hdiff output

r32095/parm.py 2017-03-15 13:30:10.992903820 +0000 r32094/parm.py 2017-03-15 13:30:11.216906790 +0000
 16: parser.add_argument('--local', action='store_true') 16: parser.add_argument('--local', action='store_true')
 17:  17: 
 18: args = parser.parse_args() 18: args = parser.parse_args()
 19:  19: 
 20:  20: 
 21: # atom name to weight type 21: # atom name to weight type
 22: atn2ty = {"P":"P", "O5*":"O", "C5'":"C", "C5*":"C", "CA":"R4", "C4'":"R4", "C4*":"R4", "C1'":"R1", "C1*":"R1", "CY":"R1", "A1":"A1", "A2":"A2", "G1":"G1", "G2":"G2", "C1":"C1", "U1":"U1", "D":"D", "MG":"MG"} 22: atn2ty = {"P":"P", "O5*":"O", "C5'":"C", "C5*":"C", "CA":"R4", "C4'":"R4", "C4*":"R4", "C1'":"R1", "C1*":"R1", "CY":"R1", "A1":"A1", "A2":"A2", "G1":"G1", "G2":"G2", "C1":"C1", "U1":"U1", "D":"D", "MG":"MG"}
 23: # Main, sugar, end, or heteroatom ? 23: # Main, sugar, end, or heteroatom ?
 24: aty2mse = {"P":"M", "O":"M", "C":"M", "R4":"M", "R1":"S", "A1":"S", "A2":"E", "G1":"S", "G2":"E", "C1":"E", "U1":"E", "D":"M", "MG":"H"} 24: aty2mse = {"P":"M", "O":"M", "C":"M", "R4":"M", "R1":"S", "A1":"S", "A2":"E", "G1":"S", "G2":"E", "C1":"E", "U1":"E", "D":"M", "MG":"H"}
 25: # residue letter to number 25: # residue letter to number
 26: resl2i_ = {'G':1, 'A':2, 'C':3, 'U':4, 'D':5, 'DG':1, 'DA':2, 'DC':3, 'DU':4, 'DT':4} 26: resl2i_ = {'G':1, 'A':2, 'C':3, 'U':4, 'D':5}#, 'DG':1, 'DA':2, 'DC':3, 'DU':4}
 27: # residue letter to name 27: # residue letter to name
 28: resl2n_ = {'G':"GUA", 'A':"ADE", 'C':"CYT", 'U':"URA", 'D':"DUM", 'DG':"GUA", 'DA':"ADE", 'DC':"CYT", 'DU':"URA", 'DT': "THY"} 28: resl2n_ = {'G':"GUA", 'A':"ADE", 'C':"CYT", 'U':"URA", 'D':"DUM"}#, 'DG':"GUA", 'DA':"ADE", 'DC':"CYT", 'DU':"URA", 'DT': "THY"}
 29:  29: 
 30: def res_cut(rn, rdict): 30: def res_cut(rn, rdict):
 31:     # if we have a residue name C5,G5,C3,G3, etc... remove the number 31:     # if we have a residue name C5,G5,C3,G3, etc... remove the number
 32:     if rn[-1] in "53": 32:     if rn[-1] in "53":
 33:       rn = rn[:-1] 33:       rn = rn[:-1]
 34:     return rdict[rn] 34:     return rdict[rn]
 35:  35: 
 36: def resl2i(rn): 36: def resl2i(rn):
 37:   return res_cut(rn, resl2i_) 37:   return res_cut(rn, resl2i_)
 38: def resl2n(rn): 38: def resl2n(rn):


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0