hdiff output

r31261/getfrqs 2017-01-21 10:36:28.446250000 +0000 r31260/getfrqs 2017-01-21 10:36:30.902250000 +0000
  1: svn: warning: W195007: URL 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/SCRIPTS/PATHSAMPLE/getfrqs' refers to a directory  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/SCRIPTS/PATHSAMPLE/getfrqs' in revision 31260
  2: svn: E200009: Could not cat all targets because some targets are directories 
  3: svn: E200009: Illegal target for the requested operation 


r31261/README_GETFRQS 2017-01-21 10:36:28.670250000 +0000 r31260/README_GETFRQS 2017-01-21 10:36:31.170250000 +0000
  1: four scripts to create min.data and ts.data files with frqs from frqs.min and frqs.ts:  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/SCRIPTS/PATHSAMPLE/getfrqs/README_GETFRQS' in revision 31260
  2:  
  3: 1. python sort_frqs.py [frqs file] [number of database entries] 
  4:  
  5: # the frequencies will unsorted and some will be missing if no convergence was reached in CHECKMIN or CHECKTS 
  6: # the script will sort the entries creating frqs.sorted and sp.remove 
  7: # mv them to frqs.sorted.min or frqs.sorted.ts and min.remove or ts.remove according to your input 
  8:  
  9: 2. run PATHSAMPLE with REMOVESP once 1 for min and ts 
 10:  
 11: # in the removal process, some additional ts might be removed due to the missing minima 
 12: # the frequncy entries for these need to be removed while maintaining an ordered list 
 13:  
 14: 3. get the ts that need to be removed into a file "remove_add.ts" 
 15:    one way of doing this is: grep "setup> possible ERROR - transition state" output.remove | awk '{print $7}' > remove_add.ts 
 16:  
 17: 4. mv the new sorted file for ts to frqs.sorted.ts 
 18:  
 19: 5. run the make_min_data_frqs.sh and make_ts_data_frqs.sh scripts (careful: removes all files *tmp !!!) 
 20:  
 21: 6. check the files and enjoy your new lovely data base with frequencies 


r31261/remove_add_ts.py 2017-01-21 10:36:29.570250000 +0000 r31260/remove_add_ts.py 2017-01-21 10:36:31.970250000 +0000
  1: ts_f = "remove_add.ts"  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/SCRIPTS/PATHSAMPLE/getfrqs/remove_add_ts.py' in revision 31260
  2: ts_remove = [] 
  3: with open(ts_f , "r") as _: 
  4:    for line in _: 
  5:       try: 
  6:          ts_remove.append(int(line.strip())) 
  7:       except ValueError: 
  8:          pass 
  9:  
 10: input_f = "frqs.sorted.ts" 
 11: out_f = open("frqs.sorted.ts.new","w") 
 12:  
 13:  
 14: with open(input_f , "r") as f: 
 15:    for line in f: 
 16:       id = int(line.split()[0]) 
 17:       if id in ts_remove: 
 18:          pass 
 19:       else: 
 20:          out_f.write(line) 
 21: out_f.close() 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0