hdiff output

r27169/hbond_matrix.py 2015-11-17 23:33:53.797226218 +0000 r27168/hbond_matrix.py 2015-11-17 23:33:53.985228744 +0000
 14:         hbond_input.write(' '.join(['hbond', 'out', hbond_output_filename,  14:         hbond_input.write(' '.join(['hbond', 'out', hbond_output_filename, 
 15:                                     'distance', str(distance_cutoff),  15:                                     'distance', str(distance_cutoff), 
 16:                                     'angle', str(angle_cutoff), '\n'])) 16:                                     'angle', str(angle_cutoff), '\n']))
 17:  17: 
 18: def run_ptraj(hbond_input_filename, topology_filename): 18: def run_ptraj(hbond_input_filename, topology_filename):
 19:     import os 19:     import os
 20:     import os.path 20:     import os.path
 21:     import subprocess 21:     import subprocess
 22:     with open(hbond_input_filename, 'r') as hbond_input: 22:     with open(hbond_input_filename, 'r') as hbond_input:
 23:         with open(os.devnull, 'w') as devnull: 23:         with open(os.devnull, 'w') as devnull:
 24:             ptraj = subprocess.Popen([os.path.join(os.environ['AMBERHOME'], 'bin', 'ptraj'), topology_filename], stdin=hbond_input, stdout=devnull) 24:             subprocess.Popen([os.path.join(os.environ['AMBERHOME'], 'bin', 'ptraj'), topology_filename], stdin=hbond_input, stdout=devnull)
 25:             ptraj.wait() 
 26:  25: 
 27: def get_residues(residues_filename, topology_filename): 26: def get_residues(residues_filename, topology_filename):
 28:     residues = [] 27:     residues = []
 29:     if residues_filename:  28:     if residues_filename: 
 30:         with open(residues_filename, 'r') as residue_input: 29:         with open(residues_filename, 'r') as residue_input:
 31:             for line in residue_input: 30:             for line in residue_input:
 32:                 residues.append(int(line.strip())) 31:                 residues.append(int(line.strip()))
 33:     else: 32:     else:
 34:         with open(topology_filename, 'r') as prmtop: 33:         with open(topology_filename, 'r') as prmtop:
 35:             target_line_num = None 34:             target_line_num = None


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0