hdiff output

r29258/cistrans.py 2017-01-21 10:36:50.046250000 +0000 r29257/cistrans.py 2017-01-21 10:36:50.378250000 +0000
 32:       amide_carbons.append(carbon) 32:       amide_carbons.append(carbon)
 33: # Identify the O - C - N - H atoms. 33: # Identify the O - C - N - H atoms.
 34:   for carbon in amide_carbons: 34:   for carbon in amide_carbons:
 35:     neighbors = atoms.neighbors(carbon) 35:     neighbors = atoms.neighbors(carbon)
 36:     oxygen = [neighbor for neighbor in neighbors if neighbor.element is "O"][0] 36:     oxygen = [neighbor for neighbor in neighbors if neighbor.element is "O"][0]
 37:     nitrogen = [neighbor for neighbor in neighbors if neighbor.element is "N"][0] 37:     nitrogen = [neighbor for neighbor in neighbors if neighbor.element is "N"][0]
 38:     # Proline doesn't have N-H in its peptide bond 38:     # Proline doesn't have N-H in its peptide bond
 39:     if nitrogen.residue.name == 'PRO': 39:     if nitrogen.residue.name == 'PRO':
 40:         continue 40:         continue
 41:     n_neighbors = atoms.neighbors(nitrogen) 41:     n_neighbors = atoms.neighbors(nitrogen)
 42:     hydrogens = [neighbor for neighbor in n_neighbors if neighbor.element is "H"] 42:     hydrogen = [neighbor for neighbor in n_neighbors if neighbor.element is "H"][0]
 43:     # Skip amide groups (where the N has two H neighbours) 
 44:     if len(hydrogens) > 1: 
 45:         continue 
 46:     hydrogen = hydrogens[0] 
 47:     peptide_bond_list.append((oxygen, carbon, nitrogen, hydrogen)) 43:     peptide_bond_list.append((oxygen, carbon, nitrogen, hydrogen))
 48:   return peptide_bond_list 44:   return peptide_bond_list
 49:  45: 
 50: def multi_bonds(atoms): 46: def multi_bonds(atoms):
 51:   multibonded = [atom for atom in atoms.nodes()  47:   multibonded = [atom for atom in atoms.nodes() 
 52:                  if len(nx.edges(atoms, atom)) < valences[atom.element]] 48:                  if len(nx.edges(atoms, atom)) < valences[atom.element]]
 53:   for i, atom in enumerate(multibonded): 49:   for i, atom in enumerate(multibonded):
 54:     paired = False 50:     paired = False
 55:     for other in atoms.neighbors(atom): 51:     for other in atoms.neighbors(atom):
 56:       if isinstance(other, GhostAtom): 52:       if isinstance(other, GhostAtom):


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0