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998:       atnum4.append(ATMlist[13].index)998:       atnum4.append(ATMlist[13].index)
999:       atnum4.append(ATMlist[14].index)999:       atnum4.append(ATMlist[14].index)
1000:     elif(ATMlist[0].acidname=='HYP'):1000:     elif(ATMlist[0].acidname=='HYP'):
1001:       atnum.append(ATMlist[2].index)1001:       atnum.append(ATMlist[2].index)
1002:       atnum.append(ATMlist[3].index)1002:       atnum.append(ATMlist[3].index)
1003:       count2=21003:       count2=2
1004:       if (amber):1004:       if (amber):
1005:          atnum3.append(ATMlist[9].index)1005:          atnum3.append(ATMlist[9].index)
1006:          atnum3.append(ATMlist[10].index)1006:          atnum3.append(ATMlist[10].index)
1007:       elif (charmm):1007:       elif (charmm):
1008:          print 'Check permutations for CHYP'1008:          print 'Check permutations for CHYP
1009:       #   atnum2.append(ATMlist[7].index)1009:       #   atnum2.append(ATMlist[7].index)
1010:       #   atnum2.append(ATMlist[8].index)1010:       #   atnum2.append(ATMlist[8].index)
1011:       #   count3=21011:       #   count3=2
1012:       #   atnum3.append(ATMlist[10].index)1012:       #   atnum3.append(ATMlist[10].index)
1013:       #   atnum3.append(ATMlist[11].index)1013:       #   atnum3.append(ATMlist[11].index)
1014:     elif(ATMlist[0].acidname=='CHYP'):1014:     elif(ATMlist[0].acidname=='CHYP'):
1015:       atnum.append(ATMlist[2].index)1015:       atnum.append(ATMlist[2].index)
1016:       atnum.append(ATMlist[3].index)1016:       atnum.append(ATMlist[3].index)
1017:       count2=21017:       count2=2
1018:       if (amber):1018:       if (amber):


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