hdiff output

r27971/amino_acids.py 2016-07-06 15:37:31.292789406 +0100 r27970/amino_acids.py 2016-07-06 15:37:31.976798643 +0100
  1: amino_acids = [ "ARG", 
  2:                 "HIE", 
  3:                 "HID", 
  4:                 "HIP", 
  5:                 "LYS", 
  6:                 "ASP", 
  7:                 "GLU", 
  8:                 "SER", 
  9:                 "THR", 
 10:                 "ASN", 
 11:                 "GLN", 
 12:                 "CYS", 
 13:                 "GLY", 
 14:                 "PRO", 
 15:                 "ALA", 
 16:                 "ILE", 
 17:                 "LEU", 
 18:                 "MET", 
 19:                 "PHE", 
 20:                 "TRP", 
 21:                 "TYR", 
 22:                 "VAL" ] 
 23:  
 24: def_parameters = {} 
 25: # C, alpha-C bonds 
 26: for amino_acid in amino_acids: 
 27:     def_parameters[(amino_acid, ("C", "CA"))] = (0.1, 0.5) 
 28: # alpha-C, beta-C bonds 
 29: def_parameters[("ARG", ("CA", "CB"))] = (0.2, 0.5) 
 30: def_parameters[("HIE", ("CA", "CB"))] = (0.3, 0.5) 
 31: def_parameters[("HID", ("CA", "CB"))] = (0.3, 0.5) 
 32: def_parameters[("HIP", ("CA", "CB"))] = (0.3, 0.5) 
 33: def_parameters[("LYS", ("CA", "CB"))] = (0.2, 0.5) 
 34: def_parameters[("ASP", ("CA", "CB"))] = (0.5, 0.5) 
 35: def_parameters[("GLU", ("CA", "CB"))] = (0.3, 0.5) 
 36: def_parameters[("SER", ("CA", "CB"))] = (1.0, 0.5) 
 37: def_parameters[("THR", ("CA", "CB"))] = (1.0, 0.5) 
 38: def_parameters[("ASN", ("CA", "CB"))] = (0.5, 0.5) 
 39: def_parameters[("GLN", ("CA", "CB"))] = (0.3, 0.5) 
 40: def_parameters[("CYS", ("CA", "CB"))] = (1.0, 0.5) 
 41: # def_parameters[("ALA", ("CA", "CB"))] = (1.0, 0.5) 
 42: def_parameters[("VAL", ("CA", "CB"))] = (1.0, 0.5) 
 43: def_parameters[("ILE", ("CA", "CB"))] = (0.5, 0.5) 
 44: def_parameters[("LEU", ("CA", "CB"))] = (0.5, 0.5) 
 45: def_parameters[("MET", ("CA", "CB"))] = (0.5, 0.5) 
 46: def_parameters[("PHE", ("CA", "CB"))] = (0.3, 0.5) 
 47: def_parameters[("TYR", ("CA", "CB"))] = (0.3, 0.5) 
 48: def_parameters[("TRP", ("CA", "CB"))] = (0.3, 0.5) 
 49: # beta-C, gamma-C bonds 
 50: def_parameters[("ARG", ("CB", "CG"))] = (0.3, 0.5) 
 51: def_parameters[("HIE", ("CB", "CG"))] = (0.5, 0.5) 
 52: def_parameters[("HID", ("CB", "CG"))] = (0.5, 0.5) 
 53: def_parameters[("HIP", ("CB", "CG"))] = (0.5, 0.5) 
 54: def_parameters[("LYS", ("CB", "CG"))] = (0.3, 0.5) 
 55: def_parameters[("ASP", ("CB", "CG"))] = (1.0, 0.5) 
 56: def_parameters[("GLU", ("CB", "CG"))] = (0.5, 0.5) 
 57: def_parameters[("ASN", ("CB", "CG"))] = (1.0, 0.5) 
 58: def_parameters[("GLN", ("CB", "CG"))] = (0.5, 0.5) 
 59: def_parameters[("ILE", ("CB", "CG1"))] = (1.0, 0.5) 
 60: def_parameters[("LEU", ("CB", "CG"))] = (1.0, 0.5) 
 61: def_parameters[("MET", ("CB", "CG"))] = (0.7, 0.5) 
 62: def_parameters[("PHE", ("CB", "CG"))] = (0.5, 0.5) 
 63: def_parameters[("TYR", ("CB", "CG"))] = (0.5, 0.5) 
 64: def_parameters[("TRP", ("CB", "CG"))] = (0.4, 0.5) 
 65: # gamma-C, delta-C bonds 
 66: def_parameters[("ARG", ("CG", "CD"))] = (0.5, 0.5) 
 67: def_parameters[("LYS", ("CG", "CD"))] = (0.5, 0.5) 
 68: def_parameters[("GLU", ("CG", "CD"))] = (1.0, 0.5) 
 69: def_parameters[("GLN", ("CG", "CD"))] = (1.0, 0.5) 
 70: def_parameters[("MET", ("CG", "SD"))] = (0.5, 0.5) 
 71: # delta, epsilon bonds 
 72: def_parameters[("ARG", ("CD", "NE"))] = (0.5, 0.5) 
 73: def_parameters[("LYS", ("CD", "CE"))] = (0.5, 0.5) 
 74:   1: 
   2: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/SCRIPTS/AMBER/chirality/amino_acids.py' in revision 27970


r27971/read_amber.py 2016-07-06 15:37:31.644794144 +0100 r27970/read_amber.py 2016-07-06 15:37:32.324803353 +0100
183:                                            rotated_atoms[0].name.strip(),183:                                            rotated_atoms[0].name.strip(),
184:                                            rotated_atoms[1].name.strip()))184:                                            rotated_atoms[1].name.strip()))
185:                     output.write(" ".join(("GROUP", 185:                     output.write(" ".join(("GROUP", 
186:                                            group_name,186:                                            group_name,
187:                                            str(rotated_atoms[0].index + 1),187:                                            str(rotated_atoms[0].index + 1),
188:                                            str(rotated_atoms[1].index + 1),188:                                            str(rotated_atoms[1].index + 1),
189:                                            str(len(rotated_atoms[2])),189:                                            str(len(rotated_atoms[2])),
190:                                            str(params[param][0]),190:                                            str(params[param][0]),
191:                                            str(params[param][1]),191:                                            str(params[param][1]),
192:                                            "\n")))192:                                            "\n")))
193:                     for atom in sorted(rotated_atoms[2], key=lambda x: x.index):193:                     for atom in rotated_atoms[2]:
194:                         output.write(str(atom.index + 1) + "\n")194:                         output.write(str(atom.index + 1) + "\n")
195:                     output.write("\n")195:                     output.write("\n")
196: 196: 
197: def group_rotation_dict(molecule, params):197: def group_rotation_dict(molecule, params):
198:     groups = {}198:     groups = {}
199:     for param in params.keys():199:     for param in params.keys():
200:         for residue in molecule.residues.nodes():200:         for residue in molecule.residues.nodes():
201:             if residue.name == param[0]:201:             if residue.name == param[0]:
202:                 rotated_atoms = get_rotated_atoms((residue, param[1]))202:                 rotated_atoms = get_rotated_atoms((residue, param[1]))
203:                 # Create an identifiable group name consisting of [index]_[res_name]_[atom_1]_[atom_2]203:                 # Create an identifiable group name consisting of [index]_[res_name]_[atom_1]_[atom_2]
222:     bond = (residue, (atom_x, atom_y))222:     bond = (residue, (atom_x, atom_y))
223:     """223:     """
224:     residue = bond[0]224:     residue = bond[0]
225:     for residue_atom in residue.atoms:225:     for residue_atom in residue.atoms:
226:         if residue_atom.name == bond[1][0]:226:         if residue_atom.name == bond[1][0]:
227:             atom_a = residue_atom227:             atom_a = residue_atom
228:         if residue_atom.name == bond[1][1]:228:         if residue_atom.name == bond[1][1]:
229:             atom_b = residue_atom229:             atom_b = residue_atom
230:     # Remove the edge, find the smallest subgraph and then add the edge back230:     # Remove the edge, find the smallest subgraph and then add the edge back
231:     residue.molecule.atoms.remove_edge(atom_a, atom_b)231:     residue.molecule.atoms.remove_edge(atom_a, atom_b)
232:     rotating_atoms = sorted(sorted(list(nx.connected_components(residue.molecule.atoms)), key=len)[0])232:     rotating_atoms = sorted(nx.connected_components(residue.molecule.atoms)[-1])
233:     residue.molecule.atoms.add_edge(atom_a, atom_b)233:     residue.molecule.atoms.add_edge(atom_a, atom_b)
234:     if atom_a in rotating_atoms:234:     if atom_a in rotating_atoms:
235:         atom_1 = atom_b235:         atom_1 = atom_b
236:         atom_2 = atom_a236:         atom_2 = atom_a
237:         rotating_atoms.remove(atom_a)237:         rotating_atoms.remove(atom_a)
238:     elif atom_b in rotating_atoms:238:     elif atom_b in rotating_atoms:
239:         atom_1 = atom_a239:         atom_1 = atom_a
240:         atom_2 = atom_b240:         atom_2 = atom_b
241:         rotating_atoms.remove(atom_b)241:         rotating_atoms.remove(atom_b)
242:     return (atom_1, atom_2, rotating_atoms)242:     return (atom_1, atom_2, rotating_atoms)
259:     return coords259:     return coords
260: 260: 
261: def parse_topology_file(topology_filename):261: def parse_topology_file(topology_filename):
262:     topology_data = read_topology(topology_filename)262:     topology_data = read_topology(topology_filename)
263:     parsed = create_atoms_and_residues(topology_data)263:     parsed = create_atoms_and_residues(topology_data)
264:     return parsed264:     return parsed
265:     265:     
266: def default_parameters(topology_filename):266: def default_parameters(topology_filename):
267:     # should not import something from playground.  should this function267:     # should not import something from playground.  should this function
268:     # be moved to playground?268:     # be moved to playground?
269:     import amino_acids as amino269:     import playground.group_rotation.amino_acids as amino
270:     topology_data = read_topology(topology_filename)270:     topology_data = read_topology(topology_filename)
271:     parsed = create_atoms_and_residues(topology_data)271:     parsed = create_atoms_and_residues(topology_data)
272:     return group_rotation_dict(parsed, amino.def_parameters)272:     return group_rotation_dict(parsed, amino.def_parameters)
273: 273: 
274: if __name__ == "__main__":274: if __name__ == "__main__":
275:     import sys275:     import playground.group_rotation.amino_acids as amino
276:     import amino_acids as amino276:     topology_data = read_topology("/home/khs26/coords.prmtop.ser_lys")
277:     topology_data = read_topology(sys.argv[1]) 
278:     parsed = create_atoms_and_residues(topology_data)277:     parsed = create_atoms_and_residues(topology_data)
279:     group_rot_file = group_rotation_file(parsed, amino.def_parameters, sys.argv[2])278:     group_rot_file = group_rotation_file(parsed, amino.def_parameters, "/home/khs26/atomgroups_ser_lys")
280: #    print read_amber_coords("/home/khs26/coords.inpcrd")279: #    print read_amber_coords("/home/khs26/coords.inpcrd")
281: #    for item in group_rot_dict:280: #    for item in group_rot_dict:
282: #        print item, group_rot_dict[item]281: #        print item, group_rot_dict[item]
283: 282: 
284: #    atom_indices = [node.index for node in parsed.atoms.nodes()]283:     atom_indices = [node.index for node in parsed.atoms.nodes()]
285: #    atoms = [node for node in parsed.atoms.nodes()]284:     atoms = [node for node in parsed.atoms.nodes()]
286: #    print atoms285:     print atoms
287: #    atom_types = [a.element for a  in atoms]286:     atom_types = [a.element for a  in atoms]
288: #    print atom_types287:     print atom_types
289: #    bonds = [(edge[0].index, edge[1].index) for edge in parsed.atoms.edges_iter()]288:     bonds = [(edge[0].index, edge[1].index) for edge in parsed.atoms.edges_iter()]
290: #    print atom_indices289:     print atom_indices
291: #    print bonds290:     print bonds
292:     291:     
293:     292:     


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0