hdiff output

r29896/fetchz.f 2016-03-16 18:32:52.106634550 +0000 r29895/fetchz.f 2016-03-16 18:32:52.694640597 +0000
1686:       IF ((INR.EQ.2).AND.(KEEPINDEX)) THEN1686:       IF ((INR.EQ.2).AND.(KEEPINDEX)) THEN
1687:          WRITE(*,'(A)') ' fetchz> Searching for a saddle with Hessian index determined by starting point'1687:          WRITE(*,'(A)') ' fetchz> Searching for a saddle with Hessian index determined by starting point'
1688:       ENDIF1688:       ENDIF
1689:    1689:    
1690:       IF (NOIT) THEN1690:       IF (NOIT) THEN
1691:          WRITE(*,'(A,I3,A)') ' fetchz> Lowest ',HINDEX,' eigenvalues and eigenvectors will be calculated non-iteratively'1691:          WRITE(*,'(A,I3,A)') ' fetchz> Lowest ',HINDEX,' eigenvalues and eigenvectors will be calculated non-iteratively'
1692:       ENDIF1692:       ENDIF
1693:       IF (NRANROT.GT.0) THEN1693:       IF (NRANROT.GT.0) THEN
1694:          WRITE(*,'(A,I6)') ' fetchz> Number of random initial orientations in permutational alignment=',NRANROT1694:          WRITE(*,'(A,I6)') ' fetchz> Number of random initial orientations in permutational alignment=',NRANROT
1695:       ENDIF1695:       ENDIF
1696:       IF (ALIGNRBST) THEN 
1697:          WRITE(*,'(A,I3,A)') 'fetchz> Structural alignments will be performed on a subset of ', N_TO_ALIGN, 'rigid bodies' 
1698:       ENDIF 
1699:       IF (FIELDT) THEN1696:       IF (FIELDT) THEN
1700:          WRITE(*,'(A,F12.4)') 'SETTINGS Adding centrifugal potential for Jz=',JZ1697:          WRITE(*,'(A,F12.4)') 'SETTINGS Adding centrifugal potential for Jz=',JZ
1701:          IF (D5HT) WRITE(*,'(A,F12.4)') ' fetchz> Adding D5h symmetry field strength=',FD5H1698:          IF (D5HT) WRITE(*,'(A,F12.4)') ' fetchz> Adding D5h symmetry field strength=',FD5H
1702:          IF (OHT) WRITE(*,'(A,F12.4)') ' fetchz> Adding D5h symmetry field strength=',FOH1699:          IF (OHT) WRITE(*,'(A,F12.4)') ' fetchz> Adding D5h symmetry field strength=',FOH
1703:          IF (IHT) WRITE(*,'(A,F12.4)') ' fetchz> Adding D5h symmetry field strength=',FIH1700:          IF (IHT) WRITE(*,'(A,F12.4)') ' fetchz> Adding D5h symmetry field strength=',FIH
1704:          IF (TDT) WRITE(*,'(A,F12.4)') ' fetchz> Adding D5h symmetry field strength=',FTD1701:          IF (TDT) WRITE(*,'(A,F12.4)') ' fetchz> Adding D5h symmetry field strength=',FTD
1705:       ENDIF1702:       ENDIF
1706: 1703: 
1707:       IF (ADMT) WRITE(*,'(A,I4,A)') ' fetchz> Distance matrix will be printed every ',NADM,' cycles'1704:       IF (ADMT) WRITE(*,'(A,I4,A)') ' fetchz> Distance matrix will be printed every ',NADM,' cycles'
1708:       IF (.NOT.BULKT) THEN1705:       IF (.NOT.BULKT) THEN


r29896/genrigid.f90 2016-03-16 18:32:52.298636525 +0000 r29895/genrigid.f90 2016-03-16 18:32:52.886642572 +0000
2499:         2499:         
2500:      ENDDO2500:      ENDDO
2501: 2501: 
2502:      NDUMMY = NDUMMY + NPERMSIZE(J1)2502:      NDUMMY = NDUMMY + NPERMSIZE(J1)
2503:   ENDDO2503:   ENDDO
2504: 2504: 
2505: END SUBROUTINE GENRIGID_PERMDIST2505: END SUBROUTINE GENRIGID_PERMDIST
2506: 2506: 
2507: ! ---------------------------------------------------------------------------------2507: ! ---------------------------------------------------------------------------------
2508: ! sn402: modified version of minpermdist which aligns only a subset of rigid bodies in the system2508: ! sn402: modified version of minpermdist which aligns only a subset of rigid bodies in the system
2509: SUBROUTINE ALIGN_RBS(COORDSA, COORDSB, DEBUG, BULKT, TWOD, DISTANCE, DIST2, RMATBEST)2509: SUBROUTINE ALIGN_RBS(COORDSA, COORDSB, BULKT, TWOD, DISTANCE, DIST2, RMATBEST)
2510: ! NOTE: I haven't implemented BULKT or TWOD yet, but they should be easy to do.2510: ! NOTE: I haven't implemented BULKT or TWOD yet, but they should be easy to do.
2511: 2511: 
2512: USE KEY, ONLY: ALIGNRBST, N_TO_ALIGN, TO_ALIGN, BULK_BOXVEC2512: USE KEY, ONLY: ALIGNRBST, N_TO_ALIGN, TO_ALIGN, BULK_BOXVEC
2513: USE COMMONS, ONLY: NATOMS2513: USE COMMONS, ONLY: NATOMS, DEBUG
2514: 2514: 
2515: IMPLICIT NONE2515: IMPLICIT NONE
2516: 2516: 
2517: DOUBLE PRECISION, INTENT(INOUT) :: COORDSA(:)2517: DOUBLE PRECISION, INTENT(INOUT) :: COORDSA(:)
2518: DOUBLE PRECISION, INTENT(IN) :: COORDSB(:)2518: DOUBLE PRECISION, INTENT(IN) :: COORDSB(:)
2519: LOGICAL, INTENT(IN) :: DEBUG, BULKT, TWOD2519: LOGICAL, INTENT(IN) :: BULKT, TWOD
2520: DOUBLE PRECISION, INTENT(OUT) :: DISTANCE, DIST22520: DOUBLE PRECISION, INTENT(OUT) :: DISTANCE, DIST2
2521: DOUBLE PRECISION, INTENT(OUT) :: RMATBEST(3,3)2521: DOUBLE PRECISION, INTENT(OUT) :: RMATBEST(3,3)
2522: 2522: 
2523: INTEGER :: DUMMY_NATOMS2523: INTEGER :: DUMMY_NATOMS
2524: DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: DUMMY_COORDSA(:), DUMMY_COORDSB(:)2524: DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: DUMMY_COORDSA(:), DUMMY_COORDSB(:)
2525: DOUBLE PRECISION :: TRANSLATION(3)2525: DOUBLE PRECISION :: TRANSLATION(3)
2526: INTEGER :: J1, J22526: INTEGER :: J1, J2
2527: 2527: 
2528: IF(DEBUG) WRITE(*,*) "genrigid> aligning subset of rigid bodies"2528: IF(DEBUG) WRITE(*,*) "genrigid> aligning subset of rigid bodies"
2529: 2529: 


r29896/minpermdist.f90 2016-03-16 18:32:52.494638541 +0000 r29895/minpermdist.f90 2016-03-16 18:32:53.082644587 +0000
169:       CALL POTENTIAL(COORDSB,BINIT,VNEW,.TRUE.,.FALSE.,RMS,.FALSE.,.FALSE.)169:       CALL POTENTIAL(COORDSB,BINIT,VNEW,.TRUE.,.FALSE.,RMS,.FALSE.,.FALSE.)
170:    ENDIF170:    ENDIF
171:    PRINT '(2(A,F25.15))',' initial energy for minimum B=             ',BINIT,' RMS=',RMS171:    PRINT '(2(A,F25.15))',' initial energy for minimum B=             ',BINIT,' RMS=',RMS
172:    IF ((.NOT.MCPATHT).AND.(RMS-MAX(GMAX,CONVR).GT.1.0D-6)) THEN172:    IF ((.NOT.MCPATHT).AND.(RMS-MAX(GMAX,CONVR).GT.1.0D-6)) THEN
173:       PRINT '(A)',' minpermdist> WARNING *** RMS for structure B is outside tolerance - QCI/DNEB endpoint alignment?'173:       PRINT '(A)',' minpermdist> WARNING *** RMS for structure B is outside tolerance - QCI/DNEB endpoint alignment?'
174:    ENDIF174:    ENDIF
175: ENDIF175: ENDIF
176: 176: 
177: 177: 
178: IF (RIGIDINIT .AND. ALIGNRBST) THEN178: IF (RIGIDINIT .AND. ALIGNRBST) THEN
179:     CALL ALIGN_RBS(COORDSA, COORDSB, DEBUG, BULKT, TWOD, DISTANCE, DIST2, RMATBEST)179:     CALL ALIGN_RBS(COORDSA, COORDSB, BULKT, TWOD, DISTANCE, DIST2, RMATBEST)
180:     RETURN180:     RETURN
181: ENDIF181: ENDIF
182: 182: 
183: !183: !
184: ! For angle-axis coordinates with PERMDIST: 184: ! For angle-axis coordinates with PERMDIST: 
185: ! (1) use MINPERM to permute the centre-of-mass coordinates in the usual way,185: ! (1) use MINPERM to permute the centre-of-mass coordinates in the usual way,
186: !     using a metric based on just the centre of mass. These coordinates are186: !     using a metric based on just the centre of mass. These coordinates are
187: !     stored in the first 3*NATOMS entries.187: !     stored in the first 3*NATOMS entries.
188: ! (2) for each reorientation of the centre of mass corrdinates we have to188: ! (2) for each reorientation of the centre of mass corrdinates we have to
189: !     rotate the orientational coordinates. Then we need a loop over the189: !     rotate the orientational coordinates. Then we need a loop over the


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0