hdiff output

r29286/commons.f90 2015-11-17 23:34:49.429972278 +0000 r29285/commons.f90 2015-11-17 23:34:50.157982042 +0000
 97:      &        PERMDIST, PERMISOMER, RIGIDBODY, DIJINITSTARTT, DIJINITCONTT, RETAINSP, REMOVESP, NOFRQS, & 97:      &        PERMDIST, PERMISOMER, RIGIDBODY, DIJINITSTARTT, DIJINITCONTT, RETAINSP, REMOVESP, NOFRQS, &
 98:      &        BARRIERSHORT, FREEZE, RATESHORT, DUMMYRUNT, REWEIGHTT, REGROUPFREET, RFMULTIT, REGROUPFREEABT, READMINT, & 98:      &        BARRIERSHORT, FREEZE, RATESHORT, DUMMYRUNT, REWEIGHTT, REGROUPFREET, RFMULTIT, REGROUPFREEABT, READMINT, &
 99:      &        DUMPGROUPST, FREEPAIRT, KSHORTESTPATHST, KSHORT_FULL_PRINTT, DIJINITFLYT, BHINTERPT, ICINTERPT, & 99:      &        DUMPGROUPST, FREEPAIRT, KSHORTESTPATHST, KSHORT_FULL_PRINTT, DIJINITFLYT, BHINTERPT, ICINTERPT, &
100:      &        DUMMYTST, DOCKT, DSTAGE(6), USEPAIRST, LOWESTFRQT, BISECTT, NGTDISCONNECTALL, ANGLEAXIS2, TFOLDT, &100:      &        DUMMYTST, DOCKT, DSTAGE(6), USEPAIRST, LOWESTFRQT, BISECTT, NGTDISCONNECTALL, ANGLEAXIS2, TFOLDT, &
101:      &        SLURMT, INDEXCOSTFUNCTION, CVT, DOST, IMFRQT, CLOSEFILEST, PULLT, FRICTIONT, ATOMMATCHFULL, &101:      &        SLURMT, INDEXCOSTFUNCTION, CVT, DOST, IMFRQT, CLOSEFILEST, PULLT, FRICTIONT, ATOMMATCHFULL, &
102:      &        INTCONSTRAINTT, CHECKCONINT, INTLJT, INTERPCOSTFUNCTION, REMOVEUNCONNECTEDT, ATOMMATCHDIST, &102:      &        INTCONSTRAINTT, CHECKCONINT, INTLJT, INTERPCOSTFUNCTION, REMOVEUNCONNECTEDT, ATOMMATCHDIST, &
103:      &        DBPT, DBPTDT, DMBLPYT, EFIELDT, MSSTOCKT, NTIPT, PAHAT, PAPT, PATCHYDT, STOCKAAT, RBAAT, RBSYMT, TRAPT, SILANET, &103:      &        DBPT, DBPTDT, DMBLPYT, EFIELDT, MSSTOCKT, NTIPT, PAHAT, PAPT, PATCHYDT, STOCKAAT, RBAAT, RBSYMT, TRAPT, SILANET, &
104:      &        OHCELLT, INTFREEZET, LPERMDIST, PBST, RANDOMMETRICT, SSHT, ALLTST, USERPOTT, CHECKMINT, &104:      &        OHCELLT, INTFREEZET, LPERMDIST, PBST, RANDOMMETRICT, SSHT, ALLTST, USERPOTT, CHECKMINT, &
105:      &        CHECKTST, CHECKSPT, FROMLOWESTT, ADDMINXYZT, MACHINE, RATESCYCLET, NOINVERSION, NEWCONNECTIONST, NIMET, NIHEAM7T, &105:      &        CHECKTST, CHECKSPT, FROMLOWESTT, ADDMINXYZT, MACHINE, RATESCYCLET, NOINVERSION, NEWCONNECTIONST, NIMET, NIHEAM7T, &
106:      &        NIH2LEPST, DISTANCET, RATETARGETT, TARGETHIT, ALLOWABT, MICROTHERMT, RFKMCT, REGROUPKMCT, ONEREGROUPT, PHI4MODT, &106:      &        NIH2LEPST, DISTANCET, RATETARGETT, TARGETHIT, ALLOWABT, MICROTHERMT, RFKMCT, REGROUPKMCT, ONEREGROUPT, PHI4MODT, &
107:      &        PERSISTT, REGROUPPERSISTT, NOLABELST, SHANNONT, MAKEPAIRS, SKIPPAIRST, PERSISTAPPROXT, ALLCOMPONENTST, &107:      &        PERSISTT, REGROUPPERSISTT, NOLABELST, SHANNONT, MAKEPAIRS, SKIPPAIRST, PERSISTAPPROXT, ALLCOMPONENTST
108:      &        SHANNONRT, SHANNONZT 
109: 108: 
110:       LOGICAL, ALLOCATABLE :: SHIFTABLE(:)109:       LOGICAL, ALLOCATABLE :: SHIFTABLE(:)
111:       CHARACTER(LEN=80) COORDSLIGANDSTR, COORDSCOMPLEXSTR, COORDSPROTEINSTR110:       CHARACTER(LEN=80) COORDSLIGANDSTR, COORDSCOMPLEXSTR, COORDSPROTEINSTR
112:       CHARACTER(LEN=80) EXEC,EXECGMIN111:       CHARACTER(LEN=80) EXEC,EXECGMIN
113:       CHARACTER(LEN=80) PATHNAME, MINNAME, ADDMINXYZNAME, ALLCOMPS112:       CHARACTER(LEN=80) PATHNAME, MINNAME, ADDMINXYZNAME, ALLCOMPS
114:       CHARACTER(LEN=150) COPYFILES113:       CHARACTER(LEN=150) COPYFILES
115:       CHARACTER(LEN=80) USEPAIRSFILE114:       CHARACTER(LEN=80) USEPAIRSFILE
116:       CHARACTER(LEN=80) MAKEPAIRSFILE115:       CHARACTER(LEN=80) MAKEPAIRSFILE
117:       CHARACTER(LEN=2) DIRECTION116:       CHARACTER(LEN=2) DIRECTION
118:       CHARACTER(LEN=5) UNCONNECTEDS117:       CHARACTER(LEN=5) UNCONNECTEDS


r29286/keywords.f 2015-11-17 23:34:49.621974853 +0000 r29285/keywords.f 2015-11-17 23:34:50.345984564 +0000
250:       LOWESTFRQT=.FALSE.250:       LOWESTFRQT=.FALSE.
251:       IMFRQT=.FALSE.251:       IMFRQT=.FALSE.
252:       EVCUT=2.0D-6252:       EVCUT=2.0D-6
253: 253: 
254:       BISECTT=.FALSE.254:       BISECTT=.FALSE.
255:       DIAGT=.FALSE.255:       DIAGT=.FALSE.
256:       ARNOLDIT=.FALSE.256:       ARNOLDIT=.FALSE.
257:       SLURMT=.FALSE.257:       SLURMT=.FALSE.
258:       CVT=.FALSE.258:       CVT=.FALSE.
259:       SHANNONT=.FALSE.259:       SHANNONT=.FALSE.
260:       SHANNONRT=.FALSE. 
261:       SHANNONZT=.FALSE. 
262:       NPEQ=100260:       NPEQ=100
263:       MICROTHERMT=.FALSE.261:       MICROTHERMT=.FALSE.
264:       DOST=.FALSE.262:       DOST=.FALSE.
265:       CHECKCONNECTIONST=.FALSE.263:       CHECKCONNECTIONST=.FALSE.
266:       NEWCONNECTIONST=.FALSE.264:       NEWCONNECTIONST=.FALSE.
267:       CONNMINSTART=1265:       CONNMINSTART=1
268:       CLOSEFILEST=.FALSE.266:       CLOSEFILEST=.FALSE.
269:       PULLT=.FALSE.267:       PULLT=.FALSE.
270: !     DC430 >268: !     DC430 >
271:       RBAAT  = .FALSE.269:       RBAAT  = .FALSE.
1783:          SHANNONT=.TRUE.1781:          SHANNONT=.TRUE.
1784:          SHANNONTMIN=1.0D01782:          SHANNONTMIN=1.0D0
1785:          SHANNONTMAX=2.0D01783:          SHANNONTMAX=2.0D0
1786:          SHANNONTINC=0.1D01784:          SHANNONTINC=0.1D0
1787:          CALL READF(SHANNONTMIN)1785:          CALL READF(SHANNONTMIN)
1788:          CALL READF(SHANNONTMAX)1786:          CALL READF(SHANNONTMAX)
1789:          CALL READF(SHANNONTINC)1787:          CALL READF(SHANNONTINC)
1790:          IF (NITEMS.GT.3) CALL READF(EINC)1788:          IF (NITEMS.GT.3) CALL READF(EINC)
1791:          IF (NITEMS.GT.4) CALL READI(NPEQ)1789:          IF (NITEMS.GT.4) CALL READI(NPEQ)
1792: !1790: !
1793: ! Calculate a landscape Shannon entropy from harmonic equilibrium probabilities 
1794: ! Also calculate other frustration measures that include rates 
1795: ! 
1796:       ELSE IF (WORD.EQ.'SHANNONR') THEN 
1797:          SHANNONT=.TRUE. 
1798:          SHANNONRT=.TRUE. 
1799:          SHANNONTMIN=1.0D0 
1800:          SHANNONTMAX=2.0D0 
1801:          SHANNONTINC=0.1D0 
1802:          CALL READF(SHANNONTMIN) 
1803:          CALL READF(SHANNONTMAX) 
1804:          CALL READF(SHANNONTINC) 
1805:          IF (NITEMS.GT.3) CALL READF(EINC) 
1806:          IF (NITEMS.GT.4) CALL READI(NPEQ) 
1807: ! 
1808: ! Calculate a landscape Shannon entropy from harmonic equilibrium probabilities 
1809: ! Also calculate an estimated Zscore   
1810: ! 
1811:       ELSE IF (WORD.EQ.'SHANNONZ') THEN 
1812:          SHANNONT=.TRUE. 
1813:          SHANNONZT=.TRUE. 
1814:          SHANNONTMIN=1.0D0 
1815:          SHANNONTMAX=2.0D0 
1816:          SHANNONTINC=0.1D0 
1817:          CALL READF(SHANNONTMIN) 
1818:          CALL READF(SHANNONTMAX) 
1819:          CALL READF(SHANNONTINC) 
1820:          IF (NITEMS.GT.3) CALL READF(EINC) 
1821:          IF (NITEMS.GT.4) CALL READI(NPEQ) 
1822: ! 
1823: ! Define the sleep time between submitting jobs in cycle2.1791: ! Define the sleep time between submitting jobs in cycle2.
1824: ! Non-zero values required for distributed memory machines and1792: ! Non-zero values required for distributed memory machines and
1825: ! small systems.1793: ! small systems.
1826: !1794: !
1827:       ELSE IF (WORD.EQ.'SILANE') THEN1795:       ELSE IF (WORD.EQ.'SILANE') THEN
1828: 1796: 
1829:          SILANET = .TRUE.1797:          SILANET = .TRUE.
1830:          NRBSITES = 51798:          NRBSITES = 5
1831:          ALLOCATE(RBSITE(NRBSITES,3))1799:          ALLOCATE(RBSITE(NRBSITES,3))
1832:          ALLOCATE(SITEMASS(NRBSITES))1800:          ALLOCATE(SITEMASS(NRBSITES))


r29286/shannon.f90 2015-11-17 23:34:49.953978767 +0000 r29285/shannon.f90 2015-11-17 23:34:50.537987140 +0000
 19: ! 19: !
 20: SUBROUTINE SHANNON 20: SUBROUTINE SHANNON
 21: USE PORFUNCS 21: USE PORFUNCS
 22: USE UTILS 22: USE UTILS
 23: USE SAVESTATE 23: USE SAVESTATE
 24: USE COMMONS, ONLY : DEBUG, KAPPA, TOTALE, TEMPERATURE, ENSEMBLE, HORDERMIN, FVIBMIN, TOTALE, NMIN, EMIN, & 24: USE COMMONS, ONLY : DEBUG, KAPPA, TOTALE, TEMPERATURE, ENSEMBLE, HORDERMIN, FVIBMIN, TOTALE, NMIN, EMIN, &
 25:   &                 SHANNONTMIN, SHANNONTMAX, SHANNONTINC, EINC, NPEQ, NMINA, NMINB, LOCATIONA, LOCATIONB, & 25:   &                 SHANNONTMIN, SHANNONTMAX, SHANNONTINC, EINC, NPEQ, NMINA, NMINB, LOCATIONA, LOCATIONB, &
 26:   &                 TSATTEMPT, MAXTS, NTS, MINGROUP, FVIBTS, HORDERTS, NEGEIG, REGROUPFREETHRESH, GPFOLD, & 26:   &                 TSATTEMPT, MAXTS, NTS, MINGROUP, FVIBTS, HORDERTS, NEGEIG, REGROUPFREETHRESH, GPFOLD, &
 27:   &                 IXMIN, IYMIN, IZMIN, POINTERP, POINTERM,  MINUS, PLUS, TOPPOINTER, KMINUS,  KPLUS, & 27:   &                 IXMIN, IYMIN, IZMIN, POINTERP, POINTERM,  MINUS, PLUS, TOPPOINTER, KMINUS,  KPLUS, &
 28:   &                 ETS, PFMIN, ZSYM, PI, PFMEAN, PFTOTALA, PFTOTALB, FRICTIONT, RATEAB, RATEBA, & 28:   &                 ETS, PFMIN, ZSYM, PI, PFMEAN, PFTOTALA, PFTOTALB, FRICTIONT, RATEAB, RATEBA, &
 29:   &                 NRATESCYCLETEMPS, RATESCYCLETEMPS, NCONNMAX, SHANNONRT, 29:   &                 NRATESCYCLETEMPS, RATESCYCLETEMPS, NCONNMAX
 30:   &                 SHANNONZT 
 31: IMPLICIT NONE 30: IMPLICIT NONE
 32: INTEGER J1, LUNIT, NGMIN, NHIGHESTPEQ(NPEQ), J2, J3, J4, NSTEPS, NDUMMY, NCONNMAXSAVE 31: INTEGER J1, LUNIT, NGMIN, NHIGHESTPEQ(NPEQ), J2, J3, J4, NSTEPS, NDUMMY, NCONNMAXSAVE
 33: DOUBLE PRECISION PFNORM1, PFNORM2, BARRIER(NMIN), DUMMY, FRUSTRATION, HIGHESTPEQ(NPEQ) 32: DOUBLE PRECISION PFNORM1, PFNORM2, BARRIER(NMIN), DUMMY, FRUSTRATION, HIGHESTPEQ(NPEQ)
 34: DOUBLE PRECISION DUMMY2, RATESUM1, RATESUM2, PRENORM 33: DOUBLE PRECISION DUMMY2, RATESUM1, RATESUM2, PRENORM
 35: DOUBLE PRECISION GLOBALMIN, SENTROPY, TEMPSAVE 34: DOUBLE PRECISION GLOBALMIN, SENTROPY, TEMPSAVE
 36: DOUBLE PRECISION FRICTIONFAC, PSUM 35: DOUBLE PRECISION FRICTIONFAC, PSUM
 37: INTEGER, ALLOCATABLE :: MINMAP(:) 36: INTEGER, ALLOCATABLE :: MINMAP(:)
 38:  37: 
 39: ALLOCATE(TSATTEMPT(MAXTS)) 38: ALLOCATE(TSATTEMPT(MAXTS))
 40: TEMPSAVE=TEMPERATURE 39: TEMPSAVE=TEMPERATURE


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0