hdiff output

r33249/CMakeLists.txt 2017-08-30 15:30:11.016351170 +0100 r33248/CMakeLists.txt 2017-08-30 15:30:12.876376036 +0100
 86: include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR}) 86: include_directories(${CMAKE_SOURCE_DIR})
 87:  87: 
 88: file(GLOB DUMMY_AMH     amhdummy.f90) 88: file(GLOB DUMMY_AMH     amhdummy.f90)
 89: file(GLOB DUMMY_CHARMM  chdummy.f) 89: file(GLOB DUMMY_CHARMM  chdummy.f)
 90: file(GLOB DUMMY_AMBER12 ${SVN_ROOT}/AMBER12/amber12_interface.F90) 90: file(GLOB DUMMY_AMBER12 ${SVN_ROOT}/AMBER12/amber12_interface.F90)
 91: file(GLOB DUMMY_AMBER9  amber9dummy.f90) 91: file(GLOB DUMMY_AMBER9  amber9dummy.f90)
 92: file(GLOB DUMMY_USERPOT dummy_userpot.f90) 92: file(GLOB DUMMY_USERPOT dummy_userpot.f90)
 93: file(GLOB DUMMY_UNRES   unresdummy.f) 93: file(GLOB DUMMY_UNRES   unresdummy.f)
 94: file(GLOB DUMMY_DLF     dlfdummy.f90) 94: file(GLOB DUMMY_DLF     dlfdummy.f90)
 95: file(GLOB DUMMY_CPPNEB  dummy_cppneb.f90) 95: file(GLOB DUMMY_CPPNEB  dummy_cppneb.f90)
 96: file(GLOB DUMMY_QUIP  optim_quipdummy.f90) 
 97: file(GLOB DUMMY_CUDA modcudadummylbfgs.f90 modcudadummybfgsts.f90) 96: file(GLOB DUMMY_CUDA modcudadummylbfgs.f90 modcudadummybfgsts.f90)
 98: file(GLOB DUMMY_OPEP    OPEPinterface/opep_interface.F90) 97: file(GLOB DUMMY_OPEP    OPEPinterface/opep_interface.F90)
 99:  98: 
100: set(ALL_DUMMIES ${DUMMY_AMH} 99: set(ALL_DUMMIES ${DUMMY_AMH}
101:                 ${DUMMY_CHARMM}100:                 ${DUMMY_CHARMM}
102:                 ${DUMMY_AMBER12}101:                 ${DUMMY_AMBER12}
103:                 ${DUMMY_AMBER9}102:                 ${DUMMY_AMBER9}
104:                 ${DUMMY_CUDA}103:                 ${DUMMY_CUDA}
105:                 ${DUMMY_USERPOT}104:                 ${DUMMY_USERPOT}
106:                 ${DUMMY_UNRES} 105:                 ${DUMMY_UNRES} 
107:                 ${DUMMY_DLF} 106:                 ${DUMMY_DLF} 
108:                 ${DUMMY_CPPNEB}107:                 ${DUMMY_CPPNEB}
109:                 ${DUMMY_QUIP} 
110:                 ${DUMMY_OPEP} )108:                 ${DUMMY_OPEP} )
111: 109: 
112: # Glob all the sources110: # Glob all the sources
113: file(GLOB OPTIM_LIB_SOURCES *.f111: file(GLOB OPTIM_LIB_SOURCES *.f
114:                             *.f90112:                             *.f90
115:                             *.F113:                             *.F
116:                             *.F90114:                             *.F90
117:                             NEB/*.f90115:                             NEB/*.f90
118:                             CONNECT/*.f90 116:                             CONNECT/*.f90 
119:                             AMH/amhglobals.f )117:                             AMH/amhglobals.f )
343:   set_module_depends(OPEP optimlib)341:   set_module_depends(OPEP optimlib)
344:   set_target_properties(OPEPOPTIM PROPERTIES LINKER_LANGUAGE "Fortran")342:   set_target_properties(OPEPOPTIM PROPERTIES LINKER_LANGUAGE "Fortran")
345:   set_target_properties(OPEPOPTIM PROPERTIES COMPILE_DEFINITIONS "${COMPILE_DEFINITIONS};DUMMY_AMBER12;DUMMY_CUDA;__OPEP")343:   set_target_properties(OPEPOPTIM PROPERTIES COMPILE_DEFINITIONS "${COMPILE_DEFINITIONS};DUMMY_AMBER12;DUMMY_CUDA;__OPEP")
346:   target_link_libraries(OPEPOPTIM optimlib344:   target_link_libraries(OPEPOPTIM optimlib
347:                                   OPEP345:                                   OPEP
348:                                   ${MYLAPACK_LIBS}346:                                   ${MYLAPACK_LIBS}
349:                                   ${BOWMAN_LIBS} 347:                                   ${BOWMAN_LIBS} 
350:                                   mbpollib)348:                                   mbpollib)
351: endif(WITH_OPEP)349: endif(WITH_OPEP)
352: 350: 
353:  
354:  
355: # QUIP 
356: option(WITH_QUIP "Enable QUIPOPTIM compilation" OFF) 
357: if(WITH_QUIP) 
358:   SET(EXTRA_SOURCES ${ALL_EXTRA_SOURCES} optim_quip_wrapper.f90) 
359:   list(REMOVE_ITEM EXTRA_SOURCES ${DUMMY_QUIP}) 
360:   add_executable(QUIPOPTIM getparams.f ${EXTRA_SOURCES}) 
361:   set_module_dir(QUIPOPTIM) 
362:   set_module_depends(QUIPOPTIM optimlib) 
363:   set_target_properties(QUIPOPTIM PROPERTIES LINKER_LANGUAGE "Fortran") 
364:  set_target_properties(QUIPOPTIM PROPERTIES COMPILE_DEFINITIONS "${COMPILE_DEFINITIONS};DUMMY_AMBER12;DUMMY_CUDA") 
365: # set_target_properties(QUIPOPTIM PROPERTIES COMPILE_DEFINITIONS "${COMPILE_DEFINITIONS};DUMMY_AMBER12;DUMMY_CUDA;BLAS_LIBRARIES=${BLAS};LAPACK_LIBRARIES=${LAPACK}") 
366: # set_target_properties(QUIPOPTIM PROPERTIES COMPILE_DEFINITIONS "${COMPILE_DEFINITIONS};DUMMY_AMBER12;DUMMY_CUDA;BLAS_LIBRARIES=$BLAS;LAPACK_LIBRARIES=$LAPACK") 
367:   target_link_libraries(QUIPOPTIM optimlib /home/wales/QUIP/build/linux_x86_64_gfortran/libquip.a ${MYLAPACK_LIBS} ${BOWMAN_LIBS} mbpollib) 
368: endif(WITH_QUIP) 
369:  
370:  
371: option(WITH_PLUGIN "Enable shared library plugin support" OFF)351: option(WITH_PLUGIN "Enable shared library plugin support" OFF)
372: if(WITH_PLUGIN)352: if(WITH_PLUGIN)
373:   SET(EXTRA_SOURCES ${ALL_EXTRA_SOURCES})353:   SET(EXTRA_SOURCES ${ALL_EXTRA_SOURCES})
374:   list(REMOVE_ITEM EXTRA_SOURCES ${DUMMY_USERPOT})354:   list(REMOVE_ITEM EXTRA_SOURCES ${DUMMY_USERPOT})
375:   SET(CMAKE_SHARED_LIBRARY_LINK_C_FLAGS "")355:   SET(CMAKE_SHARED_LIBRARY_LINK_C_FLAGS "")
376:   SET(CMAKE_SHARED_LIBRARY_LINK_Fortran_FLAGS "")356:   SET(CMAKE_SHARED_LIBRARY_LINK_Fortran_FLAGS "")
377:   add_subdirectory(pluginloader)357:   add_subdirectory(pluginloader)
378:   add_executable(PLOPTIM getparams.f358:   add_executable(PLOPTIM getparams.f
379:                            ${EXTRA_SOURCES} )359:                            ${EXTRA_SOURCES} )
380:   set_module_dir(PLOPTIM)360:   set_module_dir(PLOPTIM)


r33249/optim_quipdummy.f90 2017-08-30 15:30:11.496357648 +0100 r33248/optim_quipdummy.f90 2017-08-30 15:30:13.332382120 +0100
  1: SUBROUTINE OPTIM_QUIP_WRAPPER(NAT,CRDS,GRAD,ENRG,BOXX,BOXY,BOXZ)  1: SUBROUTINE OPTIM_QUIP_WRAPPER(NAT,CRDS,GRAD,ENRG,BOXX,BOXY,BOXZ,QARGSTRING,QATOMTYPE)
  2:   2: 
  3: IMPLICIT NONE  3: IMPLICIT NONE
  4:   4: 
  5: INTEGER :: NAT  5: INTEGER :: NAT
  6: DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3*NAT) :: CRDS  6: DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3*NAT) :: CRDS
  7: DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3*NAT) :: GRAD  7: DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3*NAT) :: GRAD
  8: DOUBLE PRECISION :: ENRG  8: DOUBLE PRECISION :: ENRG
  9: DOUBLE PRECISION :: BOXX, BOXY, BOXZ  9: DOUBLE PRECISION :: BOXX, BOXY, BOXZ
  10: CHARACTER(LEN=10240) :: QARGSTRING
  11: CHARACTER(LEN=3) :: QATOMTYPE
 10:  12: 
 11: RETURN 13: RETURN
 12:  14: 
 13: END SUBROUTINE OPTIM_QUIP_WRAPPER 15: END SUBROUTINE OPTIM_QUIP_WRAPPER


r33249/optim_quip_wrapper.f90 2017-08-30 15:30:11.276354728 +0100 r33248/optim_quip_wrapper.f90 2017-08-30 15:30:13.096378977 +0100
  1: SUBROUTINE OPTIM_QUIP_WRAPPER(NAT,CRDS,GRAD,ENRG,BOXX,BOXY,BOXZ)  1: SUBROUTINE OPTIM_QUIP_WRAPPER(NAT,CRDS,GRAD,ENRG,BOXX,BOXY,BOXZ,QARGSTRING,QATOMTYPE)
  2:   2: 
  3: USE COMMONS, ONLY : NATOMS  3: USE COMMONS, ONLY : NATOMS
  4:   4: 
  5: IMPLICIT NONE  5: IMPLICIT NONE
  6:   6: 
  7: INTEGER, INTENT(IN) :: NAT  7: INTEGER, INTENT(IN) :: NAT
  8: DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3*NAT), INTENT(IN) :: CRDS  8: DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3*NAT), INTENT(IN) :: CRDS
  9: DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3*NAT), INTENT(OUT) :: GRAD  9: DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3*NAT), INTENT(OUT) :: GRAD
 10: DOUBLE PRECISION, INTENT(OUT) :: ENRG 10: DOUBLE PRECISION, INTENT(OUT) :: ENRG
 11: DOUBLE PRECISION, INTENT(IN) :: BOXX, BOXY, BOXZ 11: DOUBLE PRECISION, INTENT(IN) :: BOXX, BOXY, BOXZ
  12: CHARACTER(LEN=10240), INTENT(IN) :: QARGSTRING
  13: CHARACTER(LEN=3), INTENT(IN) :: QATOMTYPE 
 12:  14: 
 13: INTEGER :: I 15: INTEGER :: I
 14: DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3,3) :: LATT, VIR 16: DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3,3) :: LATT, VIR
 15: INTEGER ATOMICNUMBER(NATOMS) 
 16: DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3,NATOMS) :: NEW_COORDS, FORCES 17: DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3,NATOMS) :: NEW_COORDS, FORCES
 17: CHARACTER(LEN=3), DIMENSION(NATOMS) :: SYMB 18: CHARACTER(LEN=3), DIMENSION(NATOMS) :: SYMB
 18:  19: 
 19: LATT = RESHAPE((/ BOXX, 0.0D0, 0.0D0, 0.0D0, BOXY, 0.0D0, 0.0D0, 0.0D0, BOXZ /), SHAPE(LATT)) 20: LATT = RESHAPE((/ BOXX, 0.0D0, 0.0D0, 0.0D0, BOXY, 0.0D0, 0.0D0, 0.0D0, BOXZ /), SHAPE(LATT))
 20:  21: 
 21: ATOMICNUMBER(1:NATOMS)=14 22: SYMB = QATOMTYPE 
 22:  23: 
 23: NEW_COORDS = RESHAPE(CRDS, (/ 3, NAT /)) 24: NEW_COORDS = RESHAPE(CRDS, (/ 3, NAT /))
 24:  25: 
 25: !CALL QUIP_WRAPPER(NAT,LATT,SYMB,NEW_COORDS,QARGSTRING,ENRG,FORCES,VIR) 26: !CALL QUIP_WRAPPER(NAT,LATT,SYMB,NEW_COORDS,QARGSTRING,ENRG,FORCES,VIR)
 26:  27: 
 27: ! PRINT*,'before CALL QUIP_WRAPPER_SIMPLE' 
 28: CALL QUIP_WRAPPER_SIMPLE(NAT,LATT,ATOMICNUMBER,NEW_COORDS,ENRG,FORCES,VIR) 
 29: ! PRINT*,'after CALL QUIP_WRAPPER_SIMPLE' 
 30: ! PRINT*,'NEW_COORDS=',NEW_COORDS 
 31: ! PRINT*,'ENRG=',ENRG 
 32: ! PRINT*,'FORCES=',FORCES 
 33:  
 34: !Virial is not passed back to OPTIM 28: !Virial is not passed back to OPTIM
 35:  29: 
 36: GRAD = RESHAPE(FORCES, SHAPE(GRAD)) 30: GRAD = RESHAPE(FORCES, SHAPE(GRAD))
 37: DO I = 1, 3*NAT 31: DO I = 1, 3*NAT
 38:    GRAD(I) = -1.0D0*GRAD(I) 32:    GRAD(I) = -1.0D0*GRAD(I)
 39: END DO 33: END DO
 40:  34: 
 41: END SUBROUTINE OPTIM_QUIP_WRAPPER 35: END SUBROUTINE OPTIM_QUIP_WRAPPER


r33249/potential.f 2017-08-30 15:30:12.640372750 +0100 r33248/potential.f 2017-08-30 15:30:13.556385106 +0100
1264:             IF (PTEST) THEN1264:             IF (PTEST) THEN
1265:                WRITE(*,20) ' potential> Energy for last cycle=',ENERGY1265:                WRITE(*,20) ' potential> Energy for last cycle=',ENERGY
1266:                WRITE(ESTRING,20) ' potential> Energy for last cycle=',ENERGY1266:                WRITE(ESTRING,20) ' potential> Energy for last cycle=',ENERGY
1267:                WRITE(*,20) ' Two-body contribution=   ',P21267:                WRITE(*,20) ' Two-body contribution=   ',P2
1268:                WRITE(*,20) ' Three-body contribution= ',P31268:                WRITE(*,20) ' Three-body contribution= ',P3
1269:             ENDIF1269:             ENDIF
1270:          ELSE IF (ZSYM(NATOMS).EQ.'QI') THEN1270:          ELSE IF (ZSYM(NATOMS).EQ.'QI') THEN
1271:             ! 1271:             ! 
1272:             ! PARAM1, PARAM2 and PARAM3 are the boxlengths1272:             ! PARAM1, PARAM2 and PARAM3 are the boxlengths
1273:             ! 1273:             ! 
1274: !           CALL OPTIM_QUIP_WRAPPER(NATOMS,COORDS,VNEW,ENERGY,PARAM1,PARAM2,PARAM3,QARGSTR,QUIPATOMTYPE)1274:             CALL OPTIM_QUIP_WRAPPER(NATOMS,COORDS,VNEW,ENERGY,PARAM1,PARAM2,PARAM3,QARGSTR,QUIPATOMTYPE)
1275:             PRINT *,'in potential before OPTIM_QUIP_WRAPPER' 
1276:             CALL OPTIM_QUIP_WRAPPER(NATOMS,COORDS,VNEW,ENERGY,PARAM1,PARAM2,PARAM3) 
1277:             PRINT *,'in potential after OPTIM_QUIP_WRAPPER' 
1278:             IF (PTEST) THEN1275:             IF (PTEST) THEN
1279:                WRITE(*,10) ' potential> Energy for last cycle=',ENERGY,' eV'1276:                WRITE(*,10) ' potential> Energy for last cycle=',ENERGY,' eV'
1280:                WRITE(ESTRING,10) 'Energy for last cycle=',ENERGY,' eV'1277:                WRITE(ESTRING,10) 'Energy for last cycle=',ENERGY,' eV'
1281:             ENDIF1278:             ENDIF
1282:          ELSE IF (ZSYM(NATOMS).EQ.'JC') THEN1279:          ELSE IF (ZSYM(NATOMS).EQ.'JC') THEN
1283:             CALL JMEC(NATOMS, COORDS, P2, P3, VNEW,ENERGY, PARAM4,GTEST,SSTEST)1280:             CALL JMEC(NATOMS, COORDS, P2, P3, VNEW,ENERGY, PARAM4,GTEST,SSTEST)
1284:             IF (PV) ENERGY=ENERGY+PRESS*PARAM1*PARAM2*PARAM31281:             IF (PV) ENERGY=ENERGY+PRESS*PARAM1*PARAM2*PARAM3
1285:             WRITE(*,10) ' potential> Energy for last cycle=',ENERGY,' eV'1282:             WRITE(*,10) ' potential> Energy for last cycle=',ENERGY,' eV'
1286:             WRITE(ESTRING,10) 'Energy for last cycle=',ENERGY,' eV'1283:             WRITE(ESTRING,10) 'Energy for last cycle=',ENERGY,' eV'
1287:             WRITE(*,10) 'Two-body contribution=',P2,' eV'1284:             WRITE(*,10) 'Two-body contribution=',P2,' eV'


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0