hdiff output

r33474/amber_mutations.F90 2017-11-14 13:30:12.704902456 +0000 r33473/amber_mutations.F90 2017-11-14 13:30:12.952905752 +0000
240:      WRITE(START_STR,'(I6)') START240:      WRITE(START_STR,'(I6)') START
241:      WRITE(SHIFT_STR,'(I6)') SHIFT241:      WRITE(SHIFT_STR,'(I6)') SHIFT
242:      !create new atom groups242:      !create new atom groups
243:      IF (.NOT.AMBERMUTRIGIDT) THEN243:      IF (.NOT.AMBERMUTRIGIDT) THEN
244: #ifdef _SVN_ROOT_244: #ifdef _SVN_ROOT_
245:         CALL SYSTEM('python ' // _SVN_ROOT_ // '/SCRIPTS/AMBER/BHmutation_steps/grouprotations.py tmp.pdb')245:         CALL SYSTEM('python ' // _SVN_ROOT_ // '/SCRIPTS/AMBER/BHmutation_steps/grouprotations.py tmp.pdb')
246: #else246: #else
247:         CALL SYSTEM('python ' // grouprotation_script // ' tmp.pdb')247:         CALL SYSTEM('python ' // grouprotation_script // ' tmp.pdb')
248: #endif248: #endif
249:      ELSE249:      ELSE
250:         OPTION_STRING=' rbodyconfig '//SHIFT_STR//' '//START_STR//' tmp.pdb'250:         OPTION_STRING='rbodyconfig '//SHIFT_STR//' '//START_STR//' tmp.pdb'
251:         PATH_STRING='/SCRIPTS/AMBER/BHmutation_steps/rbody_grot.py'251:         PATH_STRING='/SCRIPTS/AMBER/BHmutation_steps/rbodyconfig_grouprotations.py'
252: #ifdef _SVN_ROOT_252: #ifdef _SVN_ROOT_
253:         253:         
254:         CALL SYSTEM('python '// _SVN_ROOT_ //PATH_STRING//OPTION_STRING)254:         CALL SYSTEM('python '// _SVN_ROOT_ //PATH_STRING//OPTION_STRING)
255:         CALL SYSTEM('mv rbodyconfig rbodyconfig.'//TRIM(ADJUSTL(NMUT_STRING)))255:         CALL SYSTEM('mv rbodyconfig rbodyconfig.'//TRIM(ADJUSTL(NMUT_STRING)))
256: #else256: #else
257:         CALL SYSTEM('python ' // grouprotation_script //OPTION_STRING)      257:         CALL SYSTEM('python ' // grouprotation_script //OPTION_STRING)      
258: #endif258: #endif
259:         CALL SYSTEM('mv rbodyconfig.new rbodyconfig')259:         CALL SYSTEM('mv rbodyconfig.new rbodyconfig.')
260:         CALL SYSTEM('mv coordsinirigid coordsinirigid.'//TRIM(ADJUSTL(NMUT_STRING)))260:         CALL SYSTEM('mv coordsinirigid coordsinirigid.'//TRIM(ADJUSTL(NMUT_STRING)))
261:         CALL SYSTEM('cp start coordsinirigid')261:         CALL SYSTEM('cp start coordsinirigid')
262:      ENDIF262:      ENDIF
263:      CALL SYSTEM('rm tmp.pdb')263:      CALL SYSTEM('rm tmp.pdb')
264:      !finally reinitialise AMBER with new groups, coordinates and topology264:      !finally reinitialise AMBER with new groups, coordinates and topology
265:      CALL REINITIALISE_AMBER()265:      CALL REINITIALISE_AMBER()
266:      !now remove old chiral states used for checking (the rest is done when we initialise the chirality in mc.F)266:      !now remove old chiral states used for checking (the rest is done when we initialise the chirality in mc.F)
267:      CALL DEALLOC_STATES_MUTATION()267:      CALL DEALLOC_STATES_MUTATION()
268:      !finally store the new sequence268:      !finally store the new sequence
269:      NSEQSTORED = NSEQSTORED + 1269:      NSEQSTORED = NSEQSTORED + 1
611:      NSEQSTORED = NSEQSTORED + 1611:      NSEQSTORED = NSEQSTORED + 1
612:      MUTSEQ(NSEQSTORED, :) = AMBER12_RESNAME(:)612:      MUTSEQ(NSEQSTORED, :) = AMBER12_RESNAME(:)
613:      RETURN613:      RETURN
614:   END SUBROUTINE REVERSE_MUTATION614:   END SUBROUTINE REVERSE_MUTATION
615: 615: 
616:   !scoring function to judge how good mutation is616:   !scoring function to judge how good mutation is
617:   SUBROUTINE MUTATION_E(SCORE,COORDS,MODE,TERMID)617:   SUBROUTINE MUTATION_E(SCORE,COORDS,MODE,TERMID)
618:      DOUBLE PRECISION, INTENT(OUT) :: SCORE618:      DOUBLE PRECISION, INTENT(OUT) :: SCORE
619:      DOUBLE PRECISION, INTENT(IN) :: COORDS(3*NATOMS)619:      DOUBLE PRECISION, INTENT(IN) :: COORDS(3*NATOMS)
620:      INTEGER, INTENT(IN) :: MODE, TERMID620:      INTEGER, INTENT(IN) :: MODE, TERMID
621:      DOUBLE PRECISION :: DPRAND, EREAL, NORMDIFF, ESEP621:      DOUBLE PRECISION :: DPRAND, EREAL, NORMDIFF
622:      DOUBLE PRECISION :: GRADATOMS(3*NATOMS), XSEP(3*NATOMS), XCA_1(3), XCA_2(3), DIFF12(3)622:      DOUBLE PRECISION :: GRADATOMS(3*NATOMS), XSEP(3*NATOMS), XCA_1(3), XCA_2(3), DIFF12(3)
623:      DOUBLE PRECISION, PARAMETER :: DSEP=1.5D2623:      DOUBLE PRECISION, PARAMETER :: DSEP=1.5D2
624:      INTEGER :: ATOMID, PARMEDUNIT, GETUNIT, J1, NDUMMY624:      INTEGER :: ATOMID, PARMEDUNIT, GETUNIT, J1, NDUMMY
625:      TYPE(POT_ENE_REC_C) :: DECOMPOSED_E625:      TYPE(POT_ENE_REC_C) :: DECOMPOSED_E
626:      TYPE(AMBER12_ATOM) :: ATOMDATA(NATOMS)626:      TYPE(AMBER12_ATOM) :: ATOMDATA(NATOMS)
627:      CHARACTER(200) ENTRY_627:      CHARACTER(200) ENTRY_
628:      INTEGER , PARAMETER :: NWORDS=20628:      INTEGER , PARAMETER :: NWORDS=20
629:      CHARACTER(25) :: ENTRIES(NWORDS)=''629:      CHARACTER(25) :: ENTRIES(NWORDS)=''
630:      CHARACTER(LEN=6) :: J1_STRING630:      CHARACTER(LEN=6) :: J1_STRING
631:    631:    
773:         DIFF12(1) = NORMDIFF * DIFF12(1)773:         DIFF12(1) = NORMDIFF * DIFF12(1)
774:         DIFF12(2) = NORMDIFF * DIFF12(2)774:         DIFF12(2) = NORMDIFF * DIFF12(2)
775:         DIFF12(3) = NORMDIFF * DIFF12(3)775:         DIFF12(3) = NORMDIFF * DIFF12(3)
776:         !now we have the normalised vector pointing along the Calpha centres776:         !now we have the normalised vector pointing along the Calpha centres
777:         XSEP(:) = COORDS(:)777:         XSEP(:) = COORDS(:)
778:         DO J1=(ATOMID+1),NATOMS778:         DO J1=(ATOMID+1),NATOMS
779:            XSEP(3*J1-2) = COORDS(3*J1-2) + DSEP * DIFF12(1)779:            XSEP(3*J1-2) = COORDS(3*J1-2) + DSEP * DIFF12(1)
780:            XSEP(3*J1-1) = COORDS(3*J1-1) + DSEP * DIFF12(1)780:            XSEP(3*J1-1) = COORDS(3*J1-1) + DSEP * DIFF12(1)
781:            XSEP(3*J1) = COORDS(3*J1) + DSEP * DIFF12(1)781:            XSEP(3*J1) = COORDS(3*J1) + DSEP * DIFF12(1)
782:        END DO782:        END DO
783:        CALL AMBER12_ENERGY_AND_GRADIENT(NATOMS, XSEP, ESEP, GRADATOMS, DECOMPOSED_E)783:        CALL AMBER12_ENERGY_AND_GRADIENT(NATOMS, XSEP, SCORE, GRADATOMS, DECOMPOSED_E)
784:        CALL AMBER12_ENERGY_AND_GRADIENT(NATOMS, COORDS, EREAL, GRADATOMS, DECOMPOSED_E)784: 
785:        SCORE = EREAL - ESEP 
786:      ELSE IF (MODE.EQ.4) THEN785:      ELSE IF (MODE.EQ.4) THEN
787:          IF (.NOT.(ALLOCATED(CA_REFERENCE))) THEN786:          IF (.NOT.(ALLOCATED(CA_REFERENCE))) THEN
788:             ALLOCATE(CA_REFERENCE(3*NRESIDUES))787:             ALLOCATE(CA_REFERENCE(3*NRESIDUES))
789:             CALL CREATE_CA_REF(TERMID)788:             CALL CREATE_CA_REF(TERMID)
790:          END IF789:          END IF
791:          CALL CALPHA_RMSD(SCORE,COORDS)790:          CALL CALPHA_RMSD(SCORE,COORDS)
792:      !helical optimisation for alpha helix791:      !helical optimisation for alpha helix
793:      ELSE IF (MODE.EQ.5) THEN792:      ELSE IF (MODE.EQ.5) THEN
794:          CALL HELICAL_DSSP(SCORE,COORDS,1)793:          CALL HELICAL_DSSP(SCORE,COORDS,1)
795:      !helical optimisation for 3-10 helix794:      !helical optimisation for 3-10 helix


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0