hdiff output

r33411/get_cistrans_constr_qci.py 2017-10-23 11:30:10.284957977 +0100 r33410/get_cistrans_constr_qci.py 2017-10-23 11:30:10.500960819 +0100
  1: import sys  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/SCRIPTS/OPTIM/get_cistrans_constr_qci.py' in revision 33410
  2:  
  3: inp_f = sys.argv[1] 
  4:  
  5: peptide_bond_atom = {} 
  6: ter_list = [] 
  7: i = 0 
  8:  
  9: print 'Only for single chains at the moment, check if the system has multiple chains' 
 10:  
 11: with open(inp_f , "r") as f: 
 12:     for line in f: 
 13:         if line.split()[0] == 'ATOM': 
 14:             i = i + 1 
 15:             if line[12:15].strip() in ['H','C','O','N']: 
 16:                 peptide_bond_atom[i] = line[12:15].strip() 
 17:         elif line.split()[0] == 'TER': 
 18:             ter_list.append((i, i + 1)) 
 19:         else: 
 20:             continue 
 21:  
 22: peptide_bonds = {} 
 23: for key in sorted(peptide_bond_atom.keys()): 
 24:     if peptide_bond_atom[key] == 'C': 
 25:         peptide_bonds[len(peptide_bonds) + 1] = [key] 
 26:     else: 
 27:         if len(peptide_bonds.keys()) > 0: 
 28:             peptide_bonds[len(peptide_bonds)].append(key) 
 29:         else: 
 30:             continue  
 31: out_f = open("constraintfile" , "w") 
 32: for key in peptide_bonds.keys(): 
 33:     if len(peptide_bonds[key]) == 4: 
 34:         l = peptide_bonds[key] 
 35:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[0],l[1])) 
 36:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[0],l[2])) 
 37:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[0],l[3])) 
 38:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[1],l[2])) 
 39:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[1],l[3])) 
 40:         out_f.write('%6d %6d \n' %(l[2],l[3])) 
 41:  
 42: out_f.close() 
 43:  


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0