hdiff output

r29310/main.F 2015-11-17 23:34:56.378065453 +0000 r29309/main.F 2015-11-17 23:34:56.766070648 +0000
 80:       TKSHORTESTPATHS=0.0D0 80:       TKSHORTESTPATHS=0.0D0
 81:       TCONNECTDIST=0.0D0 81:       TCONNECTDIST=0.0D0
 82:       TGT=0.0D0 82:       TGT=0.0D0
 83:       PRINT '(A,A70)', 'PATHSAMPLE version r',VERSIONTEMP 83:       PRINT '(A,A70)', 'PATHSAMPLE version r',VERSIONTEMP
 84:       CALL KEYWORDS 84:       CALL KEYWORDS
 85:       IF ((PERMDIST.OR.PERMISOMER).AND.(CHARMMT).AND.(NPERMGROUP.EQ.NATOMS)) THEN 85:       IF ((PERMDIST.OR.PERMISOMER).AND.(CHARMMT).AND.(NPERMGROUP.EQ.NATOMS)) THEN
 86:          PRINT '(A)','main> Likely error in input - PERM set without perm.allow file for CHARMM potential' 86:          PRINT '(A)','main> Likely error in input - PERM set without perm.allow file for CHARMM potential'
 87:          STOP 87:          STOP
 88:       ENDIF 88:       ENDIF
 89:       IF ((PERMDIST.OR.PERMISOMER).AND.(VERIFY('perm.allow',COPYFILES).NE.0)) THEN 89:       IF ((PERMDIST.OR.PERMISOMER).AND.(VERIFY('perm.allow',COPYFILES).NE.0)) THEN
 90: ! 90:          PRINT '(A)','main> ERROR - PERM set without perm.allow file in COPYFILES'
 91: ! This is not an error for monoatomic systems. 91:          STOP
 92: ! 
 93:          PRINT '(A)','main> WARNING - PERM set without perm.allow file in COPYFILES' 
 94:       ENDIF 92:       ENDIF
 95:       IF (CHARMMT.AND.(VERIFY('input.crd',COPYFILES).NE.0)) THEN 93:       IF (CHARMMT.AND.(VERIFY('input.crd',COPYFILES).NE.0)) THEN
 96:          PRINT '(A)','main> Likely error in input - CHARMM potential specified without input.crd in COPYFILES' 94:          PRINT '(A)','main> Likely error in input - CHARMM potential specified without input.crd in COPYFILES'
 97:          STOP 95:          STOP
 98:       ENDIF 96:       ENDIF
 99:       ALLOCATE(FRQS(3*NATOMS),RESLABEL(NATOMS), 97:       ALLOCATE(FRQS(3*NATOMS),RESLABEL(NATOMS),
100:      &         ATOMLABEL(NATOMS),RESNUMBER(NATOMS),EMIN(MAXMIN),FVIBMIN(MAXMIN),PFMIN(MAXMIN),  98:      &         ATOMLABEL(NATOMS),RESNUMBER(NATOMS),EMIN(MAXMIN),FVIBMIN(MAXMIN),PFMIN(MAXMIN), 
101:      &         IXMIN(MAXMIN),IYMIN(MAXMIN),IZMIN(MAXMIN),GPFOLD(MAXMIN), 99:      &         IXMIN(MAXMIN),IYMIN(MAXMIN),IZMIN(MAXMIN),GPFOLD(MAXMIN),
102:      &         ETS(MAXTS),FVIBTS(MAXTS),KPLUS(MAXTS),KMINUS(MAXTS),NEGEIG(MAXTS),100:      &         ETS(MAXTS),FVIBTS(MAXTS),KPLUS(MAXTS),KMINUS(MAXTS),NEGEIG(MAXTS),
103:      &         IXTS(MAXTS),IYTS(MAXTS),IZTS(MAXTS),HORDERMIN(MAXMIN),TOPPOINTER(MAXMIN),HORDERTS(MAXTS), 101:      &         IXTS(MAXTS),IYTS(MAXTS),IZTS(MAXTS),HORDERMIN(MAXMIN),TOPPOINTER(MAXMIN),HORDERTS(MAXTS), 


r29310/nodes.f90 2015-11-17 23:34:56.566067975 +0000 r29309/nodes.f90 2015-11-17 23:34:56.958073235 +0000
  1: MODULE NODES  1: MODULE NODES
  2:      USE COMMONS,ONLY : SLURMT, PBST, CHECKSPT, DEBUG  2:      USE COMMONS,ONLY : SLURMT, PBST, CHECKSPT, DEBUG
  3:      USE PORFUNCS  3:      USE PORFUNCS
  4:      IMPLICIT NONE  4:      IMPLICIT NONE
  5:      SAVE  5:      SAVE
  6:   6: 
  7:      INTEGER :: JPN,NNODES,NNLEN,MYSTAT,ACTUALLENPATH  7:      INTEGER :: JPN,NNODES,NNLEN,MYSTAT,ACTUALLENPATH
  8:      INTEGER, PARAMETER :: LENPATH=7000  8:      INTEGER, PARAMETER :: LENPATH=700
  9:      CHARACTER(LEN=80),ALLOCATABLE,DIMENSION(:) :: NODENAME  9:      CHARACTER(LEN=80),ALLOCATABLE,DIMENSION(:) :: NODENAME
 10:      CHARACTER(LEN=80) :: USERNAME, RANSTRING 10:      CHARACTER(LEN=80) :: USERNAME, RANSTRING
 11:      CHARACTER(LEN=100) :: WORKINGDIRECTORY 11:      CHARACTER(LEN=100) :: WORKINGDIRECTORY
 12:      CHARACTER(LEN=7000) :: TOTALJOBSTRING 12:      CHARACTER(LEN=1700) :: TOTALJOBSTRING
 13: !    CHARACTER(LEN=1000) :: KILLSTRING 13: !    CHARACTER(LEN=1000) :: KILLSTRING
 14:      CHARACTER(LEN=200) :: PATHSTRING 14:      CHARACTER(LEN=200) :: PATHSTRING
 15:      LOGICAL :: SSHPARALLEL=.FALSE., YESNO 15:      LOGICAL :: SSHPARALLEL=.FALSE., YESNO
 16:  16: 
 17:      CHARACTER(LEN=120) :: NODESTRING 17:      CHARACTER(LEN=120) :: NODESTRING
 18:      CHARACTER(LEN=120) :: NODEN 18:      CHARACTER(LEN=120) :: NODEN
 19:      CHARACTER(LEN=120) :: TEMPSTRING 19:      CHARACTER(LEN=120) :: TEMPSTRING
 20:      CHARACTER(LEN=120) :: HOSTNAME 20:      CHARACTER(LEN=120) :: HOSTNAME
 21:      CHARACTER(LEN=LENPATH) :: SSHPATH 21:      CHARACTER(LEN=LENPATH) :: SSHPATH
 22:      INTEGER NSTART, NFINISH, NSTART2, NFINISH2, J1, N1, N2, LCOUNT 22:      INTEGER NSTART, NFINISH, NSTART2, NFINISH2, J1, N1, N2, LCOUNT
224: 224: 
225: ! csw34> KILLSTRING created a killfile which contained the process ids of the OPTIM jobs spawned by PATHSAMPLE.225: ! csw34> KILLSTRING created a killfile which contained the process ids of the OPTIM jobs spawned by PATHSAMPLE.
226: !        This was necessary as some of the clusters did not clean up stray OPTIM jobs which were running if 226: !        This was necessary as some of the clusters did not clean up stray OPTIM jobs which were running if 
227: !        PATHSAMPLE died. This has now been fixed. The code will remain here in case it is needed in the future.227: !        PATHSAMPLE died. This has now been fixed. The code will remain here in case it is needed in the future.
228: !          KILLSTRING='echo "ssh ' // TRIM(NODE) // ' quote ps -f | grep ' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) // &228: !          KILLSTRING='echo "ssh ' // TRIM(NODE) // ' quote ps -f | grep ' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR1)) // &
229: !  &                  ' | grep -v ssh | grep -v bash | grep -v PATH | grep -v grep > poo1 ; ' // &229: !  &                  ' | grep -v ssh | grep -v bash | grep -v PATH | grep -v grep > poo1 ; ' // &
230: !  &                  ' cut -c10-15 poo1 > poo2 ; ' // TEMPSTRING // &230: !  &                  ' cut -c10-15 poo1 > poo2 ; ' // TEMPSTRING // &
231: !  &                  ' chmod +x poo3 ; ./poo3 quote"  >> killfile'231: !  &                  ' chmod +x poo3 ; ./poo3 quote"  >> killfile'
232: !232: !
233: ! Build up the complete rsh command step by step:233: ! Build up the complete rsh command step by step:
234: ! (1) make the scratch directory on the node. 234: ! (1) make the scratch directory on the node. -p flag means no error is generated if the directory already exists.
235: !     -p flag means no error is generated if the directory already exists. 
236: !     -x disables X forwarding. 
237:           IF (SLURMT.OR.SSHT) THEN235:           IF (SLURMT.OR.SSHT) THEN
238:              TOTALJOBSTRING= 'ssh -x ' // TRIM(node) // ' " mkdir -p ' // TRIM(ADJUSTL(PATHSTRING)) 236:              TOTALJOBSTRING= 'ssh ' // TRIM(node) // ' " mkdir -p ' // TRIM(ADJUSTL(PATHSTRING)) 
239:           ELSE237:           ELSE
240:              TOTALJOBSTRING= 'rsh ' // TRIM(node) // ' " mkdir -p ' // TRIM(ADJUSTL(PATHSTRING)) 238:              TOTALJOBSTRING= 'rsh ' // TRIM(node) // ' " mkdir -p ' // TRIM(ADJUSTL(PATHSTRING)) 
241:           ENDIF239:           ENDIF
242: ! (2) copy data from WORKINGDIRECTORY to the scratch directory on the node240: ! (2) copy data from WORKINGDIRECTORY to the scratch directory on the node
243: !     - scp used instead of copy as cannot rely on the contents of NFS-mounted directories to look the same on both nodes 241: !     - scp used instead of copy as cannot rely on the contents of NFS-mounted directories to look the same on both nodes 
244: !     Note that if any file is missing an error condition will result, and subsequent commands will fail.242: !     Note that if any file is missing an error condition will result, and subsequent commands will fail.
245:           TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) &243:           TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) &
246:   &          // ' ; scp -r ' // TRIM(ADJUSTL(HOSTNAME)) // ':' // TRIM(ADJUSTL(WORKINGDIRECTORY)) // '/' & 244:   &          // ' ; scp -r ' // TRIM(ADJUSTL(HOSTNAME)) // ':' // TRIM(ADJUSTL(WORKINGDIRECTORY)) // '/' & 
247:   &          // TRIM(ADJUSTL(TEMPCOPYFILESDIR)) // '/* ' // TRIM(ADJUSTL(PATHSTRING)) // ' ; rm -rf ' & 245:   &          // TRIM(ADJUSTL(TEMPCOPYFILESDIR)) // '/* ' // TRIM(ADJUSTL(PATHSTRING)) // ' ; rm -rf ' & 
248:   &          // TRIM(ADJUSTL(WORKINGDIRECTORY)) // '/' // TRIM(ADJUSTL(TEMPCOPYFILESDIR))246:   &          // TRIM(ADJUSTL(WORKINGDIRECTORY)) // '/' // TRIM(ADJUSTL(TEMPCOPYFILESDIR))


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0