hdiff output

r28990/genrigid.f90 2015-11-17 23:34:42.077873683 +0000 r28989/genrigid.f90 2015-11-17 23:34:42.881884469 +0000
511:     CALL GET_LATTICE_MATRIX(XCOORDS(3*NATOMS-5:3*NATOMS),MLATTICE)511:     CALL GET_LATTICE_MATRIX(XCOORDS(3*NATOMS-5:3*NATOMS),MLATTICE)
512:   ELSE512:   ELSE
513:     NLATTICECOORDS=0513:     NLATTICECOORDS=0
514:     MLATTICE=0514:     MLATTICE=0
515:     MLATTICE(1,1)=1515:     MLATTICE(1,1)=1
516:     MLATTICE(2,2)=1516:     MLATTICE(2,2)=1
517:     MLATTICE(3,3)=1517:     MLATTICE(3,3)=1
518:   ENDIF518:   ENDIF
519:   CALL INVERT3X3(MLATTICE, MLATTICEINV)519:   CALL INVERT3X3(MLATTICE, MLATTICEINV)
520: 520: 
521:   ! sn402: added. There seems to be a bug (which appears to be compiler-dependent) with the coordinate transform when521:   ! sn402: added. For rigid-body LJ clusters and the like, allowing permutations
522:   ! PERMDIST is set. So we temporarily turn it off. This will hopefully be removed when we figure out what's going on.522:   ! during the conversion step seems to cause problems.
523:   IF(RIGIDMOLECULEST) THEN523:   IF(RIGIDMOLECULEST) THEN
524:     TEMPPERMDIST = PERMDIST524:     TEMPPERMDIST = PERMDIST
525:     PERMDIST = .FALSE.525:     PERMDIST = .FALSE.
526:   ENDIF526:   ENDIF
527: 527: 
528:   IF (PERMDIST) THEN528:   IF (PERMDIST) THEN
529:      TEMPNPERMGROUP = NPERMGROUP529:      TEMPNPERMGROUP = NPERMGROUP
530:      TEMPNPERMSIZE(:) = NPERMSIZE(:)530:      TEMPNPERMSIZE(:) = NPERMSIZE(:)
531:      TEMPPERMGROUP(:) = PERMGROUP(:)531:      TEMPPERMGROUP(:) = PERMGROUP(:)
532:      TEMPNSETS(:) = NSETS(:)532:      TEMPNSETS(:) = NSETS(:)
1559:   ELSE1559:   ELSE
1560:      CALL DGEEV('N','N', DEGFREEDOMS, METRICHESS(1:DEGFREEDOMS,1:DEGFREEDOMS), DEGFREEDOMS, EIG_REAL, EIG_IM, &1560:      CALL DGEEV('N','N', DEGFREEDOMS, METRICHESS(1:DEGFREEDOMS,1:DEGFREEDOMS), DEGFREEDOMS, EIG_REAL, EIG_IM, &
1561:                 & DUMMY_EVECS, DEGFREEDOMS, EVECS(1:DEGFREEDOMS,1:DEGFREEDOMS), DEGFREEDOMS, WORK, LWORK, INFO)1561:                 & DUMMY_EVECS, DEGFREEDOMS, EVECS(1:DEGFREEDOMS,1:DEGFREEDOMS), DEGFREEDOMS, WORK, LWORK, INFO)
1562:   ENDIF1562:   ENDIF
1563: 1563: 
1564:   IF(DEBUG .AND. ANY(ABS(EIG_IM(:)).GT.1.0e-8)) THEN1564:   IF(DEBUG .AND. ANY(ABS(EIG_IM(:)).GT.1.0e-8)) THEN
1565:     WRITE(*,*) "GENRIGID_NORMALMODES> Error: complex eigenvalues returned from metric-tensor Hessian."1565:     WRITE(*,*) "GENRIGID_NORMALMODES> Error: complex eigenvalues returned from metric-tensor Hessian."
1566:     STOP1566:     STOP
1567:   ENDIF1567:   ENDIF
1568: 1568: 
1569:  CALL EIGENSORT_VAL_ASC(EIG_REAL,METRICHESS,DEGFREEDOMS,DEGFREEDOMS)1569: ! CALL EIGENSORT_VAL_ASC(EIG_REAL,METRICHESS,DEGFREEDOMS,DEGFREEDOMS)
1570: 1570: 
1571:   IF (MWVECTORS) THEN1571:   IF (MWVECTORS) THEN
1572:      DO J1 = 1, DEGFREEDOMS1572:      DO J1 = 1, DEGFREEDOMS
1573:         IF (EIG_REAL(J1) > 0.0D0) THEN1573:         IF (EIG_REAL(J1) > 0.0D0) THEN
1574:            EIG_REAL(J1) = SQRT((EIG_REAL(J1)))*108.521574:            EIG_REAL(J1) = SQRT((EIG_REAL(J1)))*108.52
1575:         ELSE1575:         ELSE
1576:            EIG_REAL(J1) = -SQRT((-EIG_REAL(J1)))*108.521576:            EIG_REAL(J1) = -SQRT((-EIG_REAL(J1)))*108.52
1577:         ENDIF1577:         ENDIF
1578:      ENDDO1578:      ENDDO
1579:   ENDIF1579:   ENDIF


r28990/mergedb.f90 2015-11-17 23:34:42.457878783 +0000 r28989/mergedb.f90 2015-11-17 23:34:43.261889564 +0000
154:       IF (ABS(NEWEMIN-EMIN(J2)).LT.EDIFFTOL) THEN154:       IF (ABS(NEWEMIN-EMIN(J2)).LT.EDIFFTOL) THEN
155:          DISTANCE=1.0D100155:          DISTANCE=1.0D100
156:          READ(UMIN,REC=J2) (LOCALPOINTS2(J3),J3=1,3*NATOMS)156:          READ(UMIN,REC=J2) (LOCALPOINTS2(J3),J3=1,3*NATOMS)
157:          CALL MINPERMDIST(LOCALPOINTS,LOCALPOINTS2,NATOMS,DEBUG,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE,DIST2,RIGIDBODY, &157:          CALL MINPERMDIST(LOCALPOINTS,LOCALPOINTS2,NATOMS,DEBUG,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE,DIST2,RIGIDBODY, &
158:   &                       RMAT,.FALSE.)158:   &                       RMAT,.FALSE.)
159:          IF (.NOT.(ADDPT2.OR.ADDPT3)) THEN159:          IF (.NOT.(ADDPT2.OR.ADDPT3)) THEN
160:             IF ((ABS(NEWEMIN-EMIN(J2)).LT.EDIFFTOL).AND.(DISTANCE.GT.GEOMDIFFTOL)) THEN160:             IF ((ABS(NEWEMIN-EMIN(J2)).LT.EDIFFTOL).AND.(DISTANCE.GT.GEOMDIFFTOL)) THEN
161:                PRINT '(A)',' likely error?'161:                PRINT '(A)',' likely error?'
162:                PRINT '(A,3G20.10)',' NEWEMIN,EMIN(J2),DISTANCE=',NEWEMIN,EMIN(J2),DISTANCE162:                PRINT '(A,3G20.10)',' NEWEMIN,EMIN(J2),DISTANCE=',NEWEMIN,EMIN(J2),DISTANCE
163:                PRINT '(A,2I10)',' J2,MINDB=',J2,MINDB163:                PRINT '(A,2I10)',' J2,MINDB=',J2,MINDB
164:                IF(DEBUG) THEN164:                PRINT '(A)','LOCALPOINTS:'
165:                    PRINT '(A)','LOCALPOINTS:'165:                PRINT '(3F20.10)',LOCALPOINTS(1:3*NATOMS)
166:                    PRINT '(3F20.10)',LOCALPOINTS(1:3*NATOMS)166:                PRINT '(A)','LOCALPOINTS2:'
167:                    PRINT '(A)','LOCALPOINTS2:'167:                PRINT '(3F20.10)',LOCALPOINTS2(1:3*NATOMS)
168:                    PRINT '(3F20.10)',LOCALPOINTS2(1:3*NATOMS) 
169:                ENDIF 
170: !168: !
171: ! csw34> Added CHARMM structure dumping for debugging purposes169: ! csw34> Added CHARMM structure dumping for debugging purposes
172: !170: !
173:                IF (CHARMMT) THEN171:                IF (CHARMMT) THEN
174:                   PRINT '(A)','Dumping both sets of coordinates to .crd files'172:                   PRINT '(A)','Dumping both sets of coordinates to .crd files'
175:                   CALL CHARMMDUMP(LOCALPOINTS,'localpoints.crd')173:                   CALL CHARMMDUMP(LOCALPOINTS,'localpoints.crd')
176:                   CALL CHARMMDUMP(LOCALPOINTS2,'localpoints2.crd')174:                   CALL CHARMMDUMP(LOCALPOINTS2,'localpoints2.crd')
177:                ENDIF 175:                ENDIF 
178: !           STOP !!! DJW176: !           STOP !!! DJW
179:             ENDIF177:             ENDIF


r28990/minpermdist.f90 2015-11-17 23:34:42.265876207 +0000 r28989/minpermdist.f90 2015-11-17 23:34:43.073887045 +0000
108:         IF(.NOT.(ANY(ABS(COORDSB(DEGFREEDOMS+1:3*NATOMS)) .GT. 1.0E-10))) THEN108:         IF(.NOT.(ANY(ABS(COORDSB(DEGFREEDOMS+1:3*NATOMS)) .GT. 1.0E-10))) THEN
109:             WRITE(*,*) "minpermdist> Warning: COORDSB seems to be in AA coords. Last block:"109:             WRITE(*,*) "minpermdist> Warning: COORDSB seems to be in AA coords. Last block:"
110: !            WRITE(*,*) COORDSB(3*NATOMS-2:3*NATOMS)110: !            WRITE(*,*) COORDSB(3*NATOMS-2:3*NATOMS)
111:             WRITE(*,*) COORDSB(DEGFREEDOMS+1:3*NATOMS)111:             WRITE(*,*) COORDSB(DEGFREEDOMS+1:3*NATOMS)
112:             WRITE(*,*) "Transforming to Cartesians."112:             WRITE(*,*) "Transforming to Cartesians."
113:             TEMPCOORDSB = COORDSB(:DEGFREEDOMS)113:             TEMPCOORDSB = COORDSB(:DEGFREEDOMS)
114:             CALL TRANSFORMRIGIDTOC(1, NRIGIDBODY, TEMPCOORDSB, COORDSB)114:             CALL TRANSFORMRIGIDTOC(1, NRIGIDBODY, TEMPCOORDSB, COORDSB)
115:             TEMPCOORDSB(:) = 0115:             TEMPCOORDSB(:) = 0
116:         ENDIF116:         ENDIF
117:     ENDIF117:     ENDIF
118:     IF(BULKT .AND. RIGIDMOLECULEST) THEN118:     IF(BULKT) THEN
119:         CALL GENRIGID_MINDIST_BULK(COORDSA,COORDSB,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,DISTANCE,DEBUG)119:         CALL GENRIGID_MINDIST_BULK(COORDSA,COORDSB,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,DISTANCE,DEBUG)
120:         RETURN120:         RETURN
121:     ENDIF121:     ENDIF
122: ENDIF122: ENDIF
123: 123: 
124: !jbr36124: !jbr36
125: !IF (PHI4MODT) THEN125: !IF (PHI4MODT) THEN
126: !   CALL Phi4dist(COORDSB,COORDSA,NATOMS,DISTANCE)126: !   CALL Phi4dist(COORDSB,COORDSA,NATOMS,DISTANCE)
127: !   DIST2=DISTANCE127: !   DIST2=DISTANCE
128: !   RMATBEST(:,:) = 1.D0128: !   RMATBEST(:,:) = 1.D0


r28990/ncutils.f90 2015-11-17 23:34:41.873870950 +0000 r28989/ncutils.f90 2015-11-17 23:34:42.689881897 +0000
1505:      USE SYMINF1505:      USE SYMINF
1506:      USE MODHESS1506:      USE MODHESS
1507:      USE MODCHARMM1507:      USE MODCHARMM
1508:      USE PORFUNCS1508:      USE PORFUNCS
1509:      USE MODUNRES1509:      USE MODUNRES
1510:      USE KEY, ONLY: FILTH, FILTHSTR, UNRST, TWOD, BULKT, MACHINE, RIGIDBODY, NOFRQS, PERMDIST, &1510:      USE KEY, ONLY: FILTH, FILTHSTR, UNRST, TWOD, BULKT, MACHINE, RIGIDBODY, NOFRQS, PERMDIST, &
1511:   &                 AMHT, SEQ, SDT, NRES_AMH_TEMP, AMBERT, NABT, MACROCYCLET, TTM3T, BOWMANT, &1511:   &                 AMHT, SEQ, SDT, NRES_AMH_TEMP, AMBERT, NABT, MACROCYCLET, TTM3T, BOWMANT, &
1512:   &                 HESSDUMPT,INSTANTONSTARTDUMPT, METRICTENSOR, RBAAT, AMBER12T1512:   &                 HESSDUMPT,INSTANTONSTARTDUMPT, METRICTENSOR, RBAAT, AMBER12T
1513: 1513: 
1514:      USE COMMONS, ONLY: ATMASS, NINTS, ZSYM, PARAM1, PARAM2, PARAM3, DEBUG1514:      USE COMMONS, ONLY: ATMASS, NINTS, ZSYM, PARAM1, PARAM2, PARAM3, DEBUG
1515:  
1516:      USE GENRIGID1515:      USE GENRIGID
1517:  
1518:      IMPLICIT NONE1516:      IMPLICIT NONE
1519:      DOUBLE PRECISION RMAT(3,3), DIST, DIST21517:      DOUBLE PRECISION RMAT(3,3), DIST, DIST2
1520: 1518: 
1521: !    LOCAL AMH VARIABLES1519: !    LOCAL AMH VARIABLES
1522:      INTEGER :: I_RES, GLY_COUNT1520:      INTEGER :: I_RES, GLY_COUNT
1523:      CHARACTER(LEN=5) :: TARFL1521:      CHARACTER(LEN=5) :: TARFL
1524: 1522: 
1525:      CHARACTER(LEN=20) :: PINFOSTRING1523:      CHARACTER(LEN=20) :: PINFOSTRING
1526:      DOUBLE PRECISION :: DIHE,ALLANG,DISTPF,DUMMY1,GRAD(3*NATOMS),RMS,DIAG(3*NATOMS),TEMPA(9*NATOMS),DUMQ(3*NATOMS)1524:      DOUBLE PRECISION :: DIHE,ALLANG,DISTPF,DUMMY1,GRAD(3*NATOMS),RMS,DIAG(3*NATOMS),TEMPA(9*NATOMS),DUMQ(3*NATOMS)
1527:      DOUBLE PRECISION :: PREVIOUSTS(3*NATOMS), INERTIA(3,3)1525:      DOUBLE PRECISION :: PREVIOUSTS(3*NATOMS), INERTIA(3,3)


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0