hdiff output

r29304/commons.f90 2015-11-17 23:34:53.462026349 +0000 r29303/commons.f90 2015-11-17 23:34:53.850031553 +0000
112:       CHARACTER(LEN=80) EXEC,EXECGMIN112:       CHARACTER(LEN=80) EXEC,EXECGMIN
113:       CHARACTER(LEN=80) PATHNAME, MINNAME, ADDMINXYZNAME, ALLCOMPS113:       CHARACTER(LEN=80) PATHNAME, MINNAME, ADDMINXYZNAME, ALLCOMPS
114:       CHARACTER(LEN=150) COPYFILES114:       CHARACTER(LEN=150) COPYFILES
115:       CHARACTER(LEN=80) USEPAIRSFILE115:       CHARACTER(LEN=80) USEPAIRSFILE
116:       CHARACTER(LEN=80) MAKEPAIRSFILE116:       CHARACTER(LEN=80) MAKEPAIRSFILE
117:       CHARACTER(LEN=2) DIRECTION117:       CHARACTER(LEN=2) DIRECTION
118:       CHARACTER(LEN=5) UNCONNECTEDS118:       CHARACTER(LEN=5) UNCONNECTEDS
119:       CHARACTER(LEN=5) ZSYM119:       CHARACTER(LEN=5) ZSYM
120:       CHARACTER(LEN=2), ALLOCATABLE ::  ZSYMBOL(:)120:       CHARACTER(LEN=2), ALLOCATABLE ::  ZSYMBOL(:)
121:       CHARACTER(LEN=1) ENSEMBLE121:       CHARACTER(LEN=1) ENSEMBLE
 122:       CHARACTER(LEN=120) :: HOSTNAME
122: 123: 
123:       CHARACTER(LEN=4), ALLOCATABLE :: RESLABEL(:), ATOMLABEL(:)124:       CHARACTER(LEN=4), ALLOCATABLE :: RESLABEL(:), ATOMLABEL(:)
124:       INTEGER, ALLOCATABLE :: RESNUMBER(:)125:       INTEGER, ALLOCATABLE :: RESNUMBER(:)
125:       INTEGER, ALLOCATABLE :: NCONNGROUP(:) ! jmc126:       INTEGER, ALLOCATABLE :: NCONNGROUP(:) ! jmc
126: 127: 
127: !     DC430 >128: !     DC430 >
128:       INTEGER :: NRBSITES, NTSITES, NRBGROUP, PAHID, PAPID, TIPID129:       INTEGER :: NRBSITES, NTSITES, NRBGROUP, PAHID, PAPID, TIPID
129:       DOUBLE PRECISION :: PAPALP130:       DOUBLE PRECISION :: PAPALP
130:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: RBSITE(:,:), SITEMASS(:)131:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: RBSITE(:,:), SITEMASS(:)
131:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: RBOPS(:,:)132:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: RBOPS(:,:)


r29304/nodes.f90 2015-11-17 23:34:53.650028872 +0000 r29303/nodes.f90 2015-11-17 23:34:54.042034127 +0000
  1: MODULE NODES  1: MODULE NODES
  2:      USE COMMONS,ONLY : SLURMT, PBST, CHECKSPT, DEBUG  2:      USE COMMONS,ONLY : SLURMT, PBST, CHECKSPT, DEBUG, HOSTNAME
  3:      USE PORFUNCS  3:      USE PORFUNCS
  4:      IMPLICIT NONE  4:      IMPLICIT NONE
  5:      SAVE  5:      SAVE
  6:   6: 
  7:      INTEGER :: JPN,NNODES,NNLEN,MYSTAT,ACTUALLENPATH  7:      INTEGER :: JPN,NNODES,NNLEN,MYSTAT
  8:      INTEGER, PARAMETER :: LENPATH=700 
  9:      CHARACTER(LEN=80),ALLOCATABLE,DIMENSION(:) :: NODENAME  8:      CHARACTER(LEN=80),ALLOCATABLE,DIMENSION(:) :: NODENAME
 10:      CHARACTER(LEN=80) :: USERNAME, RANSTRING  9:      CHARACTER(LEN=80) :: USERNAME, RANSTRING
 11:      CHARACTER(LEN=100) :: WORKINGDIRECTORY 10:      CHARACTER(LEN=100) :: WORKINGDIRECTORY
 12:      CHARACTER(LEN=1000) :: TOTALJOBSTRING 11:      CHARACTER(LEN=1000) :: TOTALJOBSTRING
 13: !    CHARACTER(LEN=1000) :: KILLSTRING 12: !    CHARACTER(LEN=1000) :: KILLSTRING
 14:      CHARACTER(LEN=200) :: PATHSTRING 13:      CHARACTER(LEN=200) :: PATHSTRING
 15:      LOGICAL :: SSHPARALLEL=.FALSE., YESNO 14:      LOGICAL :: SSHPARALLEL=.FALSE., YESNO
 16:  15: 
 17:      CHARACTER(LEN=120) :: NODESTRING 16:      CHARACTER(LEN=120) :: NODESTRING
 18:      CHARACTER(LEN=120) :: NODEN 17:      CHARACTER(LEN=120) :: NODEN
 19:      CHARACTER(LEN=120) :: TEMPSTRING 18:      CHARACTER(LEN=120) :: TEMPSTRING
 20:      CHARACTER(LEN=120) :: HOSTNAME 
 21:      CHARACTER(LEN=LENPATH) :: SSHPATH 
 22:      INTEGER NSTART, NFINISH, NSTART2, NFINISH2, J1, N1, N2, LCOUNT 19:      INTEGER NSTART, NFINISH, NSTART2, NFINISH2, J1, N1, N2, LCOUNT
 23:  20: 
 24:      CONTAINS 21:      CONTAINS
 25:  22: 
 26:      SUBROUTINE GETNODES(NCPU) 23:      SUBROUTINE GETNODES(NCPU)
 27:           USE PORFUNCS 24:           USE PORFUNCS
 28:           IMPLICIT NONE 25:           IMPLICIT NONE
 29:       26:      
 30:           INTEGER,INTENT(OUT) :: NCPU 27:           INTEGER,INTENT(OUT) :: NCPU
 31:  28: 
148:           INQUIRE(FILE='currentnode',EXIST=YESNO)145:           INQUIRE(FILE='currentnode',EXIST=YESNO)
149:           IF (YESNO) THEN146:           IF (YESNO) THEN
150:              OPEN(UNIT=125,FILE='currentnode',STATUS='OLD')147:              OPEN(UNIT=125,FILE='currentnode',STATUS='OLD')
151:              READ(125,'(A)') HOSTNAME148:              READ(125,'(A)') HOSTNAME
152:              CLOSE(125)149:              CLOSE(125)
153:              CALL MYSYSTEM(MYSTAT,DEBUG,'rm currentnode')150:              CALL MYSYSTEM(MYSTAT,DEBUG,'rm currentnode')
154:           ELSE151:           ELSE
155:              WRITE(*,'(A)') 'getnodes> Current node unknown - stopping'152:              WRITE(*,'(A)') 'getnodes> Current node unknown - stopping'
156:              STOP153:              STOP
157:           END IF154:           END IF
158:  
159:           ! Read in current PATH so that this can be passed when submitting jobs using ssh 
160:           CALL MYSYSTEM(MYSTAT,DEBUG,'echo $PATH > sshpath') 
161:           INQUIRE(FILE='sshpath',EXIST=YESNO) 
162:           IF (YESNO) THEN 
163:              CALL MYSYSTEM(MYSTAT,DEBUG,'wc -c < sshpath >lenpath') 
164:              OPEN(UNIT=126,FILE='lenpath',STATUS='OLD') 
165:              READ(126,*) ACTUALLENPATH 
166:              CLOSE(126) 
167:              IF (ACTUALLENPATH > LENPATH) THEN 
168:                 WRITE(*,'(A)') 'getnodes> Length of $PATH exceeds static allocation size' 
169:                 WRITE(*,'(A)') ' - increase size of LENPATH and possibly TOTALJOBSTRING' 
170:                 STOP 
171:              END IF 
172:              OPEN(UNIT=127,FILE='sshpath',STATUS='OLD') 
173:              READ(127,'(A)') SSHPATH 
174:              CLOSE(127) 
175:              CALL MYSYSTEM(MYSTAT,DEBUG,'rm sshpath lenpath') 
176:           ELSE 
177:              WRITE(*,'(A)') 'getnodes> Unable to read in $PATH - stopping' 
178:              STOP 
179:           END IF 
180:      END SUBROUTINE GETNODES155:      END SUBROUTINE GETNODES
181: 156: 
182:      SUBROUTINE SSHSUBMIT(ICPU,STAT,JOBSTRING,CONNSTR1,LDEBUG)157:      SUBROUTINE SSHSUBMIT(ICPU,STAT,JOBSTRING,CONNSTR1,LDEBUG)
183:           USE PORFUNCS, ONLY: SYSTEM_SUBR158:           USE PORFUNCS, ONLY: SYSTEM_SUBR
184:           USE COMMONS, ONLY: CHARMMT, ZSYM, COPYFILES, COPYOPTIMT, BHINTERPT, BISECTT, SSHT159:           USE COMMONS, ONLY: CHARMMT, ZSYM, COPYFILES, COPYOPTIMT, BHINTERPT, BISECTT, SSHT, HOSTNAME
185:           IMPLICIT NONE160:           IMPLICIT NONE
186:           REAL HARVEST161:           REAL HARVEST
187: 162: 
188:           INTEGER,INTENT(IN) :: ICPU163:           INTEGER,INTENT(IN) :: ICPU
189:           LOGICAL,INTENT(IN) :: LDEBUG164:           LOGICAL,INTENT(IN) :: LDEBUG
190:           INTEGER,INTENT(OUT) :: STAT165:           INTEGER,INTENT(OUT) :: STAT
191:           CHARACTER(LEN=*) :: JOBSTRING,CONNSTR1166:           CHARACTER(LEN=*) :: JOBSTRING,CONNSTR1
192: 167: 
193:           INTEGER :: MYSTATUS168:           INTEGER :: MYSTATUS
194:           CHARACTER(LEN=80) :: NODE169:           CHARACTER(LEN=80) :: NODE
242: !     Note that if any file is missing an error condition will result, and subsequent commands will fail.217: !     Note that if any file is missing an error condition will result, and subsequent commands will fail.
243:           TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) &218:           TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) &
244:   &          // ' ; scp -r ' // TRIM(ADJUSTL(HOSTNAME)) // ':' // TRIM(ADJUSTL(WORKINGDIRECTORY)) // '/' & 219:   &          // ' ; scp -r ' // TRIM(ADJUSTL(HOSTNAME)) // ':' // TRIM(ADJUSTL(WORKINGDIRECTORY)) // '/' & 
245:   &          // TRIM(ADJUSTL(TEMPCOPYFILESDIR)) // '/* ' // TRIM(ADJUSTL(PATHSTRING)) // ' ; rm -rf ' & 220:   &          // TRIM(ADJUSTL(TEMPCOPYFILESDIR)) // '/* ' // TRIM(ADJUSTL(PATHSTRING)) // ' ; rm -rf ' & 
246:   &          // TRIM(ADJUSTL(WORKINGDIRECTORY)) // '/' // TRIM(ADJUSTL(TEMPCOPYFILESDIR))221:   &          // TRIM(ADJUSTL(WORKINGDIRECTORY)) // '/' // TRIM(ADJUSTL(TEMPCOPYFILESDIR))
247: ! (3) move to the scratch directory on the node222: ! (3) move to the scratch directory on the node
248:           TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) // ' ; cd ' // TRIM(ADJUSTL(PATHSTRING))223:           TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) // ' ; cd ' // TRIM(ADJUSTL(PATHSTRING))
249: ! (3b) delete any existing path.info.* file (a very rare but not impossible condition!)224: ! (3b) delete any existing path.info.* file (a very rare but not impossible condition!)
250:           TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) // ' && rm -f path.info.* '225:           TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) // ' && rm -f path.info.* '
251: ! (4) run the OPTIM job226: ! (4) run the OPTIM job
252:           TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) // ' ; PATH=' // TRIM(ADJUSTL(SSHPATH)) // ' ' // JOBSTRING227:           TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) // ' ; ' // JOBSTRING
253: ! (5) copy results back228: ! (5) copy results back
254:           IF (LDEBUG) THEN ! copy everything back 229:           IF (LDEBUG) THEN ! copy everything back 
255:              TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) // ' ; scp *.' // connstr1 &230:              TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) // ' ; scp *.' // connstr1 &
256:    &                      // ' ' // TRIM(ADJUSTL(HOSTNAME)) // ':' // TRIM(ADJUSTL(WORKINGDIRECTORY))231:    &                      // ' ' // TRIM(ADJUSTL(HOSTNAME)) // ':' // TRIM(ADJUSTL(WORKINGDIRECTORY))
257:           ELSEIF (COPYOPTIMT.AND.(BHINTERPT.OR.BISECTT)) THEN ! copy path.info, OPTIM232:           ELSEIF (COPYOPTIMT.AND.(BHINTERPT.OR.BISECTT)) THEN ! copy path.info, OPTIM
258:              TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) &233:              TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) &
259:    &            // ' ; scp OPTIM* min.data.info* ' // TRIM(ADJUSTL(HOSTNAME)) // ':'// TRIM(ADJUSTL(WORKINGDIRECTORY))234:    &            // ' ; scp OPTIM* min.data.info* ' // TRIM(ADJUSTL(HOSTNAME)) // ':'// TRIM(ADJUSTL(WORKINGDIRECTORY))
260:           ELSEIF (COPYOPTIMT) THEN ! copy path.info, OPTIM, odata and finish235:           ELSEIF (COPYOPTIMT) THEN ! copy path.info, OPTIM, odata and finish
261: !            IF (CHECKSPT) THEN236: !            IF (CHECKSPT) THEN
262: !               TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) &237: !               TOTALJOBSTRING=TRIM(ADJUSTL(TOTALJOBSTRING)) &


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0