hdiff output

r30871/commons.f90 2017-01-21 10:38:31.845020392 +0000 r30870/commons.f90 2017-01-21 10:38:33.181126063 +0000
172: 172: 
173: ! Get frqs173: ! Get frqs
174:       LOGICAL :: GETMINFRQST, GETTSFRQST174:       LOGICAL :: GETMINFRQST, GETTSFRQST
175: 175: 
176: ! MINGAP176: ! MINGAP
177:       LOGICAL :: MINGAPT, MINGAPRATIOT177:       LOGICAL :: MINGAPT, MINGAPRATIOT
178:       DOUBLE PRECISION :: MINGAPINP178:       DOUBLE PRECISION :: MINGAPINP
179: 179: 
180: !CONNECTUNCONNECTED180: !CONNECTUNCONNECTED
181:       LOGICAL :: CONNECTLOWESTT, CONNECTETHRESHT, CONNECTDTHRESHT, CONUNCONT181:       LOGICAL :: CONNECTLOWESTT, CONNECTETHRESHT, CONNECTDTHRESHT, CONUNCONT
182:       INTEGER :: REFMIN, NATT182:       INTEGER :: REFMIN
183: 183: 
184: END MODULE COMMONS184: END MODULE COMMONS


r30871/connect_unconnected.f90 2017-01-21 10:38:32.177046699 +0000 r30870/connect_unconnected.f90 2017-01-21 10:38:33.501151281 +0000
 50: READ(UMIN,REC=MINF) FPOINTS(1:3*NATOMS) 50: READ(UMIN,REC=MINF) FPOINTS(1:3*NATOMS)
 51:  51: 
 52: END SUBROUTINE GETCUPAIR 52: END SUBROUTINE GETCUPAIR
 53:  53: 
 54:  54: 
 55: SUBROUTINE CONNECTUNCONNECTED(NAVAIL) 55: SUBROUTINE CONNECTUNCONNECTED(NAVAIL)
 56: USE PORFUNCS 56: USE PORFUNCS
 57: USE COMMONS 57: USE COMMONS
 58: !USE COMMONS, ONLY: UMIN, NMIN, NMINA, NMINB, NCPU, DMIN1, DMIN2, CONNECTLOWESTT, NATOMS, & 58: !USE COMMONS, ONLY: UMIN, NMIN, NMINA, NMINB, NCPU, DMIN1, DMIN2, CONNECTLOWESTT, NATOMS, &
 59: !&                  CONNECTETHRESHT, CONNECTDTHRESHT, REFMIN,  DEBUG, BOXLX, BOXLY, BOXLZ, & 59: !&                  CONNECTETHRESHT, CONNECTDTHRESHT, REFMIN,  DEBUG, BOXLX, BOXLY, BOXLZ, &
 60: !  &                BULKT, TWOD, RIGIDBODY, EMIN, NTS, LOCATIONA, LOCATIONB, NCONNMAX, NATT 60: !  &                BULKT, TWOD, RIGIDBODY, EMIN, NTS, LOCATIONA, LOCATIONB, NCONNMAx
 61: IMPLICIT NONE 61: IMPLICIT NONE
 62:  62: 
 63: INTEGER :: J1, J2, J3, J4, J5, J6, J7, J8, NPUSED, CLOSESTMIN 63: INTEGER :: J1, J2, J3, J4, J5, J6, J7, CLOSESTMIN
 64: LOGICAL :: ISA(NMIN), ISB(NMIN), CHANGED, DEADTS(NTS), UNCONN(NMIN), DISTCALC 64: LOGICAL :: ISA(NMIN), ISB(NMIN), CHANGED, DEADTS(NTS), UNCONN(NMIN)
 65: INTEGER :: NCOL(NMIN), NVAL(NCONNMAX,NMIN), NDISTA(NMIN), NDISTB(NMIN), NCYCLE, DMIN 65: INTEGER :: NCOL(NMIN), NVAL(NCONNMAX,NMIN), NDISTA(NMIN), NDISTB(NMIN), NCYCLE, DMIN
 66: INTEGER :: DMAX, NUNCONA, NUNCONB, NDEAD, NUNCONN, PAIRSTODO, NAVAIL 66: INTEGER :: DMAX, NUNCONA, NUNCONB, NDEAD, NUNCONN, PAIRSTODO, NAVAIL
 67: INTEGER, ALLOCATABLE :: UNCMIN(:),CONMIN(:) 67: INTEGER, ALLOCATABLE :: UNCMIN(:),CONMIN(:)
 68: DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: EUNCON(:), UNCONDIST(:), EUNDIFF(:), DISTCON(:) 68: DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: EUNCON(:), UNCONDIST(:), EUNDIFF(:)
 69: DOUBLE PRECISION :: DMATMC(NCONNMAX,NMIN), KSUM(NMIN), CUT_UNDERFLOW, LOWESTX(3*NATOMS),SETX(3*NATOMS) 69: DOUBLE PRECISION :: DMATMC(NCONNMAX,NMIN), KSUM(NMIN), CUT_UNDERFLOW, LOWESTX(3*NATOMS),SETX(3*NATOMS)
 70: DOUBLE PRECISION :: DISTMIN, EREF, DISTANCE, DIST2, RMAT(3,3), REFX(3*NATOMS) 70: DOUBLE PRECISION :: DISTMIN, EREF, DISTANCE, DIST2, RMAT(3,3), REFX(3*NATOMS)
 71:  71: 
 72: ! 72: !
 73: ! Set up connectivity analysis 73: ! Set up connectivity analysis
 74: ! 74: !
 75: UNCONN(1:NMIN)=.FALSE. 75: UNCONN(1:NMIN)=.FALSE.
 76: ISA(1:NMIN)=.FALSE. 76: ISA(1:NMIN)=.FALSE.
 77: ISB(1:NMIN)=.FALSE. 77: ISB(1:NMIN)=.FALSE.
 78: DO J1=1,NMINA 78: DO J1=1,NMINA
166: 166: 
167: ALLOCATE(UNCMIN(NUNCONN)) !get an unsorted list of all unconnected minima167: ALLOCATE(UNCMIN(NUNCONN)) !get an unsorted list of all unconnected minima
168: UNCMIN(1:NUNCONN)=0168: UNCMIN(1:NUNCONN)=0
169: ALLOCATE(CONMIN(NMIN-NUNCONN))   !get list of minima in connected set169: ALLOCATE(CONMIN(NMIN-NUNCONN))   !get list of minima in connected set
170: CONMIN(1:(NMIN-NUNCONN))=0170: CONMIN(1:(NMIN-NUNCONN))=0
171: ALLOCATE(EUNCON(NUNCONN))171: ALLOCATE(EUNCON(NUNCONN))
172: J2=1172: J2=1
173: J3=1173: J3=1
174: DO J1=1,NMIN174: DO J1=1,NMIN
175:    IF (UNCONN(J1)) THEN175:    IF (UNCONN(J1)) THEN
176:       EUNCON(J2)=-EMIN(J1)               !assign energy of minimum, minus as we want sorting lowest->highest176:       EUNCON(J2)=-EMIN(J1)               !assign energy of minimum
177:       UNCMIN(J2)=J1                      !assign minimum id (for sorting)177:       UNCMIN(J2)=J1            !assign number of minimum
178:       J2=J2+1178:       J2=J2+1
179:    ELSE179:    ELSE
180:       CONMIN(J3)=J1                      !similarly create list of minima in AB set180:       CONMIN(J3)=J1
181:       J3=J3+1181:       J3=J3+1
182:    ENDIF182:    ENDIF
183: ENDDO183: ENDDO
184: 184: 
185: PAIRSTODO=NCPU                                     !recalculate for every cycle185: PAIRSTODO=NCPU                                     !recalculate for every cycle
186: IF (ALLOCATED(DMIN1)) DEALLOCATE(DMIN1,DMIN2)      186: IF (ALLOCATED(DMIN1)) DEALLOCATE(DMIN1,DMIN2)      
187: ALLOCATE(DMIN1(PAIRSTODO),DMIN2(PAIRSTODO))187: ALLOCATE(DMIN1(PAIRSTODO),DMIN2(PAIRSTODO))
188: IF (CONNECTLOWESTT) THEN   !connect lowest energy minima to closest from connected AB set188: IF (CONNECTLOWESTT) THEN   !connect lowest energy minima to closest from connected AB set
189:    !need to sort list by energies, lowest to highest189:    !need to sort list by energies, lowest to highest
190:    CALL SORT(NUNCONN,NUNCONN,EUNCON,UNCMIN)190:    CALL SORT(NUNCONN,NUNCONN,EUNCON,UNCMIN)
191:    IF (DEBUG) PRINT '(A)','connectunconnected> Sorted energies of unconnected minima'191:    !now find the pairs to connect
192: !   !use closest distance and attempt one connection for each minimum192:    J7=0
193: !   J7=0193:    DO J4=1,PAIRSTODO
194: !   DO J4=1,PAIRSTODO194: 54    J7=J7+1
195: !54    J7=J7+1195:       READ(UMIN,REC=UNCMIN(J7)) (LOWESTX(J6),J6=1,3*NATOMS)
196: !      READ(UMIN,REC=UNCMIN(J7)) (LOWESTX(J6),J6=1,3*NATOMS)196:       DISTMIN = 1.0D100
197: !      DISTMIN = 1.0D100197:       CLOSESTMIN = 0
198: !      CLOSESTMIN = 0198:       DO J5=1,(NMIN-NUNCONN),1
199: !      DO J5=1,(NMIN-NUNCONN),1199:          READ(UMIN,REC=CONMIN(J5)) (SETX(J6),J6=1,3*NATOMS)
200: !         READ(UMIN,REC=CONMIN(J5)) (SETX(J6),J6=1,3*NATOMS)200:          CALL MINPERMDIST(SETX,LOWESTX,NATOMS,DEBUG,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE, &
201: !         CALL MINPERMDIST(SETX,LOWESTX,NATOMS,DEBUG,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE, &201: &                         DIST2,RIGIDBODY,RMAT,.FALSE.)
202: !&                         DIST2,RIGIDBODY,RMAT,.FALSE.)202:          IF (DISTANCE.LT.DISTMIN) THEN
203: !         IF (DISTANCE.LT.DISTMIN) THEN203:             DISTMIN = DISTANCE
204: !            DISTMIN = DISTANCE204:             !IF (DEBUG) PRINT '(A,I8,A,F15.8)','connectlowest> New closest minimum:',CONMIN(J5),' distance:',DISTMIN
205: !            !IF (DEBUG) PRINT '(A,I8,A,F15.8)','connectlowest> New closest minimum:',CONMIN(J5),' distance:',DISTMIN205:             CLOSESTMIN = CONMIN(J5)
206: !            CLOSESTMIN = CONMIN(J5)206:          ENDIF
207: !         ENDIF207:       ENDDO
208: !      ENDDO208:       DO J3=1,NPAIRDONE,1
209: !      DO J3=1,NPAIRDONE,1209:          IF ((PAIR1(J3).EQ.UNCMIN(J7)).AND.(PAIR2(J3).EQ.CLOSESTMIN)) THEN
210: !         IF ((PAIR1(J3).EQ.UNCMIN(J7)).AND.(PAIR2(J3).EQ.CLOSESTMIN)) THEN210:             GOTO 54
211: !            GOTO 54211:          ELSE IF ((PAIR1(J3).EQ.CLOSESTMIN).AND.(PAIR2(J3).EQ.UNCMIN(J7))) THEN
212: !         ELSE IF ((PAIR1(J3).EQ.CLOSESTMIN).AND.(PAIR2(J3).EQ.UNCMIN(J7))) THEN212:             GOTO 54
213: !            GOTO 54213:          ENDIF
214: !         ENDIF214:       ENDDO
215: !      ENDDO215:       DMIN1(J4) = UNCMIN(J7)
216: !      DMIN1(J4) = UNCMIN(J7)216:       DMIN2(J4) = CLOSESTMIN
217: !      DMIN2(J4) = CLOSESTMIN217:       PRINT '(A,I8,A,F15.8)','connectlowest> Minimum 1:',DMIN1(J4),' Energy:',EMIN(DMIN1(J4))
218: !      PRINT '(A,I8,A,F15.8)','connectlowest> Minimum 1:',DMIN1(J4),' Energy:',EMIN(DMIN1(J4))218:       PRINT '(A,I8,A,F15.8)','connectlowest> Minimum 2:',DMIN2(J4),' Energy:',EMIN(DMIN2(J4))
219: !      PRINT '(A,I8,A,F15.8)','connectlowest> Minimum 2:',DMIN2(J4),' Energy:',EMIN(DMIN2(J4))219:       PRINT '(A,F15.8)','connectlowest> Distance:',DISTMIN
220: !      PRINT '(A,F15.8)','connectlowest> Distance:',DISTMIN220:    ENDDO
221: !   ENDDO221: 
222:  
223:    !find n closest minima starting from the lowest energy minimum 
224:    ALLOCATE(DISTCON(NMIN-NUNCONN))   !get list of distances to reference 
225:    DISTCON(1:(NMIN-NUNCONN))=0.0     !initialise to 0.0 
226:    DISTCALC = .FALSE.                !new minimum means we need to calculate the distances  
227:    J7 = 0                            !minimum under consideration 
228:    DO J4=1,PAIRSTODO                  
229: 54    IF (.NOT.DISTCALC) THEN        !only recalculate distance if we have a new minimum! 
230:          J7 = J7 + 1                 !next minimum 
231:          REFMIN = UNCMIN(J7)         !assign new reference minimum (starting from the lowest energy minimum) 
232:          READ(UMIN,REC=UNCMIN(J7)) (LOWESTX(J6),J6=1,3*NATOMS) 
233:          DO J5=1,(NMIN-NUNCONN),1    
234:             READ(UMIN,REC=CONMIN(J5)) (SETX(J6),J6=1,3*NATOMS) 
235:             CALL MINPERMDIST(SETX,LOWESTX,NATOMS,DEBUG,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE, & 
236: &                         DIST2,RIGIDBODY,RMAT,.FALSE.)  
237:             DISTCON(J5) = -DISTANCE  !again use negative as we sort lowest->highest 
238:             IF (DEBUG) PRINT '(A,I8,A,F15.8)', 'connectlowest> Minimum:',CONMIN(J5),' Distance:',DISTANCE 
239:          ENDDO 
240:          CALL SORT((NMIN-NUNCONN),(NMIN-NUNCONN),DISTCON,CONMIN) !sort AB set by distance 
241:          IF (DEBUG) PRINT '(A)', 'connectlowest> Sorted distances' 
242:          DISTCALC = .TRUE.  !have valid distances now 
243:          NPUSED = 0 !numbers of connections used, reset for each new reference minmum 
244:          J8 = 0 !actual minimum used from CONMIN (need to consider previously used pairs) 
245:       ENDIF 
246:       IF (NPUSED.LT.NATT) THEN    !if the number of pairs for the current reference is less than the user specified 
247: 57       J8 = J8 + 1              !next minimum in CONMIN 
248:          DO J3=1,NPAIRDONE,1    
249:             IF ((PAIR1(J3).EQ.REFMIN).AND.(PAIR2(J3).EQ.CONMIN(J8))) THEN 
250:                GOTO 57 
251:             ELSE IF ((PAIR1(J3).EQ.CONMIN(J8)).AND.(PAIR2(J3).EQ.REFMIN)) THEN 
252:                GOTO 57 
253:             ENDIF 
254:          ENDDO 
255:          NPUSED = NPUSED + 1     !we have found a new pair 
256:          DMIN1(J4) = REFMIN      !assign them accordingly  
257:          DMIN2(J4) = CONMIN(J8) 
258:          PRINT '(A,I8,A,F15.8)','connectlowest> Minimum 1:',DMIN1(J4),' Energy:',EMIN(DMIN1(J4)) 
259:          PRINT '(A,I8,A,F15.8)','connectlowest> Minimum 2:',DMIN2(J4),' Energy:',EMIN(DMIN2(J4)) 
260:          PRINT '(A,F15.8)','connectlowest> Distance:',-DISTCON(J8) 
261:       ELSE                      !reached the number previously specified, go for the next lowest minimum in UNCONMIN 
262:          DISTCALC = .FALSE.     !reset DISTCALC and return to 54 to reinitialise everything (as we assign a new distance 
263:          GOTO 54                !to each minimum and resort, we dont need to reinitialise the distance list 
264:       ENDIF 
265:    ENDDO  
266: 222: 
267: ELSEIF (CONNECTETHRESHT) THEN  !connect states closest in energy to a given min to set223: ELSEIF (CONNECTETHRESHT) THEN  !connect states closest in energy to a given min to set
268:    !need to sort list by relative energies224:    !need to sort list by relative energies
269:    EREF=-EMIN(REFMIN)        !needs to be inverted as all energies are inverted in EUNCON225:    EREF=-EMIN(REFMIN)        !neds to be inverted as all energies are
270:    ALLOCATE(EUNDIFF(NUNCONN))226:    ALLOCATE(EUNDIFF(NUNCONN))
271:    DO J1=1,NUNCONN,1227:    DO J1=1,NUNCONN,1
272:       EUNDIFF(J1)=-ABS(EUNCON(J1)-EREF)  !use absolute difference and then again use its negative for sorting228:       EUNDIFF(J1)=-ABS(EUNCON(J1)-EREF)
273:    ENDDO229:    ENDDO
274:    CALL SORT(NUNCONN,NUNCONN,EUNDIFF,UNCMIN)  !sort UNCMIN by the energy differences230:    CALL SORT(NUNCONN,NUNCONN,EUNDIFF,UNCMIN)
275:    !now find the pairs to connect231:    !now find the pairs to connect
276:    J7=0232:    J7=0
277:    DO J4=1,PAIRSTODO233:    DO J4=1,PAIRSTODO
278: 55    J7=J7+1234: 55    J7=J7+1
279:       DO J3=1,NPAIRDONE,1235:       DO J3=1,NPAIRDONE,1
280:          IF ((PAIR1(J3).EQ.UNCMIN(J7)).AND.(PAIR2(J3).EQ.REFMIN)) THEN236:          IF ((PAIR1(J3).EQ.UNCMIN(J7)).AND.(PAIR2(J3).EQ.REFMIN)) THEN
281:             GOTO 55237:             GOTO 55
282:          ELSE IF ((PAIR1(J3).EQ.REFMIN).AND.(PAIR2(J3).EQ.UNCMIN(J7))) THEN238:          ELSE IF ((PAIR1(J3).EQ.REFMIN).AND.(PAIR2(J3).EQ.UNCMIN(J7))) THEN
283:             GOTO 55239:             GOTO 55
284:          ENDIF240:          ENDIF
317:       PRINT '(A,I8,A,F15.8)','connectclosestD> Minimum 1:',DMIN1(J4),' Energy:',EMIN(DMIN1(J4))273:       PRINT '(A,I8,A,F15.8)','connectclosestD> Minimum 1:',DMIN1(J4),' Energy:',EMIN(DMIN1(J4))
318:       PRINT '(A,I8,A,F15.8)','connectclosestD> Minimum 2:',DMIN2(J4),' Energy:',EMIN(DMIN2(J4))274:       PRINT '(A,I8,A,F15.8)','connectclosestD> Minimum 2:',DMIN2(J4),' Energy:',EMIN(DMIN2(J4))
319:       PRINT '(A,F15.8)','connectclosestD> Distance:', -UNCONDIST(J7)275:       PRINT '(A,F15.8)','connectclosestD> Distance:', -UNCONDIST(J7)
320:    ENDDO276:    ENDDO
321: ENDIF277: ENDIF
322: 278: 
323: NAVAIL = PAIRSTODO279: NAVAIL = PAIRSTODO
324: DEALLOCATE(UNCMIN,CONMIN,EUNCON)280: DEALLOCATE(UNCMIN,CONMIN,EUNCON)
325: IF (ALLOCATED(UNCONDIST)) DEALLOCATE(UNCONDIST)281: IF (ALLOCATED(UNCONDIST)) DEALLOCATE(UNCONDIST)
326: IF (ALLOCATED(EUNDIFF)) DEALLOCATE(EUNDIFF)282: IF (ALLOCATED(EUNDIFF)) DEALLOCATE(EUNDIFF)
327: IF (ALLOCATED(DISTCON)) DEALLOCATE(DISTCON) 
328: END SUBROUTINE CONNECTUNCONNECTED283: END SUBROUTINE CONNECTUNCONNECTED
329: 284: 
330: 285: 


r30871/keywords.f 2017-01-21 10:38:32.501072328 +0000 r30870/keywords.f 2017-01-21 10:38:33.837177760 +0000
390: ! sn402: keywords for manipulating pairfiles. Must be used with USEPAIRS390: ! sn402: keywords for manipulating pairfiles. Must be used with USEPAIRS
391:       MAKEPAIRS = .FALSE.391:       MAKEPAIRS = .FALSE.
392:       SKIPPAIRST = .FALSE.392:       SKIPPAIRST = .FALSE.
393: 393: 
394: ! kr366: connect unconnected minima394: ! kr366: connect unconnected minima
395:       CONUNCONT=.FALSE.395:       CONUNCONT=.FALSE.
396:       CONNECTLOWESTT=.FALSE.396:       CONNECTLOWESTT=.FALSE.
397:       CONNECTETHRESHT=.FALSE.397:       CONNECTETHRESHT=.FALSE.
398:       CONNECTDTHRESHT=.FALSE.398:       CONNECTDTHRESHT=.FALSE.
399:       REFMIN=0399:       REFMIN=0
400:       NATT=2 
401: 400: 
402: C401: C
403: C SAT: Now, there it is! Unit 5 is a standard input unit, and we must not use it!402: C SAT: Now, there it is! Unit 5 is a standard input unit, and we must not use it!
404: C 5--->959403: C 5--->959
405: C404: C
406:       OPEN (959,FILE='pathdata',STATUS='OLD')405:       OPEN (959,FILE='pathdata',STATUS='OLD')
407: C406: C
408: C  Read from unit 959407: C  Read from unit 959
409: C408: C
410:       IR=959409:       IR=959
767:          IF (NITEMS.GT.2) CALL READI(CONNECTMIN2)766:          IF (NITEMS.GT.2) CALL READI(CONNECTMIN2)
768:          IF (NITEMS.GT.3) CALL READF(CONNECTDIST)767:          IF (NITEMS.GT.3) CALL READF(CONNECTDIST)
769: 768: 
770: C769: C
771: C Connect unceonnected minima to AB set using either the lowest energy minima770: C Connect unceonnected minima to AB set using either the lowest energy minima
772: C or the minima closest in energy or distance to a reference771: C or the minima closest in energy or distance to a reference
773: C772: C
774:       773:       
775:       ELSE IF (WORD.EQ.'CONNECTUNC') THEN774:       ELSE IF (WORD.EQ.'CONNECTUNC') THEN
776:          CONUNCONT=.TRUE.775:          CONUNCONT=.TRUE.
777:          PRINT '(A)',' keywords> Attempt to connect unconnected minima'776:          PRINT '(A)',' keyword> Attempt to connect unconnected minima'
778:          CALL READU(WW)777:          CALL READU(WW)
779:          IF (TRIM(ADJUSTL(WW))=='LOWEST') THEN778:          IF (TRIM(ADJUSTL(WW))=='LOWEST') THEN
780:             CONNECTLOWESTT=.TRUE.779:             CONNECTLOWESTT=.TRUE.
781:             IF (NITEMS.GT.2) CALL READI(NATT)780:             PRINT '(A)',' keyword> Use lowest energy minima'
782:             PRINT '(A)','keywords> Use lowest energy minima' 
783:             PRINT '(A,I8,A)','keywords>',NATT,'different connections per minimum' 
784:          ELSE IF (TRIM(ADJUSTL(WW))=='EREF') THEN781:          ELSE IF (TRIM(ADJUSTL(WW))=='EREF') THEN
785:             CONNECTETHRESHT=.TRUE.782:             CONNECTETHRESHT=.TRUE.
786:             CALL READI(REFMIN)783:             CALL READI(REFMIN)
787:             PRINT '(A,I8)','keywords> Use minima closest in energy to:',REFMIN784:             PRINT '(A,I8)',' keyword> Use minima closest in energy to:',REFMIN
788:          ELSE IF (TRIM(ADJUSTL(WW))=='DISTREF') THEN785:          ELSE IF (TRIM(ADJUSTL(WW))=='DISTREF') THEN
789:             CONNECTDTHRESHT=.TRUE.786:             CONNECTDTHRESHT=.TRUE.
790:             CALL READI(REFMIN)787:             CALL READI(REFMIN)
791:             PRINT '(A,I8)','keywords>Use minima closest in distance to:',REFMIN788:             PRINT '(A,I8)','keyword> Use minima closest in distance to:',REFMIN
792:          ENDIF789:          ENDIF
793: 790: 
794: C791: C
795: C  Specify files to be copied to distributed nodes in addition to the default792: C  Specify files to be copied to distributed nodes in addition to the default
796: C  odata.<pid> and finish.<pid> files.793: C  odata.<pid> and finish.<pid> files.
797: C794: C
798:       ELSE IF (WORD.EQ.'COPYFILES') THEN795:       ELSE IF (WORD.EQ.'COPYFILES') THEN
799: C        PRINT '(A,I8)','NITEMS=',NITEMS796: C        PRINT '(A,I8)','NITEMS=',NITEMS
800:          DO J1=2,NITEMS797:          DO J1=2,NITEMS
801:             CALL READA(WW)798:             CALL READA(WW)


r30871/PATHSAMPLE.tex 2017-01-21 10:38:31.536995939 +0000 r30870/PATHSAMPLE.tex 2017-01-21 10:38:32.845099538 +0000
459: 459: 
460: \item {\it CONNECTREGION min1 min2 dist\/}: grows the stationary point database by running460: \item {\it CONNECTREGION min1 min2 dist\/}: grows the stationary point database by running
461: double-ended transition state searches between minima whose minimum separation is less then461: double-ended transition state searches between minima whose minimum separation is less then
462: {\it dist}. {\it min1} and {\it min2} specify the starting minima in the double loop over462: {\it dist}. {\it min1} and {\it min2} specify the starting minima in the double loop over
463: pairs, so that restarted runs need not consider pairs that have previously been searched.463: pairs, so that restarted runs need not consider pairs that have previously been searched.
464: Minima that already have a direct connection are ignored.464: Minima that already have a direct connection are ignored.
465: The maximum number of candidate pairs calculated per call to {\bf connectd.f90} is 10000.465: The maximum number of candidate pairs calculated per call to {\bf connectd.f90} is 10000.
466: This parameter may be useful for exhaustive searches for small systems.466: This parameter may be useful for exhaustive searches for small systems.
467: 467: 
468: \item {\it CONNECTUNC option (refmin)\/}: attempt to connect minima not connected to the AB region.468: \item {\it CONNECTUNC option (refmin)\/}: attempt to connect minima not connected to the AB region.
469: {\it option} specifies one of three options (no default set): {\it LOWEST (n)} attempts connections of the lowest 469: {\it option} specifies one of three options (no default set): {\it LOWEST} attempts connections of the lowest 
470: energy minima with the {\it n} closest minima in the AB set, {\it EREF refmin} attempts connections470: energy minima with the closest minima in the AB set, {\it EREF refmin} attempts connections
471: of the minimum {\it refmin} with the minima closest in energy, {\it DISTREF refmin} does the same using 471: of the minimum {\it refmin} with the minima closest in energy, {\it DISTREF refmin} does the same using 
472: the closest minima in distance to {\it refmin}.472: the closest minima in distance to {\it refmin}.
473: 473: 
474: \item {\it COPYFILES a1 a2 a3 $\ldots$\/}: specify additional files that need to be474: \item {\it COPYFILES a1 a2 a3 $\ldots$\/}: specify additional files that need to be
475: copied to distributed nodes. Only files {\tt odata.<pid>} and {\tt finish.<pid>} are475: copied to distributed nodes. Only files {\tt odata.<pid>} and {\tt finish.<pid>} are
476: copied by default. For example, the BLN potential requires file {\tt BLN sequence}, while476: copied by default. For example, the BLN potential requires file {\tt BLN sequence}, while
477: CHARMM runs may need one or more {\tt crd} files. Each string must be less than or equal to477: CHARMM runs may need one or more {\tt crd} files. Each string must be less than or equal to
478: twenty characters in length, and the total, including separating blanks, must not exceed478: twenty characters in length, and the total, including separating blanks, must not exceed
479: 80 characters. If the {\it CHARMM\/} keyword is set and the {\it COPYFILES\/} 479: 80 characters. If the {\it CHARMM\/} keyword is set and the {\it COPYFILES\/} 
480: arguments do not include {\tt input.crd} then the program will stop.480: arguments do not include {\tt input.crd} then the program will stop.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0