hdiff output

r29927/perm-pdb.py 2017-01-21 10:37:00.362250000 +0000 r29926/perm-pdb.py 2017-01-21 10:37:00.658250000 +0000
 49:     this.acidname='' 49:     this.acidname=''
 50:   50:  
 51:   def copy(this): 51:   def copy(this):
 52:     n = Atom() 52:     n = Atom()
 53:     n.name=this.name 53:     n.name=this.name
 54:     n.acidname=this.acidname 54:     n.acidname=this.acidname
 55:     n.atom=this.index 55:     n.atom=this.index
 56:     return n 56:     return n
 57:  57: 
 58: # This function reads and stores atom name, its corresponding residue name and its index 58: # This function reads and stores atom name, its corresponding residue name and its index
 59: # In PDB format the residue names are in columns 18 to 20 
 60: # GMIN writes PDB files with residue names starting in column 19 (to allow for some non-standard atom names in CHARMM) 
 61: # This script should be maintained to deal correctly with both formats. 
 62: def readatom(s): 59: def readatom(s):
 63:   a = Atom() 60:   a = Atom()
 64: # Reading from column 18 to 21 allows for 4 letter residue names e.g. termini 61: # Reading from column 18 to 21 allows for 4 letter residue names e.g. termini
 65: #  a.acidname=s[17:20].strip() 62: #  a.acidname=s[17:20].strip()
 66:   a.acidname=s[17:21].strip() 63:   a.acidname=s[17:21].strip()
 67:   a.name = s[12:16].strip() 64:   a.name = s[12:16].strip()
 68:   a.index = s[6:11].strip() 65:   a.index = s[6:11].strip()
 69: # use acidname_ter to deal with PDB files from GMIN where the terminal N and C have been inserted in column 19 
 70:   a.acidname_ter = s[18:22].strip() 
 71: # this deals with the possibility of a proper PDB format file but with the N and C in column 17 
 72:   if s[16].strip() in ['N', 'C']: 
 73:      a.acidname = s[16:20].strip() 
 74:   return a 66:   return a
 75:  67: 
 76: prev=0 68: prev=0
 77: finals=[] 69: finals=[]
 78: for each in inp: 70: for each in inp:
 79:   els = each.split() 71:   els = each.split()
 80:   if len(els)==1 and prev==0: continue 72:   if len(els)==1 and prev==0: continue
 81:   if (els[0]=='TER'): continue 73:   if (els[0]=='TER'): continue
 82:   if (els[0]=='REMARK'): continue 74:   if (els[0]=='REMARK'): continue
 83:   if prev==0:  75:   if prev==0: 
 98:     count=2      # number of permutable atoms 90:     count=2      # number of permutable atoms
 99:     groupcount=0 # number of permutable atoms in group 91:     groupcount=0 # number of permutable atoms in group
100:     swap=0       # number of other pairs of atoms that must swap if the first pair is permuted 92:     swap=0       # number of other pairs of atoms that must swap if the first pair is permuted
101:     group2=[] 93:     group2=[]
102:     swap2=0 94:     swap2=0
103:     groupcount2=0 95:     groupcount2=0
104:  96: 
105:     ############### 97:     ###############
106:     ## amino acids 98:     ## amino acids
107:     ############### 99:     ###############
108:     if ATMlist[0].acidname in ['NGL', 'CGL', 'NAR' , 'CAR' , 'NVA' ,'CVA' , 'NAS' , 'CAS' , 'NLE' , 'CLE' , 'NLY' , 'CLY' , 'NCY' , 'CCY' , 'NPR' , 'CPR' , 'NTH' , 'CTH' , 'NAL' , 'CAL' , 'NHS' , 'CHS' , 'NHI' , 'CHI', 'NTR', 'CTR' , 'NSE' , 'CSE' , 'NIL', 'CIL' , 'NME' , 'CME' , 'NPH' , 'CPH' , 'NTY' , 'CTY' ]: 
109:        ATMlist[0].acidname = ATMlist[0].acidname_ter 
110:     if(ATMlist[0].acidname=='GLN'):100:     if(ATMlist[0].acidname=='GLN'):
111:       atnum.append(ATMlist[5].index)101:       atnum.append(ATMlist[5].index)
112:       atnum.append(ATMlist[6].index)102:       atnum.append(ATMlist[6].index)
113:       count2=2103:       count2=2
114:       atnum2.append(ATMlist[8].index)104:       atnum2.append(ATMlist[8].index)
115:       atnum2.append(ATMlist[9].index)105:       atnum2.append(ATMlist[9].index)
116:       if (amber):106:       if (amber):
117:          count3=2107:          count3=2
118:          atnum3.append(ATMlist[13].index)108:          atnum3.append(ATMlist[13].index)
119:          atnum3.append(ATMlist[14].index)109:          atnum3.append(ATMlist[14].index)


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0