hdiff output

r29986/commons.f90 2017-01-21 10:38:51.362513202 +0000 r29985/commons.f90 2017-01-21 10:38:52.822620617 +0000
  3:       INTEGER NMINA, NMINB, NMIN, NTS, SAVELENGTH, NPFOLD, PFOLDINT, NRWBINS, NUSEPAIRS, &  3:       INTEGER NMINA, NMINB, NMIN, NTS, SAVELENGTH, NPFOLD, PFOLDINT, NRWBINS, NUSEPAIRS, &
  4:      &        NATOMS, MAXLENGTH, CONNECTIONS, HORDER, ERROR, MINSEP, NRWREACTANT, &  4:      &        NATOMS, MAXLENGTH, CONNECTIONS, HORDER, ERROR, MINSEP, NRWREACTANT, &
  5:      &        NATTEMPT, NNEW, NTOTAL, NEXCLUDE, NPERMGROUP, BHSTEPS, NGTSIZE,  &  5:      &        NATTEMPT, NNEW, NTOTAL, NEXCLUDE, NPERMGROUP, BHSTEPS, NGTSIZE,  &
  6:      &        MAXCONN, KAPPA, ISEED, NTAG, NDIHE, NCPU, GTINT, NCONNMAX, BESTPATHLENGTH, NGLY, &  6:      &        MAXCONN, KAPPA, ISEED, NTAG, NDIHE, NCPU, GTINT, NCONNMAX, BESTPATHLENGTH, NGLY, &
  7:      &        STARTMINA, STARTMINB, WHICHMIN, SECONDMIN, WHICHTS, MAXATTEMPT, COSTFUNCTIONPOWER, &  7:      &        STARTMINA, STARTMINB, WHICHMIN, SECONDMIN, WHICHTS, MAXATTEMPT, COSTFUNCTIONPOWER, &
  8:      &        NPAIRDONE, NMINDONE, NPAIRFRQ, CHECKSPS, CHECKSPF, &  8:      &        NPAIRDONE, NMINDONE, NPAIRFRQ, CHECKSPS, CHECKSPF, &
  9:      &        BISECTSTEPS, BISECTMAXATTEMPTS, NDIAGEIG, QRELONE, QRELTWO, MAXTSATTEMPTS, &  9:      &        BISECTSTEPS, BISECTMAXATTEMPTS, NDIAGEIG, QRELONE, QRELTWO, MAXTSATTEMPTS, &
 10:      &        INTCONSEP, INTREPSEP, PAIRDISTMAX, PAIRDIST1, PAIRDIST2, PATOM1, PATOM2, NRANROT, & 10:      &        INTCONSEP, INTREPSEP, PAIRDISTMAX, PAIRDIST1, PAIRDIST2, PATOM1, PATOM2, NRANROT, &
 11:      &        NMINADDXYZ, LOCALPERMNEIGH, NRATESCYCLETEMPS, RATESUNIT, CONNMINSTART, DISTANCETO, & 11:      &        NMINADDXYZ, LOCALPERMNEIGH, NRATESCYCLETEMPS, RATESUNIT, CONNMINSTART, DISTANCETO, &
 12:      &        DISTANCETO1, DISTANCETO2, OSTART, OFINISH, PTSTART, PTFINISH, RFMULTIN, RFUNIT, & 12:      &        DISTANCETO1, DISTANCETO2, OSTART, OFINISH, PTSTART, PTFINISH, RFMULTIN, RFUNIT, &
 13:      &        RFKMCN, RFKMCSTEPS, NPEQ, MLPIN, MLPOUT, MLPHIDDEN, NMLP, NOPT, CVSTARTMIN, CVENDMIN, CVINCMIN 13:      &        RFKMCN, RFKMCSTEPS, NPEQ, MLPIN, MLPOUT, MLPHIDDEN, NMLP, NOPT
 14:  14:      
 15:       INTEGER, ALLOCATABLE :: LOCATIONA(:), LOCATIONB(:) 15:       INTEGER, ALLOCATABLE :: LOCATIONA(:), LOCATIONB(:)
 16:       INTEGER, ALLOCATABLE :: NCONN(:)     ! reallocate MAXMIN when used 16:       INTEGER, ALLOCATABLE :: NCONN(:)     ! reallocate MAXMIN when used
 17:       INTEGER, ALLOCATABLE :: BESTPATH(:)   17:       INTEGER, ALLOCATABLE :: BESTPATH(:)  
 18:       INTEGER, ALLOCATABLE :: USEPAIRSMIN(:) 18:       INTEGER, ALLOCATABLE :: USEPAIRSMIN(:)
 19: ! 19: !
 20: ! I/O unit numbers 20: ! I/O unit numbers
 21: ! 21: !
 22:       INTEGER, PARAMETER :: UMINDATA=11, UTSDATA=12, UMIN=13, UTS=15 22:       INTEGER, PARAMETER :: UMINDATA=11, UTSDATA=12, UMIN=13, UTS=15
 23:  23: 
 24:       INTEGER :: MAXMIN=26 24:       INTEGER :: MAXMIN=26
 91:      &        CHARMMT, AMBERT, STARTFROMPATH, RELATIVEET, & 91:      &        CHARMMT, AMBERT, STARTFROMPATH, RELATIVEET, &
 92:      &        KMCT, UNRST, KMCCOMMITT, REGROUPT, REGROUPRATET, REGROUPPET, NOPOINTS, ADDPATH, NGTT, GTT, GT2T, & 92:      &        KMCT, UNRST, KMCCOMMITT, REGROUPT, REGROUPRATET, REGROUPPET, NOPOINTS, ADDPATH, NGTT, GTT, GT2T, &
 93:      &        DIJKSTRAT, DIJPAIRT, DIJINITT, EXTRACTMINT, EXTRACTTST, DIJKSTRAWAITT, UNTRAPMETRICT, & 93:      &        DIJKSTRAT, DIJPAIRT, DIJINITT, EXTRACTMINT, EXTRACTTST, DIJKSTRAWAITT, UNTRAPMETRICT, &
 94:      &        EXPCOSTFUNCTION, COPYOPTIMT, CALCORDERT, CONNECTREGIONT, SHORTCUTT, MERGEDBT, UNTRAPT, AMHT,  AMHALLATOMMINT, & 94:      &        EXPCOSTFUNCTION, COPYOPTIMT, CALCORDERT, CONNECTREGIONT, SHORTCUTT, MERGEDBT, UNTRAPT, AMHT,  AMHALLATOMMINT, &
 95:      &        CHECKCONNECTIONST, AMHALLATOMTST, AMHQT,AMHQENGMINT, AMHQCONTT ,AMHRMSDT, AMHRELQT, AMH_RELCOT, DIAGT, ARNOLDIT, & 95:      &        CHECKCONNECTIONST, AMHALLATOMTST, AMHQT,AMHQENGMINT, AMHQCONTT ,AMHRMSDT, AMHRELQT, AMH_RELCOT, DIAGT, ARNOLDIT, &
 96:      &        GT2Sparse, GT2Switch, GT2AltPbb, GT2Rescale, GT2Normalise, GT2DisconnectSources, BARRIERSORT, & 96:      &        GT2Sparse, GT2Switch, GT2AltPbb, GT2Rescale, GT2Normalise, GT2DisconnectSources, BARRIERSORT, &
 97:      &        PERMDIST, PERMISOMER, RIGIDBODY, DIJINITSTARTT, DIJINITCONTT, RETAINSP, REMOVESP, NOFRQS, & 97:      &        PERMDIST, PERMISOMER, RIGIDBODY, DIJINITSTARTT, DIJINITCONTT, RETAINSP, REMOVESP, NOFRQS, &
 98:      &        BARRIERSHORT, FREEZE, RATESHORT, DUMMYRUNT, REWEIGHTT, REGROUPFREET, RFMULTIT, REGROUPFREEABT, READMINT, & 98:      &        BARRIERSHORT, FREEZE, RATESHORT, DUMMYRUNT, REWEIGHTT, REGROUPFREET, RFMULTIT, REGROUPFREEABT, READMINT, &
 99:      &        DUMPGROUPST, FREEPAIRT, KSHORTESTPATHST, KSHORT_FULL_PRINTT, DIJINITFLYT, BHINTERPT, ICINTERPT, & 99:      &        DUMPGROUPST, FREEPAIRT, KSHORTESTPATHST, KSHORT_FULL_PRINTT, DIJINITFLYT, BHINTERPT, ICINTERPT, &
100:      &        DUMMYTST, DOCKT, DSTAGE(6), USEPAIRST, LOWESTFRQT, BISECTT, NGTDISCONNECTALL, ANGLEAXIS2, TFOLDT, &100:      &        DUMMYTST, DOCKT, DSTAGE(6), USEPAIRST, LOWESTFRQT, BISECTT, NGTDISCONNECTALL, ANGLEAXIS2, TFOLDT, &
101:      &        SLURMT, INDEXCOSTFUNCTION, CVT, CVMINIMAT, DOST, IMFRQT, CLOSEFILEST, PULLT, FRICTIONT, ATOMMATCHFULL, &101:      &        SLURMT, INDEXCOSTFUNCTION, CVT, DOST, IMFRQT, CLOSEFILEST, PULLT, FRICTIONT, ATOMMATCHFULL, &
102:      &        INTCONSTRAINTT, CHECKCONINT, INTLJT, INTERPCOSTFUNCTION, REMOVEUNCONNECTEDT, ATOMMATCHDIST, &102:      &        INTCONSTRAINTT, CHECKCONINT, INTLJT, INTERPCOSTFUNCTION, REMOVEUNCONNECTEDT, ATOMMATCHDIST, &
103:      &        DBPT, DBPTDT, DMBLPYT, EFIELDT, MSSTOCKT, NTIPT, PAHAT, PAPT, PATCHYDT, STOCKAAT, RBAAT, RBSYMT, TRAPT, SILANET, &103:      &        DBPT, DBPTDT, DMBLPYT, EFIELDT, MSSTOCKT, NTIPT, PAHAT, PAPT, PATCHYDT, STOCKAAT, RBAAT, RBSYMT, TRAPT, SILANET, &
104:      &        OHCELLT, INTFREEZET, LPERMDIST, PBST, RANDOMMETRICT, SSHT, ALLTST, USERPOTT, CHECKMINT, &104:      &        OHCELLT, INTFREEZET, LPERMDIST, PBST, RANDOMMETRICT, SSHT, ALLTST, USERPOTT, CHECKMINT, &
105:      &        CHECKTST, CHECKSPT, FROMLOWESTT, ADDMINXYZT, MACHINE, RATESCYCLET, NOINVERSION, NEWCONNECTIONST, NIMET, NIHEAM7T, &105:      &        CHECKTST, CHECKSPT, FROMLOWESTT, ADDMINXYZT, MACHINE, RATESCYCLET, NOINVERSION, NEWCONNECTIONST, NIMET, NIHEAM7T, &
106:      &        NIH2LEPST, DISTANCET, RATETARGETT, TARGETHIT, ALLOWABT, MICROTHERMT, RFKMCT, REGROUPKMCT, ONEREGROUPT, PHI4MODT, &106:      &        NIH2LEPST, DISTANCET, RATETARGETT, TARGETHIT, ALLOWABT, MICROTHERMT, RFKMCT, REGROUPKMCT, ONEREGROUPT, PHI4MODT, &
107:      &        PERSISTT, REGROUPPERSISTT, NOLABELST, SHANNONT, MAKEPAIRS, SKIPPAIRST, PERSISTAPPROXT, ALLCOMPONENTST, &107:      &        PERSISTT, REGROUPPERSISTT, NOLABELST, SHANNONT, MAKEPAIRS, SKIPPAIRST, PERSISTAPPROXT, ALLCOMPONENTST, &
108:      &        SHANNONRT, SHANNONZT, CUDAT, MLLJAT3, MLP3T, DIJPRUNET, PRINTSUMMARYT, MKTRAPT, MLPB3T108:      &        SHANNONRT, SHANNONZT, CUDAT, MLLJAT3, MLP3T, DIJPRUNET, PRINTSUMMARYT, MKTRAPT, MLPB3T
109: 109: 
110:       LOGICAL, ALLOCATABLE :: SHIFTABLE(:)110:       LOGICAL, ALLOCATABLE :: SHIFTABLE(:)
111:       CHARACTER(LEN=80) COORDSLIGANDSTR, COORDSCOMPLEXSTR, COORDSPROTEINSTR111:       CHARACTER(LEN=80) COORDSLIGANDSTR, COORDSCOMPLEXSTR, COORDSPROTEINSTR


r29986/Cv.f 2017-01-21 10:38:50.742467422 +0000 r29985/Cv.f 2017-01-21 10:38:52.350585947 +0000
  5:       DOUBLE PRECISION DUMMY, CVTEMP, Z0, Z1, Z2, NUMIN, Z0R, Z1R, Z2R  5:       DOUBLE PRECISION DUMMY, CVTEMP, Z0, Z1, Z2, NUMIN, Z0R, Z1R, Z2R
  6:   6: 
  7:   7: 
  8:       PRINT '(A,2F15.5,A,F20.10)','Cv> Calculating Cv for temperature range ',CVTMIN,CVTMAX,' increment ',CVTINC  8:       PRINT '(A,2F15.5,A,F20.10)','Cv> Calculating Cv for temperature range ',CVTMIN,CVTMAX,' increment ',CVTINC
  9:       NUMIN=1.0D100  9:       NUMIN=1.0D100
 10:       DO J1=1,NMIN 10:       DO J1=1,NMIN
 11:          IF (FVIBMIN(J1).LT.NUMIN) NUMIN=FVIBMIN(J1) 11:          IF (FVIBMIN(J1).LT.NUMIN) NUMIN=FVIBMIN(J1)
 12:       ENDDO 12:       ENDDO
 13:  13: 
 14:       CVTEMP=CVTMIN 14:       CVTEMP=CVTMIN
 15:       IF (.NOT.CVMINIMAT) THEN 15:       OPEN(UNIT=1,FILE='Cv.out',STATUS='UNKNOWN')
 16:          OPEN(UNIT=1,FILE='Cv.out',STATUS='UNKNOWN') 16:       OPEN(UNIT=2,FILE='Cv.config.out',STATUS='UNKNOWN')
 17:          OPEN(UNIT=2,FILE='Cv.config.out',STATUS='UNKNOWN') 
 18:       ENDIF 
 19: 20    CONTINUE      17: 20    CONTINUE     
 20:       Z0=0.0D0 18:       Z0=0.0D0
 21:       Z1=0.0D0 19:       Z1=0.0D0
 22:       Z2=0.0D0 20:       Z2=0.0D0
 23:       Z0R=0.0D0 21:       Z0R=0.0D0
 24:       Z1R=0.0D0 22:       Z1R=0.0D0
 25:       Z2R=0.0D0 23:       Z2R=0.0D0
 26:       DO J1=1,NMIN 24:       DO J1=1,NMIN
 27:          DUMMY=EXP(-(EMIN(J1)-EMIN(1))/CVTEMP+(NUMIN-FVIBMIN(J1))/2)/HORDERMIN(J1) 25:          DUMMY=EXP(-(EMIN(J1)-EMIN(1))/CVTEMP+(NUMIN-FVIBMIN(J1))/2)/HORDERMIN(J1)
 28:          Z0=Z0+DUMMY 26:          Z0=Z0+DUMMY
 33:          Z1R=Z1R+EMIN(J1)*DUMMY 31:          Z1R=Z1R+EMIN(J1)*DUMMY
 34:          Z2R=Z2R+EMIN(J1)**2*DUMMY 32:          Z2R=Z2R+EMIN(J1)**2*DUMMY
 35:       ENDDO 33:       ENDDO
 36:       WRITE(1,'(3G20.10)') CVTEMP,KAPPA-Z1**2/(CVTEMP*Z0)**2+Z2/(Z0*CVTEMP**2), 34:       WRITE(1,'(3G20.10)') CVTEMP,KAPPA-Z1**2/(CVTEMP*Z0)**2+Z2/(Z0*CVTEMP**2),
 37:      &                            KAPPA-Z1R**2/(CVTEMP*Z0R)**2+Z2R/(Z0R*CVTEMP**2)    35:      &                            KAPPA-Z1R**2/(CVTEMP*Z0R)**2+Z2R/(Z0R*CVTEMP**2)   
 38:       WRITE(2,'(3G20.10)') CVTEMP,KAPPA/2.0D0-Z1**2/(CVTEMP*Z0)**2+Z2/(Z0*CVTEMP**2), 36:       WRITE(2,'(3G20.10)') CVTEMP,KAPPA/2.0D0-Z1**2/(CVTEMP*Z0)**2+Z2/(Z0*CVTEMP**2),
 39:      &                            KAPPA/2.0D0-Z1R**2/(CVTEMP*Z0R)**2+Z2R/(Z0R*CVTEMP**2)    37:      &                            KAPPA/2.0D0-Z1R**2/(CVTEMP*Z0R)**2+Z2R/(Z0R*CVTEMP**2)   
 40:   38:  
 41:       CVTEMP=CVTEMP+CVTINC 39:       CVTEMP=CVTEMP+CVTINC
 42:       IF (CVTEMP.GT.CVTMAX) THEN 40:       IF (CVTEMP.GT.CVTMAX) THEN
 43:          IF (.NOT.CVMINIMAT) THEN 41:          CLOSE(1)
 44:             CLOSE(1) 42:          CLOSE(2)
 45:             CLOSE(2) 43:          STOP
 46:          ENDIF 
 47:          RETURN 
 48:       ENDIF 44:       ENDIF
 49:       GOTO 20 45:       GOTO 20
 50:      46:     
 51:       RETURN 47:       RETURN
 52:       END 48:       END


r29986/Cvmin.f 2017-01-21 10:38:51.006486958 +0000 r29985/Cvmin.f 2017-01-21 10:38:52.582602988 +0000
  1:       SUBROUTINE CVMINIMA  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/PATHSAMPLE/source/Cvmin.f' in revision 29985
  2:       USE COMMONS 
  3:       IMPLICIT NONE 
  4:       INTEGER J1, MINORDER(NMIN), MINTOP, NDUMMY(NMIN) 
  5:       DOUBLE PRECISION NEGEMIN(NMIN), DUMMY(NMIN) 
  6: ! 
  7: ! Sort the minima 
  8: ! 
  9:       DO J1=1,NMIN 
 10:          MINORDER(J1)=J1 
 11:          NEGEMIN(J1)=-EMIN(J1) ! because sort is biggest to smallest 
 12:       ENDDO 
 13:       CALL SORT(NMIN,NMIN,NEGEMIN,MINORDER) 
 14:  
 15:       IF (CVENDMIN.GT.NMIN) CVENDMIN=NMIN 
 16:  
 17:       DO J1=1,NMIN 
 18:          PRINT '(I8,2F20.10,I8)',J1,EMIN(J1),EMIN(MINORDER(J1)),MINORDER(J1) 
 19:       ENDDO 
 20:  
 21:       DUMMY(1:NMIN)=EMIN(MINORDER(1:NMIN)) 
 22:       EMIN(1:NMIN)=DUMMY(1:NMIN) 
 23:       DUMMY(1:NMIN)=FVIBMIN(MINORDER(1:NMIN)) 
 24:       FVIBMIN(1:NMIN)=DUMMY(1:NMIN) 
 25:       DUMMY(1:NMIN)=IXMIN(MINORDER(1:NMIN)) 
 26:       IXMIN(1:NMIN)=DUMMY(MINORDER(1:NMIN)) 
 27:       DUMMY(1:NMIN)=IYMIN(MINORDER(1:NMIN)) 
 28:       IYMIN(1:NMIN)=DUMMY(MINORDER(1:NMIN)) 
 29:       DUMMY(1:NMIN)=IZMIN(MINORDER(1:NMIN)) 
 30:       IZMIN(1:NMIN)=DUMMY(MINORDER(1:NMIN)) 
 31:       NDUMMY(1:NMIN)=HORDERMIN(MINORDER(1:NMIN)) 
 32:       HORDERMIN(1:NMIN)=NDUMMY(MINORDER(1:NMIN)) 
 33:  
 34:       PRINT '(3(A,I10))','Cvminima> Calculating Cv for minima sums from ',CVSTARTMIN,' to ',CVENDMIN, 
 35:      &                            ' in steps of ',CVINCMIN 
 36:  
 37:       OPEN(UNIT=1,FILE='Cv.out',STATUS='UNKNOWN') 
 38:       OPEN(UNIT=2,FILE='Cv.config.out',STATUS='UNKNOWN') 
 39:  
 40:       MINTOP=CVSTARTMIN 
 41: 20    CONTINUE 
 42:       NMIN=MINTOP 
 43:  
 44:       PRINT '(2(A,I10))','Cvminima> Calling Cv for ',NMIN,' lowest minima' 
 45:       CALL CV 
 46:       WRITE(1,'(A)') '   ' 
 47:       WRITE(2,'(A)') '   ' 
 48:  
 49:       MINTOP=MINTOP+CVINCMIN 
 50:       IF (MINTOP.GT.CVENDMIN) THEN 
 51:          CLOSE(1) 
 52:          CLOSE(2) 
 53:          STOP 
 54:       ENDIF 
 55:       GOTO 20 
 56:      
 57:       RETURN 
 58:       END 


r29986/keywords.f 2017-01-21 10:38:51.790544753 +0000 r29985/keywords.f 2017-01-21 10:38:53.074639106 +0000
254:       USEPAIRST=.FALSE.254:       USEPAIRST=.FALSE.
255:       LOWESTFRQT=.FALSE.255:       LOWESTFRQT=.FALSE.
256:       IMFRQT=.FALSE.256:       IMFRQT=.FALSE.
257:       EVCUT=2.0D-6257:       EVCUT=2.0D-6
258: 258: 
259:       BISECTT=.FALSE.259:       BISECTT=.FALSE.
260:       DIAGT=.FALSE.260:       DIAGT=.FALSE.
261:       ARNOLDIT=.FALSE.261:       ARNOLDIT=.FALSE.
262:       SLURMT=.FALSE.262:       SLURMT=.FALSE.
263:       CUDAT=.FALSE.263:       CUDAT=.FALSE.
264:       CVMINIMAT=.FALSE. 
265:       CVT=.FALSE.264:       CVT=.FALSE.
266:       SHANNONT=.FALSE.265:       SHANNONT=.FALSE.
267:       SHANNONRT=.FALSE.266:       SHANNONRT=.FALSE.
268:       SHANNONZT=.FALSE.267:       SHANNONZT=.FALSE.
269:       NPEQ=100268:       NPEQ=100
270:       MICROTHERMT=.FALSE.269:       MICROTHERMT=.FALSE.
271:       DOST=.FALSE.270:       DOST=.FALSE.
272:       CHECKCONNECTIONST=.FALSE.271:       CHECKCONNECTIONST=.FALSE.
273:       NEWCONNECTIONST=.FALSE.272:       NEWCONNECTIONST=.FALSE.
274:       CONNMINSTART=1273:       CONNMINSTART=1
774:          PBST=.FALSE.773:          PBST=.FALSE.
775:          IF (NITEMS.GT.1) CALL READI(NCPU)774:          IF (NITEMS.GT.1) CALL READI(NCPU)
776:       ELSE IF (WORD.EQ.'CV') THEN775:       ELSE IF (WORD.EQ.'CV') THEN
777:          CVT=.TRUE.776:          CVT=.TRUE.
778:          CVTMIN=1.0D0777:          CVTMIN=1.0D0
779:          CVTMAX=2.0D0778:          CVTMAX=2.0D0
780:          CVTINC=0.1D0779:          CVTINC=0.1D0
781:          CALL READF(CVTMIN)780:          CALL READF(CVTMIN)
782:          CALL READF(CVTMAX)781:          CALL READF(CVTMAX)
783:          CALL READF(CVTINC)782:          CALL READF(CVTINC)
784:       ELSE IF (WORD.EQ.'CVMINIMA') THEN 
785:          CVMINIMAT=.TRUE. 
786:          CALL READI(CVSTARTMIN) 
787:          CALL READI(CVENDMIN) 
788:          CALL READI(CVINCMIN) 
789: C783: C
790: C  Maximum number of connect cycles in CYCLE.784: C  Maximum number of connect cycles in CYCLE.
791: C785: C
792:       ELSE IF (WORD.EQ.'CYCLES') THEN786:       ELSE IF (WORD.EQ.'CYCLES') THEN
793:          CALL READI(NATTEMPT)787:          CALL READI(NATTEMPT)
794: 788: 
795:       ELSE IF (WORD.EQ.'DB') THEN789:       ELSE IF (WORD.EQ.'DB') THEN
796: ! Set the EFIELDT separately, if required790: ! Set the EFIELDT separately, if required
797:          DBPT = .TRUE.791:          DBPT = .TRUE.
798:          CALL READF(DBSIGBB)792:          CALL READF(DBSIGBB)


r29986/setup.f 2017-01-21 10:38:52.070565380 +0000 r29985/setup.f 2017-01-21 10:38:53.314656669 +0000
 66:          NDUMMY=0 66:          NDUMMY=0
 67: !         FVIBMIN(1)=4.6757541330 67: !         FVIBMIN(1)=4.6757541330
 68:          FVIBMIN(1)=1.000000000000000 68:          FVIBMIN(1)=1.000000000000000
 69:          HORDERMIN(1)=1 69:          HORDERMIN(1)=1
 70:          DO 70:          DO
 71:             NDUMMY=NDUMMY+1 71:             NDUMMY=NDUMMY+1
 72:             READ(1,*,END=776) 72:             READ(1,*,END=776)
 73: ! csw34> The GMIN lowest file usually includes atom names. If for any reason it does not, 73: ! csw34> The GMIN lowest file usually includes atom names. If for any reason it does not,
 74: !        the 'NOLABELS' option can be used to read just the coordinates 74: !        the 'NOLABELS' option can be used to read just the coordinates
 75:             IF (NOLABELST) THEN 75:             IF (NOLABELST) THEN
 76:                READ(1,'(A25,F20.10)') CDUMMY,EMIN(1) 76:                READ(1,'(A25,F20.10),A71') CDUMMY,EMIN(1)
 77:                READ(1,*) (LOCALPOINTS(J2),J2=1,NOPT) 77:                READ(1,*) (LOCALPOINTS(J2),J2=1,NOPT)
 78:             ELSE 78:             ELSE
 79:                READ(1,'(A25,F20.10,A71)') CDUMMY,EMIN(1),CDUMMY 79:                READ(1,'(A25,F20.10,A71)') CDUMMY,EMIN(1),CDUMMY
 80:                DO J1=1,NATOMS 80:                DO J1=1,NATOMS
 81:                   READ(1,*) CDUMMY,LOCALPOINTS(3*J1-2),LOCALPOINTS(3*J1-1),LOCALPOINTS(3*J1) 81:                   READ(1,*) CDUMMY,LOCALPOINTS(3*J1-2),LOCALPOINTS(3*J1-1),LOCALPOINTS(3*J1)
 82:                ENDDO 82:                ENDDO
 83:             ENDIF 83:             ENDIF
 84:             CALL INERTIAWRAPPER(LOCALPOINTS,NOPT,angleAxis,IXM,IYM,IZM) 84:             CALL INERTIAWRAPPER(LOCALPOINTS,NOPT,angleAxis,IXM,IYM,IZM)
 85:             WRITE(LUNIT,REC=NDUMMY) (LOCALPOINTS(J2),J2=1,NOPT) 85:             WRITE(LUNIT,REC=NDUMMY) (LOCALPOINTS(J2),J2=1,NOPT)
 86:             WRITE(LUNIT2,'(2F25.15,I6,3F20.10)') EMIN(1), FVIBMIN(1), HORDERMIN(1),IXM,IYM,IZM 86:             WRITE(LUNIT2,'(2F25.15,I6,3F20.10)') EMIN(1), FVIBMIN(1), HORDERMIN(1),IXM,IYM,IZM
153:                 CALL AMH_RELCO(WHICHMIN, RELCOCUT)153:                 CALL AMH_RELCO(WHICHMIN, RELCOCUT)
154:               ENDIF154:               ENDIF
155:   155:   
156:               IF (AMHALLATOMMINT)THEN156:               IF (AMHALLATOMMINT)THEN
157:                  CALL AMHALLATOMMIN157:                  CALL AMHALLATOMMIN
158:              ENDIF158:              ENDIF
159:            ELSE159:            ELSE
160: !160: !
161: ! Write the extractedmin file to UNIT=1161: ! Write the extractedmin file to UNIT=1
162: !162: !
163:               IF (MLP3T.OR.MLPB3T) THEN163:                WRITE(1,'(3F25.15)') (LOCALPOINTS(J2),J2=1,NOPT)
164:                  WRITE(1,'(F25.15)') (LOCALPOINTS(J2),J2=1,NOPT) 
165:               ELSE 
166:                  WRITE(1,'(3F25.15)') (LOCALPOINTS(J2),J2=1,NOPT) 
167:               ENDIF 
168: !164: !
169: ! Write the extractedmin.crd file if using CHARMM165: ! Write the extractedmin.crd file if using CHARMM
170: !166: !
171:                IF (CHARMMT) CALL CHARMMDUMP(LOCALPOINTS,'extractedmin.crd')167:                IF (CHARMMT) CALL CHARMMDUMP(LOCALPOINTS,'extractedmin.crd')
172: !168: !
173: ! csw34> Write the extractedmin.rst file if using AMBER/NAB169: ! csw34> Write the extractedmin.rst file if using AMBER/NAB
174: !170: !
175:                IF (AMBERT) THEN171:                IF (AMBERT) THEN
176:                   OPEN(UNIT=10,FILE='extractedmin.rst', STATUS='UNKNOWN')172:                   OPEN(UNIT=10,FILE='extractedmin.rst', STATUS='UNKNOWN')
177:                   WRITE(10,'(20A4)') 'MOL'173:                   WRITE(10,'(20A4)') 'MOL'
1569:             READ(1,*) NDUMMY, DUMMY, USEPAIRSMIN(J1)1565:             READ(1,*) NDUMMY, DUMMY, USEPAIRSMIN(J1)
1570:             IF (J1.EQ.NUSEPAIRS) EXIT1566:             IF (J1.EQ.NUSEPAIRS) EXIT
1571:             READ(1,*) NDUMMY, DUMMY, NDUMMY1567:             READ(1,*) NDUMMY, DUMMY, NDUMMY
1572:          ENDDO1568:          ENDDO
1573:          CLOSE(1)1569:          CLOSE(1)
1574:          PRINT '(A)','setup> Sequence of local minima:'1570:          PRINT '(A)','setup> Sequence of local minima:'
1575:          PRINT '(15I8)',USEPAIRSMIN(1:NUSEPAIRS)1571:          PRINT '(15I8)',USEPAIRSMIN(1:NUSEPAIRS)
1576:       ENDIF1572:       ENDIF
1577: 1573: 
1578:       IF (DOST) CALL DOS1574:       IF (DOST) CALL DOS
1579:       IF (CVMINIMAT) THEN1575:       IF (CVT) CALL CV
1580:          CALL CVMINIMA 
1581:          STOP 
1582:       ELSEIF (CVT) THEN 
1583:          CALL CV 
1584:          STOP 
1585:       ENDIF 
1586:       IF (SHANNONT) CALL SHANNON1576:       IF (SHANNONT) CALL SHANNON
1587:       IF (MICROTHERMT) CALL MICROTHERM1577:       IF (MICROTHERMT) CALL MICROTHERM
1588: 1578: 
1589:       IF ((CONNECTIONS.GT.1).AND.(CHECKCONNECTIONST)) THEN1579:       IF ((CONNECTIONS.GT.1).AND.(CHECKCONNECTIONST)) THEN
1590:          WRITE(*,'(A,I6,A)') 'setup> checking for at least ',CONNECTIONS,' connections per minimum'1580:          WRITE(*,'(A,I6,A)') 'setup> checking for at least ',CONNECTIONS,' connections per minimum'
1591:          WRITE(*,'(A,I6,A)') 'setup> WARNING *** use the NEWCONNECTIONS keyword to use more than one core'1581:          WRITE(*,'(A,I6,A)') 'setup> WARNING *** use the NEWCONNECTIONS keyword to use more than one core'
1592:          DO J1=1,NMIN1582:          DO J1=1,NMIN
1593:             CALL TSSEARCH(J1,0)1583:             CALL TSSEARCH(J1,0)
1594:          ENDDO1584:          ENDDO
1595:       ENDIF1585:       ENDIF
1652:       FUNCTION DUPLICATES_CHECK(ILIST, N)1642:       FUNCTION DUPLICATES_CHECK(ILIST, N)
1653:          IMPLICIT NONE1643:          IMPLICIT NONE
1654:          INTEGER, INTENT(IN) :: N1644:          INTEGER, INTENT(IN) :: N
1655:          INTEGER, INTENT(IN) :: ILIST(N)1645:          INTEGER, INTENT(IN) :: ILIST(N)
1656:          LOGICAL DUPLICATES_CHECK1646:          LOGICAL DUPLICATES_CHECK
1657:          INTEGER SORTED_LIST(N), TEMPLIST(N), I, VPREV1647:          INTEGER SORTED_LIST(N), TEMPLIST(N), I, VPREV
1658:          DUPLICATES_CHECK = .FALSE.1648:          DUPLICATES_CHECK = .FALSE.
1659:          SORTED_LIST(:) = ILIST(:)1649:          SORTED_LIST(:) = ILIST(:)
1660: 1650: 
1661:          ! sn402: added following block because of segfaults when trying to build a new database using READMIN1651:          ! sn402: added following block because of segfaults when trying to build a new database using READMIN
1662:          IF (N==0) THEN1652:              IF (N==0) THEN
1663:             DUPLICATES_CHECK = .FALSE.1653:             DUPLICATES_CHECK = .FALSE.
1664:             RETURN1654:             RETURN
1665:          ENDIF1655:          ENDIF
1666: 1656: 
1667:          DO I=1,N1657:          DO I=1,N
1668:             TEMPLIST(I) = I1658:             TEMPLIST(I) = I
1669:          ENDDO1659:          ENDDO
1670:          !CALL SORT(N, N, TEMPLIST, SORTED_LIST)1660:          !CALL SORT(N, N, TEMPLIST, SORTED_LIST)
1671:          CALL SORT2(N, N, SORTED_LIST, TEMPLIST)1661:          CALL SORT2(N, N, SORTED_LIST, TEMPLIST)
1672: 1662: 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0