hdiff output

r28926/commons.f90 2015-11-17 23:34:43.881897877 +0000 r28925/commons.f90 2015-11-17 23:34:44.673908499 +0000
 97:      &        PERMDIST, PERMISOMER, RIGIDBODY, DIJINITSTARTT, DIJINITCONTT, RETAINSP, REMOVESP, NOFRQS, & 97:      &        PERMDIST, PERMISOMER, RIGIDBODY, DIJINITSTARTT, DIJINITCONTT, RETAINSP, REMOVESP, NOFRQS, &
 98:      &        BARRIERSHORT, FREEZE, RATESHORT, DUMMYRUNT, REWEIGHTT, REGROUPFREET, RFMULTIT, REGROUPFREEABT, READMINT, & 98:      &        BARRIERSHORT, FREEZE, RATESHORT, DUMMYRUNT, REWEIGHTT, REGROUPFREET, RFMULTIT, REGROUPFREEABT, READMINT, &
 99:      &        DUMPGROUPST, FREEPAIRT, KSHORTESTPATHST, KSHORT_FULL_PRINTT, DIJINITFLYT, BHINTERPT, ICINTERPT, & 99:      &        DUMPGROUPST, FREEPAIRT, KSHORTESTPATHST, KSHORT_FULL_PRINTT, DIJINITFLYT, BHINTERPT, ICINTERPT, &
100:      &        DUMMYTST, DOCKT, DSTAGE(6), USEPAIRST, LOWESTFRQT, BISECTT, NGTDISCONNECTALL, ANGLEAXIS2, TFOLDT, &100:      &        DUMMYTST, DOCKT, DSTAGE(6), USEPAIRST, LOWESTFRQT, BISECTT, NGTDISCONNECTALL, ANGLEAXIS2, TFOLDT, &
101:      &        SLURMT, INDEXCOSTFUNCTION, CVT, DOST, IMFRQT, CLOSEFILEST, PULLT, FRICTIONT, ATOMMATCHFULL, &101:      &        SLURMT, INDEXCOSTFUNCTION, CVT, DOST, IMFRQT, CLOSEFILEST, PULLT, FRICTIONT, ATOMMATCHFULL, &
102:      &        INTCONSTRAINTT, CHECKCONINT, INTLJT, INTERPCOSTFUNCTION, REMOVEUNCONNECTEDT, ATOMMATCHDIST, &102:      &        INTCONSTRAINTT, CHECKCONINT, INTLJT, INTERPCOSTFUNCTION, REMOVEUNCONNECTEDT, ATOMMATCHDIST, &
103:      &        DBPT, DBPTDT, DMBLPYT, EFIELDT, MSSTOCKT, NTIPT, PAHAT, PAPT, PATCHYDT, STOCKAAT, RBAAT, RBSYMT, TRAPT, SILANET, &103:      &        DBPT, DBPTDT, DMBLPYT, EFIELDT, MSSTOCKT, NTIPT, PAHAT, PAPT, PATCHYDT, STOCKAAT, RBAAT, RBSYMT, TRAPT, SILANET, &
104:      &        OHCELLT, INTFREEZET, LPERMDIST, PBST, RANDOMMETRICT, SSHT, ALLTST, USERPOTT, CHECKMINT, &104:      &        OHCELLT, INTFREEZET, LPERMDIST, PBST, RANDOMMETRICT, SSHT, ALLTST, USERPOTT, CHECKMINT, &
105:      &        CHECKTST, CHECKSPT, FROMLOWESTT, ADDMINXYZT, MACHINE, RATESCYCLET, NOINVERSION, NEWCONNECTIONST, NIMET, NIHEAM7T, &105:      &        CHECKTST, CHECKSPT, FROMLOWESTT, ADDMINXYZT, MACHINE, RATESCYCLET, NOINVERSION, NEWCONNECTIONST, NIMET, NIHEAM7T, &
106:      &        NIH2LEPST, DISTANCET, RATETARGETT, TARGETHIT, ALLOWABT, MICROTHERMT, RFKMCT, REGROUPKMCT, ONEREGROUPT, PHI4MODT, &106:      &        NIH2LEPST, DISTANCET, RATETARGETT, TARGETHIT, ALLOWABT, MICROTHERMT, RFKMCT, REGROUPKMCT, ONEREGROUPT, PHI4MODT, &
107:      &        PERSISTT, REGROUPPERSISTT, NOLABELST, SHANNONT, MAKEPAIRS, SKIPPAIRST107:      &        PERSISTT, REGROUPPERSISTT, NOLABELST, SHANNONT, MAKEPAIRS
108: 108: 
109:       LOGICAL, ALLOCATABLE :: SHIFTABLE(:)109:       LOGICAL, ALLOCATABLE :: SHIFTABLE(:)
110:       CHARACTER(LEN=80) COORDSLIGANDSTR, COORDSCOMPLEXSTR, COORDSPROTEINSTR110:       CHARACTER(LEN=80) COORDSLIGANDSTR, COORDSCOMPLEXSTR, COORDSPROTEINSTR
111:       CHARACTER(LEN=80) EXEC,EXECGMIN111:       CHARACTER(LEN=80) EXEC,EXECGMIN
112:       CHARACTER(LEN=80) PATHNAME, MINNAME, ADDMINXYZNAME112:       CHARACTER(LEN=80) PATHNAME, MINNAME, ADDMINXYZNAME
113:       CHARACTER(LEN=150) COPYFILES113:       CHARACTER(LEN=150) COPYFILES
114:       CHARACTER(LEN=80) USEPAIRSFILE114:       CHARACTER(LEN=80) USEPAIRSFILE
115:       CHARACTER(LEN=80) MAKEPAIRSFILE115:       CHARACTER(LEN=80) MAKEPAIRSFILE
116:       CHARACTER(LEN=2) DIRECTION116:       CHARACTER(LEN=2) DIRECTION
117:       CHARACTER(LEN=5) UNCONNECTEDS117:       CHARACTER(LEN=5) UNCONNECTEDS


r28926/cycle2.f90 2015-11-17 23:34:44.073900452 +0000 r28925/cycle2.f90 2015-11-17 23:34:44.913911717 +0000
360:       CALL MYSYSTEM(STATUS,DEBUG,'cp path.info.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))//' path.info')360:       CALL MYSYSTEM(STATUS,DEBUG,'cp path.info.'//TRIM(ADJUSTL(CONNSTR))//' path.info')
361:    ENDIF361:    ENDIF
362:    IF (STATUS.EQ.0) THEN ! the file exists, so try to analyse it!362:    IF (STATUS.EQ.0) THEN ! the file exists, so try to analyse it!
363:       IF (BHINTERPT.OR.BISECTT) THEN363:       IF (BHINTERPT.OR.BISECTT) THEN
364:          CALL GETALLMIN(MINS(NEWJOB),MINF(NEWJOB))364:          CALL GETALLMIN(MINS(NEWJOB),MINF(NEWJOB))
365:       ELSE ! IF (TRIPLES) THEN365:       ELSE ! IF (TRIPLES) THEN
366:          CALL GETALLPATHS366:          CALL GETALLPATHS
367: !     ELSE367: !     ELSE
368: !        CALL GETNEWPATH(MINS(NEWJOB),MINF(NEWJOB))368: !        CALL GETNEWPATH(MINS(NEWJOB),MINF(NEWJOB))
369:       ENDIF369:       ENDIF
370:    ELSE IF (DEBUG) THEN 
371:       WRITE(*,*) "cycle2> warning: path.info file does not exist. Can't analyse results." 
372:    ENDIF370:    ENDIF
373: 371: 
374:    IF (NCYCLES.LE.NATTEMPT*NCPU-NCPU) THEN ! submit replacement job372:    IF (NCYCLES.LE.NATTEMPT*NCPU-NCPU) THEN ! submit replacement job
375:       IF ((.NOT.DEBUG).AND.(.NOT.COPYOPTIMT)) &373:       IF ((.NOT.DEBUG).AND.(.NOT.COPYOPTIMT)) &
376:    &  CALL MYSYSTEM(STATUS,DEBUG,'rm -f *' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) // ' > /dev/null' ) ! remove old output374:    &  CALL MYSYSTEM(STATUS,DEBUG,'rm -f *' // TRIM(ADJUSTL(CONNSTR)) // ' > /dev/null' ) ! remove old output
377:       IF (SLEEPTIME2.GT.0.0D0) CALL SYSTEM(TRIM(ADJUSTL(SLEEPSTRING2))) ! to prevent us running out of source ports. Needed for M13.375:       IF (SLEEPTIME2.GT.0.0D0) CALL SYSTEM(TRIM(ADJUSTL(SLEEPSTRING2))) ! to prevent us running out of source ports. Needed for M13.
378:       IF (DIJPAIRT) THEN376:       IF (DIJPAIRT) THEN
379:          CALL GETDPAIR(NAVAIL,NUSED,MINS(NEWJOB),MINF(NEWJOB),SPOINTS,FPOINTS)377:          CALL GETDPAIR(NAVAIL,NUSED,MINS(NEWJOB),MINF(NEWJOB),SPOINTS,FPOINTS)
380:       ELSEIF (CONNECTREGIONT) THEN378:       ELSEIF (CONNECTREGIONT) THEN
381:          CALL GETRPAIR(NAVAIL,NUSED,MINS(NEWJOB),MINF(NEWJOB),SPOINTS,FPOINTS)379:          CALL GETRPAIR(NAVAIL,NUSED,MINS(NEWJOB),MINF(NEWJOB),SPOINTS,FPOINTS)


r28926/getusepair.f90 2015-11-17 23:34:44.257902920 +0000 r28925/getusepair.f90 2015-11-17 23:34:45.101914240 +0000
 18: ! 18: !
 19:  19: 
 20: ! 20: !
 21: !  Subroutine to provide candidate pairs of minima based on the list 21: !  Subroutine to provide candidate pairs of minima based on the list
 22: !  of NUSEPAIRS in array USEPAIRSMIN 22: !  of NUSEPAIRS in array USEPAIRSMIN
 23: ! 23: !
 24: SUBROUTINE GETUSEPAIR(NAVAIL,NUSED,MINS,MINF,SPOINTS,FPOINTS) 24: SUBROUTINE GETUSEPAIR(NAVAIL,NUSED,MINS,MINF,SPOINTS,FPOINTS)
 25: USE COMMONS, ONLY: NUSEPAIRS, USEPAIRSMIN, UMIN, NATOMS, DMIN1, DMIN2, NATTEMPT, NCPU, MAXBARRIER,  & 25: USE COMMONS, ONLY: NUSEPAIRS, USEPAIRSMIN, UMIN, NATOMS, DMIN1, DMIN2, NATTEMPT, NCPU, MAXBARRIER,  &
 26:   &               DEBUG, NPAIRFRQ, PAIR1, PAIR2, NPAIRFRQ, NPAIRDONE, MAXPAIRS, LOCATIONA, LOCATIONB, NCONNMAX, & 26:   &               DEBUG, NPAIRFRQ, PAIR1, PAIR2, NPAIRFRQ, NPAIRDONE, MAXPAIRS, LOCATIONA, LOCATIONB, NCONNMAX, &
 27:                   NTS, NMIN, NMINA, NMINB, DIRECTION, PLUS, MINUS, KPLUS, KMINUS, NCONN, & 27:                   NTS, NMIN, NMINA, NMINB, DIRECTION, PLUS, MINUS, KPLUS, KMINUS, NCONN, &
 28:   &               ETS, EMIN, SKIPPAIRST 28:   &               ETS, EMIN
 29: USE PORFUNCS 29: USE PORFUNCS
 30: IMPLICIT NONE 30: IMPLICIT NONE
 31: INTEGER NUSED, MINS, MINF, NAVAIL, PAIRSTODO, J1, J2, J3, NDIFF 31: INTEGER NUSED, MINS, MINF, NAVAIL, PAIRSTODO, J1, J2, J3, NDIFF
 32: DOUBLE PRECISION SPOINTS(3*NATOMS), FPOINTS(3*NATOMS) 32: DOUBLE PRECISION SPOINTS(3*NATOMS), FPOINTS(3*NATOMS)
 33: DOUBLE PRECISION DMATMC(NCONNMAX,NMIN), KSUM(NMIN) 33: DOUBLE PRECISION DMATMC(NCONNMAX,NMIN), KSUM(NMIN)
 34: INTEGER NCOL(NMIN), NVAL(NCONNMAX,NMIN), NDISTA(NMIN), NDISTB(NMIN), NCYCLE, DMIN 34: INTEGER NCOL(NMIN), NVAL(NCONNMAX,NMIN), NDISTA(NMIN), NDISTB(NMIN), NCYCLE, DMIN
 35: LOGICAL DEADTS(NTS), ISA(NMIN), ISB(NMIN), CHANGED, CHECKCONN 35: LOGICAL DEADTS(NTS), ISA(NMIN), ISB(NMIN), CHANGED, CHECKCONN
 36: INTEGER DMAX, NUNCONA, NUNCONB 36: INTEGER DMAX, NUNCONA, NUNCONB
 37: DOUBLE PRECISION :: CUT_UNDERFLOW=-300.0D0 37: DOUBLE PRECISION :: CUT_UNDERFLOW=-300.0D0
 38:  38: 
161: IF (.NOT.CHECKCONN) THEN161: IF (.NOT.CHECKCONN) THEN
162:    PRINT '(A)','getusepair> There is no connection between the A and B regions'162:    PRINT '(A)','getusepair> There is no connection between the A and B regions'
163: ELSE163: ELSE
164:    PRINT '(A)','getusepair> Connection found between A and B regions'164:    PRINT '(A)','getusepair> Connection found between A and B regions'
165:    STOP165:    STOP
166: ENDIF166: ENDIF
167: !167: !
168: !  End of connection check.168: !  End of connection check.
169: !169: !
170: 170: 
171: 7 CONTINUE ! Jump back to here if the previously selected pair of minima were already connected 
172: NUSED=NUSED+1171: NUSED=NUSED+1
173: NAVAIL=NAVAIL-1172: NAVAIL=NAVAIL-1
174: IF (NAVAIL.EQ.0) THEN 
175:    PRINT '(A)','getusepair> No more candidate pairs of minima in getusepair - quit' 
176:    STOP 
177: ENDIF 
178: MINS=DMIN1(NUSED)173: MINS=DMIN1(NUSED)
179: MINF=DMIN2(NUSED)174: MINF=DMIN2(NUSED)
180:  
181: ! Check whether this particular pair is already connected. SKIPPAIRS allows us to skip over the pair if it is. 
182: IF(SKIPPAIRST) THEN  ! Hide this behind a keyword SKIPPAIRS! 
183:     NDISTSTART(1:NMIN)=1000000 
184:     NDISTSTART(MINS) = 0 
185:  
186:     NCYCLE=0 
187: 52   CHANGED=.FALSE. 
188:     NCYCLE=NCYCLE+1 
189:     DMIN=100000 
190:     DMAX=0 
191:     NUNCONSTART=0 
192:     DO J1=1,NMIN 
193:         IF (NDISTSTART(J1).EQ.0) CYCLE ! Starting minimum 
194:         DO J2=1,NCOL(J1) 
195:             IF (NDISTSTART(NVAL(J2,J1))+1.LT.NDISTSTART(J1)) THEN 
196:                 CHANGED=.TRUE. 
197:                 NDISTSTART(J1)=NDISTSTART(NVAL(J2,J1))+1 
198:             ENDIF 
199:         ENDDO 
200:         IF ((NDISTSTART(J1).GT.DMAX).AND.(NDISTSTART(J1).NE.1000000)) DMAX=NDISTSTART(J1) 
201:         IF (NDISTSTART(J1).LT.DMIN) DMIN=NDISTSTART(J1) 
202:         IF (NDISTSTART(J1).EQ.1000000) NUNCONSTART=NUNCONSTART+1 
203:     ENDDO 
204:  
205:     IF(NDISTSTART(MINF).LT.DMAX+1) THEN 
206:         PRINT '(3(A,I8))','getusepair> Connectivity of start minimum converged in ',NCYCLE-1,' cycles; maximum=',DMAX,' disconnected=',NUNCONB        
207:         WRITE(*,*) "Minima ", MINS, "and", MINF, "are already connected. Skipping." 
208:         GOTO 7 
209:     ENDIF 
210:     IF (CHANGED) GOTO 52 
211: ENDIF 
212:  
213:  
214: WRITE(*,'(5(A,I8))') 'getusepair> connecting minima ',MINS,' and ',MINF, ' pairs used=',  &175: WRITE(*,'(5(A,I8))') 'getusepair> connecting minima ',MINS,' and ',MINF, ' pairs used=',  &
215:   &  NUSED,' remaining=',NAVAIL,' total pairs=',NPAIRDONE176:   &  NUSED,' remaining=',NAVAIL,' total pairs=',NPAIRDONE
216: NPAIRDONE=NPAIRDONE+1177: NPAIRDONE=NPAIRDONE+1
217: IF (NPAIRDONE.GT.MAXPAIRS) CALL PAIRDOUBLE178: IF (NPAIRDONE.GT.MAXPAIRS) CALL PAIRDOUBLE
218: PAIR1(NPAIRDONE)=DMIN1(NUSED)179: PAIR1(NPAIRDONE)=DMIN1(NUSED)
219: PAIR2(NPAIRDONE)=DMIN2(NUSED)180: PAIR2(NPAIRDONE)=DMIN2(NUSED)
220: CALL FLUSH(6)181: CALL FLUSH(6)
221: READ(UMIN,REC=MINS) SPOINTS(1:3*NATOMS)182: READ(UMIN,REC=MINS) SPOINTS(1:3*NATOMS)
222: READ(UMIN,REC=MINF) FPOINTS(1:3*NATOMS)183: READ(UMIN,REC=MINF) FPOINTS(1:3*NATOMS)
223: 184: 


r28926/keywords.f 2015-11-17 23:34:44.449905495 +0000 r28925/keywords.f 2015-11-17 23:34:45.309917027 +0000
343: 343: 
344:       DISTANCET=.FALSE.344:       DISTANCET=.FALSE.
345:       DISTANCETO=1345:       DISTANCETO=1
346:       DISTANCETO1=1346:       DISTANCETO1=1
347:       DISTANCETO2=1347:       DISTANCETO2=1
348: 348: 
349: ! hk286349: ! hk286
350:       GTHOMSONT = .FALSE.350:       GTHOMSONT = .FALSE.
351:       RIGIDINIT = .FALSE.351:       RIGIDINIT = .FALSE.
352:       DEGFREEDOMS = 3*NATOMS352:       DEGFREEDOMS = 3*NATOMS
353:  
354: ! sn402: keywords for manipulating pairfiles. Must be used with USEPAIRS 
355:       MAKEPAIRS = .FALSE. 
356:       SKIPPAIRST = .FALSE. 
357:  
358: C353: C
359: C SAT: Now, there it is! Unit 5 is a standard input unit, and we must not use it!354: C SAT: Now, there it is! Unit 5 is a standard input unit, and we must not use it!
360: C 5--->959355: C 5--->959
361: C356: C
362:       OPEN (959,FILE='pathdata',STATUS='OLD')357:       OPEN (959,FILE='pathdata',STATUS='OLD')
363: C358: C
364: C  Read from unit 959359: C  Read from unit 959
365: C360: C
366:       IR=959361:       IR=959
367: 190   CALL INPUT(END)362: 190   CALL INPUT(END)
2044: C  separation in terms of steps in the best path.2039: C  separation in terms of steps in the best path.
2045: C2040: C
2046:       ELSE IF (WORD.EQ.'SHORTCUT') THEN2041:       ELSE IF (WORD.EQ.'SHORTCUT') THEN
2047:          SHORTCUTT=.TRUE.2042:          SHORTCUTT=.TRUE.
2048:          DIJKSTRAT=.TRUE.2043:          DIJKSTRAT=.TRUE.
2049:          CALL READI(MINSEP)2044:          CALL READI(MINSEP)
2050:          IF (NITEMS.GT.2) CALL READA(UNSTRING)2045:          IF (NITEMS.GT.2) CALL READA(UNSTRING)
2051:          IF (TRIM(ADJUSTL(UNSTRING)).EQ.'BARRIER') BARRIERSHORT=.TRUE.2046:          IF (TRIM(ADJUSTL(UNSTRING)).EQ.'BARRIER') BARRIERSHORT=.TRUE.
2052:          IF (TRIM(ADJUSTL(UNSTRING)).EQ.'RATE') RATESHORT=.TRUE.2047:          IF (TRIM(ADJUSTL(UNSTRING)).EQ.'RATE') RATESHORT=.TRUE.
2053: 2048: 
2054:       ELSE IF (WORD.EQ.'SKIPPAIRS') THEN 
2055:          SKIPPAIRST = .TRUE. 
2056:  
2057:       ELSE IF (WORD.EQ.'SIS')THEN2049:       ELSE IF (WORD.EQ.'SIS')THEN
2058: !2050: !
2059: ! SIS epidemiological model2051: ! SIS epidemiological model
2060: !2052: !
2061:          SIST=.TRUE.2053:          SIST=.TRUE.
2062:          CALL READI(SMAX)2054:          CALL READI(SMAX)
2063:          CALL READI(IMAX)2055:          CALL READI(IMAX)
2064:          CALL READI(POPSS)2056:          CALL READI(POPSS)
2065:          CALL READF(SISMU)2057:          CALL READF(SISMU)
2066:          CALL READF(SISKAPPA)2058:          CALL READF(SISKAPPA)


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0