hdiff output

r30588/newneb.f90 2016-06-13 18:30:05.480964466 +0100 r30587/newneb.f90 2016-06-13 18:30:05.708967539 +0100
 69:           DOUBLE PRECISION RIGIDQ(DEGFREEDOMS), RIGIDFIN(DEGFREEDOMS) ! sn402 69:           DOUBLE PRECISION RIGIDQ(DEGFREEDOMS), RIGIDFIN(DEGFREEDOMS) ! sn402
 70:  70: 
 71:           ! efk: for growstrings and internals 71:           ! efk: for growstrings and internals
 72:           DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: DELTAX(:) 72:           DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: DELTAX(:)
 73:           DOUBLE PRECISION, POINTER :: TANPTR(:,:) 73:           DOUBLE PRECISION, POINTER :: TANPTR(:,:)
 74:           LOGICAL :: GSMFLAG 74:           LOGICAL :: GSMFLAG
 75:           LOGICAL :: FAILED 75:           LOGICAL :: FAILED
 76:  76: 
 77:           LOGICAL :: KNOWE, KNOWG, KNOWH  77:           LOGICAL :: KNOWE, KNOWG, KNOWH 
 78:           COMMON /KNOWN/ KNOWE, KNOWG, KNOWH  78:           COMMON /KNOWN/ KNOWE, KNOWG, KNOWH 
 79:           LOGICAL :: LDEBUG 79: 
 80:           IF (DESMDEBUG) THEN 80:           IF (DESMDEBUG) THEN
 81:           ! output coordinates of endpoints we're trying to connect           81:           ! output coordinates of endpoints we're trying to connect          
 82:              CALL DUMPCOORDS(QQ,'tryconnect.A.xyz', .FALSE.) 82:              CALL DUMPCOORDS(QQ,'tryconnect.A.xyz', .FALSE.)
 83:              CALL DUMPCOORDS(FINFIN,'tryconnect.B.xyz', .FALSE.) 83:              CALL DUMPCOORDS(FINFIN,'tryconnect.B.xyz', .FALSE.)
 84:           ENDIF 84:           ENDIF
 85:            85:           
 86:           CALL MYCPU_TIME(STARTTIME,.TRUE.) 86:           CALL MYCPU_TIME(STARTTIME,.TRUE.)
 87:           ! setup parameters 87:           ! setup parameters
 88:           ! Natoms,Nopt,Nints,Nimage 88:           ! Natoms,Nopt,Nints,Nimage
 89: !         IF (PRESENT(NATOMSIN)) THEN 89: !         IF (PRESENT(NATOMSIN)) THEN
225:                 CALL GROWSTRING(QQ, FINFIN, NIMAGE, X, EIMAGE, TANPTR,RMS,GSMFLAG)225:                 CALL GROWSTRING(QQ, FINFIN, NIMAGE, X, EIMAGE, TANPTR,RMS,GSMFLAG)
226:                 CALL IMAGEDISTRIBUTION226:                 CALL IMAGEDISTRIBUTION
227:              ENDIF227:              ENDIF
228:              NITERDONE = TOTSTEPS228:              NITERDONE = TOTSTEPS
229:              229:              
230:           ELSE230:           ELSE
231:              ! construct the band231:              ! construct the band
232:              IF (READGUESS.OR.(GUESSPATHT.AND.UNRST.AND.(NINTERP.GT.1)).OR.(MECCANOT)) THEN232:              IF (READGUESS.OR.(GUESSPATHT.AND.UNRST.AND.(NINTERP.GT.1)).OR.(MECCANOT)) THEN
233:                 CALL RWG("r",.True.,1)233:                 CALL RWG("r",.True.,1)
234:                 READGUESS = .FALSE.234:                 READGUESS = .FALSE.
235:  
236:                 IF (RIGIDINIT) THEN 
237:                     ! Read coordinates in as atomistic xyz, but we need rigid body coordinates. 
238:                     ! It's possible that the xyz input file doesn't respect the rigid body constraints 
239:                     ! If so, converting to rigid body coordinates will restore the rigid body constraints in the  
240:                     ! best alignment MINPERMDIST can find to the cartesian input coords. 
241:                     ! This will not work very well if the 'rigid bodies' in the guessed path are very different 
242:                     ! to those in the reference structure. 
243:  
244:                     LDEBUG = DEBUG 
245:                     DEBUG = .FALSE. ! We can't have DEBUG set here, because it will detect that the coordinates being 
246:                                     ! read in don't exactly match the rigid body constraints. But this is expected 
247:                                     ! behaviour in this case. 
248:                     CALL GENRIGID_IMAGE_CTORIGID(NIMAGE, XYZ) 
249:                     DEBUG = LDEBUG 
250:                 ENDIF  
251:  
252:              ELSE235:              ELSE
253:                 IF (UNRST) THEN ! JMC236:                 IF (UNRST) THEN ! JMC
254:                    CALL UNRESDIHENEB(QQ,FINFIN,MYPTS)237:                    CALL UNRESDIHENEB(QQ,FINFIN,MYPTS)
255:                    XYZ(NOPT+1:NOPT*(NIMAGE+1))=MYPTS(1:NOPT*NIMAGE)238:                    XYZ(NOPT+1:NOPT*(NIMAGE+1))=MYPTS(1:NOPT*NIMAGE)
256:                 ELSEIF (REDOPATHNEB) THEN239:                 ELSEIF (REDOPATHNEB) THEN
257:                    REDOKADD=.TRUE.240:                    REDOKADD=.TRUE.
258:                    REDOPATH1=.TRUE.241:                    REDOPATH1=.TRUE.
259:                    REDOTSIM=NIMAGE*D1INIT/(D1INIT+D2INIT)+1242:                    REDOTSIM=NIMAGE*D1INIT/(D1INIT+D2INIT)+1
260:                    XYZ(NOPT*REDOTSIM+1:NOPT*(REDOTSIM+1))=TSREDO(1:NOPT)243:                    XYZ(NOPT*REDOTSIM+1:NOPT*(REDOTSIM+1))=TSREDO(1:NOPT)
261:                    ALLOCATE(DELTAX(NOPT))244:                    ALLOCATE(DELTAX(NOPT))


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0