hdiff output

r31986/genrigid_input.py 2017-02-28 11:30:13.428972277 +0000 r31985/genrigid_input.py 2017-02-28 11:30:13.668975476 +0000
1210:     print 'The following rigid bodies have been specified:'  # prints all the entered rigid bodies from above1210:     print 'The following rigid bodies have been specified:'  # prints all the entered rigid bodies from above
1211:     for i in groups.keys():1211:     for i in groups.keys():
1212:         print 'Rigid body: ', i1212:         print 'Rigid body: ', i
1213:         print groups[i]1213:         print groups[i]
1214:         print1214:         print
1215: 1215: 
1216: else:1216: else:
1217:     groups = {}1217:     groups = {}
1218: 1218: 
1219: # LOCALLY RIGIDIFICATION, STANDARD GROUPS ###########################################################################1219: # LOCALLY RIGIDIFICATION, STANDARD GROUPS ###########################################################################
1220: NA_res = ['RAN', 'RCN', 'RGN', 'RUN', 'A', 'A3', 'A5', 'AN', 'C', 'C3', 'C5', 'CN', 'G', 'G3', 'G5', 'GN', 'U', 
1221:           'U3', 'U5', 'UN', 'OHE', 'RA', 'RA3', 'RA5', 'RC', 'RC3', 'RC5', 'RG', 'RG3', 'RG5', 'RU', 'RU3', 
1222:           'RU5', 'DA', 'DA5', 'DC', 'DC5', 'DG', 'DG5', 'DT', 'DT5', 'DA3', 'DC3', 'DG3', 'DT3', 'DAN', 'DCN', 
1223:           'DGN', 'DTN'] 
1224: protein_res = ['ALA', 'ARG', 'ASN', 'ASP', 'ASX', 'CYS', 'CYX', 'GLN', 'GLU', 'GLY', 'GLX', 'HIS', 'HIE', 
1225:                'HID', 'HIP', 'ILE', 'LEU', 'LYS', 'MET', 'PHE', 'PRO', 'SER', 'THR', 'TRP', 'TYR', 'VAL', 
1226:                'NALA', 'NARG', 'NASN', 'NASP', 'NASX', 'NCYS', 'NCYX', 'NGLN', 'NGLU', 'NGLY', 'NGLX', 
1227:                'NHIS', 'NHIE', 'NHID', 'NHIP', 'NILE', 'NLEU', 'NLYS', 'NMET', 'NPHE', 'NPRO', 'NSER', 
1228:                'NTHR', 'NTRP', 'NTYR', 'NVAL', 'CALA', 'CARG', 'CASN', 'CASP', 'CASX', 'CCYS', 'CCYX', 
1229:                'CGLN', 'CGLU', 'CGLY', 'CGLX', 'CHIS', 'CHIE', 'CHID', 'CHIP', 'CILE', 'CLEU', 'CLYS', 
1230:                'CMET', 'CPHE', 'CPRO', 'CSER', 'CTHR', 'CTRP', 'CTYR', 'CVAL'] 
1231:  
1232: if res_local != []:1220: if res_local != []:
1233:     print 'Grouping of the local rigid bodies'1221:     print 'Grouping of the local rigid bodies'
1234:     print1222:     print
1235:     local_scheme = []1223:     local_scheme = []
1236:     if protein_t:1224:     if protein_t:
1237:         proline_check = raw_input('Group proline as rigid body C-O-N-CD-CG-CB-CA(1) or as  N-CD-CG-CB-CA(2)? ')1225:         proline_check = raw_input('Group proline as rigid body C-O-N-CD-CG-CB-CA(1) or as  N-CD-CG-CB-CA(2)? ')
1238:         if proline_check == '1':1226:         if proline_check == '1':
1239:             check_file.write('Grouped proline as rigid body C-O-N-CD-CG-CB-CA' + "\n")1227:             check_file.write('Grouped proline as rigid body C-O-N-CD-CG-CB-CA' + "\n")
1240:             local_scheme.append(1)1228:             local_scheme.append(1)
1241:         elif proline_check == '2':1229:         elif proline_check == '2':
1328:                 ' CE2-CZ2-HZ2-CH2-HH2-CZ3-HZ3-HZ3-CE3-HE3-CD2' + "\n" + "\n")1316:                 ' CE2-CZ2-HZ2-CH2-HH2-CZ3-HZ3-HZ3-CE3-HE3-CD2' + "\n" + "\n")
1329:             local_scheme.append(2)1317:             local_scheme.append(2)
1330:         else:1318:         else:
1331:             local_scheme.append(0)1319:             local_scheme.append(0)
1332: 1320: 
1333:         loc_protein = loaded_mol.get_rigid_for_local(res_local, local_scheme, atoms_used)1321:         loc_protein = loaded_mol.get_rigid_for_local(res_local, local_scheme, atoms_used)
1334:         groups_local = loc_protein[0]1322:         groups_local = loc_protein[0]
1335:         atoms_used = loc_protein[1]1323:         atoms_used = loc_protein[1]
1336:     print1324:     print
1337: 1325: 
 1326:     protein_res = ['ALA', 'ARG', 'ASN', 'ASP', 'ASX', 'CYS', 'CYX', 'GLN', 'GLU', 'GLY', 'GLX', 'HIS', 'HIE',
 1327:                    'HID', 'HIP', 'ILE', 'LEU', 'LYS', 'MET', 'PHE', 'PRO', 'SER', 'THR', 'TRP', 'TYR', 'VAL',
 1328:                    'NALA', 'NARG', 'NASN', 'NASP', 'NASX', 'NCYS', 'NCYX', 'NGLN', 'NGLU', 'NGLY', 'NGLX',
 1329:                    'NHIS', 'NHIE', 'NHID', 'NHIP', 'NILE', 'NLEU', 'NLYS', 'NMET', 'NPHE', 'NPRO', 'NSER',
 1330:                    'NTHR', 'NTRP', 'NTYR', 'NVAL', 'CALA', 'CARG', 'CASN', 'CASP', 'CASX', 'CCYS', 'CCYX',
 1331:                    'CGLN', 'CGLU', 'CGLY', 'CGLX', 'CHIS', 'CHIE', 'CHID', 'CHIP', 'CILE', 'CLEU', 'CLYS',
 1332:                    'CMET', 'CPHE', 'CPRO', 'CSER', 'CTHR', 'CTRP', 'CTYR', 'CVAL']
 1333: 
1338:     if protein_t:1334:     if protein_t:
1339:         check_peptide_bonds = raw_input('Shall the peptide bonds be treated as rigid bodies (excl. PRO) (y/n)? ')1335:         check_peptide_bonds = raw_input('Shall the peptide bonds be treated as rigid bodies (excl. PRO) (y/n)? ')
1340:         if check_peptide_bonds == 'y' or 'yes':1336:         if check_peptide_bonds == 'y' or 'yes':
1341:             pairlist = []  # all peptide bonds are part of two residues1337:             pairlist = []  # all peptide bonds are part of two residues
1342:             for i in res_local:1338:             for i in res_local:
1343:                 if (i - 1, i) not in pairlist and (i - 1 > 0):1339:                 if (i - 1, i) not in pairlist and (i - 1 > 0):
1344:                     if loaded_mol.get_residue_name(i) != 'PRO':1340:                     if loaded_mol.get_residue_name(i) != 'PRO':
1345:                         if (loaded_mol.get_residue_name(i) in protein_res) and \1341:                         if (loaded_mol.get_residue_name(i) in protein_res) and \
1346:                                 (loaded_mol.get_residue_name(i - 1) in protein_res):1342:                                 (loaded_mol.get_residue_name(i - 1) in protein_res):
1347:                             pairlist.append((i - 1, i))1343:                             pairlist.append((i - 1, i))
1451:                                                  NArigid_C_2, NArigid_T_1, NArigid_T_2, NArigid_U_1, NArigid_U_2],1447:                                                  NArigid_C_2, NArigid_T_1, NArigid_T_2, NArigid_U_1, NArigid_U_2],
1452:                                                 atoms_used)1448:                                                 atoms_used)
1453: 1449: 
1454:         print gloc_NA1450:         print gloc_NA
1455: 1451: 
1456:         for key in gloc_NA.keys():1452:         for key in gloc_NA.keys():
1457:             groups_local[len(groups_local) + 1] = gloc_NA[key]  # add NA groups to overall groups1453:             groups_local[len(groups_local) + 1] = gloc_NA[key]  # add NA groups to overall groups
1458: 1454: 
1459:         # now do all sugars and phosphate if necessary1455:         # now do all sugars and phosphate if necessary
1460: 1456: 
1461: 1457:         NA_res = ['RAN', 'RCN', 'RGN', 'RUN', 'A', 'A3', 'A5', 'AN', 'C', 'C3', 'C5', 'CN', 'G', 'G3', 'G5', 'GN', 'U',
 1458:                   'U3', 'U5', 'UN', 'OHE', 'RA', 'RA3', 'RA5', 'RC', 'RC3', 'RC5', 'RG', 'RG3', 'RG5', 'RU', 'RU3',
 1459:                   'RU5', 'DA', 'DA5', 'DC', 'DC5', 'DG', 'DG5', 'DT', 'DT5', 'DA3', 'DC3', 'DG3', 'DT3', 'DAN', 'DCN',
 1460:                   'DGN', 'DTN']
1462: 1461: 
1463:         if NArigid_PO4_large:1462:         if NArigid_PO4_large:
1464:             pairlist = []  # all phosphates that are part of two NAs1463:             pairlist = []  # all phosphates that are part of two NAs
1465:             for i in res_local:1464:             for i in res_local:
1466:                 if loaded_mol.get_residue_name(i) in NA_res:1465:                 if loaded_mol.get_residue_name(i) in NA_res:
1467:                     if (i - 1, i) not in pairlist and (i - 1 > 0):1466:                     if (i - 1, i) not in pairlist and (i - 1 > 0):
1468:                         pairlist.append((i - 1, i))1467:                         pairlist.append((i - 1, i))
1469:                     if (i, i + 1) not in pairlist and (i + 1 <= loaded_mol.num_res()):1468:                     if (i, i + 1) not in pairlist and (i + 1 <= loaded_mol.num_res()):
1470:                         pairlist.append((i, i + 1))1469:                         pairlist.append((i, i + 1))
1471:             for j in pairlist:1470:             for j in pairlist:


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0