hdiff output

r27384/2Dfunc.f 2015-11-17 23:34:08.953429470 +0000 r27383/2Dfunc.f 2015-11-17 23:34:11.709466434 +0000
  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/OPTIM/source/unused_files/2Dfunc.f' in revision 27384  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/OPTIM/source/unused_files/2Dfunc.f' in revision 27383


r27384/aadistance.f90 2015-11-17 23:34:07.805414078 +0000 r27383/aadistance.f90 2015-11-17 23:34:10.557450985 +0000
  1: !   OPTIM: A program for optimizing geometries and calculating reaction pathways  1: subroutine aadistance( v1, v2 )
  2: !   Copyright (C) 1999-2006 David J. Wales 
  3: !   This file is part of OPTIM. 
  4: ! 
  5: !   OPTIM is free software; you can redistribute it and/or modify 
  6: !   it under the terms of the GNU General Public License as published by 
  7: !   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or 
  8: !   (at your option) any later version. 
  9: ! 
 10: !   OPTIM is distributed in the hope that it will be useful, 
 11: !   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of 
 12: !   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the 
 13: !   GNU General Public License for more details. 
 14: ! 
 15: !   You should have received a copy of the GNU General Public License 
 16: !   along with this program; if not, write to the Free Software 
 17: !   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA 
 18: ! 
 19:     
 20: SUBROUTINE AADISTANCE( V1, V2 ) 
 21: !js850>  2: !js850>
 22: !minimize the "distance" between two angle axis vectors  3: !minimize the "distance" between two angle axis vectors
 23: !  4: !
 24: !perform symmetry operations on angle axis vectors v1 and v2 such that   5: !perform symmetry operations on angle axis vectors v1 and v2 such that 
 25: !the cartesian distance norm(v1(:) - v2(:)) between them is minimized.  6: !the cartesian distance norm(v1(:) - v2(:)) between them is minimized.
 26: !   7: ! 
 27: !the possible symmetry operations are  8: !the possible symmetry operations are
 28: ! v1 -> v1 * ( 1 + n * 2*pi / norm(v1) ) where n is an integer  9: ! v1 -> v1 * ( 1 + n * 2*pi / norm(v1) ) where n is an integer
 29:    IMPLICIT NONE 10: implicit none
 30:     11: 
 31:    DOUBLE PRECISION, INTENT(INOUT) :: V1(3), V2(3) 12: double precision, intent(inout) :: v1(3), v2(3)
 32:    DOUBLE PRECISION D, V1N, V2N 13: double precision d, v1n, v2n
 33:    DOUBLE PRECISION, PARAMETER :: PID = 3.14159265358973D0 14: double precision, parameter :: PID = 3.14159265358973D0
 34:    DOUBLE PRECISION, PARAMETER :: PID2 = 2.D0*PID 15: double precision, parameter :: PID2 = 2.D0*PID
 35:    DOUBLE PRECISION DOLD, DNEW, DNEWNEW 16: double precision dold, dnew, dnewnew
 36:     17: 
 37:     18: 
 38:     19: 
 39: !dold = sqrt(sum( (v2 - v1)**2 )) !for debugging 20: !dold = sqrt(sum( (v2 - v1)**2 )) !for debugging
 40:     21: 
 41: !make the magnitude of v1 as close to zero as possible 22: !make the magnitude of v1 as close to zero as possible
 42:    V1N = SQRT( SUM(V1(:)**2) ) 23: v1n = sqrt( sum(v1(:)**2) )
 43:    DO WHILE ( V1N .GE. PID ) 24: do while ( v1n .ge. PID )
 44:       V1(:) = V1(:)/V1N*(V1N-PID2) 25:    v1(:) = v1(:)/v1n*(v1n-piD2)
 45:       V1N = SQRT( SUM(V1(:)**2) ) 26:    v1n = sqrt( sum(v1(:)**2) )
 46:    ENDDO 27: enddo
 47:     28: 
 48: !make the magnitude of v2 as close to zero as possible 29: !make the magnitude of v2 as close to zero as possible
 49:    V2N = SQRT( SUM(V2(:)**2) ) 30: v2n = sqrt( sum(v2(:)**2) )
 50:    DO WHILE ( V2N .GE. PID ) 31: do while ( v2n .ge. PID )
 51:       V2(:) = V2(:)/V2N*(V2N-PID2) 32:    v2(:) = v2(:)/v2n*(v2n-piD2)
 52:       V2N = SQRT( SUM(V2(:)**2) ) 33:    v2n = sqrt( sum(v2(:)**2) )
 53:    ENDDO 34: enddo
 54:     35: 
 55: ! js850> 36: ! js850>
 56: ! We still need to check the two possibilities 37: ! We still need to check the two possibilities
 57: ! v1 -> v1 * (v1n - 2*pi)/v1n    38: ! v1 -> v1 * (v1n - 2*pi)/v1n   
 58: ! v2 -> v2 39: ! v2 -> v2
 59: ! 40: !
 60: ! and 41: ! and
 61: ! 42: !
 62: ! v1 -> v1 43: ! v1 -> v1
 63: ! v2 -> v2 * (v2n - 2*pi)/v2n 44: ! v2 -> v2 * (v2n - 2*pi)/v2n
 64: ! 45: !
 65: ! Other symmetry operations can be ruled out as options to give to closer vectors. 46: ! Other symmetry operations can be ruled out as options to give to closer vectors.
 66: ! We can simplify the calculation by noticing that the smaller of v1 and v2 47: ! We can simplify the calculation by noticing that the smaller of v1 and v2
 67: ! will always remain unchanged.  Finally, we can check if the larger vector 48: ! will always remain unchanged.  Finally, we can check if the larger vector
 68: ! needs to change by checking the condition (asuming v1 is the larger) 49: ! needs to change by checking the condition (asuming v1 is the larger)
 69: ! 50: !
 70: !   norm(v1) - dot_product(v1, v2) / norm(v1)  > Pi 51: !   norm(v1) - dot_product(v1, v2) / norm(v1)  > Pi
 71:     52: 
 72: !dnew = sqrt(sum( (v2 - v1)**2 )) ! for debugging 53: !dnew = sqrt(sum( (v2 - v1)**2 )) ! for debugging
 73:     54: 
 74:    V1N = SQRT(SUM( V1**2 )) 55: v1n = sqrt(sum( v1**2 ))
 75:    V2N = SQRT(SUM( V2**2 )) 56: v2n = sqrt(sum( v2**2 ))
 76:    IF ( V1N > V2N ) THEN 57: if ( v1n > v2n ) then
 77:       D = V1N - DOT_PRODUCT(V1, V2) / V1N 58:    d = v1n - dot_product(v1, v2) / v1n
 78:       IF (D > PID) THEN 59:    if (d > PID) then
 79:          V1 = V1 * (1.D0 - PID2/V1N) 60:       v1 = v1 * (1.D0 - PID2/v1n)
 80:       ENDIF 61:    endif
 81:    ELSE 62: else
 82:       D = V2N - DOT_PRODUCT(V1, V2) / V2N 63:    d = v2n - dot_product(v1, v2) / v2n
 83:       IF (D > PID) THEN 64:    if (d > PID) then
 84:          V2 = V2 * (1.D0 - PID2/V2N) 65:       v2 = v2 * (1.D0 - PID2/v2n)
 85:       ENDIF 66:    endif
 86:    ENDIF 67: endif
 87: !dnewnew = sqrt(sum( (v2 - v1)**2 )) !js850> 68: !dnewnew = sqrt(sum( (v2 - v1)**2 )) !js850>
 88: !if (dold > 2) write(*,*) "js850>", dold, dnew, dnewnew !js850> 69: !if (dold > 2) write(*,*) "js850>", dold, dnew, dnewnew !js850>
 89: !if (dnewnew > 3) write(*,*) "js850> something may have gone wrotg" 70: !if (dnewnew > 3) write(*,*) "js850> something may have gone wrotg"
 90:    RETURN 71: return
 91: END SUBROUTINE AADISTANCE 72: end subroutine aadistance


r27384/amberdummy.f 2015-11-17 23:34:09.141431997 +0000 r27383/amberdummy.f 2015-11-17 23:34:11.897468956 +0000
  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/OPTIM/source/unused_files/amberdummy.f' in revision 27384  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/OPTIM/source/unused_files/amberdummy.f' in revision 27383


r27384/CMakeLists.txt 2015-11-17 23:34:07.241406514 +0000 r27383/CMakeLists.txt 2015-11-17 23:34:09.961442993 +0000
 59: NEB/*.f90 CONNECT/*.f90 float.c) 59: NEB/*.f90 CONNECT/*.f90 float.c)
 60:  60: 
 61: # Due to a compiler bug in ifort 13.1.3, we can't use -O3 for genrigid.f90 61: # Due to a compiler bug in ifort 13.1.3, we can't use -O3 for genrigid.f90
 62: # Investigations continue... 62: # Investigations continue...
 63: if( ${COMPILER_SWITCH} STREQUAL "ifort" ) 63: if( ${COMPILER_SWITCH} STREQUAL "ifort" )
 64:   SET_SOURCE_FILES_PROPERTIES( genrigid.f90 PROPERTIES COMPILE_FLAGS -O2 ) 64:   SET_SOURCE_FILES_PROPERTIES( genrigid.f90 PROPERTIES COMPILE_FLAGS -O2 )
 65: endif ( ${COMPILER_SWITCH} STREQUAL "ifort" ) 65: endif ( ${COMPILER_SWITCH} STREQUAL "ifort" )
 66:  66: 
 67: file(GLOB NOT_OPTIM_SOURCES 67: file(GLOB NOT_OPTIM_SOURCES
 68:   getparams.f  # main program will be added separately 68:   getparams.f  # main program will be added separately
 69:   diis.f dsygvx.f 69:   diis.f dsygvx.f editit.h2o.f
 70:   gdiis.f90 70:   gdiis.f90 makexyz.f
 71: #  myblas.f mylapack.f  71: #  myblas.f mylapack.f 
 72:   amhdummy.f 72:   amber.f amhdummy.f # amberdummy.f
 73: # just in case of a in place build or old files 73: # just in case of a in place build or old files
 74:   OPTIM.f porfuncs.f90 header.f90 74:   OPTIM.f porfuncs.f90 header.f90
 75: # build sepearately  75: # build sepearately 
 76:   dummy_userpot.f90 76:   dummy_userpot.f90
 77:   optim_quip_wrapper.f90 77:   optim_quip_wrapper.f90
 78: ) 78: )
 79:  79: 
 80: list(REMOVE_ITEM OPTIM_SOURCES ${NOT_OPTIM_SOURCES} ${DUMMY_AMH} 80: list(REMOVE_ITEM OPTIM_SOURCES ${NOT_OPTIM_SOURCES} ${DUMMY_AMH}
 81: ${DUMMY_CHARMM} ${DUMMY_AMBER9} ${DUMMY_UNRES} ${DUMMY_DLF}) 81: ${DUMMY_CHARMM} ${DUMMY_AMBER9} ${DUMMY_UNRES} ${DUMMY_DLF})
 82:  82: 
212: #  SET(EXTRA_SOURCES ${ALL_EXTRA_SOURCES})212: #  SET(EXTRA_SOURCES ${ALL_EXTRA_SOURCES})
213: #  list(REMOVE_ITEM EXTRA_SOURCES ${DUMMY_UNRES})213: #  list(REMOVE_ITEM EXTRA_SOURCES ${DUMMY_UNRES})
214: #  add_subdirectory(${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/UNRESinterface)214: #  add_subdirectory(${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/UNRESinterface)
215: #  add_executable(UNOPTIM ${EXTRA_SOURCES})215: #  add_executable(UNOPTIM ${EXTRA_SOURCES})
216: #  target_link_libraries(UNOPTIM optimlib ${MYLAPACK_LIBS} unresinterface, ${BOWMAN_LIBS})216: #  target_link_libraries(UNOPTIM optimlib ${MYLAPACK_LIBS} unresinterface, ${BOWMAN_LIBS})
217: #endif(WITH_UNRES)217: #endif(WITH_UNRES)
218: 218: 
219: 219: 
220: # Test for duplicates.220: # Test for duplicates.
221: # In the standard build we first merge the object files together in a library221: # In the standard build we first merge the object files together in a library
222: # (optimlib) to avoid duplicate compilation for multiple targets.  A222: # (gminlib) to avoid duplicate compilation for multiple targets.  A
223: # drawback of this is that duplicate symbols (duplicate names of subroutines,223: # drawback of this is that duplicate symbols (duplicate names of subroutines,
224: # functions, etc.) are simply ignored.  This is a separate target which builds224: # functions, etc.) are simply ignored.  This is a separate target which builds
225: # OPTIM directly from the sources, specifically to check for duplicate225: # GMIN directly from the sources, specifically to check for duplicate
226: # symbols.226: # symbols.
227: option(WITH_DUPLICATE_TESTING "Compile OPTIM in such a way that duplicate symbols are flagged" OFF)227: option(WITH_DUPLICATE_TESTING "Compile OPTIM in such a way that duplicate symbols are flagged" OFF)
228: if(WITH_DUPLICATE_TESTING)228: if(WITH_DUPLICATE_TESTING)
229:   add_executable(OPTIM_TEST_DUPLICATES ${OPTIM_SOURCES} ${ALL_EXTRA_SOURCES})229:   add_executable(OPTIM_TEST_DUPLICATES ${OPTIM_SOURCES} ${ALL_EXTRA_SOURCES})
230:   target_link_libraries(OPTIM_TEST_DUPLICATES ${MYLAPACK_LIBS} ${BOWMAN_LIBS})230:   target_link_libraries(OPTIM_TEST_DUPLICATES ${MYLAPACK_LIBS} ${BOWMAN_LIBS})
231: endif(WITH_DUPLICATE_TESTING)231: endif(WITH_DUPLICATE_TESTING)


r27384/editit.h2o.f 2015-11-17 23:34:09.329434516 +0000 r27383/editit.h2o.f 2015-11-17 23:34:12.085471477 +0000
  1: C   OPTIM: A program for optimizing geometries and calculating reaction pathways  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/SCRIPTS/OPTIM/editit.h2o.f' in revision 27383
  2: C   Copyright (C) 1999-2006 David J. Wales 
  3: C   This file is part of OPTIM. 
  4: C 
  5: C   OPTIM is free software; you can redistribute it and/or modify 
  6: C   it under the terms of the GNU General Public License as published by 
  7: C   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or 
  8: C   (at your option) any later version. 
  9: C 
 10: C   OPTIM is distributed in the hope that it will be useful, 
 11: C   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of 
 12: C   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the 
 13: C   GNU General Public License for more details. 
 14: C 
 15: C   You should have received a copy of the GNU General Public License 
 16: C   along with this program; if not, write to the Free Software 
 17: C   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA 
 18: C 
 19:       PROGRAM EDIT 
 20:       LOGICAL TEST 
 21:  
 22:       PRINT*,'punch coordinates energy gradient secder transform' 
 23:       PRINT*,'title' 
 24:       PRINT*,'(H2O) minimum optimization - RHF/aug-ccpVTZ' 
 25:        
 26:       PRINT*,'geometry' 
 27:       READ(*,*) X,Y,Z 
 28:       WRITE(*,'(3F20.10,A)') X,Y,Z,' 8.0 o' 
 29:       READ(*,*) X,Y,Z 
 30:       WRITE(*,'(3F20.10,A)') X,Y,Z,' 1.0 h1' 
 31:       READ(*,*) X,Y,Z 
 32:       WRITE(*,'(3F20.10,A)') X,Y,Z,' 1.0 h2' 
 33:       PRINT*,'end' 
 34:       PRINT*,'basis' 
 35:       PRINT*,'S   H1' 
 36:       PRINT*,'0.01968500        13.01000000' 
 37:       PRINT*,'0.13797700         1.96200000' 
 38:       PRINT*,'0.47814800         0.44460000' 
 39:       PRINT*,'S   H1 ' 
 40:       PRINT*,'1.00000000         0.12200000' 
 41:       PRINT*,'P   H1 ' 
 42:       PRINT*,'1.00000000         0.72700000' 
 43:       PRINT*,'S   H1 ' 
 44:       PRINT*,'1.00000000         0.02974000' 
 45:       PRINT*,'P   H1 ' 
 46:       PRINT*,'1.00000000         0.14100000' 
 47:       PRINT*,'S   H2' 
 48:       PRINT*,'0.01968500        13.01000000' 
 49:       PRINT*,'0.13797700         1.96200000' 
 50:       PRINT*,'0.47814800         0.44460000' 
 51:       PRINT*,'S   H2 ' 
 52:       PRINT*,'1.00000000         0.12200000' 
 53:       PRINT*,'P   H2 ' 
 54:       PRINT*,'1.00000000         0.72700000' 
 55:       PRINT*,'S   H2 ' 
 56:       PRINT*,'1.00000000         0.02974000' 
 57:       PRINT*,'P   H2 ' 
 58:       PRINT*,'1.00000000         0.14100000' 
 59:       PRINT*,'S   O ' 
 60:       PRINT*,'0.00071000     11720.00000000' 
 61:       PRINT*,'0.00547000      1759.00000000' 
 62:       PRINT*,'0.02783700       400.80000000' 
 63:       PRINT*,'0.10480000       113.70000000' 
 64:       PRINT*,'0.28306200        37.03000000' 
 65:       PRINT*,'0.44871900        13.27000000' 
 66:       PRINT*,'0.27095200         5.02500000' 
 67:       PRINT*,'0.01545800         1.01300000' 
 68:       PRINT*,'S   O ' 
 69:       PRINT*,'-0.00016000     11720.00000000' 
 70:       PRINT*,'-0.00126300      1759.00000000' 
 71:       PRINT*,'-0.00626700       400.80000000' 
 72:       PRINT*,'-0.02571600       113.70000000' 
 73:       PRINT*,'-0.07092400        37.03000000' 
 74:       PRINT*,'-0.16541100        13.27000000' 
 75:       PRINT*,'-0.11695500         5.02500000' 
 76:       PRINT*,'0.55736800         1.01300000' 
 77:       PRINT*,'S   O ' 
 78:       PRINT*,'1.00000000         0.30230000' 
 79:       PRINT*,'P   O ' 
 80:       PRINT*,'0.04301800        17.70000000' 
 81:       PRINT*,'0.22891300         3.85400000' 
 82:       PRINT*,'0.50872800         1.04600000' 
 83:       PRINT*,'P   O ' 
 84:       PRINT*,'1.00000000         0.27530000' 
 85:       PRINT*,'D   O ' 
 86:       PRINT*,'1.00000000         1.18500000' 
 87:       PRINT*,'S   O ' 
 88:       PRINT*,'1.00000000         0.07896000' 
 89:       PRINT*,'P   O ' 
 90:       PRINT*,'1.00000000         0.06856000' 
 91:       PRINT*,'D   O ' 
 92:       PRINT*,'1.00000000         0.33200000' 
 93:       PRINT*,'end' 
 94:       PRINT*,'scftype mp2' 
 95:  
 96:       STOP 
 97:       END 


r27384/Makefile 2015-11-17 23:34:07.433409094 +0000 r27383/Makefile 2015-11-17 23:34:10.153445567 +0000
 18: OBJS = potential.o key.o commons.o modtwoend.o modhess.o modneb.o modamber9.o grouprotation.o\ 18: OBJS = potential.o key.o commons.o modtwoend.o modhess.o modneb.o modamber9.o grouprotation.o\
 19: modunres.o modguess.o modmec.o syminf.o vecck.o zwk.o \ 19: modunres.o modguess.o modmec.o syminf.o vecck.o zwk.o \
 20: getparams.o adm.o amb_natinterns.o capsid.o axdiff.o axpairs.o aziz.o c60diff.o c60p.o beig.o bfgsts.o \ 20: getparams.o adm.o amb_natinterns.o capsid.o axdiff.o axpairs.o aziz.o c60diff.o c60p.o beig.o bfgsts.o \
 21: guesspath.o \ 21: guesspath.o \
 22: charmmBildc.o chiralhyd.o dtrap.o dumpit.o dumpp.o eig.o eigensort.o emie.o escp.o etrap.o fetchz.o geopt.o gmetry.o hessout.o \ 22: charmmBildc.o chiralhyd.o dtrap.o dumpit.o dumpp.o eig.o eigensort.o emie.o escp.o etrap.o fetchz.o geopt.o gmetry.o hessout.o \
 23: ions.o JM.o keywords.o h2o.o latmin.o ljdiff.o ljpdiff.o mdiff.o mied.o miel.o mlatmin.o \ 23: ions.o JM.o keywords.o h2o.o latmin.o ljdiff.o ljpdiff.o mdiff.o mied.o miel.o mlatmin.o \
 24: morse.o rotd.o mpdiff.o msdiff.o mslatmin.o oldneb.o pertable.o shifth.o dprand.o \ 24: morse.o rotd.o mpdiff.o msdiff.o mslatmin.o oldneb.o pertable.o shifth.o dprand.o \
 25: rotcon.o rotm.o scdiff.o scl.o secdiag.o siaz.o sortc.o sortxyz.o symmetry.o tcheck.o vdump.o \ 25: rotcon.o rotm.o scdiff.o scl.o secdiag.o siaz.o sortc.o sortxyz.o symmetry.o tcheck.o vdump.o \
 26: efol.o utils.o ljpbin.o ljpshift.o SW.o ctest.o double.o Clatmin.o input.o cpmdlatmin.o ljpkob.o glj_yukawa.o \ 26: efol.o utils.o ljpbin.o ljpshift.o SW.o ctest.o double.o Clatmin.o input.o cpmdlatmin.o ljpkob.o glj_yukawa.o \
 27: changep.o twoend.o dzugutov.o Zetterling.o rad.o odesd.o g2special.o PV.o PachecoC60.o xmylbfgs.o \ 27: changep.o twoend.o dzugutov.o Zetterling.o rad.o odesd.o g2special.o PV.o PachecoC60.o xmylbfgs.o \
 28: mylbfgs.o OPTIM.o path.o connect.o mindist.o repelsp.o TIPmodes.o caardiff.o mycpu_time.o \ 28: mylbfgs.o 2Dfunc.o OPTIM.o path.o connect.o mindist.o repelsp.o TIPmodes.o caardiff.o mycpu_time.o \
 29: g46merdiff.o p46merdiff.o MB.o c10.o ectrap.o dctrap.o welch.o tosifumi.o tight.o dftb.o \ 29: g46merdiff.o p46merdiff.o MB.o c10.o ectrap.o dctrap.o welch.o tosifumi.o tight.o dftb.o \
 30: fd.o ljms.o meccano.o porfuncs.o modcharmm.o modmxatms.o rigidfuncs.o tip.o \ 30: fd.o ljms.o meccano.o porfuncs.o modcharmm.o modmxatms.o rigidfuncs.o tip.o \
 31: msevb_common.o msevb_interfaces.o checkedtrig.o msevb.o fmsevb.o drvmsevb.o cleanmemory.o Natb.o \ 31: msevb_common.o msevb_interfaces.o checkedtrig.o msevb.o fmsevb.o drvmsevb.o cleanmemory.o Natb.o \
 32: header.o wc.o binaryio.o BLN.o morph.o newmindist.o thomson.o Gthomson.o ellipticintegral.o minpermdist.o minperm.o inertia.o \ 32: header.o wc.o binaryio.o BLN.o morph.o newmindist.o thomson.o Gthomson.o ellipticintegral.o minpermdist.o minperm.o inertia.o \
 33: greatcirc.o SBM.o cubspl.o specialfuncts.o gsdata.o cubsplstring.o dqag.o internals_wrapper.o minpermrb.o \ 33: greatcirc.o SBM.o cubspl.o specialfuncts.o gsdata.o cubsplstring.o dqag.o internals_wrapper.o minpermrb.o \
 34: intcommons.o intcoords.o SiO2.o stock.o bhinterp.o Z2faster.o p4diff.o Gupta.o BGupta.o myorient.o hybridmin.o \ 34: intcommons.o intcoords.o SiO2.o stock.o bhinterp.o Z2faster.o p4diff.o Gupta.o BGupta.o myorient.o hybridmin.o \
 35: bbrsdm.o projh.o bisect.o dbpg.o dbptd.o dmblpy.o lwotpbox.o lwotpgh.o gb.o gbbox.o gbd.o rbperm.o rigidb.o msstock.o silane.o \ 35: bbrsdm.o projh.o bisect.o dbpg.o dbptd.o dmblpy.o lwotpbox.o lwotpgh.o gb.o gbbox.o gbd.o rbperm.o rigidb.o msstock.o silane.o \
 36: newcapsid.o newtip.o pahagh.o pap.o ptstst.o pyg.o rbinertia.o stockghaa.o gay-berne.o growstring.o ambnatintern_extras.o \ 36: newcapsid.o newtip.o pahagh.o pap.o ptstst.o pyg.o rbinertia.o stockghaa.o gay-berne.o growstring.o ambnatintern_extras.o \
 37: amhglobals.o Ackland_wrapper.o Ackland_metals.o DF1.o bulkmindist.o SD.o finite_differences.o minpermdistrbcom.o ttm3f.o \ 37: amhglobals.o Ackland_wrapper.o Ackland_metals.o DF1.o bulkmindist.o SD.o finite_differences.o minpermdistrbcom.o ttm3f.o \
 38: make_conpot.o qtip4pf.o qspcfw.o intlbfgs.o congrad.o intlbfgslj.o intgradlj.o H2O.pjt2.o VRTMCY5f.o multisitepy.o\ 38: make_conpot.o qtip4pf.o qspcfw.o intlbfgs.o congrad.o intlbfgslj.o intgradlj.o H2O.pjt2.o VRTMCY5f.o multisitepy.o\
 46:  CPP = /lib/cpp 46:  CPP = /lib/cpp
 47:  CPFLAGS = -traditional -P 47:  CPFLAGS = -traditional -P
 48: #  48: # 
 49:  49: 
 50: GENF90FILES = porfuncs.f90 header.f90 50: GENF90FILES = porfuncs.f90 header.f90
 51:  51: 
 52: QUIPINTERFACE = optim_quip_wrapper.o 52: QUIPINTERFACE = optim_quip_wrapper.o
 53:  53: 
 54: CHDUM = chdummy.o 54: CHDUM = chdummy.o
 55: UNDUM = unresdummy.o 55: UNDUM = unresdummy.o
  56: AMDUM = amberdummy.o
 56: AMHDUM = amhdummy.o 57: AMHDUM = amhdummy.o
 57: JBDUM = libjbdummy.a 58: JBDUM = libjbdummy.a
 58: QUIPDUM = optim_quipdummy.o 59: QUIPDUM = optim_quipdummy.o
 59: DLFDUM = dlfdummy.o 60: DLFDUM = dlfdummy.o
 60:  61: 
 61: VPATH = NEB:CONNECT:AMH:. 62: VPATH = NEB:CONNECT:AMH:.
 62: LDFLAGS = -L. 63: LDFLAGS = -L.
 63:  64: 
 64: #### libraries 65: #### libraries
 65: LIBS = -lnn  -lnc libmyblas.a libmylapack.a  libmyblas.a  libmyblas.a -lnc  66: LIBS = -lnn  -lnc libmyblas.a libmylapack.a  libmyblas.a  libmyblas.a -lnc 
165: .F.f:166: .F.f:
166:         $(CPP) $(CPFLAGS) $(DEFS) $< > $@167:         $(CPP) $(CPFLAGS) $(DEFS) $< > $@
167: 168: 
168: .f90.o:169: .f90.o:
169:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -c $<170:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -c $<
170: .f.o:171: .f.o:
171:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -c $<172:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -c $<
172: 173: 
173: default:174: default:
174:         ./build.csh help175:         ./build.csh help
175: ${optim}: $(AMB9DUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(CHDUM) $(UNDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM)176: ${optim}: $(AMB9DUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(CHDUM) $(UNDUM) $(AMDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM)
176:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${optim} $(EXTRAS) $(OBJS) $(CHDUM) $(UNDUM)  $(AMHDUM) $(AMB9DUM) $(JBDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) \177:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${optim} $(EXTRAS) $(OBJS) $(CHDUM) $(UNDUM)  $(AMHDUM) $(AMDUM) $(AMB9DUM) $(JBDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) \
177:         $(LDFLAGS) $(LIBS) $(LIBS)178:         $(LDFLAGS) $(LIBS) $(LIBS)
178:         rm -f libmyblas.a    libmylapack.a179:         rm -f libmyblas.a    libmylapack.a
179: 180: 
180: ifeq (${CTYPE},C31)181: ifeq (${CTYPE},C31)
181: ${coptim}: $(AMB9DUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(UNDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) libcharmm.a 182: ${coptim}: $(AMB9DUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(UNDUM) $(AMDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) libcharmm.a 
182:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${coptim} ${CHOBJS31} $(EXTRAS) $(UNDUM) $(AMHDUM) $(AMB9DUM) $(OBJS) $(JBDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) \183:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${coptim} ${CHOBJS31} $(EXTRAS) $(UNDUM) $(AMDUM) $(AMHDUM) $(AMB9DUM) $(OBJS) $(JBDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) \
183:         $(LDFLAGS) $(LIBS) $(CHLIBS31) ${CHLIBS31} ${CHLIBS31} 184:         $(LDFLAGS) $(LIBS) $(CHLIBS31) ${CHLIBS31} ${CHLIBS31} 
184:         rm libmyblas.a    libmylapack.a185:         rm libmyblas.a    libmylapack.a
185: 186: 
186: else ifeq (${CTYPE},C36)187: else ifeq (${CTYPE},C36)
187: ${coptim}: $(AMB9DUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(UNDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) libcharmm.a188: ${coptim}: $(AMB9DUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(UNDUM) $(AMDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) libcharmm.a
188:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${coptim} ${CHOBJS36} $(EXTRAS) $(UNDUM) $(AMHDUM) $(AMB9DUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) $(OBJS) $(JBDUM) \189:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${coptim} ${CHOBJS36} $(EXTRAS) $(UNDUM) $(AMDUM) $(AMHDUM) $(AMB9DUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) $(OBJS) $(JBDUM) \
189:         $(LDFLAGS) $(LIBS) $(CHLIBS36) ${CHLIBS36} ${CHLIBS36}190:         $(LDFLAGS) $(LIBS) $(CHLIBS36) ${CHLIBS36} ${CHLIBS36}
190:         rm libmyblas.a    libmylapack.a191:         rm libmyblas.a    libmylapack.a
191: 192: 
192: else193: else
193: ${coptim}: $(AMB9DUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(UNDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) libcharmm.a 194: ${coptim}: $(AMB9DUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(UNDUM) $(AMDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) libcharmm.a 
194:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${coptim} ${CHOBJS35} $(EXTRAS) $(UNDUM) $(AMHDUM) $(AMB9DUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) $(OBJS) $(JBDUM) \195:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${coptim} ${CHOBJS35} $(EXTRAS) $(UNDUM) $(AMDUM) $(AMHDUM) $(AMB9DUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) $(OBJS) $(JBDUM) \
195:         $(LDFLAGS) $(LIBS) $(CHLIBS35) ${CHLIBS35} ${CHLIBS35} 196:         $(LDFLAGS) $(LIBS) $(CHLIBS35) ${CHLIBS35} ${CHLIBS35} 
196:         rm libmyblas.a    libmylapack.a197:         rm libmyblas.a    libmylapack.a
197: endif198: endif
198: 199: 
199: ${unoptim}: $(AMB9DUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(EXTRASUNRES) $(CHDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM)200: ${unoptim}: $(AMB9DUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(EXTRASUNRES) $(CHDUM) $(AMDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM)
200:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${unoptim} $(EXTRAS) $(EXTRASUNRES) $(CHDUM) $(AMHDUM) $(AMB9DUM) $(QUIPDUM) $(OBJS) $(JBDUM) $(DLFDUM) \201:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${unoptim} $(EXTRAS) $(EXTRASUNRES) $(CHDUM) $(AMDUM) $(AMHDUM) $(AMB9DUM) $(QUIPDUM) $(OBJS) $(JBDUM) $(DLFDUM) \
201:         $(LDFLAGS) $(LIBS)202:         $(LDFLAGS) $(LIBS)
202:         rm libmyblas.a    libmylapack.a203:         rm libmyblas.a    libmylapack.a
203: 204: 
204: ${dlfoptim}: $(AMB9DUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(CHDUM) $(UNDUM) $(QUIPDUM) libdlfwrapper.a 205: ${dlfoptim}: $(AMB9DUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(AMDUM) $(CHDUM) $(UNDUM) $(QUIPDUM) libdlfwrapper.a 
205:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${dlfoptim} $(EXTRAS) $(CHDUM) $(UNDUM) $(AMHDUM) $(AMB9DUM) $(QUIPDUM) $(OBJS) $(JBDUM) \206:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${dlfoptim} $(EXTRAS) $(AMDUM) $(CHDUM) $(UNDUM) $(AMHDUM) $(AMB9DUM) $(QUIPDUM) $(OBJS) $(JBDUM) \
206:         $(LDFLAGS) $(LIBS) libdlfwrapper.a 207:         $(LDFLAGS) $(LIBS) libdlfwrapper.a 
207:         rm libmyblas.a    libmylapack.a208:         rm libmyblas.a    libmylapack.a
208: 209: 
209: ${amb9optim}: $(AMHDUM) $(EXTRAS) $(JBDUM) $(OBJS) $(CHDUM) $(UNDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) libamber.a libnab.a 210: ${amb9optim}: $(AMHDUM) $(EXTRAS) $(JBDUM) $(OBJS) $(CHDUM) $(AMDUM) $(UNDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) libamber.a libnab.a 
210:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${amb9optim} $(CHDUM) $(UNDUM) $(AMHDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) $(OBJS) $(JBDUM) $(EXTRAS) \211:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${amb9optim} $(CHDUM) $(UNDUM) $(AMHDUM) $(AMDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) $(OBJS) $(JBDUM) $(EXTRAS) \
211:         $(LDFLAGS) $(LIBS) libamber.a libnab.a $(LIBS)212:         $(LDFLAGS) $(LIBS) libamber.a libnab.a $(LIBS)
212: #        rm -f libmyblas.a    libmylapack.a modamber9.o modamber9.mod213: #        rm -f libmyblas.a    libmylapack.a modamber9.o modamber9.mod
213: 214: 
214: ${quipoptim}: $(QUIPLIBS) $(AMB9DUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(CHDUM) $(UNDUM) $(QUIPINTERFACE) $(DLFDUM)215: ${quipoptim}: $(QUIPLIBS) $(AMB9DUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(CHDUM) $(AMDUM) $(UNDUM) $(QUIPINTERFACE) $(DLFDUM)
215:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${quipoptim} $(EXTRAS) $(OBJS) $(AMB9DUM) $(CHDUM) $(UNDUM) $(AMHDUM) $(JBDUM) $(QUIPINTERFACE) $(LDFLAGS) $(LIBS2) $(LDFLAGS) $(QUIPLIBS) $(DLFDUM) -static -llapack -lopenblas216:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${quipoptim} $(EXTRAS) $(OBJS) $(AMB9DUM) $(CHDUM) $(UNDUM) $(AMHDUM) $(AMDUM) $(JBDUM) $(QUIPINTERFACE) $(LDFLAGS) $(LIBS2) $(LDFLAGS) $(QUIPLIBS) $(DLFDUM) -static -llapack -lopenblas
216:  217:  
217: ${amhoptim}: $(AMB9DUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(AMHEXTRAS) $(CHDUM) $(UNDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) libamh.a 218: ${amhoptim}: $(AMB9DUM) $(JBDUM) $(OBJS) $(EXTRAS) $(AMHEXTRAS) $(CHDUM) $(AMDUM) $(UNDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) libamh.a 
218:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${amhoptim} $(EXTRAS)  $(OBJS) $(AMHEXTRAS) $(CHDUM) $(UNDUM) $(AMB9DUM) $(JBDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) \219:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${amhoptim} $(EXTRAS)  $(OBJS) $(AMHEXTRAS) $(CHDUM) $(UNDUM) $(AMDUM) $(AMB9DUM) $(JBDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) \
219:         $(LDFLAGS) $(LIBS)  $(LIBS) libamh.a220:         $(LDFLAGS) $(LIBS)  $(LIBS) libamh.a
220:         rm libmyblas.a    libmylapack.a 221:         rm libmyblas.a    libmylapack.a 
221: 222: 
222: ${jboptim}: $(AMB9DUM) $(AMHDUM) libbowman.a $(OBJS) $(EXTRAS) $(CHDUM) $(UNDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM)223: ${jboptim}: $(AMB9DUM) $(AMHDUM) libbowman.a $(OBJS) $(EXTRAS) $(CHDUM) $(UNDUM) $(AMDUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM)
223:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${jboptim} $(EXTRAS) $(OBJS) $(CHDUM) $(UNDUM)  $(AMHDUM) $(AMB9DUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) \224:         $(FC) $(FFLAGS) ${SEARCH_PATH} -o ${jboptim} $(EXTRAS) $(OBJS) $(CHDUM) $(UNDUM)  $(AMHDUM) $(AMDUM) $(AMB9DUM) $(QUIPDUM) $(DLFDUM) \
224:         $(LDFLAGS) $(LIBS) libbowman.a Bowman/libs/libpes.a Bowman/libs/libpesd.a225:         $(LDFLAGS) $(LIBS) libbowman.a Bowman/libs/libpes.a Bowman/libs/libpesd.a
225:         rm -f libmyblas.a    libmylapack.a226:         rm -f libmyblas.a    libmylapack.a
226: 227: 
227: timing:228: timing:
228:         rm -f $(OPROG) 229:         rm -f $(OPROG) 
229:         $(FC) $(FFLAGS) -p $(LDFLAGS) -o $(OPROG) $(OBJS) $(EXTRAS) $(LIBS)230:         $(FC) $(FFLAGS) -p $(LDFLAGS) -o $(OPROG) $(OBJS) $(EXTRAS) $(LIBS)
230:         rm libmyblas.a    libmylapack.a231:         rm libmyblas.a    libmylapack.a
231: 232: 
232: clean:233: clean:
233:         rm -f $(OBJS) *.mod $(EXTRAS) *.lst *.o pref.dat prefx.msg FOR021.DAT ${GENF90FILES} *.log lastargs lib*234:         rm -f $(OBJS) *.mod $(EXTRAS) *.lst *.o pref.dat prefx.msg FOR021.DAT ${GENF90FILES} *.log lastargs lib*
317: ${amb9optim}: libamber.a modamber9.o318: ${amb9optim}: libamber.a modamber9.o
318: ${quipoptim}: libfullquip.a libnn.a libnc.a319: ${quipoptim}: libfullquip.a libnn.a libnc.a
319: ${dlfoptim}: libdlfwrapper.a key.o commons.o320: ${dlfoptim}: libdlfwrapper.a key.o commons.o
320: # libamh.a: altpot_interfaces.o  amh_interfaces.o  globals_alt.o amhglobals.o321: # libamh.a: altpot_interfaces.o  amh_interfaces.o  globals_alt.o amhglobals.o
321: libamh.a: amhglobals.o322: libamh.a: amhglobals.o
322: libnn.a: modcharmm.o key.o commons.o modunres.o porfuncs.o modmec.o modguess.o efol.o growstring.o gsdata.o intcommons.o intcoords.o amhglobals.o genrigid.o323: libnn.a: modcharmm.o key.o commons.o modunres.o porfuncs.o modmec.o modguess.o efol.o growstring.o gsdata.o intcommons.o intcoords.o amhglobals.o genrigid.o
323: libnc.a: libnn.a key.o syminf.o modhess.o amhglobals.o324: libnc.a: libnn.a key.o syminf.o modhess.o amhglobals.o
324: libamber.a: commons.o modamber9.o grouprotation.o325: libamber.a: commons.o modamber9.o grouprotation.o
325: libcharmm.a: key.o commons.o modtwoend.o modneb.o modhess.o modcharmm.o modmxatms.o intcommons.o326: libcharmm.a: key.o commons.o modtwoend.o modneb.o modhess.o modcharmm.o modmxatms.o intcommons.o
326: 327: 
 328: 2Dfunc.o:      commons.o modhess.o
327: Ackland_wrapper.o:      key.o329: Ackland_wrapper.o:      key.o
328: Ackland_metals.o:      ackland_sma.h ackland_mishin_cu.h ackland_mendelev_fe.h key.o330: Ackland_metals.o:      ackland_sma.h ackland_mishin_cu.h ackland_mendelev_fe.h key.o
329: BLN.o:      key.o modhess.o331: BLN.o:      key.o modhess.o
330: Clatmin.o:      commons.o332: Clatmin.o:      commons.o
331: DF1.o:      key.o modhess.o333: DF1.o:      key.o modhess.o
332: SBM.o:      key.o334: SBM.o:      key.o
333: JM.o:      modhess.o porfuncs.o335: JM.o:      modhess.o porfuncs.o
334: MB.o:      modhess.o commons.o336: MB.o:      modhess.o commons.o
335: PV.o:      commons.o key.o337: PV.o:      commons.o key.o
336: PachecoC60.o:      modhess.o338: PachecoC60.o:      modhess.o


r27384/makexyz.f 2015-11-17 23:34:09.561437628 +0000 r27383/makexyz.f 2015-11-17 23:34:12.277474051 +0000
  1: C   OPTIM: A program for optimizing geometries and calculating reaction pathways  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/SCRIPTS/OPTIM/makexyz.f' in revision 27383
  2: C   Copyright (C) 1999-2006 David J. Wales 
  3: C   This file is part of OPTIM. 
  4: C 
  5: C   OPTIM is free software; you can redistribute it and/or modify 
  6: C   it under the terms of the GNU General Public License as published by 
  7: C   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or 
  8: C   (at your option) any later version. 
  9: C 
 10: C   OPTIM is distributed in the hope that it will be useful, 
 11: C   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of 
 12: C   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the 
 13: C   GNU General Public License for more details. 
 14: C 
 15: C   You should have received a copy of the GNU General Public License 
 16: C   along with this program; if not, write to the Free Software 
 17: C   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA 
 18: C 
 19:       PROGRAM MAKEXYZ 
 20:       LOGICAL YESNO 
 21:  
 22: C     READ(*,*) 
 23:       INQUIRE(FILE='vector.dump',EXIST=YESNO) 
 24:       IF (YESNO) OPEN(UNIT=8,FILE='vector.dump',STATUS='OLD') 
 25: C     BTOA=0.529177D0 
 26:       BTOA=1.0D0 
 27:       DO J1=1,16000 
 28:          REWIND(8) 
 29:          READ(*,*,END=20) X, Y, Z 
 30:          IF (YESNO) READ(8,*) XV 
 31:          IF (YESNO) READ(8,*) XV, YV, ZV 
 32:          PRINT*,'38' 
 33:          PRINT* 
 34:          DO J2=1,38 
 35:             WRITE(*,10) 'LA ',X*BTOA,Y*BTOA,Z*BTOA,XV, YV, ZV 
 36: 10          FORMAT(A2,6F20.10) 
 37:             IF (J2.NE.38) THEN 
 38:                READ(*,*,END=20) X, Y, Z 
 39:                IF (YESNO) READ(8,*) XV, YV, ZV 
 40:             ENDIF 
 41:          ENDDO 
 42:       ENDDO 
 43:  
 44: 20    STOP 
 45:       END 


r27384/multisitepy.f90 2015-11-17 23:34:08.561424216 +0000 r27383/multisitepy.f90 2015-11-17 23:34:11.333461391 +0000
2257: N  = N + F3*XX2257: N  = N + F3*XX
2258: D  = D + G3*XX2258: D  = D + G3*XX
2259: XX = XX*X12259: XX = XX*X1
2260: N  = N + F4*XX2260: N  = N + F4*XX
2261: 2261: 
2262: ! Compute S(lambda_c), which gets returned as a parameter2262: ! Compute S(lambda_c), which gets returned as a parameter
2263: SMAX = N / D2263: SMAX = N / D
2264: 2264: 
2265: ! If we did not find a root, notify the user. If this happens,2265: ! If we did not find a root, notify the user. If this happens,
2266: ! something has gone very wrong!2266: ! something has gone very wrong!
2267: IF (.NOT. CONVERGED) THEN2267: IF (.NOT. CONVERGED) PAUSE 'polyecf> Newton did not converge'
2268:    STOP 'polyecf> Newton did not converge' 
2269: END IF 
2270: 2268: 
2271: RETURN2269: RETURN
2272: 2270: 
2273: END SUBROUTINE POLYECF2271: END SUBROUTINE POLYECF
2274: 2272: 
2275: 2273: 
2276: SUBROUTINE COFACTORS(A, COFA)2274: SUBROUTINE COFACTORS(A, COFA)
2277: 2275: 
2278: ! This subroutine takes a 3x3 matrix A and returns the matrix2276: ! This subroutine takes a 3x3 matrix A and returns the matrix
2279: ! of its cofactors COFA2277: ! of its cofactors COFA


r27384/OPTIM.F 2015-11-17 23:34:07.625411664 +0000 r27383/OPTIM.F 2015-11-17 23:34:10.365448410 +0000
   1: 
   2: 
   3: 
  1: C   OPTIM: A program for optimizing geometries and calculating reaction pathways  4: C   OPTIM: A program for optimizing geometries and calculating reaction pathways
  2: C   Copyright (C) 1999-2006 David J. Wales  5: C   Copyright (C) 1999-2006 David J. Wales
  3: C   This file is part of OPTIM.  6: C   This file is part of OPTIM.
  4: C  7: C
  5: C   OPTIM is free software; you can redistribute it and/or modify  8: C   OPTIM is free software; you can redistribute it and/or modify
  6: C   it under the terms of the GNU General Public License as published by  9: C   it under the terms of the GNU General Public License as published by
  7: C   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or 10: C   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or
  8: C   (at your option) any later version. 11: C   (at your option) any later version.
  9: C 12: C
 10: C   OPTIM is distributed in the hope that it will be useful, 13: C   OPTIM is distributed in the hope that it will be useful,


r27384/test_cmakebuild.OPTIM.sh 2015-11-17 23:34:08.749426741 +0000 r27383/test_cmakebuild.OPTIM.sh 2015-11-17 23:34:11.525463967 +0000
  1: #!/bin/bash  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/OPTIM/source/test_cmakebuild.OPTIM.sh' in revision 27383
  2:  
  3: build_dir=$(readlink -f ../build_test) 
  4: source_dir=${HOME}/svn/OPTIM/source 
  5: cmake=${HOME}/bin/cmake 
  6:  
  7: mkdir ${build_dir} || exit 1 
  8: cd ${build_dir} 
  9:  
 10: for compiler in gfortran pgf90 ifort; do 
 11:   # Check whether our compiler is loaded and try to load it, if not. 
 12:   ${compiler} --version > /dev/null 2>&1 || { 
 13:     module load ${compiler} 
 14:   } 
 15:   # If it still doesn't work, exit. 
 16:   ${compiler} --version > /dev/null 2>&1 || exit 1 
 17:  
 18:   # Iterate through release and debug modes. 
 19:   for build_type in Release Debug 
 20:   do 
 21:     curdir=${build_dir}/${compiler}_${build_type} 
 22:     mkdir ${curdir} 
 23:     cd ${curdir} 
 24:  
 25:     if [ ${compiler} == ifort ] || [ ${compiler} == pgf90 ]; then 
 26:       # Now build with AMBER9 
 27:       mkdir ./AMBER 
 28:       cd ./AMBER 
 29:       FC=${compiler} ${cmake} -DCMAKE_BUILD_TYPE=${build_type} -DWITH_DMAOPTIM=no -DWITH_CHARMM35=no -DWITH_AMBER9=yes -DWITH_AMH=no ${source_dir} > /dev/null 2>&1 
 30:       for target in OPTIM A9OPTIM; do 
 31:         echo -n "${compiler} ${build_type} ${target}: " 
 32:         make -j 4 ${target}  > /dev/null 2>&1 
 33:         if [ "$?" == "0" ]; then 
 34:           echo -e "\e[01;32mok\e[00m" 
 35:         else  
 36:           echo -e "\e[00;31mfailed\e[00m" 
 37:         fi 
 38:       done 
 39:       # If building with ifort or pgf90, we can build CHARMM35. 
 40:       mkdir ../CHARMM35/ 
 41:       cd ../CHARMM35/ 
 42:       FC=${compiler} ${cmake} -DCMAKE_BUILD_TYPE=${build_type} -DWITH_DMAOPTIM=no -DWITH_CHARMM35=yes -DWITH_AMBER9=no -DWITH_AMH=no ${source_dir} > /dev/null 2>&1 
 43:       echo -n "${compiler} ${build_type} C35OPTIM: " 
 44:       make C35OPTIM > /dev/null 2>&1 
 45:       if [ "$?" == "0" ]; then 
 46:         echo -e "\e[01;32mok\e[00m" 
 47:       else  
 48:         echo -e "\e[00;31mfailed\e[00m" 
 49:       fi 
 50:     else 
 51:       # Otherwise, don't build CHARMM35. 
 52:       FC=${compiler} ${cmake} -DCMAKE_BUILD_TYPE=${build_type} -DWITH_DMAOPTIM=no -DWITH_CHARMM35=no -DWITH_AMBER9=yes -DWITH_AMH=no ${source_dir} > /dev/null 2>&1 
 53:       for target in OPTIM A9OPTIM; do 
 54:         echo -n "${compiler} ${build_type} ${target}: " 
 55:         make -j 8 ${target}  > /dev/null 2>&1 
 56:         if [ "$?" == "0" ]; then 
 57:           echo -e "\e[01;32mok\e[00m" 
 58:         else  
 59:           echo -e "\e[00;31mfailed\e[00m" 
 60:         fi 
 61:       done 
 62:     fi 
 63:   done 
 64: done 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0