hdiff output

r29205/genrigid_input.py 2017-01-21 10:36:27.654250000 +0000 r29204/genrigid_input.py 2017-01-21 10:36:27.942250000 +0000
1356:     counter = 01356:     counter = 0
1357:     for atom in groups_local[group_local][2:]:1357:     for atom in groups_local[group_local][2:]:
1358:         string += str(atom) + "\n"1358:         string += str(atom) + "\n"
1359:         counter += 11359:         counter += 1
1360:     groups_file.write('GROUP ' + str(counter) + "\n" + string)1360:     groups_file.write('GROUP ' + str(counter) + "\n" + string)
1361: groups_file.close()1361: groups_file.close()
1362: 1362: 
1363: ### FINISH LOG FILE ###1363: ### FINISH LOG FILE ###
1364: check_file.close()1364: check_file.close()
1365: 1365: 
1366: ### Writing in file parmed.py to exclude interactions #### 
1367: parmed_in = open('parmed_in', "w") 
1368: for group in range(1, len(groups.keys()) + 1): 
1369:     string = 'addExclusions ' 
1370:     string2 = '@' 
1371:     counter = 1 
1372:     for res in groups[group]: 
1373:         for atom in res_dic[res]: 
1374:             if counter == 1: 
1375:                 string2 += str(atom) 
1376:                 counter = 2 
1377:             else: 
1378:                 string2 += ',' + str(atom) 
1379:     parmed_in.write(string + string2 + ' ' +string2 +"\n") 
1380: for group_local in range(1, len(groups_local.keys()) + 1): 
1381:     string = 'addExclusions ' 
1382:     string2 = '@' 
1383:     counter = 1 
1384:     for atom in groups_local[group_local][2:]: 
1385:         if counter == 1: 
1386:             string2 += str(atom) 
1387:             counter = 2 
1388:         else: 
1389:             string2 += ',' + str(atom) 
1390:     parmed_in.write(string + string2 + ' ' + string2 + "\n") 
1391: parmed_in.write('parmout coords.prmtop.ni' + "\n" + 'go' + "\n") 
1392:  
1393:  
1394: print 'Selection process completed - change topology file to exclude interactions within the rigid bodies.'1366: print 'Selection process completed - change topology file to exclude interactions within the rigid bodies.'
1395: 1367: 
1396: if pymol_check:1368: if pymol_check:
1397:     mol_view = PymolView(pdb_inp)1369:     mol_view = PymolView(pdb_inp)
1398:     mol_view.apply_colour_scheme(res_atomistic, res_eical, 2, 3)1370:     mol_view.apply_colour_scheme(res_atomistic, res_local, 2, 3)
1399:     pymol.cmd.save('rigid_%s' % pdb_inp, format='png')1371:     pymol.cmd.save('rigid_%s' % pdb_inp, format='png')
1400:     time.sleep(10)1372:     time.sleep(10)
1401:     mol_view.__del__()1373:     mol_view.__del__()


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0