hdiff output

r32072/Gthomson.f90 2017-03-13 11:30:12.637910184 +0000 r32071/Gthomson.f90 2017-03-13 11:30:13.857926288 +0000
 61:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 2) THEN  61:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 2) THEN 
 62:                ETHOMSON = ETHOMSON + 1/DIST**3 ! 1/R^3 62:                ETHOMSON = ETHOMSON + 1/DIST**3 ! 1/R^3
 63:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 3) THEN 63:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 3) THEN
 64:                ETHOMSON = ETHOMSON + 1/DIST*EXP(-1.0D0*DIST/GThomsonSigma)                !Yukawa 64:                ETHOMSON = ETHOMSON + 1/DIST*EXP(-1.0D0*DIST/GThomsonSigma)                !Yukawa
 65:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 4) THEN 65:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 4) THEN
 66:                ETHOMSON = ETHOMSON + (GThomsonSigma/DIST)**12 - (GThomsonSigma/DIST)**6  ! LJ 66:                ETHOMSON = ETHOMSON + (GThomsonSigma/DIST)**12 - (GThomsonSigma/DIST)**6  ! LJ
 67:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 5) THEN 67:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 5) THEN
 68:                ETHOMSON = ETHOMSON + (GThomsonSigma/DIST)**12                            !Repulsive LJ  68:                ETHOMSON = ETHOMSON + (GThomsonSigma/DIST)**12                            !Repulsive LJ 
 69:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 6) THEN 69:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 6) THEN
 70:                ETHOMSON = ETHOMSON + (1.0D0 - EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)))**2 -1.0D0 ! Morse 70:                ETHOMSON = ETHOMSON + (1.0D0 - EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)))**2 -1.0D0 ! Morse
 71:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 7) THEN 
 72:                IF ((J1.LE.GTHOMSONBINN).AND.(J2.GT.GTHOMSONBINN)) THEN 
 73:                   ETHOMSON = ETHOMSON + 1.0D0/SQRT(DIST**2+GTHOMSONBIND**2/NATOMS) ! softened 
 74:                ELSE 
 75:                   ETHOMSON = ETHOMSON + 1.0D0/DIST ! Coulomb 
 76:                ENDIF 
 77:             ENDIF 71:             ENDIF
 78:  72: 
 79:             IF (GTEST) THEN 73:             IF (GTEST) THEN
 80:  74: 
 81:                IF (GTHOMPOT .EQ. 1) THEN 75:                IF (GTHOMPOT .EQ. 1) THEN
 82:                   V(3*J1-2) = V(3*J1-2) - 1.0D0/DIST**3 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient11) 76:                   V(3*J1-2) = V(3*J1-2) - 1.0D0/DIST**3 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient11)
 83:                   V(3*J1-1) = V(3*J1-1) - 1.0D0/DIST**3 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient12)                77:                   V(3*J1-1) = V(3*J1-1) - 1.0D0/DIST**3 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient12)               
 84:                ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 2) THEN  78:                ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 2) THEN 
 85:                   V(3*J1-2) = V(3*J1-2) - 3.0D0/DIST**5 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient11) 79:                   V(3*J1-2) = V(3*J1-2) - 3.0D0/DIST**5 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient11)
 86:                   V(3*J1-1) = V(3*J1-1) - 3.0D0/DIST**5 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient12)                80:                   V(3*J1-1) = V(3*J1-1) - 3.0D0/DIST**5 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient12)               
 97:                ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 5) THEN 91:                ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 5) THEN
 98:                   V(3*J1-2) = V(3*J1-2) - (12.0D0*GThomsonSigma**12/DIST**14)* DOT_PRODUCT(DR,Gradient11) ! Repulsive LJ 92:                   V(3*J1-2) = V(3*J1-2) - (12.0D0*GThomsonSigma**12/DIST**14)* DOT_PRODUCT(DR,Gradient11) ! Repulsive LJ
 99:                   V(3*J1-1) = V(3*J1-1) - (12.0D0*GThomsonSigma**12/DIST**14)* DOT_PRODUCT(DR,Gradient12) ! Replusive LJ 93:                   V(3*J1-1) = V(3*J1-1) - (12.0D0*GThomsonSigma**12/DIST**14)* DOT_PRODUCT(DR,Gradient12) ! Replusive LJ
100:                ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 6) THEN 94:                ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 6) THEN
101:                   V(3*J1-2) = V(3*J1-2) + 2.0D0 * (1.0D0 - EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST))) & 95:                   V(3*J1-2) = V(3*J1-2) + 2.0D0 * (1.0D0 - EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST))) &
102:                         * EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)) & 96:                         * EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)) &
103:                         * GThomsonRho * DOT_PRODUCT(DR,Gradient11) / DIST ! Morse 97:                         * GThomsonRho * DOT_PRODUCT(DR,Gradient11) / DIST ! Morse
104:                   V(3*J1-1) = V(3*J1-1) + 2.0D0 * (1.0D0 - EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST))) & 98:                   V(3*J1-1) = V(3*J1-1) + 2.0D0 * (1.0D0 - EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST))) &
105:                         * EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)) & 99:                         * EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)) &
106:                         * GThomsonRho * DOT_PRODUCT(DR,Gradient12) / DIST ! Morse100:                         * GThomsonRho * DOT_PRODUCT(DR,Gradient12) / DIST ! Morse
107:                ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 7) THEN 
108:                   IF ((J1.LE.GTHOMSONBINN).AND.(J2.GT.GTHOMSONBINN)) THEN 
109:                      V(3*J1-2) = V(3*J1-2) - 1.0D0/(DIST**2+GTHOMSONBIND**2/NATOMS)**1.5D0 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient11) 
110:                      V(3*J1-1) = V(3*J1-1) - 1.0D0/(DIST**2+GTHOMSONBIND**2/NATOMS)**1.5D0 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient12) 
111:                   ELSE 
112:                      V(3*J1-2) = V(3*J1-2) - 1.0D0/DIST**3 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient11) 
113:                      V(3*J1-1) = V(3*J1-1) - 1.0D0/DIST**3 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient12)            
114:                   ENDIF 
115:                ENDIF101:                ENDIF
116:                102:                
117:                IF ( GTHOMMET .EQ. 1) THEN103:                IF ( GTHOMMET .EQ. 1) THEN
118:                   CALL GRADMETRICCYLINDER (X(3*J2-2:3*J2-1), Gradient21, Gradient22)104:                   CALL GRADMETRICCYLINDER (X(3*J2-2:3*J2-1), Gradient21, Gradient22)
119:                ELSEIF ( GTHOMMET .EQ. 2) THEN105:                ELSEIF ( GTHOMMET .EQ. 2) THEN
120:                   CALL GRADMETRICCATENOID (X(3*J2-2:3*J2-1), Gradient21, Gradient22)106:                   CALL GRADMETRICCATENOID (X(3*J2-2:3*J2-1), Gradient21, Gradient22)
121:                ELSEIF ( (GTHOMMET .EQ. 3) .OR. (GTHOMMET .EQ. 4) ) THEN107:                ELSEIF ( (GTHOMMET .EQ. 3) .OR. (GTHOMMET .EQ. 4) ) THEN
122:                   CALL GRADMETRICUNDULOID (X(3*J2-2:3*J2-1), Gradient21, Gradient22)108:                   CALL GRADMETRICUNDULOID (X(3*J2-2:3*J2-1), Gradient21, Gradient22)
123:                ELSEIF ( GTHOMMET .EQ. 5 ) THEN109:                ELSEIF ( GTHOMMET .EQ. 5 ) THEN
124:                   CALL GRADMETRICSPHERE (X(3*J2-2:3*J2-1), Gradient21, Gradient22)110:                   CALL GRADMETRICSPHERE (X(3*J2-2:3*J2-1), Gradient21, Gradient22)
146:                                 DOT_PRODUCT(DR,Gradient21) ! Repulsive LJ132:                                 DOT_PRODUCT(DR,Gradient21) ! Repulsive LJ
147:                   V(3*J2-1) = V(3*J2-1) + (12.0D0*GThomsonSigma**12/DIST**14)* &133:                   V(3*J2-1) = V(3*J2-1) + (12.0D0*GThomsonSigma**12/DIST**14)* &
148:                                 DOT_PRODUCT(DR,Gradient22) ! Repulsive LJ134:                                 DOT_PRODUCT(DR,Gradient22) ! Repulsive LJ
149:                ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 6) THEN135:                ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 6) THEN
150:                   V(3*J2-2) = V(3*J2-2) - 2.0D0 * (1.0D0 - EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST))) &136:                   V(3*J2-2) = V(3*J2-2) - 2.0D0 * (1.0D0 - EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST))) &
151:                                 * EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)) &137:                                 * EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)) &
152:                                 * GThomsonRho * DOT_PRODUCT(DR,Gradient21) / DIST138:                                 * GThomsonRho * DOT_PRODUCT(DR,Gradient21) / DIST
153:                   V(3*J2-1) = V(3*J2-1) - 2.0D0 * (1.0D0 - EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST))) &139:                   V(3*J2-1) = V(3*J2-1) - 2.0D0 * (1.0D0 - EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST))) &
154:                                 * EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)) &140:                                 * EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)) &
155:                                 * GThomsonRho * DOT_PRODUCT(DR,Gradient22) / DIST141:                                 * GThomsonRho * DOT_PRODUCT(DR,Gradient22) / DIST
156:                ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 7) THEN 
157:                   IF ((J1.LE.GTHOMSONBINN).AND.(J2.GT.GTHOMSONBINN)) THEN 
158:                      V(3*J2-2) = V(3*J2-2) + 1.0D0/(DIST**2+GTHOMSONBIND**2/NATOMS)**1.5D0 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient21) 
159:                      V(3*J2-1) = V(3*J2-1) + 1.0D0/(DIST**2+GTHOMSONBIND**2/NATOMS)**1.5D0 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient22) 
160:                   ELSE 
161:                      V(3*J2-2) = V(3*J2-2) + 1.0D0/DIST**3 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient21)            
162:                      V(3*J2-1) = V(3*J2-1) + 1.0D0/DIST**3 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient22) 
163:                   ENDIF 
164:                ENDIF142:                ENDIF
165:                !PRINT *, 1.0D0/DIST**3 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient2), (1/DIST2 - 1/DIST)/0.00001143:                !PRINT *, 1.0D0/DIST**3 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient2), (1/DIST2 - 1/DIST)/0.00001
166:             ENDIF144:             ENDIF
167: 145: 
168:          ENDDO146:          ENDDO
169:        147:        
170:       ENDDO148:       ENDDO
171: 149: 
172: !      IF (GTEST) THEN150: !      IF (GTEST) THEN
173: !        WRITE (*,*) 'GTHOMSON> printing gradients'151: !        WRITE (*,*) 'GTHOMSON> printing gradients'
850:                STOP828:                STOP
851:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 5) THEN829:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 5) THEN
852:                PRINT *, "POTENTIAL NOT IMPLEMENTED IN HESSIAN"830:                PRINT *, "POTENTIAL NOT IMPLEMENTED IN HESSIAN"
853:                STOP831:                STOP
854:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 6) THEN832:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 6) THEN
855:                D2VDR2 =  (-2.0D0 * (1.0D0 - EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST))) * EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)) &833:                D2VDR2 =  (-2.0D0 * (1.0D0 - EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST))) * EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)) &
856:                     * GThomsonRho / DIST**3) + (2.0D0 * (-1.0D0 + 2.0D0* EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST))) &834:                     * GThomsonRho / DIST**3) + (2.0D0 * (-1.0D0 + 2.0D0* EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST))) &
857:                     * EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)) * GThomsonRho**2 / DIST**2)835:                     * EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)) * GThomsonRho**2 / DIST**2)
858:                DVDR   =  2.0D0 * (1.0D0 - EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST))) * EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)) &836:                DVDR   =  2.0D0 * (1.0D0 - EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST))) * EXP(GThomsonRho*(GThomsonSigma-DIST)) &
859:                     * GThomsonRho / DIST837:                     * GThomsonRho / DIST
860:             ELSEIF (GTHOMPOT .EQ. 7) THEN 
861:                IF ((J1.LE.GTHOMSONBINN).AND.(J2.GT.GTHOMSONBINN)) THEN 
862:                   D2VDR2 =   3/(DIST**2+GTHOMSONBIND**2/NATOMS)**2.5D0 
863:                   DVDR   = - 1/(DIST**2+GTHOMSONBIND**2/NATOMS)**1.5D0 
864:                ELSE 
865:                   D2VDR2 =   3/DIST**5 
866:                   DVDR   = - 1/DIST**3 
867:                ENDIF 
868:             ENDIF838:             ENDIF
869:         839:         
870:             HESS(3*J1-2,3*J1-2) = HESS(3*J1-2,3*J1-2) +  D2VDR2 * (DOT_PRODUCT(DR,Gradient11))**2 &840:             HESS(3*J1-2,3*J1-2) = HESS(3*J1-2,3*J1-2) +  D2VDR2 * (DOT_PRODUCT(DR,Gradient11))**2 &
871:                  + DVDR * (DOT_PRODUCT(Gradient11,Gradient11)+ DOT_PRODUCT(DR,HESS111)) 841:                  + DVDR * (DOT_PRODUCT(Gradient11,Gradient11)+ DOT_PRODUCT(DR,HESS111)) 
872:             HESS(3*J1-1,3*J1-1) = HESS(3*J1-1,3*J1-1) +  D2VDR2 * (DOT_PRODUCT(DR,Gradient12))**2 &842:             HESS(3*J1-1,3*J1-1) = HESS(3*J1-1,3*J1-1) +  D2VDR2 * (DOT_PRODUCT(DR,Gradient12))**2 &
873:                  + DVDR * (DOT_PRODUCT(Gradient12,Gradient12)+ DOT_PRODUCT(DR,HESS122)) 843:                  + DVDR * (DOT_PRODUCT(Gradient12,Gradient12)+ DOT_PRODUCT(DR,HESS122)) 
874:             HESS(3*J1-2,3*J1-1) = HESS(3*J1-2,3*J1-1) +  D2VDR2 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient11) * DOT_PRODUCT(DR,Gradient12) &844:             HESS(3*J1-2,3*J1-1) = HESS(3*J1-2,3*J1-1) +  D2VDR2 * DOT_PRODUCT(DR,Gradient11) * DOT_PRODUCT(DR,Gradient12) &
875:                  + DVDR * (DOT_PRODUCT(Gradient11,Gradient12) + DOT_PRODUCT(DR,HESS112)) 845:                  + DVDR * (DOT_PRODUCT(Gradient11,Gradient12) + DOT_PRODUCT(DR,HESS112)) 
876: 846: 
877:             IF ( GTHOMMET .EQ. 1) THEN847:             IF ( GTHOMMET .EQ. 1) THEN


r32072/key.f90 2017-03-13 11:30:13.265918386 +0000 r32071/key.f90 2017-03-13 11:30:14.117929720 +0000
 65: ! bf269 > polymer in a pore (non-bonding (LJ) energy from neighbours is not subtracted) 65: ! bf269 > polymer in a pore (non-bonding (LJ) energy from neighbours is not subtracted)
 66:       LOGICAL :: PORE8T = .FALSE. ! add 8th power cylindrical pore to the potential? 66:       LOGICAL :: PORE8T = .FALSE. ! add 8th power cylindrical pore to the potential?
 67:       INTEGER :: PORE8_AXIS = 3 ! principal axis of the cylindric pore (1:x, 2:y, 3:z) 67:       INTEGER :: PORE8_AXIS = 3 ! principal axis of the cylindric pore (1:x, 2:y, 3:z)
 68:       DOUBLE PRECISION :: PORE8_ENERGY = 1.0d1 ! energy of the pore when radius = 1 68:       DOUBLE PRECISION :: PORE8_ENERGY = 1.0d1 ! energy of the pore when radius = 1
 69:       LOGICAL :: HARMPOLYT = .FALSE. ! add harmonic bonds between the beads 69:       LOGICAL :: HARMPOLYT = .FALSE. ! add harmonic bonds between the beads
 70:       DOUBLE PRECISION :: HARMPOLY_BONLEN = 0.0d0 ! equilibrium length of springs between beads 70:       DOUBLE PRECISION :: HARMPOLY_BONLEN = 0.0d0 ! equilibrium length of springs between beads
 71:       DOUBLE PRECISION :: HARMPOLY_K = 1.0d2 ! force constant of the springs 71:       DOUBLE PRECISION :: HARMPOLY_K = 1.0d2 ! force constant of the springs
 72:  72: 
 73: ! hk286 > generalised THOMSON problem 73: ! hk286 > generalised THOMSON problem
 74:       LOGICAL :: GTHOMSONT 74:       LOGICAL :: GTHOMSONT
 75:       DOUBLE PRECISION :: GThomsonZ, GThomsonC, GThomsonC2, VUNDULOID,GTHOMSONBIND 75:       DOUBLE PRECISION :: GThomsonZ, GThomsonC, GThomsonC2, VUNDULOID
 76:       DOUBLE PRECISION :: GTrefU, GTrefZ, GTmu, GTk, GTm, GTn, GTa, GTc 76:       DOUBLE PRECISION :: GTrefU, GTrefZ, GTmu, GTk, GTm, GTn, GTa, GTc
 77:       INTEGER :: GTHOMMET, NGTHORI, GTHOMPOT, GTHOMSONBINN 77:       INTEGER :: GTHOMMET, NGTHORI, GTHOMPOT
 78:       DOUBLE PRECISION :: GThomsonSigma, GThomsonRho 78:       DOUBLE PRECISION :: GThomsonSigma, GThomsonRho
 79:  79: 
 80:       LOGICAL :: MACHINE=.FALSE., NEBMIND=.TRUE. 80:       LOGICAL :: MACHINE=.FALSE., NEBMIND=.TRUE.
 81:  81: 
 82:       DOUBLE PRECISION :: TRAD, RESIZE, JZ, PUSHOFF, TOLD, TOLE, PCUT, DAMP, RADIUS, TWOEVAL, PVCONV, PVTOL, & 82:       DOUBLE PRECISION :: TRAD, RESIZE, JZ, PUSHOFF, TOLD, TOLE, PCUT, DAMP, RADIUS, TWOEVAL, PVCONV, PVTOL, &
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100:  98: 
101:          DOUBLE PRECISION UNRX(NATOMS), UNRY(NATOMS), UNRZ(NATOMS) ! UNRES 99:          DOUBLE PRECISION UNRX(NATOMS), UNRY(NATOMS), UNRZ(NATOMS) ! UNRES
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3277: ! Set the maximum total iteration density for the3275: ! Set the maximum total iteration density for the
3278: ! growing string method. This specifies the maximum evolution iterations allowed per3276: ! growing string method. This specifies the maximum evolution iterations allowed per
3279: ! total image number, including the iterations while the string is still3277: ! total image number, including the iterations while the string is still
3280: ! growing. If {\it itd\/} is less than 0, then this parameter is turned off3278: ! growing. If {\it itd\/} is less than 0, then this parameter is turned off
3281: ! and there is no limit on the total iterations (this is the default).3279: ! and there is no limit on the total iterations (this is the default).
3282: ! 3280: ! 
3283:          ELSE IF (WORD.EQ.'GSMAXTOTITD') THEN3281:          ELSE IF (WORD.EQ.'GSMAXTOTITD') THEN
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3285: 3283: 
3286: ! hk286 > Generalised Thomson    !3284: ! hk286 > Generalised Thomson    !
3287:          ELSE IF (WORD .EQ. 'GTHOMSONBIN') THEN 
3288:          GTHOMSONT = .TRUE. 
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3297:          ELSE IF (WORD .EQ. 'GTHOMSON') THEN3285:          ELSE IF (WORD .EQ. 'GTHOMSON') THEN
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3305:             ENDIF3293:             ENDIF
3306:             IF (NITEMS.GT.4) THEN3294:             IF (NITEMS.GT.4) THEN


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