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 28:                not isinstance(neighbor, GhostAtom)] 28:                not isinstance(neighbor, GhostAtom)]
 29:     ghost_oxygens = [neighbor for neighbor in neighbors if neighbor.element is "O" and  29:     ghost_oxygens = [neighbor for neighbor in neighbors if neighbor.element is "O" and 
 30:                      isinstance(neighbor, GhostAtom)] 30:                      isinstance(neighbor, GhostAtom)]
 31:     if len(nitrogens) == 1 and len(oxygens) == 1 and len(ghost_oxygens) == 1: 31:     if len(nitrogens) == 1 and len(oxygens) == 1 and len(ghost_oxygens) == 1:
 32:       amide_carbons.append(carbon) 32:       amide_carbons.append(carbon)
 33: # Identify the O - C - N - H atoms. 33: # Identify the O - C - N - H atoms.
 34:   for carbon in amide_carbons: 34:   for carbon in amide_carbons:
 35:     neighbors = atoms.neighbors(carbon) 35:     neighbors = atoms.neighbors(carbon)
 36:     oxygen = [neighbor for neighbor in neighbors if neighbor.element is "O"][0] 36:     oxygen = [neighbor for neighbor in neighbors if neighbor.element is "O"][0]
 37:     nitrogen = [neighbor for neighbor in neighbors if neighbor.element is "N"][0] 37:     nitrogen = [neighbor for neighbor in neighbors if neighbor.element is "N"][0]
 38:     # Proline doesn't have N-H in its peptide bond 
 39:     if nitrogen.residue.name == 'PRO': 
 40:         continue 
 41:     n_neighbors = atoms.neighbors(nitrogen) 38:     n_neighbors = atoms.neighbors(nitrogen)
 42:     hydrogen = [neighbor for neighbor in n_neighbors if neighbor.element is "H"][0] 39:     hydrogen = [neighbor for neighbor in n_neighbors if neighbor.element is "H"][0]
 43:     peptide_bond_list.append((oxygen, carbon, nitrogen, hydrogen)) 40:     peptide_bond_list.append((oxygen, carbon, nitrogen, hydrogen))
 44:   return peptide_bond_list 41:   return peptide_bond_list
 45:  42: 
 46: def multi_bonds(atoms): 43: def multi_bonds(atoms):
 47:   multibonded = [atom for atom in atoms.nodes()  44:   multibonded = [atom for atom in atoms.nodes() 
 48:                  if len(nx.edges(atoms, atom)) < valences[atom.element]] 45:                  if len(nx.edges(atoms, atom)) < valences[atom.element]]
 49:   for i, atom in enumerate(multibonded): 46:   for i, atom in enumerate(multibonded):
 50:     paired = False 47:     paired = False


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