hdiff output

r24827/sff2.c 2017-01-21 10:40:53.417772614 +0000 r24826/sff2.c 2017-01-21 10:40:53.673784721 +0000
 22:  * gradient and Hessian are distributed, the ptr1d, ptr1f, ptr2d and ptr2f 22:  * gradient and Hessian are distributed, the ptr1d, ptr1f, ptr2d and ptr2f
 23:  * functions are used to write the subvector and submatrix elements by only 23:  * functions are used to write the subvector and submatrix elements by only
 24:  * the process that owns the subvector or submatrix.  The SUPERD_T type is 24:  * the process that owns the subvector or submatrix.  The SUPERD_T type is
 25:  * used to facilitate argument transmission to the ptr2f function. 25:  * used to facilitate argument transmission to the ptr2f function.
 26:  */ 26:  */
 27:  27: 
 28: /* sf344 addition */ 28: /* sf344 addition */
 29: /*#include "nabinterface.c"*/ 29: /*#include "nabinterface.c"*/
 30: /* end sf344 addition */ 30: /* end sf344 addition */
 31:  31: 
  32: /* csw34> Adding math.h to allow float comparisons and fabs */
 32: #include math.h 33: #include math.h
  34: 
 33: #ifdef SCALAPACK 35: #ifdef SCALAPACK
 34:  36: 
 35: typedef struct superd { 37: typedef struct superd {
 36:   INT_T dtype, ctxt, m, n, mb, nb, rsrc, csrc, lld, row, col; 38:   INT_T dtype, ctxt, m, n, mb, nb, rsrc, csrc, lld, row, col;
 37:   size_t size; 39:   size_t size;
 38:   INT_T *divmb, *divnb, *modmb, *modnb, *divrw, *divcl, *modrw, *modcl; 40:   INT_T *divmb, *divnb, *modmb, *modnb, *divrw, *divcl, *modrw, *modcl;
 39: } SUPERD_T; 41: } SUPERD_T;
 40:  42: 
 41: #endif 43: #endif
 42:  44: 
2806:           2808:           
2807:           /* "standard" (HCT) effective radii:  */2809:           /* "standard" (HCT) effective radii:  */
2808: 2810: 
2809:           reff[i] = sumi;2811:           reff[i] = sumi;
2810: 2812: 
2811:         } else {2813:         } else {
2812: 2814: 
2813:           /* "gbao" formulas:  */2815:           /* "gbao" formulas:  */
2814: 2816: 
2815:           psi[i] = -ri*sumi;2817:           psi[i] = -ri*sumi;
 2818: 
2816:           reff[i] = -tanh((GBALPHA + GBGAMMA*psi[i]*psi[i])*psi[i])/rborn[i];2819:           reff[i] = -tanh((GBALPHA + GBGAMMA*psi[i]*psi[i])*psi[i])/rborn[i];
2817:         }2820:         }
2818: #else2821: #else
2819: 2822: 
2820:         if ( gb==1 ) {2823:         if ( gb==1 ) {
2821:           2824:           
2822:           /* "standard" (HCT) effective radii:  */2825:           /* "standard" (HCT) effective radii:  */
2823: 2826: 
2824:           reff[i] = 1.0/(ri1i + sumi);2827:           reff[i] = 1.0/(ri1i + sumi);
2825: 2828: 
2826:         } else {2829:         } else {
2827: 2830: 
2828:           /* "gbao" formulas:  */2831:           /* "gbao" formulas:  */
2829: 2832: 
2830:           psi[i] = -ri*sumi;2833:           psi[i] = -ri*sumi;
2831: 2834: 
2832: /* csw34> Catch for people trying to use igb=5 when asking for second derivatives.2835: /* csw34> Catch for people trying to use igb=5 when asking for second derivatives.
2833:  *        There is an inconsistancy between AMBER and NAB - but as we're planning2836:  *        There is an inconsistancy between AMBER and NAB - but as we're planning
2834:  *        on moving to interface AMBER 12 where this is fixed, for now we just 2837:  *        on moving to interface AMBER 12 where this is fixed, for now we just
2835:  *        want to stop people falling into the trap! 2838:  *        want to stop people falling into the trap!
2836:  */           2839:  */
2837:           if ( fabs(gbgamma - 4.850) < 1e-3 ) {2840:           if ( fabs(gbgamma - 4.850) < 1e-3 ) {
2838:              fprintf(stderr,"WARNING: You are requesting second derivatives for igb=5!\n");2841:              fprintf(stderr,"WARNING: You are requesting second derivatives for igb=5!\n");
2839:              fprintf(stderr,"         The igb=5 energy and gradient is inconsistant between AMBER and NAB\n");2842:              fprintf(stderr,"         The igb=5 energy and gradient is inconsistant between AMBER and NAB\n");
2840:              fprintf(stderr,"         Exiting for your protection!\n");2843:              fprintf(stderr,"         Exiting for your protection!\n");
2841:              exit(1);2844:              exit(1);
2842:           } 2845:           }
 2846: 
2843:           reff[i] =1.0/( ri1i - tanh( (GBALPHA + GBGAMMA*psi[i]*psi[i])2847:           reff[i] =1.0/( ri1i - tanh( (GBALPHA + GBGAMMA*psi[i]*psi[i])
2844:                                  *psi[i])/rborn[i]);2848:                                  *psi[i])/rborn[i]);
2845:         }2849:         }
2846: #endif2850: #endif
2847: 2851: 
2848:       }2852:       }
2849:     }2853:     }
2850: 2854: 
2851:     if (gb2_debug) {2855:     if (gb2_debug) {
2852:       printf("reff calculated, mytaskid = %d\n", mytaskid);2856:       printf("reff calculated, mytaskid = %d\n", mytaskid);


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0