hdiff output

r31531/key.f90 2017-01-21 10:34:40.778250000 +0000 r31530/key.f90 2017-01-21 10:34:41.746250000 +0000
 49:      &        CONCUTFRACT, CONCUTABST, ENDNUMHESS2, CHARMMDFTBT, PAIRCOLOURT, REVERSEUPHILLT, WHOLEDNEB, & 49:      &        CONCUTFRACT, CONCUTABST, ENDNUMHESS2, CHARMMDFTBT, PAIRCOLOURT, REVERSEUPHILLT, WHOLEDNEB, &
 50:      &        NONEBMAX, READMASST, ONEDAPBCT, ONEDPBCT, INVTONEDPBCT, INVTTWODPBCT, TWODAPBCT, TWODPBCT, THREEDAPBCT, & 50:      &        NONEBMAX, READMASST, ONEDAPBCT, ONEDPBCT, INVTONEDPBCT, INVTTWODPBCT, TWODAPBCT, TWODPBCT, THREEDAPBCT, &
 51:      &        THREEDPBCT, FOURDAPBCT, FOURDPBCT, MODEDOWNT, CHEMSHIFT, TTM3T, & 51:      &        THREEDPBCT, FOURDAPBCT, FOURDPBCT, MODEDOWNT, CHEMSHIFT, TTM3T, &
 52:      &        NOINVERSION, INVERTPT, KNOWVECS, PMPATHT, AAORIENTT, MULTIJOBT, QUIPARGSTRT, QUIPPARAMST, HESSDUMPT, & 52:      &        NOINVERSION, INVERTPT, KNOWVECS, PMPATHT, AAORIENTT, MULTIJOBT, QUIPARGSTRT, QUIPPARAMST, HESSDUMPT, &
 53:      &        CLASSICALRATEST, TSPLITTINGT, HESSREADT, INSTANTONOPTT,INSTANTONSTARTDUMPT,VARSTEPOPTT, MOLPRO, REAXFFT, & 53:      &        CLASSICALRATEST, TSPLITTINGT, HESSREADT, INSTANTONOPTT,INSTANTONSTARTDUMPT,VARSTEPOPTT, MOLPRO, REAXFFT, &
 54:      &        EIGENONLY,OVERCONV, GLJT,CLSTRINGT,CLSTRINGTST, PHI4MODT, EX1DT, MCPATHT, MCBIAST, RPHT, TWISTT, MCPATH2T, & 54:      &        EIGENONLY,OVERCONV, GLJT,CLSTRINGT,CLSTRINGTST, PHI4MODT, EX1DT, MCPATHT, MCBIAST, RPHT, TWISTT, MCPATH2T, &
 55:      &        PBST, SSHT, GAUSSIAN03, CPPNEBT, CUDAT, CUDATIMET, TRUSTMODET,MODELOST, METRICTENSOR, INTSPRINGACTIVET, & 55:      &        PBST, SSHT, GAUSSIAN03, CPPNEBT, CUDAT, CUDATIMET, TRUSTMODET,MODELOST, METRICTENSOR, INTSPRINGACTIVET, &
 56:      &        PERMGUESS, QCIPERMCHECK, DUMPFRQST, MULTIPOTT, MLP3T, MLPB3T, DUMPBESTPATH, ALIGNRBST, AVOID_COLLISIONS, MLPPROB, & 56:      &        PERMGUESS, QCIPERMCHECK, DUMPFRQST, MULTIPOTT, MLP3T, MLPB3T, DUMPBESTPATH, ALIGNRBST, AVOID_COLLISIONS, MLPPROB, &
 57:      &        MALONALDEHYDE, MLPNEWREG, DJWRBT, STEALTHYT, STEALTV, LJADDT, MLPB3NEWT, & 57:      &        MALONALDEHYDE, MLPNEWREG, DJWRBT, STEALTHYT, STEALTV, LJADDT, MLPB3NEWT, &
 58:      &        QCIPOTT, QCIPOT2T, QCIRADSHIFTT, QCINOREPINT, QCIAMBERT, SLERPT, NOTRANSROTT, MAXGAPT, BULKBOXT, GDSQT, FLATTESTT, & 58:      &        QCIPOTT, QCIPOT2T, QCIRADSHIFTT, QCINOREPINT, QCIAMBERT, SLERPT, NOTRANSROTT, MAXGAPT, BULKBOXT, GDSQT, FLATTESTT, &
 59:      &        MLQT, MLQPROB, LJADD2T, MACROIONT 59:      &        MLQT, MLQPROB, LJADD2T
 60:  60: 
 61: ! sy349 > for testing the flatpath after dneb 61: ! sy349 > for testing the flatpath after dneb
 62:       !LOGICAL, ALLOCATABLE :: FLATPATHT(:) 62:       !LOGICAL, ALLOCATABLE :: FLATPATHT(:)
 63:       LOGICAL FLATPATHT 63:       LOGICAL FLATPATHT
 64:  64: 
 65: ! bf269 > polymer in a pore (non-bonding (LJ) energy from neighbours is not subtracted) 65: ! bf269 > polymer in a pore (non-bonding (LJ) energy from neighbours is not subtracted)
 66:       LOGICAL :: PORE8T = .FALSE. ! add 8th power cylindrical pore to the potential? 66:       LOGICAL :: PORE8T = .FALSE. ! add 8th power cylindrical pore to the potential?
 67:       INTEGER :: PORE8_AXIS = 3 ! principal axis of the cylindric pore (1:x, 2:y, 3:z) 67:       INTEGER :: PORE8_AXIS = 3 ! principal axis of the cylindric pore (1:x, 2:y, 3:z)
 68:       DOUBLE PRECISION :: PORE8_ENERGY = 1.0d1 ! energy of the pore when radius = 1 68:       DOUBLE PRECISION :: PORE8_ENERGY = 1.0d1 ! energy of the pore when radius = 1
 69:       LOGICAL :: HARMPOLYT = .FALSE. ! add harmonic bonds between the beads 69:       LOGICAL :: HARMPOLYT = .FALSE. ! add harmonic bonds between the beads


r31531/keywords.f 2017-01-21 10:34:41.122250000 +0000 r31530/keywords.f 2017-01-21 10:34:42.062250000 +0000
869:          EYTRAPT=.FALSE.869:          EYTRAPT=.FALSE.
870:          MKTRAPT=.FALSE.870:          MKTRAPT=.FALSE.
871:          BFGSTSTOL=0.0001D0871:          BFGSTSTOL=0.0001D0
872:          EVPC=1.0D0872:          EVPC=1.0D0
873:          OHCELLT=.FALSE.873:          OHCELLT=.FALSE.
874:          CONDATT=.FALSE.874:          CONDATT=.FALSE.
875:          PAIRCOLOURT=.FALSE.875:          PAIRCOLOURT=.FALSE.
876:          NENDDUP=0876:          NENDDUP=0
877:          REVERSEUPHILLT=.FALSE.877:          REVERSEUPHILLT=.FALSE.
878:          ! sf344878:          ! sf344
879:          MACROIONT=.FALSE. 
880:          NORMALMODET=.FALSE.879:          NORMALMODET=.FALSE.
881:          PYGPERIODICT=.FALSE.880:          PYGPERIODICT=.FALSE.
882:          PYBINARYT=.FALSE.881:          PYBINARYT=.FALSE.
883:          MULTISITEPYT=.FALSE.882:          MULTISITEPYT=.FALSE.
884:          LJGSITET=.FALSE.883:          LJGSITET=.FALSE.
885:          LJSITE=.FALSE.884:          LJSITE=.FALSE.
886:          BLJSITE=.FALSE.885:          BLJSITE=.FALSE.
887:          LJSITECOORDST=.FALSE.886:          LJSITECOORDST=.FALSE.
888:          LJSITEATTR=.FALSE.887:          LJSITEATTR=.FALSE.
889:          PCUTOFF=999.0D0888:          PCUTOFF=999.0D0
3658:             ALLOCATE(RBSITE(NRBSITES,3))3657:             ALLOCATE(RBSITE(NRBSITES,3))
3659:             NTSITES = NATOMS*NRBSITES/23658:             NTSITES = NATOMS*NRBSITES/2
3660: 3659: 
3661:          ELSE IF (WORD.EQ.'LOWESTFRQ') THEN3660:          ELSE IF (WORD.EQ.'LOWESTFRQ') THEN
3662:             LOWESTFRQT=.TRUE.3661:             LOWESTFRQT=.TRUE.
3663: ! 3662: ! 
3664: ! MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM3663: ! MMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMMM
3665: ! 3664: ! 
3666:          ELSE IF (WORD.EQ.'MACHINE') THEN3665:          ELSE IF (WORD.EQ.'MACHINE') THEN
3667:             MACHINE=.TRUE.3666:             MACHINE=.TRUE.
3668: ! sf344> macroion model 
3669:          ELSE IF (WORD.EQ.'MACROION') THEN 
3670:             MACROIONT=.TRUE. 
3671: ! 3667: ! 
3672: ! Macrocycle3668: ! Macrocycle
3673: ! Used for cyclic peptides with repeating sequences (e.g. cyclo-[GlyProGlyPro])3669: ! Used for cyclic peptides with repeating sequences (e.g. cyclo-[GlyProGlyPro])
3674: ! 3670: ! 
3675:          ELSE IF (WORD.EQ.'MACROCYCLE') THEN3671:          ELSE IF (WORD.EQ.'MACROCYCLE') THEN
3676:             MACROCYCLET=.TRUE.3672:             MACROCYCLET=.TRUE.
3677:             IF (NITEMS.GT.1) THEN3673:             IF (NITEMS.GT.1) THEN
3678:                CALL READI(MCYCLEREPEATS)3674:                CALL READI(MCYCLEREPEATS)
3679:             ENDIF3675:             ENDIF
3680:             MCYCLEPERIOD=NATOMS/MCYCLEREPEATS3676:             MCYCLEPERIOD=NATOMS/MCYCLEREPEATS


r31531/minpermdist.f90 2017-01-21 10:34:41.426250000 +0000 r31530/minpermdist.f90 2017-01-21 10:34:42.610250000 +0000
 48: !  +/- RMATCUMUL ROTA (COORDSA - CMA) = permutation(DUMMYA) 48: !  +/- RMATCUMUL ROTA (COORDSA - CMA) = permutation(DUMMYA)
 49: !  where +/- is given by the value of INVERT. 49: !  where +/- is given by the value of INVERT.
 50: !  The centres of coordinates for COORDSA and COORDSB can be anywhere. On return, the 50: !  The centres of coordinates for COORDSA and COORDSB can be anywhere. On return, the
 51: !  centre of coordinates of COORDSA will be the same as for COORDSB, unless we 51: !  centre of coordinates of COORDSA will be the same as for COORDSB, unless we
 52: !  are doing an ion trap potential. 52: !  are doing an ion trap potential.
 53: ! 53: !
 54: SUBROUTINE MINPERMDIST(COORDSB,COORDSA,NATOMS,DEBUG,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE,DIST2,RIGID,RMATBEST) 54: SUBROUTINE MINPERMDIST(COORDSB,COORDSA,NATOMS,DEBUG,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE,DIST2,RIGID,RMATBEST)
 55: USE KEY,ONLY : NPERMGROUP, NPERMSIZE, PERMGROUP, NSETS, SETS, STOCKT, GEOMDIFFTOL, AMBERT, & 55: USE KEY,ONLY : NPERMGROUP, NPERMSIZE, PERMGROUP, NSETS, SETS, STOCKT, GEOMDIFFTOL, AMBERT, &
 56:   &            NFREEZE, NABT, RBAAT, ANGLEAXIS2, BESTPERM, LOCALPERMDIST, PULLT, EFIELDT, NTSITES, & 56:   &            NFREEZE, NABT, RBAAT, ANGLEAXIS2, BESTPERM, LOCALPERMDIST, PULLT, EFIELDT, NTSITES, &
 57:   &            RIGIDBODY, PERMDIST, OHCELLT, LPERMDIST, EYTRAPT, MKTRAPT, LOCALPERMCUT, LOCALPERMCUT2, & 57:   &            RIGIDBODY, PERMDIST, OHCELLT, LPERMDIST, EYTRAPT, MKTRAPT, LOCALPERMCUT, LOCALPERMCUT2, &
 58:   &            LOCALPERMCUTINC, NOINVERSION, MIEFT, NOTRANSROTT, MACROIONT, & 58:   &            LOCALPERMCUTINC, NOINVERSION, MIEFT, NOTRANSROTT, &
 59:   &            EDIFFTOL, GMAX, CONVR, ATOMMATCHDIST, NRANROT, GTHOMSONT, GTHOMMET, & ! hk286 59:   &            EDIFFTOL, GMAX, CONVR, ATOMMATCHDIST, NRANROT, GTHOMSONT, GTHOMMET, & ! hk286
 60:   &            PHI4MODT, MCPATHT, AMBER12T, VARIABLES, MKTRAPT, ALIGNRBST, QCIAMBERT 60:   &            PHI4MODT, MCPATHT, AMBER12T, VARIABLES, MKTRAPT, ALIGNRBST, QCIAMBERT
 61: USE COMMONS,ONLY : NOPT 61: USE COMMONS,ONLY : NOPT
 62: USE MODCHARMM,ONLY : CHRMMT 62: USE MODCHARMM,ONLY : CHRMMT
 63: USE MODAMBER9, ONLY: NOPERMPROCHIRAL, PROCHIRALH 63: USE MODAMBER9, ONLY: NOPERMPROCHIRAL, PROCHIRALH
 64: USE INTCOMMONS, ONLY : INTMINPERMT, INTINTERPT, DESMINT, OLDINTMINPERMT, INTDISTANCET 64: USE INTCOMMONS, ONLY : INTMINPERMT, INTINTERPT, DESMINT, OLDINTMINPERMT, INTDISTANCET
 65: USE INTCUTILS, ONLY : INTMINPERM, OLD_INTMINPERM, INTMINPERM_CHIRAL, INTDISTANCE 65: USE INTCUTILS, ONLY : INTMINPERM, OLD_INTMINPERM, INTMINPERM_CHIRAL, INTDISTANCE
 66: USE GENRIGID 66: USE GENRIGID
 67: USE AMBER12_INTERFACE_MOD 67: USE AMBER12_INTERFACE_MOD
 68: USE CHIRALITY 68: USE CHIRALITY
830: IF (OHCELLT.AND.(OPNUM.LT.48)) GOTO 25 830: IF (OHCELLT.AND.(OPNUM.LT.48)) GOTO 25 
831: IF (NCHOOSE2.LT.NORBIT2) GOTO 30831: IF (NCHOOSE2.LT.NORBIT2) GOTO 30
832: IF (NCHOOSE1.LT.NORBIT1) GOTO 65832: IF (NCHOOSE1.LT.NORBIT1) GOTO 65
833: IF (NCHOOSEB2.LT.NORBITB2) GOTO 31833: IF (NCHOOSEB2.LT.NORBITB2) GOTO 31
834: IF (NCHOOSEB1.LT.NORBITB1) GOTO 66834: IF (NCHOOSEB1.LT.NORBITB1) GOTO 66
835: !835: !
836: !  Now try the enantiomer (or xz reflected structure for PULLT.OR.EFIELDT.OR.TWOD).836: !  Now try the enantiomer (or xz reflected structure for PULLT.OR.EFIELDT.OR.TWOD).
837: !  The tests for NCHOOSE1 and NCHOOSE2 appear to be redundant!837: !  The tests for NCHOOSE1 and NCHOOSE2 appear to be redundant!
838: !838: !
839: IF ((NCHOOSE2.EQ.NORBIT2).AND.(NCHOOSE1.EQ.NORBIT1).AND.(INVERT.EQ.1)) THEN839: IF ((NCHOOSE2.EQ.NORBIT2).AND.(NCHOOSE1.EQ.NORBIT1).AND.(INVERT.EQ.1)) THEN
840: ! for the macroion model, allow inversion (we use AMBER which does not allow it by default) 
841:    IF (MACROIONT.AND.NFREEZE.EQ.0) THEN 
842:     INVERT=-1 
843:     GOTO 60 
844:    END IF 
845: !840: !
846: ! don't try inversion for bulk or charmm or amber or frozen atoms841: ! don't try inversion for bulk or charmm or amber or frozen atoms
847: !842: !
848:    IF (BULKT.OR.CHRMMT.OR.AMBERT.OR.NABT.OR.AMBER12T.OR.QCIAMBERT.OR.(NFREEZE.GT.0).OR.NOINVERSION.OR.MIEFT.OR.NOTRANSROTT) GOTO 50 843:    IF (BULKT.OR.CHRMMT.OR.AMBERT.OR.NABT.OR.AMBER12T.OR.QCIAMBERT.OR.(NFREEZE.GT.0).OR.NOINVERSION.OR.MIEFT.OR.NOTRANSROTT) GOTO 50 
849: !  IF (DEBUG) PRINT '(A)',' minpermdist> inverting geometry for comparison with target'844: !  IF (DEBUG) PRINT '(A)',' minpermdist> inverting geometry for comparison with target'
850:    INVERT=-1845:    INVERT=-1
851:    GOTO 60846:    GOTO 60
852: ENDIF847: ENDIF
853: IF (NROTDONE.LT.NRANROT) GOTO 11848: IF (NROTDONE.LT.NRANROT) GOTO 11
854: 849: 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0