hdiff output

r31599/dumpit.f 2017-01-21 10:35:17.702250000 +0000 r31598/dumpit.f 2017-01-21 10:35:18.222250000 +0000
226:      &                                 'points.final.rst.'//TRIM(ADJUSTL(FILTHSTR)),226:      &                                 'points.final.rst.'//TRIM(ADJUSTL(FILTHSTR)),
227:      &                                 LEN('points.final.rst.'//TRIM(ADJUSTL(FILTHSTR))))227:      &                                 LEN('points.final.rst.'//TRIM(ADJUSTL(FILTHSTR))))
228: ! points.final.pdb.<run_number>228: ! points.final.pdb.<run_number>
229:             CALL AMBER12_WRITE_PDB(Q(:),229:             CALL AMBER12_WRITE_PDB(Q(:),
230:      &                             'points.final.pdb.'//TRIM(ADJUSTL(FILTHSTR)),230:      &                             'points.final.pdb.'//TRIM(ADJUSTL(FILTHSTR)),
231:      &                             LEN('points.final.pdb.'//TRIM(ADJUSTL(FILTHSTR))))231:      &                             LEN('points.final.pdb.'//TRIM(ADJUSTL(FILTHSTR))))
232:          END IF232:          END IF
233:          CLOSE(20)233:          CLOSE(20)
234: 234: 
235: !OPEP dump235: !OPEP dump
236:       ELSE IF (OPEPT.AND.DUMPSTRUCTURES) THEN236:       ELSE IF (OPEPT) THEN
237:          IF (FILTH == 0) THEN237:          IF (FILTH == 0) THEN
238:             CALL OPEP_WRITE_PDB(NATOMS,Q(:),'points.final.pdb')238:             CALL OPEP_WRITE_PDB(NATOMS,Q(:),'points.final.pdb')
239:          ELSE239:          ELSE
240:             CALL OPEP_WRITE_PDB(NATOMS,Q(:),'points.final.pdb.'//TRIM(ADJUSTL(FILTHSTR)))     240:             CALL OPEP_WRITE_PDB(NATOMS,Q(:),'points.final.pdb.'//TRIM(ADJUSTL(FILTHSTR)))     
241:          END IF241:          END IF
242:          CLOSE(20)242:          CLOSE(20)
243: 243: 
244:       ELSE IF (VARIABLES) THEN244:       ELSE IF (VARIABLES) THEN
245:          WRITE(3,'(A)') 'VARIABLES'245:          WRITE(3,'(A)') 'VARIABLES'
246:          WRITE(3,'(G20.10)') (Q(J1),J1=1,NATOMS)246:          WRITE(3,'(G20.10)') (Q(J1),J1=1,NATOMS)


r31599/opep_interface.F90 2017-01-21 10:35:17.454250000 +0000 r31598/opep_interface.F90 2017-01-21 10:35:17.958250000 +0000
 88:     USE PORFUNCS 88:     USE PORFUNCS
 89:     USE COMMONS, ONLY: DEBUG 89:     USE COMMONS, ONLY: DEBUG
 90:     USE KEY, ONLY: MYUNIT 90:     USE KEY, ONLY: MYUNIT
 91: #endif 91: #endif
 92:     INTEGER, INTENT(IN) :: NATOM_ 92:     INTEGER, INTENT(IN) :: NATOM_
 93:     LOGICAL, INTENT(IN) :: RNAT 93:     LOGICAL, INTENT(IN) :: RNAT
 94:     DOUBLE PRECISION, INTENT(OUT) :: COORDS(3*NATOM_), ATMASS(NATOM_) 94:     DOUBLE PRECISION, INTENT(OUT) :: COORDS(3*NATOM_), ATMASS(NATOM_)
 95: #ifdef __OPEP 95: #ifdef __OPEP
 96:     !variables needed for creating everything for the output routine later on 96:     !variables needed for creating everything for the output routine later on
 97:     INTEGER :: PDB_FILE_UNIT, GETUNIT, L, I 97:     INTEGER :: PDB_FILE_UNIT, GETUNIT, L, I
 98:     CHARACTER (LEN=200) :: LINE 98:     CHARACTER (LEN=10) :: WORD
 99:     CHARACTER (LEN=4) :: WORD 
100:     DOUBLE PRECISION :: DX, DY, DZ 
101:     LOGICAL :: END_PDB 99:     LOGICAL :: END_PDB
 100:     NATOMS = NATOM_  !set the natoms variable for the OPEP interface - this is
 101:                      !identical to OPTIM, but has to be separated by name from
 102:                      !OPTIM as the OPEP internal definitions also use the name
 103:                      !natoms
 104:     !start initialising
102:     ALLOCATE(RES_NAMES(NATOMS))105:     ALLOCATE(RES_NAMES(NATOMS))
103:     ALLOCATE(RES_NUMS(NATOMS))106:     ALLOCATE(RES_NUMS(NATOMS))
104:     ALLOCATE(ATOM_NAMES(NATOMS))107:     ALLOCATE(ATOM_NAMES(NATOMS))
105:     IF (DEBUG) WRITE(*,*) ' OPEP_init> call OPEP definitions and initialisation'108:     IF (DEBUG) WRITE(*,*) ' OPEP_init> call OPEP definitions and initialisation'
106:     CALL DEFINITIONS() !get all variables needed for OPEP109:     CALL DEFINITIONS() !get all variables needed for OPEP
107:     CALL INITIALISE(CONF,RNAT) !initialise force field 110:     CALL INITIALISE(CONF,RNAT) !initialise force field 
108:   111:   
109:     COORDS=pos !pos is a variable from DEFS initiliased in INITIALISE112:     COORDS=pos !pos is a variable from DEFS initiliased in INITIALISE
110:     !everything needed for calculations is set up now 113:     !everything needed for calculations is set up now 
111:     !before returning to the GMIN routines, initialise inofrmation we need for114:     !before returning to the GMIN routines, initialise inofrmation we need for
112:     !the output at the end of the run (need residue and atom names)115:     !the output at the end of the run (need residue and atom names)
113:     DO I=1,NATOMS116:     DO I=1,NATOMS
114:        ATMASS(I) = mass(3*I)/2390.0 !return the mass in amu117:        ATMASS(I) = mass(3*I)/2390.0 !return the mass in amu
115:     ENDDO118:     ENDDO
116:     IF (DEBUG) WRITE(*,*) ' OPEP_init> get all information needed for writing output'119:     IF (DEBUG) WRITE(*,*) ' OPEP_init> get all information needed for writing output'
117:     PDB_FILE_UNIT = GETUNIT()120:     CALL FILE_OPEN("conf_initiale.pdb",PDB_FILE_UNIT,.FALSE.)  !open pdb  
118:     OPEN(UNIT=PDB_FILE_UNIT,FILE="conf_initiale.pdb",ERR=40,STATUS='OLD',ACTION='READ')  !open pdb  121: 30  CALL INPUT(END_PDB, PDB_FILE_UNIT)   
119: 30  CONTINUE122:     IF (END_PDB) THEN  !reached the end of the pdb, leave the GOTO loop
120:     READ(PDB_FILE_UNIT,'(A)',ERR=40) LINE   
121:     READ(LINE,*,ERR=40) WORD 
122:     IF (WORD.EQ."ATOM") THEN 
123:       !pdb needs to be correct format as specified below 
124:       READ(LINE,*,ERR=40) WORD,L,ATOM_NAMES(L),RES_NAMES(L),RES_NUMS(L),DX,DY,DZ 
125:     ELSEIF (WORD.EQ."END") THEN 
126:       GOTO 40123:       GOTO 40
 124:     ELSE
 125:       CALL READU(WORD) !read the first entry, need to get all ATOM entries
127:     ENDIF126:     ENDIF
 127:     IF (WORD .EQ. "ATOM") THEN
 128:       !pdb needs to be correct format as specified below
 129:       CALL READI(L)                  !second entry: atom number
 130:       CALL READA(ATOM_NAMES(L))      !third entry: atom name
 131:       CALL READA(RES_NAMES(L))       !fourth entry: residue name
 132:       CALL READI( RES_NUMS(L))       !fifth entry: residue number
 133:     END IF
128:     GOTO 30134:     GOTO 30
129:     !close the pdb file and return to main program135:     !close the pdb file and return to main program
130: 40  CONTINUE 136: 40  CLOSE(PDB_FILE_UNIT)
131:     CLOSE(PDB_FILE_UNIT) 
132:     IF (DEBUG) WRITE(MYUNIT,*) 'OPEP_init> finished potential initialisation'137:     IF (DEBUG) WRITE(MYUNIT,*) 'OPEP_init> finished potential initialisation'
133: #endif138: #endif
134:     RETURN139:     RETURN
135:   END SUBROUTINE OPEP_INIT140:   END SUBROUTINE OPEP_INIT
136: 141: 
137: 142: 
138:   SUBROUTINE OPEP_ENERGY_AND_GRADIENT(NATOM_,COORD,GRAD,EREAL,GRADT)143:   SUBROUTINE OPEP_ENERGY_AND_GRADIENT(NATOM_,COORD,GRAD,EREAL,GRADT)
139: #ifdef __OPEP144: #ifdef __OPEP
140:     USE md_defs145:     USE md_defs
141: #endif146: #endif


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0