hdiff output

r30050/climber_input_from_pdb.py 2017-01-21 10:36:58.522250000 +0000 r30049/climber_input_from_pdb.py 2017-01-21 10:36:58.798250000 +0000
  1: # Script to get a list of atoms between which constraints are allowed for CLIMBERINT  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/SCRIPTS/OPTIM/climber_input_from_pdb.py' in revision 30049
  2:  
  3: import sys 
  4:  
  5: inp_pdb = sys.argv[1] 
  6: bbconstr = [] 
  7: scconstr = [] 
  8: with open(inp_pdb , "r") as f: 
  9:     for line in f: 
 10:         if line.split()[0] == 'ATOM': 
 11:            atomname=line[12:16].strip() 
 12:            if atomname=='CA': 
 13:               bbconstr.append(line[6:12].strip()) 
 14:            else: 
 15:              if (atomname[0]!='H') and (atomname not in ['C','O','N']): 
 16:                 scconstr.append(line[6:12].strip()) 
 17: out_file=open("climber.constraints" , "w") 
 18: string = '' 
 19: string = string + '%8s' % str(len(bbconstr)) 
 20: string = string + "\n" 
 21: for i in xrange(len(bbconstr)): 
 22:     string = string +'%8s' %  bbconstr[i] 
 23:     if (i+1)%10==0: 
 24:        string = string + "\n" 
 25:  
 26: if len(bbconstr)%10==0: 
 27:    string = string + '%8s' % str(len(scconstr)) 
 28: else: 
 29:    string = string + "\n" 
 30:    string = string + '%8s' % str(len(scconstr)) 
 31:  
 32: string = string + "\n" 
 33: for i in xrange(len(scconstr)): 
 34:     string = string + '%8s' % scconstr[i]  
 35:     if (i+1)%10==0: 
 36:        string = string + "\n" 
 37: out_file.write(string) 
 38: out_file.close() 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0