hdiff output

r33489/CMakeLists.txt 2017-11-17 11:30:13.794384164 +0000 r33488/CMakeLists.txt 2017-11-17 11:30:14.478393215 +0000
102: set(ALL_DUMMIES ${DUMMY_AMH}102: set(ALL_DUMMIES ${DUMMY_AMH}
103:                 ${DUMMY_CHARMM}103:                 ${DUMMY_CHARMM}
104:                 ${DUMMY_AMBER9}104:                 ${DUMMY_AMBER9}
105:                 ${DUMMY_AMBER12}105:                 ${DUMMY_AMBER12}
106:                 ${DUMMY_CUDA}106:                 ${DUMMY_CUDA}
107:                 ${DUMMY_DMACRYS}107:                 ${DUMMY_DMACRYS}
108:                 ${DUMMY_USERPOT}108:                 ${DUMMY_USERPOT}
109:                 ${DUMMY_TESTING} 109:                 ${DUMMY_TESTING} 
110:                 ${DUMMY_OPEP}110:                 ${DUMMY_OPEP}
111:                 ${DUMMY_OPTIM} 111:                 ${DUMMY_OPTIM} 
112:                 ${DUMMY_QUIP})112:                 ${DUMMY_QUIP} )
113: set(DUMMY_CPP_FLAGS "DUMMY_AMBER12;DUMMY_CUDA")113: set(DUMMY_CPP_FLAGS "DUMMY_AMBER12;DUMMY_CUDA")
114: 114: 
115: # Glob all the sources115: # Glob all the sources
116: file(GLOB GMIN_LIB_SOURCES *.f116: file(GLOB GMIN_LIB_SOURCES *.f
117:                            *.f90117:                            *.f90
118:                            *.F118:                            *.F
119:                            *.F90119:                            *.F90 
120:                            ALIGN/*.f90120:                            ALIGN/*.f90 )
121:                            ) 
122:  
123: option(WITH_ALIGN "Enable ALIGN subroutines" ON) 
124: if(WITH_ALIGN) 
125:   file(GLOB DUMMY_ALIGN dummy_aligndecide.f90) 
126:   list(REMOVE_ITEM GMIN_LIB_SOURCES ${DUMMY_ALIGN}) 
127: else() 
128: #  file(GLOB GMIN_LIB_SOURCES ALIGN/*.f90) 
129:   file(GLOB ALIGN_SOURCES ALIGN/*.f90) 
130:   list(REMOVE_ITEM GMIN_LIB_SOURCES ${ALIGN_SOURCES}) 
131: endif(WITH_ALIGN) 
132: 121: 
133: file(GLOB NOT_GMIN_SOURCES myblas.f122: file(GLOB NOT_GMIN_SOURCES myblas.f
134:                            mylapack.f123:                            mylapack.f
135:                            gmin_quip_wrapper.f90124:                            gmin_quip_wrapper.f90
136:                            # These files are generated later125:                            # These files are generated later
137:                            display_version.f90126:                            display_version.f90
138:                            porfuncs.f90 )127:                            porfuncs.f90 )
139: 128: 
140: # Due to a compiler bug in ifort 13.1.3, we can't use -O3 for genrigid.f90129: # Due to a compiler bug in ifort 13.1.3, we can't use -O3 for genrigid.f90
141: # Investigations continue...130: # Investigations continue...
145: 134: 
146: 135: 
147: list(REMOVE_ITEM GMIN_LIB_SOURCES ${NOT_GMIN_SOURCES}136: list(REMOVE_ITEM GMIN_LIB_SOURCES ${NOT_GMIN_SOURCES}
148:                                   ${ALL_DUMMIES} )137:                                   ${ALL_DUMMIES} )
149: 138: 
150: # Add generated source files 139: # Add generated source files 
151: set(GMIN_LIB_SOURCES ${GMIN_LIB_SOURCES}140: set(GMIN_LIB_SOURCES ${GMIN_LIB_SOURCES}
152:                      display_version.f90141:                      display_version.f90
153:                      porfuncs.f90 )142:                      porfuncs.f90 )
154: 143: 
155:  
156:  
157: # ---- porfuncs.f90 TODO: John is writing a replacement144: # ---- porfuncs.f90 TODO: John is writing a replacement
158: add_custom_command (145: add_custom_command (
159:    OUTPUT porfuncs.f90 146:    OUTPUT porfuncs.f90 
160:    COMMAND bash ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/porfuncs.sh ${COMPILER_SWITCH} > porfuncs.f90)147:    COMMAND bash ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/porfuncs.sh ${COMPILER_SWITCH} > porfuncs.f90)
161: 148: 
162: set_property(DIRECTORY APPEND PROPERTY ADDITIONAL_MAKE_CLEAN_FILES porfuncs.f90)149: set_property(DIRECTORY APPEND PROPERTY ADDITIONAL_MAKE_CLEAN_FILES porfuncs.f90)
163: 150: 
164: # ---- display_version.f90 151: # ---- display_version.f90 
165: add_custom_command (152: add_custom_command (
166:   OUTPUT display_version.f90 153:   OUTPUT display_version.f90 
224:   message("building with MPI: \n  ${CMAKE_Fortran_FLAGS}")   211:   message("building with MPI: \n  ${CMAKE_Fortran_FLAGS}")   
225: endif(WITH_MPI)212: endif(WITH_MPI)
226: 213: 
227: # AMBER MPI flag214: # AMBER MPI flag
228: #kr366> make sure we never use MPI for AMBER and GMIN at the same time215: #kr366> make sure we never use MPI for AMBER and GMIN at the same time
229: option(WITH_AMBMPI "Enable MPI for AMBER" OFF)216: option(WITH_AMBMPI "Enable MPI for AMBER" OFF)
230: if(WITH_AMBMPI)217: if(WITH_AMBMPI)
231:   add_definitions(-DAMBMPI)218:   add_definitions(-DAMBMPI)
232: endif(WITH_AMBMPI)219: endif(WITH_AMBMPI)
233: 220: 
234: if(WITH_ALIGN)221: 
235:   # Add the fftw3 library, required by the FASTOVERLAP algorithm (but can be used elsewhere as well!)222: # Add the fftw3 library, required by the FASTOVERLAP algorithm (but can be used elsewhere as well!)
236:   # sn402: fftw3 comes with its own autotools configure script, and I have simply imported that into cmake (see below) rather 223: # sn402: fftw3 comes with its own autotools configure script, and I have simply imported that into cmake (see below) rather 
237:   # than trying to reimplement the build process in pure cmake.224: # than trying to reimplement the build process in pure cmake.
238:   # We are using the legacy fortran wrappers in fftw3.225: # We are using the legacy fortran wrappers in fftw3.
239: #  if("${CMAKE_Fortran_COMPILER}" MATCHES "mpif90$")226: if("${CMAKE_Fortran_COMPILER}" MATCHES "mpif90$")
240:   if(WITH_MPI)227:   # At some point I'll want to set this up to use the appropriate compiler, but for now using gfortran every time with mpif90
241:     # At some point I'll want to set this up to use the appropriate compiler, but for now using gfortran every time with mpif90228:   # should be ok.
242:     # should be ok.229:   set(FFTW_COMPILER "gfortran" CACHE TYPE STRING)
243:     set(FFTW_COMPILER "mpi_gfortran" CACHE TYPE STRING)230: else()
244:   else()231:   set(FFTW_COMPILER ${CMAKE_Fortran_COMPILER} CACHE TYPE STRING)
245:     set(FFTW_COMPILER ${CMAKE_Fortran_COMPILER} CACHE TYPE STRING)232: endif("${CMAKE_Fortran_COMPILER}" MATCHES "mpif90$")
246: #  endif("${CMAKE_Fortran_COMPILER}" MATCHES "mpif90$")233: 
247:   endif(WITH_MPI)234: include(${CMAKE_ROOT}/Modules/ExternalProject.cmake)
248: 235: ExternalProject_Add(fftw
249:   include(${CMAKE_ROOT}/Modules/ExternalProject.cmake)236:   SOURCE_DIR ${SVN_ROOT}/MYFFTW
250:   ExternalProject_Add(fftw237:   # To avoid having to recompile fftw3 every time we create a new GMIN build directory, we install the library centrally
251:     SOURCE_DIR ${SVN_ROOT}/MYFFTW238:   # rather than in the current build directory.
252:     # To avoid having to recompile fftw3 every time we create a new GMIN build directory, we install the library centrally239: #  PREFIX ${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FC_PROGNAME}
253:     # rather than in the current build directory.240:   PREFIX ${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FFTW_COMPILER}
254:   #  PREFIX ${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FC_PROGNAME}241:   # sn402: I think that it shouldn't matter which fortran compiler has been used to compile the fftw3 interface - in theory
255:     PREFIX ${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FFTW_COMPILER}242:   # the wrapper functions are compatible with all compilers. However, to be on the safe side we create separate install directories
256:     # sn402: I think that it shouldn't matter which fortran compiler has been used to compile the fftw3 interface - in theory243:   # for each compiler.
257:     # the wrapper functions are compatible with all compilers. However, to be on the safe side we create separate install directories244: #  CONFIGURE_COMMAND ${SVN_ROOT}/MYFFTW/configure F77=${CMAKE_Fortran_COMPILER} --prefix=${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FC_PROGNAME}/install --disable-doc
258:     # for each compiler.245:   CONFIGURE_COMMAND ${SVN_ROOT}/MYFFTW/configure F77=${FFTW_COMPILER} --prefix=${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FFTW_COMPILER}/install --disable-doc
259:   #  CONFIGURE_COMMAND ${SVN_ROOT}/MYFFTW/configure F77=${CMAKE_Fortran_COMPILER} --prefix=${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FC_PROGNAME}/install --disable-doc246:   BUILD_COMMAND make
260:     CONFIGURE_COMMAND ${SVN_ROOT}/MYFFTW/configure F77=${FFTW_COMPILER} --prefix=${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FFTW_COMPILER}/install --disable-doc247:   INSTALL_COMMAND ${MAKE_INSTALL})
261:     BUILD_COMMAND make248:   set_target_properties(fftw PROPERTIES Fortran_MODULE_DIRECTORY "${PREFIX}")
262:     INSTALL_COMMAND ${MAKE_INSTALL})249: 
263:     set_target_properties(fftw PROPERTIES Fortran_MODULE_DIRECTORY "${PREFIX}")250: set_module_depends(gminlib fftw)
264: 251: #target_link_libraries(gminlib ${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FC_PROGNAME}/install/lib/libfftw3.a)
265:   set_module_depends(gminlib fftw)252: target_link_libraries(gminlib ${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FFTW_COMPILER}/install/lib/libfftw3.a)
266:   #target_link_libraries(gminlib ${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FC_PROGNAME}/install/lib/libfftw3.a) 
267:   target_link_libraries(gminlib ${SVN_ROOT}/MYFFTW/local_build_${FFTW_COMPILER}/install/lib/libfftw3.a) 
268: endif(WITH_ALIGN) 
269: 253: 
270: add_definitions(-D_SVN_ROOT_='${SVN_ROOT}')254: add_definitions(-D_SVN_ROOT_='${SVN_ROOT}')
271: 255: 
272: ##########################256: ##########################
273: # EXECUTABLES START HERE #257: # EXECUTABLES START HERE #
274: ##########################258: ##########################
275: 259: 
276: # standard GMIN260: # standard GMIN
277: add_executable(GMIN main.F)261: add_executable(GMIN main.F)
278: set_target_properties(GMIN PROPERTIES LINKER_LANGUAGE "Fortran")262: set_target_properties(GMIN PROPERTIES LINKER_LANGUAGE "Fortran")


r33489/dummy_aligndecide.f90 2017-11-17 11:30:14.018387128 +0000 r33488/dummy_aligndecide.f90 2017-11-17 11:30:14.698396126 +0000
  1: SUBROUTINE ALIGN_DECIDE(COORDSB,COORDSA,NATOMS,DEBUG,NBOXLX,NBOXLY,NBOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE,DIST2,RIGID,RMATBEST)  1: svn: E195012: Unable to find repository location for 'svn+ssh://svn.ch.private.cam.ac.uk/groups/wales/trunk/GMIN/source/dummy_aligndecide.f90' in revision 33488
  2:  
  3: USE COMMONS, ONLY: FASTOVERLAPT, BNB_ALIGNT, &    ! Logicals to determine which alignment routine to use 
  4:                    KERNELWIDTH,NDISPLACEMENTS, &  ! Parameters for the Bulk FASTOVERLAP routine 
  5:                    MAX_ANGMOM, NROTATIONS, &      ! Parameters for the Cluster FASTOVERLAP routine 
  6:                    BNB_NSTEPS, &                  ! Parameter for the BNB align routine     
  7:                    MYUNIT, BOXLX, BOXLY, BOXLZ, & ! Misc variables from the main program 
  8:                    NSETS, PERMOPT, PERMDIST, LOCALPERMDIST, PERMINVOPT, NOINVERSION 
  9:  
 10: USE GENRIGID, ONLY: RIGIDINIT, ATOMRIGIDCOORDT    ! Keywords that need checking for compatibility 
 11:  
 12: IMPLICIT NONE 
 13:  
 14: INTEGER NATOMS 
 15: DOUBLE PRECISION DIST2, COORDSA(3*NATOMS), COORDSB(3*NATOMS), DISTANCE, RMATBEST(3,3) 
 16: LOGICAL DEBUG, TWOD, RIGID, BULKT, SAVEPERMOPT, SAVEPERMINVOPT 
 17: DOUBLE PRECISION NBOXLX,NBOXLY,NBOXLZ 
 18:  
 19:  
 20: IF (FASTOVERLAPT .OR. BNB_ALIGNT) THEN 
 21:   WRITE(MYUNIT,'(A)') "dummy_aligndecide> ERROR: Ran GMIN with command to use the new ALIGN routines," 
 22:   WRITE(MYUNIT,'(A)') "but GMIN was compiled with ALIGN deactivated." 
 23:   STOP 
 24:  
 25: ELSE 
 26:    CALL MINPERMDIST(COORDSB,COORDSA,NATOMS,DEBUG,BOXLX,BOXLY,BOXLZ,BULKT,TWOD,DISTANCE,DIST2,RIGID,RMATBEST) 
 27: ENDIF 
 28:  
 29: END SUBROUTINE 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0