hdiff output

r29323/chirality.F90 2015-11-17 23:32:25.220038298 +0000 r29322/chirality.F90 2015-11-17 23:32:25.644043984 +0000
187:    integer                                      :: i187:    integer                                      :: i
188:    integer                                      :: j188:    integer                                      :: j
189:    integer                                      :: atom_number189:    integer                                      :: atom_number
190:    double precision, dimension(3)               :: centre_coords190:    double precision, dimension(3)               :: centre_coords
191:    double precision, dimension(12)              :: neighbour_coords191:    double precision, dimension(12)              :: neighbour_coords
192:    integer                                      :: file_unit192:    integer                                      :: file_unit
193: ! Functions193: ! Functions
194:    integer                                      :: file_length194:    integer                                      :: file_length
195: 195: 
196: #ifdef _SVN_ROOT_196: #ifdef _SVN_ROOT_
197:    call system('python ' // _SVN_ROOT_ // '/SCRIPTS/AMBER/chirality/chirality.py' // ' coords.prmtop')197:    call system(_SVN_ROOT_ // '/SCRIPTS/AMBER/chirality/chirality.py' // ' coords.prmtop')
198: #else198: #else
199:    call system('python ' // chirality_script // ' coords.prmtop')199:    call system(chirality_script // ' coords.prmtop')
200: #endif200: #endif
201: 201: 
202: ! Work out the number of chiral centres by reading the .chirality_list file 202: ! Work out the number of chiral centres by reading the .chirality_list file 
203:    num_chiral_centres = file_length('.chirality_list')203:    num_chiral_centres = file_length('.chirality_list')
204:    if (.not. allocated(sr_atoms)) allocate(sr_atoms(num_chiral_centres, 5))204:    if (.not. allocated(sr_atoms)) allocate(sr_atoms(num_chiral_centres, 5))
205: 205: 
206: ! Now read the chiral centres into sr_atoms206: ! Now read the chiral centres into sr_atoms
207:    call file_open('.chirality_list', file_unit, .false.)207:    call file_open('.chirality_list', file_unit, .false.)
208:    do i = 1, num_chiral_centres208:    do i = 1, num_chiral_centres
209:       read(file_unit, '(5i8)') sr_atoms(i, :)209:       read(file_unit, '(5i8)') sr_atoms(i, :)
261:    integer                                      :: num_peptide_bonds261:    integer                                      :: num_peptide_bonds
262:    integer                                      :: i262:    integer                                      :: i
263:    integer                                      :: j263:    integer                                      :: j
264:    integer                                      :: atom_number264:    integer                                      :: atom_number
265:    double precision, dimension(12)              :: peptide_coords265:    double precision, dimension(12)              :: peptide_coords
266:    integer                                      :: file_unit266:    integer                                      :: file_unit
267: ! Functions267: ! Functions
268:    integer                                      :: file_length268:    integer                                      :: file_length
269: 269: 
270: #ifdef _SVN_ROOT_270: #ifdef _SVN_ROOT_
271:    call system('python ' // _SVN_ROOT_ // '/SCRIPTS/AMBER/chirality/cistrans.py' // ' coords.prmtop')271:    call system(_SVN_ROOT_ // '/SCRIPTS/AMBER/chirality/cistrans.py' // ' coords.prmtop')
272: #else272: #else
273:    call system('python ' // cis_trans_script // ' coords.prmtop')273:    call system(cis_trans_script // ' coords.prmtop')
274: #endif274: #endif
275: 275: 
276: ! Work out the number of peptide bonds by reading the .cis_trans_list file 276: ! Work out the number of peptide bonds by reading the .cis_trans_list file 
277:    num_peptide_bonds = file_length('.cis_trans_list')277:    num_peptide_bonds = file_length('.cis_trans_list')
278:    if (.not. allocated(cis_trans_atoms)) allocate(cis_trans_atoms(num_peptide_bonds, 4))278:    if (.not. allocated(cis_trans_atoms)) allocate(cis_trans_atoms(num_peptide_bonds, 4))
279: 279: 
280: ! Now read the chiral centres into cis_trans_atoms280: ! Now read the chiral centres into cis_trans_atoms
281:    call file_open('.cis_trans_list', file_unit, .false.)281:    call file_open('.cis_trans_list', file_unit, .false.)
282:    do i = 1, num_peptide_bonds282:    do i = 1, num_peptide_bonds
283:       read(file_unit, '(4i8)') cis_trans_atoms(i, :)283:       read(file_unit, '(4i8)') cis_trans_atoms(i, :)


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0