hdiff output

r29450/checkTS.f90 2015-11-17 23:34:34.613773593 +0000 r29449/checkTS.f90 2015-11-17 23:34:35.209781584 +0000
 16: !   along with this program; if not, write to the Free Software 16: !   along with this program; if not, write to the Free Software
 17: !   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA 17: !   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307  USA
 18: ! 18: !
 19:  19: 
 20: !CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC 20: !CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
 21: ! 21: !
 22: ! Using input arguments to determine whether we should discount this TS or not. 22: ! Using input arguments to determine whether we should discount this TS or not.
 23:  23: 
 24:       SUBROUTINE CHECKTS(LETS,LEPLUS,LEMINUS,LKPLUS,LKMINUS,LNCONNPLUS,LNCONNMINUS,LPLUS,LMINUS,DEGENT,CUT_UNDERFLOW,DEADTS) 24:       SUBROUTINE CHECKTS(LETS,LEPLUS,LEMINUS,LKPLUS,LKMINUS,LNCONNPLUS,LNCONNMINUS,LPLUS,LMINUS,DEGENT,CUT_UNDERFLOW,DEADTS)
 25:       USE PORFUNCS 25:       USE PORFUNCS
 26:       USE COMMONS, ONLY : NCONNMIN, TSTHRESH, MAXBARRIER, MINBARRIER 26:       USE COMMONS, ONLY : NCONNMIN, TSTHRESH, MAXBARRIER
 27:       IMPLICIT NONE 27:       IMPLICIT NONE
 28:  28: 
 29:       INTEGER, INTENT(IN) :: LNCONNPLUS, LNCONNMINUS, LPLUS, LMINUS 29:       INTEGER, INTENT(IN) :: LNCONNPLUS, LNCONNMINUS, LPLUS, LMINUS
 30:       DOUBLE PRECISION, INTENT(IN) :: LETS, LEPLUS, LEMINUS, LKPLUS, LKMINUS, CUT_UNDERFLOW 30:       DOUBLE PRECISION, INTENT(IN) :: LETS, LEPLUS, LEMINUS, LKPLUS, LKMINUS, CUT_UNDERFLOW
 31:       LOGICAL, INTENT(IN) :: DEGENT 31:       LOGICAL, INTENT(IN) :: DEGENT
 32:       LOGICAL, INTENT(OUT) :: DEADTS 32:       LOGICAL, INTENT(OUT) :: DEADTS
 33:  33: 
 34: ! 34: !
 35: ! Choosing DEADTS for rates below the CUT_UNDEFLOW threshold can cause PATHSAMPLE 35: ! Choosing DEADTS for rates below the CUT_UNDEFLOW threshold can cause PATHSAMPLE
 36: ! to report "no connection between A and B" regions and stop.  36: ! to report "no connection between A and B" regions and stop. 
 37: ! Let's tolerate the underflow for now. DJW 21/11/2013 37: ! Let's tolerate the underflow for now. DJW 21/11/2013
 38: ! 38: !
 39: !     IF ((LNCONNPLUS.LE.NCONNMIN).OR.(LNCONNMINUS.LE.NCONNMIN).OR.(LETS.GT.TSTHRESH).OR. & 39: !     IF ((LNCONNPLUS.LE.NCONNMIN).OR.(LNCONNMINUS.LE.NCONNMIN).OR.(LETS.GT.TSTHRESH).OR. &
 40: !         (LKPLUS.LT.CUT_UNDERFLOW).OR.(LKMINUS.LT.CUT_UNDERFLOW)) THEN 40: !         (LKPLUS.LT.CUT_UNDERFLOW).OR.(LKMINUS.LT.CUT_UNDERFLOW)) THEN
 41:       IF ((LNCONNPLUS.LE.NCONNMIN).OR.(LNCONNMINUS.LE.NCONNMIN).OR.(LETS.GT.TSTHRESH)) THEN 41:       IF ((LNCONNPLUS.LE.NCONNMIN).OR.(LNCONNMINUS.LE.NCONNMIN).OR.(LETS.GT.TSTHRESH)) THEN
 42:          DEADTS=.TRUE. 42:          DEADTS=.TRUE.
 43:       ELSEIF ((LETS-LEPLUS.GT.MAXBARRIER).AND.(LETS-LEMINUS.GT.MAXBARRIER)) THEN 43:       ELSEIF ((LETS-LEPLUS.GT.MAXBARRIER).AND.(LETS-LEMINUS.GT.MAXBARRIER)) THEN
 44:          DEADTS=.TRUE. 44:          DEADTS=.TRUE.
 45:       ELSEIF ((LPLUS.EQ.LMINUS).AND.(.NOT.DEGENT)) THEN 45:       ELSEIF ((LPLUS.EQ.LMINUS).AND.(.NOT.DEGENT)) THEN
 46:          DEADTS=.TRUE. 46:          DEADTS=.TRUE.
 47:       ELSEIF ((LETS-LEPLUS.LT.MINBARRIER).OR.(LETS-LEMINUS.LT.MINBARRIER)) THEN 
 48:          DEADTS=.TRUE. 
 49:       ELSE  47:       ELSE 
 50:          DEADTS=.FALSE. 48:          DEADTS=.FALSE.
 51:       ENDIF 49:       ENDIF
 52:  50: 
 53:       RETURN 51:       RETURN
 54:       END SUBROUTINE CHECKTS 52:       END SUBROUTINE CHECKTS


r29450/commons.f90 2015-11-17 23:34:34.829776489 +0000 r29449/commons.f90 2015-11-17 23:34:35.401784158 +0000
 52:      &                 ORDERPARAM, BOXLX, BOXLY, BOXLZ, DSCALE, PSCALE, TSTHRESH, MAXBARRIER, MAXDOWNBARRIER, REGROUPPETHRESH, & 52:      &                 ORDERPARAM, BOXLX, BOXLY, BOXLZ, DSCALE, PSCALE, TSTHRESH, MAXBARRIER, MAXDOWNBARRIER, REGROUPPETHRESH, &
 53:      &                 PAIRTHRESH, MAXBREAK, PRODTHRESH, PBTHRESH, OMEGA, EINC, EDELTAMIN, ELOWBAR, RWBINWIDTH, RWEMAX, RWEMIN, & 53:      &                 PAIRTHRESH, MAXBREAK, PRODTHRESH, PBTHRESH, OMEGA, EINC, EDELTAMIN, ELOWBAR, RWBINWIDTH, RWEMAX, RWEMIN, &
 54:      &                 GT2RSwitch, GT2Ptol, EUNTRAPTHRESH, PLANCK, REGROUPFREETHRESH, FREETHRESH, EHIGHBAR, BAILDIST, & 54:      &                 GT2RSwitch, GT2Ptol, EUNTRAPTHRESH, PLANCK, REGROUPFREETHRESH, FREETHRESH, EHIGHBAR, BAILDIST, &
 55:      &                 BHACCREJ, BHSTEPSIZE, BHCONV, BHTEMP, BHDISTTHRESH, BHK, BHMAXENERGY, BHSFRAC, & 55:      &                 BHACCREJ, BHSTEPSIZE, BHCONV, BHTEMP, BHDISTTHRESH, BHK, BHMAXENERGY, BHSFRAC, &
 56:      &                 BISECTMINDIST, BISECTMAXENERGY, NKMCCYCLES, NGTSWITCH, NTFOLD, TOMEGA, TFOLDTHRESH, DIAGSCALE, & 56:      &                 BISECTMINDIST, BISECTMAXENERGY, NKMCCYCLES, NGTSWITCH, NTFOLD, TOMEGA, TFOLDTHRESH, DIAGSCALE, &
 57:      &                 CVTMIN, CVTMAX, CVTINC, DOSEMIN, DOSEMAX, DOSEINC, EVCUT, GAMMAFRICTION, & 57:      &                 CVTMIN, CVTMAX, CVTINC, DOSEMIN, DOSEMAX, DOSEINC, EVCUT, GAMMAFRICTION, &
 58:      &                 INTEPSILON, INTCONSTRAINTDEL, INTCONSTRAINTREP, INTCONSTRAINREPCUT, INTLJDEL, INTLJEPS, NGTCRSWITCH, & 58:      &                 INTEPSILON, INTCONSTRAINTDEL, INTCONSTRAINTREP, INTCONSTRAINREPCUT, INTLJDEL, INTLJEPS, NGTCRSWITCH, &
 59:      &                 PFOLDCONV, INTFREEZETOL, LOCALPERMCUT, ORBITTOL, PFORCE, LPDGEOMDIFFTOL, LOCALPERMCUT2,& 59:      &                 PFOLDCONV, INTFREEZETOL, LOCALPERMCUT, ORBITTOL, PFORCE, LPDGEOMDIFFTOL, LOCALPERMCUT2,&
 60:      &                 SLEEPTIME1, SLEEPTIME2, RATETARGETAB, RATETARGETBA, RATETARGETFRAC, RFMULTITLOW, RFMULTITINC, TIMESCALE, & 60:      &                 SLEEPTIME1, SLEEPTIME2, RATETARGETAB, RATETARGETBA, RATETARGETFRAC, RFMULTITLOW, RFMULTITINC, TIMESCALE, &
 61:      &                 PFSHIFT, MICROEMIN, MICROEMAX, MICROEINC, MICROT, RFKMCTRATE, RFKMCTINC, RFKMCTSTART, JPARAM, PEQTHRESH, & 61:      &                 PFSHIFT, MICROEMIN, MICROEMAX, MICROEINC, MICROT, RFKMCTRATE, RFKMCTINC, RFKMCTSTART, JPARAM, PEQTHRESH, &
 62:      &                 PERTHRESH, SHANNONTMIN, SHANNONTMAX, SHANNONTINC, RATEAB, RATEBA, MINBARRIER 62:      &                 PERTHRESH, SHANNONTMIN, SHANNONTMAX, SHANNONTINC, RATEAB, RATEBA
 63:  63: 
 64:  64: 
 65: ! AMH 65: ! AMH
 66:       DOUBLE PRECISION QCONTCUT, RELCOCUT 66:       DOUBLE PRECISION QCONTCUT, RELCOCUT
 67:  67: 
 68:       DOUBLE PRECISION, PARAMETER :: PI=3.141592654D0 68:       DOUBLE PRECISION, PARAMETER :: PI=3.141592654D0
 69:       DOUBLE PRECISION TTSSEARCH, TPFOLD, TTFOLD, TGT, TDIJKSTRA, TCONNECTDIST, TKSHORTESTPATHS ! timers 69:       DOUBLE PRECISION TTSSEARCH, TPFOLD, TTFOLD, TGT, TDIJKSTRA, TCONNECTDIST, TKSHORTESTPATHS ! timers
 70:  70: 
 71: ! MAXMIN 71: ! MAXMIN
 72:       INTEGER, ALLOCATABLE :: HORDERMIN(:), TOPPOINTER(:), MINGROUP(:), MINCONN(:) 72:       INTEGER, ALLOCATABLE :: HORDERMIN(:), TOPPOINTER(:), MINGROUP(:), MINCONN(:)


r29450/keywords.f 2015-11-17 23:34:35.021779065 +0000 r29449/keywords.f 2015-11-17 23:34:35.589786679 +0000
176:       DIJINITSTARTT=.FALSE.176:       DIJINITSTARTT=.FALSE.
177:       DIJINITCONTT=.FALSE.177:       DIJINITCONTT=.FALSE.
178:       PAIRDISTMAX=100178:       PAIRDISTMAX=100
179:       NRANDOMMETRIC=100179:       NRANDOMMETRIC=100
180:       RANDOMMETRICT=.FALSE.180:       RANDOMMETRICT=.FALSE.
181:       PAIRDIST1=0181:       PAIRDIST1=0
182:       PAIRDIST2=0182:       PAIRDIST2=0
183:       TSTHRESH=HUGE(1.0D0)183:       TSTHRESH=HUGE(1.0D0)
184:       MAXBARRIER=HUGE(1.0D0)184:       MAXBARRIER=HUGE(1.0D0)
185:       MAXDOWNBARRIER=HUGE(1.0D0)185:       MAXDOWNBARRIER=HUGE(1.0D0)
186:       MINBARRIER=-HUGE(1.0D0) 
187:       COSTFUNCTIONPOWER=1186:       COSTFUNCTIONPOWER=1
188:       EXPCOSTFUNCTION=.FALSE.187:       EXPCOSTFUNCTION=.FALSE.
189:       INDEXCOSTFUNCTION=.FALSE.188:       INDEXCOSTFUNCTION=.FALSE.
190:       COPYFILES=''189:       COPYFILES=''
191:       COPYOPTIMT=.FALSE.190:       COPYOPTIMT=.FALSE.
192:       NPFOLD=0191:       NPFOLD=0
193:       PFOLDCONV=1.0D-4192:       PFOLDCONV=1.0D-4
194:       TFOLDT=.FALSE.193:       TFOLDT=.FALSE.
195:       NTFOLD=1.0D4 ! real not integer !194:       NTFOLD=1.0D4 ! real not integer !
196:       TOMEGA=1.0D0195:       TOMEGA=1.0D0
1387:       ELSE IF (WORD.EQ.'MICROTHERM') THEN1386:       ELSE IF (WORD.EQ.'MICROTHERM') THEN
1388:          MICROTHERMT=.TRUE.1387:          MICROTHERMT=.TRUE.
1389:          MICROEMIN=1.0D01388:          MICROEMIN=1.0D0
1390:          MICROEMAX=2.0D01389:          MICROEMAX=2.0D0
1391:          MICROEINC=0.1D01390:          MICROEINC=0.1D0
1392:          MICROT=1.0D01391:          MICROT=1.0D0
1393:          CALL READF(MICROEMIN)1392:          CALL READF(MICROEMIN)
1394:          CALL READF(MICROEMAX)1393:          CALL READF(MICROEMAX)
1395:          CALL READF(MICROEINC)1394:          CALL READF(MICROEINC)
1396:          CALL READF(MICROT)1395:          CALL READF(MICROT)
1397: C 
1398: C  MINBARRIER - set this in order to exclude from the analysis bad TSs that are lower in 
1399: C  potential energy than either of the connected minima (see checkTS.f90). 
1400: C  NB use with caution - TSs may legitimately be lower in FREE energy. 
1401: C 
1402:       ELSE IF (WORD.EQ.'MINBARRIER') THEN 
1403:          CALL READF(MINBARRIER) 
1404:  
1405:       ELSE IF (WORD.EQ.'MSSTOCK') THEN1396:       ELSE IF (WORD.EQ.'MSSTOCK') THEN
1406:          MSSTOCKT = .TRUE.1397:          MSSTOCKT = .TRUE.
1407:          CALL READI(NRBSITES)1398:          CALL READI(NRBSITES)
1408:          ALLOCATE(RBSITE(NRBSITES,3))1399:          ALLOCATE(RBSITE(NRBSITES,3))
1409:          CALL DEFMULTSTOCK()1400:          CALL DEFMULTSTOCK()
1410: 1401: 
1411: C1402: C
1412: C  Number of atoms - essential unless RIGIDBODIES/RBAA keyword is present.1403: C  Number of atoms - essential unless RIGIDBODIES/RBAA keyword is present.
1413: C1404: C
1414:       ELSE IF (WORD.EQ.'NATOMS') THEN1405:       ELSE IF (WORD.EQ.'NATOMS') THEN


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0