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r32038/Makefile 2017-03-07 17:30:13.913357595 +0000 r32037/Makefile 2017-03-07 17:30:14.177361089 +0000
 47: AMB12PROG = ../bin/AMB12GMIN 47: AMB12PROG = ../bin/AMB12GMIN
 48:  48: 
 49: OBJS1 = porfuncs.o commons.o countatoms.o modamb.o modcharmm.o modmxatms.o modhess.o modamber9.o grouprotation.o dampedmove.o moves.o sanity.o pot_params.o \ 49: OBJS1 = porfuncs.o commons.o countatoms.o modamb.o modcharmm.o modmxatms.o modhess.o modamber9.o grouprotation.o dampedmove.o moves.o sanity.o pot_params.o \
 50:         operations.o overlap.o polirmod.o ps_intra_polir_b.o swmod.o chirality.o grafpack.o mbpol.o precision.o libmbpol.a gauss.o rad.o dihedral.o twist.o \ 50:         operations.o overlap.o polirmod.o ps_intra_polir_b.o swmod.o chirality.o grafpack.o mbpol.o precision.o libmbpol.a gauss.o rad.o dihedral.o twist.o \
 51:         rotamer_move.o 51:         rotamer_move.o
 52: OBJS2 =        centre.o genrigid.o rotations.o finalio.o modconsts_trans_97.o modconsts.o dist.o tryexchange.o \ 52: OBJS2 =        centre.o genrigid.o rotations.o finalio.o modconsts_trans_97.o modconsts.o dist.o tryexchange.o \
 53:         io1.o keywords.o  main.o mc.o mcruns.o morse.o \ 53:         io1.o keywords.o  main.o mc.o mcruns.o morse.o \
 54:         potential.o quench.o dprand.o saveit.o seed.o \ 54:         potential.o quench.o dprand.o saveit.o seed.o \
 55:         sort.o sort2.o sort3.o sort4.o takestep.o mycpu_time.o trans.o \ 55:         sort.o sort2.o sort3.o sort4.o takestep.o mycpu_time.o trans.o \
 56:         finalq.o symmetry.o symmetrycsm.o ptgrp.o eigsrt.o SiSW.o taboo.o reseed.o newinertia.o supermc.o pgsym.o pgsym_mod.o\ 56:         finalq.o symmetry.o symmetrycsm.o ptgrp.o eigsrt.o SiSW.o taboo.o reseed.o newinertia.o supermc.o pgsym.o pgsym_mod.o\
 57:         tosifumi.o ortho.o compress.o mylbfgs.o mymylbfgs.o sqnm.o input.o ddfpmin.o dlnsrch.o cgmin.o linmin.o \ 57:         tosifumi.o ortho.o compress.o mylbfgs.o mymylbfgs.o input.o ddfpmin.o dlnsrch.o cgmin.o linmin.o \
 58:         brent.o mnbrak.o dbrent.o f1dim.o zwischen.o hsmove.o PachecoC60.o AT.o EAMLJ_sub.o \ 58:         brent.o mnbrak.o dbrent.o f1dim.o zwischen.o hsmove.o PachecoC60.o AT.o EAMLJ_sub.o \
 59:         Pbglue.o wenzel.o odesd.o capsid.o rigidfuncs.o tip.o pah.o strand.o \ 59:         Pbglue.o wenzel.o odesd.o capsid.o rigidfuncs.o tip.o pah.o strand.o \
 60:         SW.o qmod.o ljpbin.o fdm.o dftb.o ljpshift.o dzugutov.o ljcoulomb.o \ 60:         SW.o qmod.o ljpbin.o fdm.o dftb.o ljpshift.o dzugutov.o ljcoulomb.o \
 61:         enperms.o multiperm.o mie_field.o boxcentroid.o \ 61:         enperms.o multiperm.o mie_field.o boxcentroid.o \
 62:         QALCSearch.o QALCS_surface.o QALCS_symmetry.o QALCS_symmetry_mod.o atom_label_swaps.o atom_label_flips.o stress.o \ 62:         QALCSearch.o QALCS_surface.o QALCS_symmetry.o QALCS_symmetry_mod.o atom_label_swaps.o atom_label_flips.o stress.o \
 63:         fd.o fedor.o welch.o glj_yukawa.o BGupta.o BLJcluster.o BLJcluster_nocut.o stock.o Farkas.o getorbits.o \ 63:         fd.o fedor.o welch.o glj_yukawa.o BGupta.o BLJcluster.o BLJcluster_nocut.o stock.o Farkas.o getorbits.o \
 64:         sc.o MSC.o MGupta.o MLJ.o Zetterling.o MSorig.o MSorigc.o MStrans.97.o convert.o \ 64:         sc.o MSC.o MGupta.o MLJ.o Zetterling.o MSorig.o MSorigc.o MStrans.97.o convert.o \
 65:         frausi.o p46merdiff.o g46merdiff.o lj.o modperm.o modf1com.o mododesd.o EAMal.o Alglue.o Mgglue.o \ 65:         frausi.o p46merdiff.o g46merdiff.o lj.o modperm.o modf1com.o mododesd.o EAMal.o Alglue.o Mgglue.o \
 66:         Gupta.o orient.o Natb.o sticky.o enumerate.o minperm.o minpermdist.o LB2.o \ 66:         Gupta.o orient.o Natb.o sticky.o enumerate.o minperm.o minpermdist.o LB2.o \
 67:         dgetrf.o dgetri.o reorient.o thomson.o Q4.o basinsampling.o tether.o tetherfunc.o BLN.o \ 67:         dgetrf.o dgetri.o reorient.o thomson.o Q4.o basinsampling.o tether.o tetherfunc.o BLN.o \
 74:         read_cmd_args.o display_version.o file_manager.o output.o chaperonin.o bulkmindist.o perc.o \ 74:         read_cmd_args.o display_version.o file_manager.o output.o chaperonin.o bulkmindist.o perc.o \
 75:         ga_modules.o ga_main.o ga_select.o ga_bln.o ga_cluster.o dummy_dmacrys.o dummy_userpot.o vec3.o \ 75:         ga_modules.o ga_main.o ga_select.o ga_bln.o ga_cluster.o dummy_dmacrys.o dummy_userpot.o vec3.o \
 76:         dummy_testing.o harmonic.o utils.o minpermdistrbcom.o rbperm.o msaveit.o soft_sphere.o bhpt.o \ 76:         dummy_testing.o harmonic.o utils.o minpermdistrbcom.o rbperm.o msaveit.o soft_sphere.o bhpt.o \
 77:         initialization.o chiro.o sandbox.o hbondmatrix.o py.o Energy_1d_APBC.o atomlists.o \ 77:         initialization.o chiro.o sandbox.o hbondmatrix.o py.o Energy_1d_APBC.o atomlists.o \
 78:         Energy_1d_PBC.o Energy_2d_APBC.o Energy_2d_PBC.o Energy_3d_APBC.o Energy_3d_PBC.o \ 78:         Energy_1d_PBC.o Energy_2d_APBC.o Energy_2d_PBC.o Energy_3d_APBC.o Energy_3d_PBC.o \
 79:         cell_lists.o cell_lists_binary.o \ 79:         cell_lists.o cell_lists_binary.o \
 80:         neighbor_list.o neighbor_list_bin.o bspt_one_atom.o ratio.o neighbor_list_moveone.o dodecamorse.o \ 80:         neighbor_list.o neighbor_list_bin.o bspt_one_atom.o ratio.o neighbor_list_moveone.o dodecamorse.o \
 81:         tryexchange_independence.o dprand_universal.o dlsode.o ttm3f.o restraindistance.o mW_wrapper.o mindist.o \ 81:         tryexchange_independence.o dprand_universal.o dlsode.o ttm3f.o restraindistance.o mW_wrapper.o mindist.o \
 82:         bspt_utils.o selectmove.o CSMinit.o Gthomson.o percsphere.o ellipticintegral.o reservoir_utils.o biased_torsional_sampling.o random_normal.o \ 82:         bspt_utils.o selectmove.o CSMinit.o Gthomson.o percsphere.o ellipticintegral.o reservoir_utils.o biased_torsional_sampling.o random_normal.o \
 83:         dftbC.o detsym.o symutils.o ljgh.o morsegh.o GLJ.o phi4model.o dihedralrotation.o parse_pot_params.o inertia.o mlowest.o qcipot.o \ 83:         dftbC.o detsym.o symutils.o ljgh.o morsegh.o GLJ.o phi4model.o dihedralrotation.o parse_pot_params.o inertia.o mlowest.o qcipot.o \
 84:    make_conpot.o congrad.o intlbfgs.o MLP3.o lopermdist.o MKtrap.o amber_top_reader.o 84:    make_conpot.o congrad.o intlbfgs.o MLP3.o lopermdist.o MKtrap.o
 85:  85: 
 86:  86: 
 87: GMIN_DIR = ${SVN_ROOT}/GMIN/source 87: GMIN_DIR = ${SVN_ROOT}/GMIN/source
 88: OBJS = ${OBJS1} ${OBJS2} 88: OBJS = ${OBJS1} ${OBJS2}
 89: GENF90FILES = porfuncs.f90 89: GENF90FILES = porfuncs.f90
 90: #QUIPINTERFACE = gmin_quip_wrapper.o 90: #QUIPINTERFACE = gmin_quip_wrapper.o
 91: CUDAINTERFACE = modcudalbfgs.o 91: CUDAINTERFACE = modcudalbfgs.o
 92: CHDUM = chdummy.o 92: CHDUM = chdummy.o
 93: AMHDUM = amhdummy.o 93: AMHDUM = amhdummy.o
 94: AMB12DUM = ${SVN_ROOT}/AMBER12/amber12_interface.o 94: AMB12DUM = ${SVN_ROOT}/AMBER12/amber12_interface.o
506: #${QUIPPROG}: libfullquip.a 506: #${QUIPPROG}: libfullquip.a 
507: libcharmm.a: commons.o modcharmm.o modmxatms.o507: libcharmm.a: commons.o modcharmm.o modmxatms.o
508: libamber.a: commons.o modamber9.o porfuncs.o grouprotation.o508: libamber.a: commons.o modamber9.o porfuncs.o grouprotation.o
509: #${OBJS2}: ${OBJS1} 509: #${OBJS2}: ${OBJS1} 
510: 510: 
511: 511: 
512: Alglue.o:      commons.o512: Alglue.o:      commons.o
513: atomlists.o:   commons.o513: atomlists.o:   commons.o
514: atom_label_swaps.o: commons.o514: atom_label_swaps.o: commons.o
515: atom_label_flips.o: commons.o515: atom_label_flips.o: commons.o
516: amber_top_reader.o: commons.o 
517: boxcentroid.o: commons.o        516: boxcentroid.o: commons.o        
518: BLJcluster.o:  commons.o517: BLJcluster.o:  commons.o
519: GLJ.o:  commons.o518: GLJ.o:  commons.o
520: BLJcluster_nocut.o: commons.o519: BLJcluster_nocut.o: commons.o
521: BGupta.o:      commons.o520: BGupta.o:      commons.o
522: detsym.o:      commons.o521: detsym.o:      commons.o
523: enperms.o:     commons.o522: enperms.o:     commons.o
524: multiperm.o:   commons.o porfuncs.o523: multiperm.o:   commons.o porfuncs.o
525: EAMLJ_sub.o:   commons.o524: EAMLJ_sub.o:   commons.o
526: EAMal.o:       commons.o525: EAMal.o:       commons.o
586: newpah.o:      commons.o585: newpah.o:      commons.o
587: main.f: main.F586: main.f: main.F
588: main.o:        commons.o modf1com.o countatoms.o modperm.o qmod.o modamb.o modmxatms.o porfuncs.o initialization.o homoref_addons.o ${AMB12DUM} twist.o587: main.o:        commons.o modf1com.o countatoms.o modperm.o qmod.o modamb.o modmxatms.o porfuncs.o initialization.o homoref_addons.o ${AMB12DUM} twist.o
589: mcruns.o:      commons.o588: mcruns.o:      commons.o
590: mf.o:          commons.o589: mf.o:          commons.o
591: mnbrak.o:      commons.o590: mnbrak.o:      commons.o
592: modcudadummy.o: commons.o591: modcudadummy.o: commons.o
593: modcudalbfgs.o: commons.o592: modcudalbfgs.o: commons.o
594: moves.o:       vec3.o sanity.o593: moves.o:       vec3.o sanity.o
595: dummyoptim.o:  commons.o594: dummyoptim.o:  commons.o
596: mindist.o:     commons.o porfuncs.o595: mindist.o:      commons.o porfuncs.o
597: morse.o:       commons.o596: morse.o:       commons.o
598: morsegh.o:     commons.o modhess.o597: morsegh.o:       commons.o modhess.o
599: mylbfgs.o:     commons.o modamb.o porfuncs.o ${CUDADUM} rad.o598: mylbfgs.o:     commons.o modamb.o porfuncs.o ${CUDADUM} rad.o
600: mymylbfgs.o:   commons.o modamb.o porfuncs.o599: mymylbfgs.o:     commons.o modamb.o porfuncs.o
601: sqnm.o:        commons.o amber_top_reader.o 
602: mstbin.o:      commons.o600: mstbin.o:      commons.o
603: multstock.o:   commons.o601: multstock.o:   commons.o
604: newtip.o:      commons.o602: newtip.o:      commons.o
605: newcapsid.o:   commons.o603: newcapsid.o:   commons.o
606: patchy.o:      commons.o604: patchy.o:      commons.o
607: asaoos.o:      commons.o605: asaoos.o:      commons.o
608: odesd.o:       commons.o mododesd.o606: odesd.o:       commons.o mododesd.o
609: olami.o:       commons.o607: olami.o:       commons.o
610: otp.o:         commons.o608: otp.o:         commons.o
611: BLN.o:         commons.o609: BLN.o:         commons.o
662: zwischen.o:    commons.o modf1com.o precision.o660: zwischen.o:    commons.o modf1com.o precision.o
663: stock.o:       commons.o661: stock.o:       commons.o
664: sticky.o:      commons.o662: sticky.o:      commons.o
665: tether.o:      tetherfunc.o663: tether.o:      tetherfunc.o
666: mycpu_time.o:  commons.o664: mycpu_time.o:  commons.o
667: gauss.o:       commons.o precision.o665: gauss.o:       commons.o precision.o
668: mc.o:          qmod.o modcharmm.o porfuncs.o mc.f mc.F commons.o grouprotation.o operations.o utils.o rotations.o vec3.o bhpt.o hbondmatrix.o Gthomson.o  chirality.o mbpol.o ${AMB12DUM} rotamer_move.o666: mc.o:          qmod.o modcharmm.o porfuncs.o mc.f mc.F commons.o grouprotation.o operations.o utils.o rotations.o vec3.o bhpt.o hbondmatrix.o Gthomson.o  chirality.o mbpol.o ${AMB12DUM} rotamer_move.o
669: mc.f: mc.F667: mc.f: mc.F
670: reservoir_utils.o: commons.o random_normal.o668: reservoir_utils.o: commons.o random_normal.o
671: biased_torsional_sampling.o: commons.o random_normal.o669: biased_torsional_sampling.o: commons.o random_normal.o
672: bspt_utils.o:      commons.o grouprotation.o mymylbfgs.o sqnm.o dprand.o perc.o porfuncs.o amber_top_reader.o670: bspt_utils.o:      commons.o grouprotation.o mymylbfgs.o dprand.o perc.o porfuncs.o
673: bspt.f: bspt.F671: bspt.f: bspt.F
674: bspt.o:          qmod.o modcharmm.o porfuncs.o tetherfunc.o bspt.f bspt.F utils.o overlap.o tryexchange.o bspt_utils.o672: bspt.o:          qmod.o modcharmm.o porfuncs.o tetherfunc.o bspt.f bspt.F utils.o overlap.o tryexchange.o bspt_utils.o
675: bspt_one_atom.f: bspt_one_atom.F673: bspt_one_atom.f: bspt_one_atom.F
676: bspt_one_atom.o:          qmod.o modcharmm.o porfuncs.o tetherfunc.o bspt_one_atom.f bspt_one_atom.F utils.o overlap.o ljpshift.o tryexchange.o bspt_utils.o674: bspt_one_atom.o:          qmod.o modcharmm.o porfuncs.o tetherfunc.o bspt_one_atom.f bspt_one_atom.F utils.o overlap.o ljpshift.o tryexchange.o bspt_utils.o
677: GMINdump.o: commons.o qmod.o porfuncs.o output.o675: GMINdump.o: commons.o qmod.o porfuncs.o output.o
678: output.o: commons.o file_manager.o676: output.o: commons.o file_manager.o
679: quad.o:        commons.o677: quad.o:        commons.o
680: enumerate.o:  commons.o678: enumerate.o:  commons.o
681: convert.o:  porfuncs.o679: convert.o:  porfuncs.o
682: getorbits.o: commons.o680: getorbits.o: commons.o


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