+2)=-DUMMYA(3*(J1-1)+2)101:          DUMMYC(3*(J1-1)+2)=-DUMMYA(3*(J1-1)+2)
102:          DUMMYC(3*(J1-1)+3)=DUMMYA(3*(J1-1)+3)102:          DUMMYC(3*(J1-1)+3)=DUMMYA(3*(J1-1)+3)
103:       ENDDO103:       ENDDO
104:    ELSE104:    ELSE
105:       DUMMYC(1:3*NATOMS)=INVERT*DUMMYA(1:3*NATOMS)105:       DUMMYC(1:3*NATOMS)=INVERT*DUMMYA(1:3*NATOMS)
106:    ENDIF106:    ENDIF
107:    IF ((NRANROT.GT.0).AND.(NROTDONE.LE.NRANROT).AND.(NROTDONE.GT.0)) THEN107:    IF ((NRANROT.GT.0).AND.(NROTDONE.LE.NRANROT).AND.(NROTDONE.GT.0)) THEN
108: !     IF (DEBUG) PRINT '(A,I6,A,G20.10)',' minpermdist> Trying random starting orientation number ',NROTDONE, &108:       IF (DEBUG) PRINT '(A,I6,A,G20.10)',' minpermdist> Trying random starting orientation number ',NROTDONE, &
109: ! &                                         ' minimum distance=',SQRT(DBEST)109:   &                                         ' minimum distance=',SQRT(DBEST)
110:       NORBIT1=1; NORBIT2=1; NORBITB1=1; NORBITB2=1;110:       NORBIT1=1; NORBIT2=1; NORBITB1=1; NORBITB2=1;
111:       ROTB(1:3,1:3)=0.0D0111:       ROTB(1:3,1:3)=0.0D0
112:       ROTB(1,1)=1.0D0; ROTB(2,2)=1.0D0; ROTB(3,3)=1.0D0112:       ROTB(1,1)=1.0D0; ROTB(2,2)=1.0D0; ROTB(3,3)=1.0D0
113:       ROTINVB(1:3,1:3)=0.0D0113:       ROTINVB(1:3,1:3)=0.0D0
114:       ROTINVB(1,1)=1.0D0; ROTINVB(2,2)=1.0D0; ROTINVB(3,3)=1.0D0114:       ROTINVB(1,1)=1.0D0; ROTINVB(2,2)=1.0D0; ROTINVB(3,3)=1.0D0
115:       ROTA(1:3,1:3)=0.0D0115:       ROTA(1:3,1:3)=0.0D0
116:       ROTA(1,1)=1.0D0; ROTA(2,2)=1.0D0; ROTA(3,3)=1.0D0116:       ROTA(1,1)=1.0D0; ROTA(2,2)=1.0D0; ROTA(3,3)=1.0D0
117:       ROTINVA(1:3,1:3)=0.0D0117:       ROTINVA(1:3,1:3)=0.0D0
118:       ROTINVA(1,1)=1.0D0; ROTINVA(2,2)=1.0D0; ROTINVA(3,3)=1.0D0118:       ROTINVA(1,1)=1.0D0; ROTINVA(2,2)=1.0D0; ROTINVA(3,3)=1.0D0
119:       RMAT(1:3,1:3)=0.0D0119:       RMAT(1:3,1:3)=0.0D0
257: IF (DISTANCE.LT.GEOMDIFFTOL) GOTO 50257: IF (DISTANCE.LT.GEOMDIFFTOL) GOTO 50
258: IF (NCHOOSE2.LT.NORBIT2) GOTO 30258: IF (NCHOOSE2.LT.NORBIT2) GOTO 30
259: IF (NCHOOSE1.LT.NORBIT1) GOTO 65259: IF (NCHOOSE1.LT.NORBIT1) GOTO 65
260: IF (NCHOOSEB2.LT.NORBITB2) GOTO 31260: IF (NCHOOSEB2.LT.NORBITB2) GOTO 31
261: IF (NCHOOSEB1.LT.NORBITB1) GOTO 66261: IF (NCHOOSEB1.LT.NORBITB1) GOTO 66
262: 262: 
263: IF ((NCHOOSE2.EQ.NORBIT2).AND.(NCHOOSE1.EQ.NORBIT1).AND.(INVERT.EQ.1)) THEN263: IF ((NCHOOSE2.EQ.NORBIT2).AND.(NCHOOSE1.EQ.NORBIT1).AND.(INVERT.EQ.1)) THEN
264: 264: 
265:    IF (NOINVERSION.OR.BULKT.OR.(CHARMMT.AND.(.NOT.MACROCYCLET)).OR.(AMBERT.AND.(.NOT.MACROCYCLET)) &265:    IF (NOINVERSION.OR.BULKT.OR.(CHARMMT.AND.(.NOT.MACROCYCLET)).OR.(AMBERT.AND.(.NOT.MACROCYCLET)) &
266:   &     .OR.(NFREEZE.GT.0)) GOTO 50 266:   &     .OR.(NFREEZE.GT.0)) GOTO 50 
267: !  IF (DEBUG) PRINT '(A)','minpermdist> inverting geometry for comparison with target'267:    IF (DEBUG) PRINT '(A)','minpermdist> inverting geometry for comparison with target'
268:    INVERT=-1268:    INVERT=-1
269:    GOTO 60269:    GOTO 60
270: ENDIF270: ENDIF
271: 271: 
272: IF (NROTDONE.LT.NRANROT) GOTO 11272: IF (NROTDONE.LT.NRANROT) GOTO 11
273: 273: 
274: 50 DISTANCE=DBEST274: 50 DISTANCE=DBEST
275: !275: !
276: !  XBEST contains the best alignment of A coordinates for the orientation of B coordinates in DUMMYB.276: !  XBEST contains the best alignment of A coordinates for the orientation of B coordinates in DUMMYB.
277: !  Rotate XBEST by ROTINVB to put in best correspondence with COORDSB, undoing the reorientation to DUMMYB from MYORIENT. 277: !  Rotate XBEST by ROTINVB to put in best correspondence with COORDSB, undoing the reorientation to DUMMYB from MYORIENT. 


r29324/minpermdist.f90 2015-11-17 23:34:15.045511172 +0000 r29323/minpermdist.f90 2015-11-17 23:34:15.617518842 +0000
349:                J2=J2-NATOMS349:                J2=J2-NATOMS
350:             ENDIF350:             ENDIF
351:             DUMMYC(3*J1-2)=INVERT*DUMMYA(3*J2-2)351:             DUMMYC(3*J1-2)=INVERT*DUMMYA(3*J2-2)
352:             DUMMYC(3*J1-1)=INVERT*DUMMYA(3*J2-1)352:             DUMMYC(3*J1-1)=INVERT*DUMMYA(3*J2-1)
353:             DUMMYC(3*J1  )=INVERT*DUMMYA(3*J2  )353:             DUMMYC(3*J1  )=INVERT*DUMMYA(3*J2  )
354:          ENDDO354:          ENDDO
355:       ELSE355:       ELSE
356:          DUMMYC(1:3*NATOMS)=INVERT*DUMMYA(1:3*NATOMS)356:          DUMMYC(1:3*NATOMS)=INVERT*DUMMYA(1:3*NATOMS)
357:       ENDIF357:       ENDIF
358:       IF ((NRANROT.GT.0).AND.(NROTDONE.LE.NRANROT).AND.(NROTDONE.GT.0)) THEN358:       IF ((NRANROT.GT.0).AND.(NROTDONE.LE.NRANROT).AND.(NROTDONE.GT.0)) THEN
359: !        IF (DEBUG) PRINT '(A,I6,A,G20.10)',' minpermdist> Trying random starting orientation number ',NROTDONE, &359:          IF (DEBUG) PRINT '(A,I6,A,G20.10)',' minpermdist> Trying random starting orientation number ',NROTDONE, &
360: ! &                                         ' minimum distance=',SQRT(DBEST)360:   &                                         ' minimum distance=',SQRT(DBEST)
361:          NORBIT1=1; NORBIT2=1; NORBITB1=1; NORBITB2=1;361:          NORBIT1=1; NORBIT2=1; NORBITB1=1; NORBITB2=1;
362:          ROTB(1:3,1:3)=0.0D0362:          ROTB(1:3,1:3)=0.0D0
363:          ROTB(1,1)=1.0D0; ROTB(2,2)=1.0D0; ROTB(3,3)=1.0D0363:          ROTB(1,1)=1.0D0; ROTB(2,2)=1.0D0; ROTB(3,3)=1.0D0
364:          ROTINVB(1:3,1:3)=0.0D0364:          ROTINVB(1:3,1:3)=0.0D0
365:          ROTINVB(1,1)=1.0D0; ROTINVB(2,2)=1.0D0; ROTINVB(3,3)=1.0D0365:          ROTINVB(1,1)=1.0D0; ROTINVB(2,2)=1.0D0; ROTINVB(3,3)=1.0D0
366:          ROTA(1:3,1:3)=0.0D0366:          ROTA(1:3,1:3)=0.0D0
367:          ROTA(1,1)=1.0D0; ROTA(2,2)=1.0D0; ROTA(3,3)=1.0D0367:          ROTA(1,1)=1.0D0; ROTA(2,2)=1.0D0; ROTA(3,3)=1.0D0
368:          ROTINVA(1:3,1:3)=0.0D0368:          ROTINVA(1:3,1:3)=0.0D0
369:          ROTINVA(1,1)=1.0D0; ROTINVA(2,2)=1.0D0; ROTINVA(3,3)=1.0D0369:          ROTINVA(1,1)=1.0D0; ROTINVA(2,2)=1.0D0; ROTINVA(3,3)=1.0D0
370:          RMAT(1:3,1:3)=0.0D0370:          RMAT(1:3,1:3)=0.0D0
587: !587: !
588: ! don't try inversion for bulk or charmm or amber or frozen atoms588: ! don't try inversion for bulk or charmm or amber or frozen atoms
589: ! Inversion is allowed for all macrocycles in AMBER/CHARMM589: ! Inversion is allowed for all macrocycles in AMBER/CHARMM
590: !590: !
591: !  IF ((BULKT.OR.CHARMMT.OR.AMBERT.OR.(NFREEZE.GT.0)).AND.MACROCYCLET.EQV..FALSE.) GOTO 50 591: !  IF ((BULKT.OR.CHARMMT.OR.AMBERT.OR.(NFREEZE.GT.0)).AND.MACROCYCLET.EQV..FALSE.) GOTO 50 
592: !592: !
593: !  Bug fix DJW 12/7/12. When MACROCYCLET was false all inversion tests were turned off!!593: !  Bug fix DJW 12/7/12. When MACROCYCLET was false all inversion tests were turned off!!
594: !594: !
595:    IF (NOINVERSION.OR.BULKT.OR.(CHARMMT.AND.(.NOT.MACROCYCLET)).OR.(AMBERT.AND.(.NOT.MACROCYCLET)) &595:    IF (NOINVERSION.OR.BULKT.OR.(CHARMMT.AND.(.NOT.MACROCYCLET)).OR.(AMBERT.AND.(.NOT.MACROCYCLET)) &
596:   &     .OR.(NFREEZE.GT.0)) GOTO 50 596:   &     .OR.(NFREEZE.GT.0)) GOTO 50 
597: !  IF (DEBUG) PRINT '(A)','minpermdist> inverting geometry for comparison with target'597:    IF (DEBUG) PRINT '(A)','minpermdist> inverting geometry for comparison with target'
598:    INVERT=-1598:    INVERT=-1
599:    GOTO 60599:    GOTO 60
600: ENDIF600: ENDIF
601: MCYCLESTEP=MCYCLESTEP+1 601: MCYCLESTEP=MCYCLESTEP+1 
602: IF (MACROCYCLET.AND.(MCYCLESTEP.LE.MCYCLEREPEATS)) GOTO 70 !End of macrocycle loop602: IF (MACROCYCLET.AND.(MCYCLESTEP.LE.MCYCLEREPEATS)) GOTO 70 !End of macrocycle loop
603: IF (NROTDONE.LT.NRANROT) GOTO 11603: IF (NROTDONE.LT.NRANROT) GOTO 11
604: 604: 
605: 50 DISTANCE=DBEST605: 50 DISTANCE=DBEST
606: !606: !
607: !  XBEST contains the best alignment of A coordinates for the orientation of B coordinates in DUMMYB.607: !  XBEST contains the best alignment of A coordinates for the orientation of B coordinates in DUMMYB.


r29324/setup.f 2015-11-17 23:34:15.233513694 +0000 r29323/setup.f 2015-11-17 23:34:15.821521577 +0000
1557:          PRINT '(15I8)',USEPAIRSMIN(1:NUSEPAIRS)1557:          PRINT '(15I8)',USEPAIRSMIN(1:NUSEPAIRS)
1558:       ENDIF1558:       ENDIF
1559: 1559: 
1560:       IF (DOST) CALL DOS1560:       IF (DOST) CALL DOS
1561:       IF (CVT) CALL CV1561:       IF (CVT) CALL CV
1562:       IF (SHANNONT) CALL SHANNON1562:       IF (SHANNONT) CALL SHANNON
1563:       IF (MICROTHERMT) CALL MICROTHERM1563:       IF (MICROTHERMT) CALL MICROTHERM
1564: 1564: 
1565:       IF ((CONNECTIONS.GT.1).AND.(CHECKCONNECTIONST)) THEN1565:       IF ((CONNECTIONS.GT.1).AND.(CHECKCONNECTIONST)) THEN
1566:          WRITE(*,'(A,I6,A)') 'setup> checking for at least ',CONNECTIONS,' connections per minimum'1566:          WRITE(*,'(A,I6,A)') 'setup> checking for at least ',CONNECTIONS,' connections per minimum'
1567:          WRITE(*,'(A,I6,A)') 'setup> WARNING *** use the NEWCONNECTIONS keyword to use more than one core' 
1568:          DO J1=1,NMIN1567:          DO J1=1,NMIN
1569:             CALL TSSEARCH(J1,0)1568:             CALL TSSEARCH(J1,0)
1570:          ENDDO1569:          ENDDO
1571:       ENDIF1570:       ENDIF
1572: 1571: 
1573:       RETURN 1572:       RETURN 
1574:       END1573:       END
1575: 1574: 
1576:       DOUBLE PRECISION FUNCTION TSEGUESS(E1,E2,C1,C2,DISTANCE)1575:       DOUBLE PRECISION FUNCTION TSEGUESS(E1,E2,C1,C2,DISTANCE)
1577:       IMPLICIT NONE1576:       IMPLICIT NONE


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0