hdiff output

r29096/genrigid_input.py 2017-01-21 10:36:37.362250000 +0000 r29095/genrigid_input.py 2017-01-21 10:36:37.950250000 +0000
  1: # SCRIPT TO DEFINE THE RIGIDIFICATION FOR PROTEINS  1: # SCRIPT TO DEFINE THE RIGIDIFICATION FOR PROTEINS
  2: #by Konstantin Roeder  2: #by Konstantin Röder
  3: #creates input files rbodyconfig and coordsinirigid and additionally a log file rigid.log  3: #creates input files rbodyconfig and coordsinirigid and additionally a log file rigid.log
  4:   4: 
  5: #! /usr/bin/env python  5: #! /usr/bin/env python
  6:   6: 
  7: import sys  7: import sys
  8: import time  8: import time
  9: import math  9: import math
 10:  10: 
 11: if len(sys.argv) > 1: 11: if len(sys.argv) > 1:
 12:     print 'Script creates input files for RIGIDINIT keyword, needs inpcrd and pdb' 12:     print 'Script creates input files for RIGIDINIT keyword, needs inpcrd and pdb'
1363: ### FINISH LOG FILE ###1363: ### FINISH LOG FILE ###
1364: check_file.close()1364: check_file.close()
1365: 1365: 
1366: print 'Selection process completed - change topology file to exclude interactions within the rigid bodies.'1366: print 'Selection process completed - change topology file to exclude interactions within the rigid bodies.'
1367: 1367: 
1368: if pymol_check:1368: if pymol_check:
1369:     mol_view = PymolView(pdb_inp)1369:     mol_view = PymolView(pdb_inp)
1370:     mol_view.apply_colour_scheme(res_atomistic, res_local, 2, 3)1370:     mol_view.apply_colour_scheme(res_atomistic, res_local, 2, 3)
1371:     pymol.cmd.save('rigid_%s' % pdb_inp, format='png')1371:     pymol.cmd.save('rigid_%s' % pdb_inp, format='png')
1372:     time.sleep(10)1372:     time.sleep(10)
1373:     mol_view.__del__()1373:     mol_view.__del__()
1374: 1374: 


r29096/README_genrigid 2017-01-21 10:36:37.078250000 +0000 r29095/README_genrigid 2017-01-21 10:36:37.654250000 +0000
  1: #Script by Konstantin Roeder kr366  1: #Script by Konstantin Roeder kr366
  2:   2: 
  3: HOW TO USE IT  3: HOW TO USE IT
  4:   4: 
  5: 1. Either start genrigid_input.py or start with options python  genrigid_input.py [pdb name] [coords.inpcrd] [tolerance] [pymol].  5: 1. Either start genrigid_input.py or start with options genrigid_input.py [pdb name] [coords.inpcrd] [tolerance] [pymol].
  6:         [pdb name]        required file name  6:         [pdb name]        required file name
  7:         [coords.inpcrd]   required file name  7:         [coords.inpcrd]   required file name
  8:         [tolerance]       tolerance for linearity check (angles need to be between 0 + tolerance and 180 - tolerance to be counted as non-  8:         [tolerance]       tolerance for linearity check (angles need to be between 0 + tolerance and 180 - tolerance to be counted as non-
  9:                           linear), default 0.01  9:                           linear), default 0.01
 10:         [pymol]           requires pymol installed, 'pymol' loads a graphical representation of the set rigidification 10:         [pymol]           requires pymol installed, 'pymol' loads a graphical representation of the set rigidification
 11:  11: 
 12: 2. Check number of residues and number of atoms, if they are not what they should be, check the input files. 12: 2. Check number of residues and number of atoms, if they are not what they should be, check the input files.
 13:  13: 
 14: 3. If the script detects unknown residues, they will be highlighted next. Only if yes or y is entered residues can be set as normal, all other  14: 3. If the script detects unknown residues, they will be highlighted next. Only if yes or y is entered residues can be set as normal, all other 
 15:    keys add these residues to the atomistic list. 15:    keys add these residues to the atomistic list.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0