hdiff output

r29234/chirality.py 2017-01-21 10:36:38.214250000 +0000 r29233/chirality.py 2017-01-21 10:36:38.810250000 +0000
  6:   6: 
  7: class GhostAtom(ra.Atom):  7: class GhostAtom(ra.Atom):
  8:   pass  8:   pass
  9:   9: 
 10: valences = { "H": 1, 10: valences = { "H": 1,
 11:          "C": 4, 11:          "C": 4,
 12:          "N": 3, 12:          "N": 3,
 13:          "O": 2, 13:          "O": 2,
 14:          "S": 2, 14:          "S": 2,
 15:          "Se": 2, 15:          "Se": 2,
  16:          "Mg": 2,
 16:          "P": 5 } 17:          "P": 5 }
 17:  18: 
 18: def chiral_candidates(atoms): 19: def chiral_candidates(atoms):
 19:   candidates = [atom for atom in atoms.nodes() if len(nx.edges(atoms, atom)) == 4] 20:   candidates = [atom for atom in atoms.nodes() if len(nx.edges(atoms, atom)) == 4]
 20:   return candidates 21:   return candidates
 21:  22: 
 22: def multi_bonds(atoms): 23: def multi_bonds(atoms):
 23:   multibonded = [atom for atom in atoms.nodes()  24:   multibonded = [atom for atom in atoms.nodes() 
 24:                  if len(nx.edges(atoms, atom)) < valences[atom.element]] 25:                  if len(nx.edges(atoms, atom)) < valences[atom.element]]
 25:   for i, atom in enumerate(multibonded): 26:   for i, atom in enumerate(multibonded):


r29234/cistrans.py 2017-01-21 10:36:38.490250000 +0000 r29233/cistrans.py 2017-01-21 10:36:39.086250000 +0000
  6:   6: 
  7: class GhostAtom(ra.Atom):  7: class GhostAtom(ra.Atom):
  8:   pass  8:   pass
  9:   9: 
 10: valences = { "H": 1, 10: valences = { "H": 1,
 11:              "C": 4, 11:              "C": 4,
 12:              "N": 3, 12:              "N": 3,
 13:              "O": 2, 13:              "O": 2,
 14:              "S": 2, 14:              "S": 2,
 15:              "Se": 2, 15:              "Se": 2,
  16:              "Mg": 2,
 16:              "P": 5 } 17:              "P": 5 }
 17:  18: 
 18: def peptide_bonds(atoms): 19: def peptide_bonds(atoms):
 19:   peptide_bond_list = [] 20:   peptide_bond_list = []
 20:   amide_carbons = [] 21:   amide_carbons = []
 21: # Identify amide carbons. 22: # Identify amide carbons.
 22:   for carbon in [atom for atom in atoms if atom.element is "C"]: 23:   for carbon in [atom for atom in atoms if atom.element is "C"]:
 23:     if isinstance(carbon, GhostAtom): 24:     if isinstance(carbon, GhostAtom):
 24:       continue 25:       continue
 25:     neighbors = atoms.neighbors(carbon) 26:     neighbors = atoms.neighbors(carbon)


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0