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 59:      &                 EPSR, GBKAPPA, GBKAPPRM, GBMU,GBNU, GBSIGNOT, GBEPSNOT, GBCHI, GBCHIPRM, & 59:      &                 EPSR, GBKAPPA, GBKAPPRM, GBMU,GBNU, GBSIGNOT, GBEPSNOT, GBCHI, GBCHIPRM, &
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 63:      &                 DBEPSBB, DBEPSAB, DBSIGBB, DBSIGAB, DBPMU, EFIELD, YKAPPA, YEPS, GEMRC, MREQ, HSEFF, BEPS, & 63:      &                 DBEPSBB, DBEPSAB, DBSIGBB, DBSIGAB, DBPMU, EFIELD, YKAPPA, YEPS, GEMRC, MREQ, HSEFF, BEPS, &
 64:      &                 EPS11, EPS22, EPS12, MRHO11, MRHO22, MRHO12, REQ11, REQ22, REQ12, & 64:      &                 EPS11, EPS22, EPS12, MRHO11, MRHO22, MRHO12, REQ11, REQ22, REQ12, &
 65:      &                 RHOCC0, RHOCC10, RHOCC20,  RHOHH0, RHOHH10, RHOHH20, RHOCH0, RHOC10H, & 65:      &                 RHOCC0, RHOCC10, RHOCC20,  RHOHH0, RHOHH10, RHOHH20, RHOCH0, RHOC10H, &
 66:      &                 RHOCH10, RHOC20H, RHOCH20, ALPHACC, ALPHAHH, ALPHACH, DC6CC, DC6HH, DC6CH, KKJ, CCKJ, SYMFCTR, & 66:      &                 RHOCH10, RHOC20H, RHOCH20, ALPHACC, ALPHAHH, ALPHACH, DC6CC, DC6HH, DC6CH, KKJ, CCKJ, FETEMP, SYMFCTR, &
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 69:      &                 PEPSILONATTR(2),PSIGMAATTR(2), PYOVERLAPTHRESH, PYCFTHRESH, LJSITECOORDS(3), & 69:      &                 PEPSILONATTR(2),PSIGMAATTR(2), PYOVERLAPTHRESH, PYCFTHRESH, LJSITECOORDS(3), &
 70:      &                 MSTART,MFINISH,MBSTART1,MBFINISH1,MBSTART2,MBFINISH2,MBHEIGHT1,MBHEIGHT2,ME1,ME2,ME3, & 70:      &                 MSTART,MFINISH,MBSTART1,MBFINISH1,MBSTART2,MBFINISH2,MBHEIGHT1,MBHEIGHT2,ME1,ME2,ME3, &
 71:      &                 BSPTQMAX, BSPTQMIN, PFORCE, CSMNORM, CSMGUIDENORM, CSMEPS, PERCCUT, & 71:      &                 BSPTQMAX, BSPTQMIN, PFORCE, CSMNORM, CSMGUIDENORM, CSMEPS, PERCCUT, &
 72:      &                 LOWESTE, PERTSTEP, ORBITTOL 72:      &                 LOWESTE, PERTSTEP, ORBITTOL
 73: ! 73: !
 74:       LOGICAL DEBUG, TARGET, MORSET, CUTT, SEEDT, CENT, TSALLIST, FREEZECORE, NEWJUMP, RENORM, CAPSID, FREEZE, & 74:       LOGICAL DEBUG, TARGET, MORSET, CUTT, SEEDT, CENT, TSALLIST, FREEZECORE, NEWJUMP, RENORM, CAPSID, FREEZE, &
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 77:      &        SORTT, HIT, SAVEQ, PARALLELT, FIXD, RKMIN, BSMIN, PERMDIST, PERMOPT, BSWL, BSPT, BSPTRESTART, & 77:      &        SORTT, HIT, SAVEQ, PARALLELT, FIXD, RKMIN, BSMIN, PERMDIST, PERMOPT, BSWL, BSPT, BSPTRESTART, &
 78:      &        SYMMETRIZE, SYMMETRIZECSM, DUMPT, NEON, ARGON, P46, NORESET, TABOOT, EVSTEPT, PACHECO, DL_POLY, QUCENTRE, & 78:      &        SYMMETRIZE, SYMMETRIZECSM, DUMPT, NEON, ARGON, P46, NORESET, TABOOT, EVSTEPT, PACHECO, DL_POLY, QUCENTRE, &
 79:      &        STAR, PLUS, TWOPLUS, GROUND, DIPOLE, DFTBT, DFTBCT, SW, SUPERSTEP, EAMLJT, PBGLUET, TRACKDATAT, & 79:      &        STAR, PLUS, TWOPLUS, GROUND, DIPOLE, DFTBT, DFTBCT, SW, SUPERSTEP, EAMLJT, PBGLUET, TRACKDATAT, &
 80:      &        EAMALT, ALGLUET, MGGLUET, GUPTAT, LJATT, FST, DECAY, COOP, FIXBIN, GAUSST, QUENCHDOS, FIXDIHEFLAG, & 80:      &        EAMALT, ALGLUET, MGGLUET, GUPTAT, LJATT, FST, DECAY, COOP, FIXBIN, GAUSST, QUENCHDOS, FIXDIHEFLAG, &
 81:      &        FRAUSIT, ANGST, SELFT, STEPOUT, WENZEL, THRESHOLDT, THOMSONT, MULLERBROWNT, CHARMMENERGIES, & 81:      &        FRAUSIT, ANGST, SELFT, STEPOUT, WENZEL, THRESHOLDT, THOMSONT, MULLERBROWNT, CHARMMENERGIES, &
 82:      &        PROJ, RGCL2, TOSI, WELCH, AXTELL, AMBER, FIXIMAGE, BINARY, SHIFTCUT, ARNO, TUNNELT, TWOD, &  82:      &        PROJ, RGCL2, TOSI, WELCH, AXTELL, AMBER, FIXIMAGE, BINARY, SHIFTCUT, ARNO, TUNNELT, TWOD, & 
 83:      &        BLJCLUSTER, BLJCLUSTER_NOCUT, COMPRESST, FIX, FIXT, BFGS, LBFGST, DBRENTT, DZTEST, FNI, FAL, CPMD, TNT, ZETT1, & 83:      &        BLJCLUSTER, BLJCLUSTER_NOCUT, COMPRESST, FIX, FIXT, BFGS, LBFGST, DBRENTT, DZTEST, FNI, FAL, CPMD, TNT, ZETT1, &
 84:      &        ZETT2, RESTART, CONJG, NEWRESTART, AVOID, NATBT, DIFFRACTT, CHRMMT, INTMINT, LB2T, &  84:      &        ZETT2, RESTART, CONJG, NEWRESTART, AVOID, NATBT, DIFFRACTT, CHRMMT, INTMINT, LB2T, & 
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 88:      &        MULTPAHAT, PAPT, PAPBINT, PAPJANT, PTSTSTT, SHIFTED, SILANET, TDHDT, DDMT, WATERDCT, WATERKZT, CHECKDT, CHECKMARKOVT,&  88:      &        MULTPAHAT, PAPT, PAPBINT, PAPJANT, PTSTSTT, SHIFTED, SILANET, TDHDT, DDMT, WATERDCT, WATERKZT, CHECKDT, CHECKMARKOVT,& 
 89:      &        TETHER, HISTSMOOTH, VISITPROP, ARMT, FixedEndMoveT, FIXCOM, RESTORET, QUADT, AMHT, MOVESHELLT, QDT, QD2T, & 89:      &        TETHER, HISTSMOOTH, VISITPROP, ARMT, FixedEndMoveT, FIXCOM, RESTORET, QUADT, AMHT, MOVESHELLT, QDT, QD2T, &
 90:      &        PARAMONOVPBCX, PARAMONOVPBCY, PARAMONOVPBCZ, PARAMONOVCUTOFF, GAYBERNEDCT, UNFREEZERES, FREEZEALL, & 90:      &        PARAMONOVPBCX, PARAMONOVPBCY, PARAMONOVPBCZ, PARAMONOVCUTOFF, GAYBERNEDCT, UNFREEZERES, FREEZEALL, &
 91:      &        PROJIT, PROJIHT, LEAPDIHE, DUMPQUT, DUMPBESTT, LJSITE, BLJSITE, LJSITEATTR, DUMPSTEPST, & 91:      &        PROJIT, PROJIHT, LEAPDIHE, DUMPQUT, DUMPBESTT, LJSITE, BLJSITE, LJSITEATTR, DUMPSTEPST, &
 92:      &        AMBERT, RANDOMSEEDT, PYGPERIODICT, LJCAPSIDT, PYBINARYT, SWAPMOVEST, MOVABLEATOMST, LIGMOVET,DUMPSTRUCTURES, & 92:      &        AMBERT, RANDOMSEEDT, PYGPERIODICT, LJCAPSIDT, PYBINARYT, SWAPMOVEST, MOVABLEATOMST, LIGMOVET,DUMPSTRUCTURES, &
 93:      &        LJSITECOORDST, VGW, ACKLANDT, G46, DF1T, PULLT, LOCALSAMPLET, CSMT, A9INTET, INTERESTORE, COLDFUSION, & 93:      &        LJSITECOORDST, VGW, ACKLANDT, G46, DF1T, PULLT, LOCALSAMPLET, CSMT, A9INTET, INTERESTORE, COLDFUSION, &
 94:      &        CSMGUIDET, MULTISITEPYT, CHAPERONINT, AVOIDRESEEDT, OHCELLT, UNFREEZEFINALQ, PERCOLATET, PERCT, PERCACCEPTED,& 94:      &        CSMGUIDET, MULTISITEPYT, CHAPERONINT, AVOIDRESEEDT, OHCELLT, UNFREEZEFINALQ, PERCOLATET, PERCT, PERCACCEPTED,&
 95:      &        GENALT, MINDENSITYT, RESTRICTREGION, RESTRICTREGIONTEST, RESTRICTCYL, ACK1, ACK2, HARMONICF,& 95:      &        GENALT, MINDENSITYT, RESTRICTREGION, RESTRICTREGIONTEST, RESTRICTCYL, ACK1, ACK2, HARMONICF,&
 96:      &        HARMONICDONTMOVE, DUMPUNIQUE, FREEZESAVE, TBP, RBSYMT, PTMCDUMPSTRUCT, PTMCDUMPENERT, PYCOLDFUSION, MONITORT,& 96:      &        HARMONICDONTMOVE, DUMPUNIQUE, FREEZESAVE, TBP, RBSYMT, PTMCDUMPSTRUCT, PTMCDUMPENERT, PYCOLDFUSION, MONITORT,&
457: ! dc550457: ! dc550
458:       LOGICAL :: SELECTMOVET458:       LOGICAL :: SELECTMOVET
459:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: SELTRANSSTEP(:), SELROTSCALE(:), SELMOVPROB(:)459:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: SELTRANSSTEP(:), SELROTSCALE(:), SELMOVPROB(:)
460:       INTEGER, ALLOCATABLE :: SELMOVFREQ(:), SELBEGIN(:), SELEND(:), SELSIZE(:)460:       INTEGER, ALLOCATABLE :: SELMOVFREQ(:), SELBEGIN(:), SELEND(:), SELSIZE(:)
461:       INTEGER :: SELMOVNO461:       INTEGER :: SELMOVNO
462:       462:       
463: !QUIP variables463: !QUIP variables
464:       CHARACTER(LEN=3) :: QUIPATOMTYPE464:       CHARACTER(LEN=3) :: QUIPATOMTYPE
465:       CHARACTER(LEN=10240) :: QUIPARGSTR465:       CHARACTER(LEN=10240) :: QUIPARGSTR
466: 466: 
467: !FEBH variables 
468:       LOGICAL           :: FEBHT 
469:       DOUBLE PRECISION  :: FEBH_POT_ENE, FETEMP 
470:       INTEGER           :: FE_FILE_UNIT 
471: 467: 
472:       contains468:       contains
473: 469: 
474:       SUBROUTINE MODCOMMONINIT470:       SUBROUTINE MODCOMMONINIT
475:          implicit none471:          implicit none
476:          472:          
477:          natoms = Number_of_Atoms473:          natoms = Number_of_Atoms
478:          allocate( ANV(NATOMS,NATOMS,3))474:          allocate( ANV(NATOMS,NATOMS,3))
479: 475: 
480: ! vr274> DMACRYS is used476: ! vr274> DMACRYS is used


r25557/keywords.f 2017-01-21 10:40:47.457487693 +0000 r25556/keywords.f 2017-01-21 10:40:48.705547861 +0000
  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/GMIN/source/keywords.f' in revision 25557  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/GMIN/source/keywords.f' in revision 25556


r25557/main.F 2017-01-21 10:40:47.717500254 +0000 r25556/main.F 2017-01-21 10:40:48.961560183 +0000
365:       IF (AMBERT) CALL AMBER_DEALLOCATE_STACKS365:       IF (AMBERT) CALL AMBER_DEALLOCATE_STACKS
366:       CALL MODCOMMONDEINIT366:       CALL MODCOMMONDEINIT
367:       CALL FLUSH(MYUNIT)367:       CALL FLUSH(MYUNIT)
368: 368: 
369:       IF(VGW) THEN369:       IF(VGW) THEN
370:         CALL CLEANUP_VGWSP370:         CALL CLEANUP_VGWSP
371:         CALL CLEANUP_VGW371:         CALL CLEANUP_VGW
372:       ENDIF372:       ENDIF
373: 373: 
374:       CLOSE(MYUNIT)374:       CLOSE(MYUNIT)
375:      
376: ! khs26> Close file storing free energies 
377:       IF (FEBHT) THEN 
378:          CLOSE(FE_FILE_UNIT) 
379:       END IF 
380: ! csw34> close pairdists.* files375: ! csw34> close pairdists.* files
381:       IF (PAIRDISTT) CLOSE(MYPUNIT)376:       IF (PAIRDISTT) CLOSE(MYPUNIT)
382:       IF (TRACKDATAT) THEN377:       IF (TRACKDATAT) THEN
383:          CLOSE(MYEUNIT)378:          CLOSE(MYEUNIT)
384:          CLOSE(MYMUNIT)379:          CLOSE(MYMUNIT)
385:          IF (RMST) CLOSE(MYRUNIT)380:          IF (RMST) CLOSE(MYRUNIT)
386:          CLOSE(MYBUNIT)381:          CLOSE(MYBUNIT)
387:          IF (A9INTET) THEN382:          IF (A9INTET) THEN
388:             CLOSE(3998)383:             CLOSE(3998)
389:             CLOSE(3999)384:             CLOSE(3999)


r25557/prm.c 2017-01-21 10:40:48.181522634 +0000 r25556/prm.c 2017-01-21 10:40:49.729597132 +0000
372: 372: 
373: /***************************************************************************373: /***************************************************************************
374:                              READPARM()374:                              READPARM()
375: ****************************************************************************/375: ****************************************************************************/
376: int mmeinitwrapper_(char *name,int *igb,REAL_T *saltcon,REAL_T *rgbmax1,REAL_T *cutoff1)376: int mmeinitwrapper_(char *name,int *igb,REAL_T *saltcon,REAL_T *rgbmax1,REAL_T *cutoff1)
377: 377: 
378: {378: {
379:  int temp;379:  int temp;
380:  int iteration;380:  int iteration;
381:  iteration = 1;381:  iteration = 1;
382: // printf("length in C: %i bytes, %i characters \n", sizeof(name), (sizeof(name)/sizeof(char)));382:  printf("read argument: %s \n", name);
383: // printf("read argument: %s \n", name); 
384:          prm =  (PARMSTRUCT_T *) get(sizeof(PARMSTRUCT_T)); 383:          prm =  (PARMSTRUCT_T *) get(sizeof(PARMSTRUCT_T)); 
385:          mol = (MOLECULE_T *) get(sizeof(MOLECULE_T));384:          mol = (MOLECULE_T *) get(sizeof(MOLECULE_T));
386:         /* vnew = NULL; */385:         /* vnew = NULL; */
387:         temp=readparm(mol,name);386:         temp=readparm(mol,name);
388:         kappa = sqrt(0.10806* *saltcon);387:         kappa = sqrt(0.10806* *saltcon);
389:         rgbmax = *rgbmax1;388:         rgbmax = *rgbmax1;
390:         cut = *cutoff1;389:         cut = *cutoff1;
391:         gb = *igb;390:         gb = *igb;
392:         /* moltemp = mol; */391:         /* moltemp = mol; */
393:         /* temphess = (REAL_T *) get(sizeof(REAL_T)*9*mol->m_prm->Natom*mol->m_prm->Natom); */392:         /* temphess = (REAL_T *) get(sizeof(REAL_T)*9*mol->m_prm->Natom*mol->m_prm->Natom); */
466:   int *iptmp;465:   int *iptmp;
467:   FILE *file;466:   FILE *file;
468:   PARMSTRUCT_T *prm; 467:   PARMSTRUCT_T *prm; 
469:   char line[81];468:   char line[81];
470:   char atsymb, atsymbp;469:   char atsymb, atsymbp;
471:   int i10_12 = 0;470:   int i10_12 = 0;
472: 471: 
473:   /* Open the input file.  The result is NULL for all but task 0. */472:   /* Open the input file.  The result is NULL for all but task 0. */
474: 473: 
475:   if (get_mytaskid() == 0) {474:   if (get_mytaskid() == 0) {
476: //    printf("Reading parm file (%s)\n", name);475:     printf("Reading parm file (%s)\n", name);
477:   }476:   }
478:   ier = 0;477:   ier = 0;
479:   if ((file = genopen(name)) == NULL) {478:   if ((file = genopen(name)) == NULL) {
480:     if (get_mytaskid() == 0) {479:     if (get_mytaskid() == 0) {
481:       fprintf( stderr, "Cannot read parm file %s\n", name );480:       fprintf( stderr, "Cannot read parm file %s\n", name );
482:       ier = -1;481:       ier = -1;
483:     }482:     }
484:   }483:   }
485:   reducerror(ier);484:   reducerror(ier);
486: 485: 
492:   newparm = 0;491:   newparm = 0;
493:   if( !strncmp( line, "%VERSION", 8 ) ){492:   if( !strncmp( line, "%VERSION", 8 ) ){
494:     newparm = 1;493:     newparm = 1;
495:     pfind( file, newparm, "TITLE");494:     pfind( file, newparm, "TITLE");
496:     preadln( file, name, prm->ititl );495:     preadln( file, name, prm->ititl );
497:   } else {496:   } else {
498:     strncpy( prm->ititl, line, 81 );497:     strncpy( prm->ititl, line, 81 );
499:   }498:   }
500: 499: 
501:   if (get_mytaskid() == 0) {500:   if (get_mytaskid() == 0) {
502: //    printf("title:\n%s\n", prm->ititl);501:     printf("title:\n%s\n", prm->ititl);
503:   }502:   }
504: 503: 
505:   /* READ CONTROL INTEGERS */504:   /* READ CONTROL INTEGERS */
506: 505: 
507:   pfind( file, newparm, "POINTERS" );506:   pfind( file, newparm, "POINTERS" );
508: 507: 
509:   if (get_mytaskid() == 0) {508:   if (get_mytaskid() == 0) {
510:     fscanf(file, "%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d",509:     fscanf(file, "%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d%d",
511:            &prm->Natom,  &prm->Ntypes, &prm->Nbonh, &prm->Mbona, 510:            &prm->Natom,  &prm->Ntypes, &prm->Nbonh, &prm->Mbona, 
512:            &prm->Ntheth, &prm->Mtheta, &prm->Nphih, &prm->Mphia, 511:            &prm->Ntheth, &prm->Mtheta, &prm->Nphih, &prm->Mphia, 


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