hdiff output

r33427/get_cistrans_constr_qci.py 2017-10-30 12:30:16.162232315 +0000 r33426/get_cistrans_constr_qci.py 2017-10-30 12:30:16.438236006 +0000
  5: peptide_bond_atom = {}  5: peptide_bond_atom = {}
  6: ter_list = []  6: ter_list = []
  7: i = 0  7: i = 0
  8:   8: 
  9: print 'Only for single chains at the moment, check if the system has multiple chains'  9: print 'Only for single chains at the moment, check if the system has multiple chains'
 10:  10: 
 11: with open(inp_f , "r") as f: 11: with open(inp_f , "r") as f:
 12:     for line in f: 12:     for line in f:
 13:         if line.split()[0] == 'ATOM': 13:         if line.split()[0] == 'ATOM':
 14:             i = i + 1 14:             i = i + 1
 15:             if line[12:15].strip() in ['H','CA','O']: 15:             if line[12:15].strip() in ['H','C','O','N']:
 16:                 peptide_bond_atom[i] = line[12:15].strip() 16:                 peptide_bond_atom[i] = line[12:15].strip()
 17:         elif line.split()[0] == 'TER': 17:         elif line.split()[0] == 'TER':
 18:             ter_list.append((i, i + 1)) 18:             ter_list.append((i, i + 1))
 19:         else: 19:         else:
 20:             continue 20:             continue
 21:  21: 
 22: peptide_bonds = {} 22: peptide_bonds = {}
 23: for key in sorted(peptide_bond_atom.keys()): 23: for key in sorted(peptide_bond_atom.keys()):
 24:     if peptide_bond_atom[key] == 'CA': 24:     if peptide_bond_atom[key] == 'C':
 25:         if len(peptide_bonds) != 0: 
 26:             peptide_bonds[len(peptide_bonds)].append(key) 
 27:         peptide_bonds[len(peptide_bonds) + 1] = [key] 25:         peptide_bonds[len(peptide_bonds) + 1] = [key]
 28:     else: 26:     else:
 29:         if len(peptide_bonds.keys()) > 0: 27:         if len(peptide_bonds.keys()) > 0:
 30:             peptide_bonds[len(peptide_bonds)].append(key) 28:             peptide_bonds[len(peptide_bonds)].append(key)
 31:         else: 29:         else:
 32:             continue  30:             continue 
 33: out_f = open("constraintfile" , "w") 31: out_f = open("constraintfile" , "w")
 34: for key in peptide_bonds.keys(): 32: for key in peptide_bonds.keys():
 35:     if len(peptide_bonds[key]) == 4: 33:     if len(peptide_bonds[key]) == 4:
 36:         l = peptide_bonds[key] 34:         l = peptide_bonds[key]
  35:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[0],l[1]))
 37:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[0],l[2])) 36:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[0],l[2]))
 38:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[0],l[3])) 37:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[0],l[3]))
 39:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[1],l[2])) 38:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[1],l[2]))
 40:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[1],l[3])) 39:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[1],l[3]))
  40:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[2],l[3]))
  41: 
 41: out_f.close() 42: out_f.close()
 42:  43: 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0