hdiff output

r31930/keywords.f 2017-02-16 17:30:17.716348595 +0000 r31929/keywords.f 2017-02-16 17:30:17.952351749 +0000
 50:      &     PARSE_MLJ_PARAMS 50:      &     PARSE_MLJ_PARAMS
 51:       USE ROTAMER, ONLY: ROTAMER_MOVET, ROTAMER_SCRIPT, ROTAMER_INIT 51:       USE ROTAMER, ONLY: ROTAMER_MOVET, ROTAMER_SCRIPT, ROTAMER_INIT
 52:       USE HINGE_MOVES, ONLY: HINGE_INITIALISE 52:       USE HINGE_MOVES, ONLY: HINGE_INITIALISE
 53:       USE MOLECULAR_DYNAMICS, ONLY : MDT, MD_TSTEP, MD_GAMMA, MD_NWAIT, MD_NFREQ, MD_NSTEPS 53:       USE MOLECULAR_DYNAMICS, ONLY : MDT, MD_TSTEP, MD_GAMMA, MD_NWAIT, MD_NFREQ, MD_NSTEPS
 54:       USE OPEP_INTERFACE_MOD, ONLY : OPEP_INIT 54:       USE OPEP_INTERFACE_MOD, ONLY : OPEP_INIT
 55:        55:       
 56:       IMPLICIT NONE 56:       IMPLICIT NONE
 57:  57: 
 58:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MLPMEAN(:), MLQMEAN(:) 58:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MLPMEAN(:), MLQMEAN(:)
 59:       INTEGER ITEM, NITEMS, LOC, LINE, NCR, NERROR, LAST, IX, J1, JP, NPCOUNT, NDUMMY, INDEX, J2, J3, J4 59:       INTEGER ITEM, NITEMS, LOC, LINE, NCR, NERROR, LAST, IX, J1, JP, NPCOUNT, NDUMMY, INDEX, J2, J3, J4
 60:       INTEGER DATA_UNIT, FUNIT 60:       INTEGER DATA_UNIT
 61:       INTEGER MOVABLEATOMINDEX 61:       INTEGER MOVABLEATOMINDEX
 62:       LOGICAL CAT, YESNO, PERMFILE, CONFILE 62:       LOGICAL CAT, YESNO, PERMFILE, CONFILE
 63:       COMMON /BUFINF/ ITEM, NITEMS, LOC(80), LINE, SKIPBL, CLEAR, NCR, 63:       COMMON /BUFINF/ ITEM, NITEMS, LOC(80), LINE, SKIPBL, CLEAR, NCR,
 64:      &                NERROR, ECHO, LAST, CAT 64:      &                NERROR, ECHO, LAST, CAT
 65:        DOUBLE PRECISION XX, ROH, ROM, WTHETA  65:        DOUBLE PRECISION XX, ROH, ROM, WTHETA 
 66:       LOGICAL END, SKIPBL, CLEAR, ECHO 66:       LOGICAL END, SKIPBL, CLEAR, ECHO
 67:       CHARACTER WORD*16,PBC*3,WORD2*10 67:       CHARACTER WORD*16,PBC*3,WORD2*10
 68:       DOUBLE PRECISION EAMLJA0, EAMLJBETA, EAMLJZ0, DUMMY 68:       DOUBLE PRECISION EAMLJA0, EAMLJBETA, EAMLJZ0, DUMMY
 69:       COMMON /EAMLJCOMM/ EAMLJA0, EAMLJBETA, EAMLJZ0 69:       COMMON /EAMLJCOMM/ EAMLJA0, EAMLJBETA, EAMLJZ0
 70:       DOUBLE PRECISION SLENGTH, EPS 70:       DOUBLE PRECISION SLENGTH, EPS
1983:       ELSE IF (WORD.EQ.'CG') THEN1983:       ELSE IF (WORD.EQ.'CG') THEN
1984:          LBFGST=.FALSE.1984:          LBFGST=.FALSE.
1985:          CONJG=.TRUE.1985:          CONJG=.TRUE.
1986: ! 1986: ! 
1987: ! sf344> Start of AMBER-related keywords 1987: ! sf344> Start of AMBER-related keywords 
1988: !1988: !
1989:       ELSE IF (WORD.EQ.'AMBERMDSTEPS') THEN1989:       ELSE IF (WORD.EQ.'AMBERMDSTEPS') THEN
1990:         MDSTEPT = .TRUE.1990:         MDSTEPT = .TRUE.
1991:       ELSE IF (WORD .EQ. 'AMBER12') THEN1991:       ELSE IF (WORD .EQ. 'AMBER12') THEN
1992:         AMBER12T = .TRUE.1992:         AMBER12T = .TRUE.
1993:         IF(.NOT.ALLOCATED(COORDS1)) ALLOCATE(COORDS1(3*NATOMS))1993: ! Read the coords from AMBER12 into COORDS(:,1)
1994:         IF(ALLOCATED(COORDS)) DEALLOCATE(COORDS)1994:         CALL AMBER12_GET_COORDS(NATOMS, COORDS(:,1))
1995:         ! Read the coords from AMBER12 into COORDS1(:) 
1996:         CALL AMBER12_GET_COORDS(NATOMS, COORDS1(:)) 
1997:         ALLOCATE(COORDS(3*NATOMS,NPAR)) 
1998:         DO J1=1,NPAR 
1999:            COORDS(:,J1) = COORDS1(:) 
2000:         END DO 
2001:  
2002:       ELSE IF (WORD.EQ.'AMBER9') THEN1995:       ELSE IF (WORD.EQ.'AMBER9') THEN
2003:         AMBERT=.TRUE.1996:         AMBERT=.TRUE.
2004:         WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> RADIUS set to 999 for AMBER9 run'1997:         WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> RADIUS set to 999 for AMBER9 run'
2005:         RADIUS=9991998:         RADIUS=999
2006:         1999:         
2007: !2000: !
2008: ! csw34> if residues are frozen with FREEZERES, call the amber routine2001: ! csw34> if residues are frozen with FREEZERES, call the amber routine
2009: ! to fill the FROZEN array correctly (in amberinterface.f) 2002: ! to fill the FROZEN array correctly (in amberinterface.f) 
2010: !2003: !
2011:         IF (PERMDIST.OR.LOCALPERMDIST.OR.LPERMDIST) THEN2004:         IF (PERMDIST.OR.LOCALPERMDIST.OR.LPERMDIST) THEN
3586:       ELSE IF (WORD.EQ.'FORCERIGID') THEN3579:       ELSE IF (WORD.EQ.'FORCERIGID') THEN
3587:          RIGID=.TRUE.3580:          RIGID=.TRUE.
3588: 3581: 
3589:       ELSE IF (WORD.EQ.'FRAUSI') THEN3582:       ELSE IF (WORD.EQ.'FRAUSI') THEN
3590:          FRAUSIT=.TRUE.3583:          FRAUSIT=.TRUE.
3591: !3584: !
3592: !  Frozen atoms.3585: !  Frozen atoms.
3593: !3586: !
3594:       ELSE IF (WORD.EQ.'FREEZE') THEN3587:       ELSE IF (WORD.EQ.'FREEZE') THEN
3595:          FREEZE=.TRUE.3588:          FREEZE=.TRUE.
3596:          IF(NITEMS.GT.1) THEN3589:          DO J1=1,NITEMS-1
3597:             DO J1=1,NITEMS-13590:             NFREEZE=NFREEZE+1
3598:                NFREEZE=NFREEZE+13591:             CALL READI(NDUMMY)
3599:                CALL READI(NDUMMY)3592:             FROZEN(NDUMMY)=.TRUE.
3600:                FROZEN(NDUMMY)=.TRUE.3593:          ENDDO
3601:             ENDDO 
3602:          ELSE 
3603:       ! 2nd input mode: frozen atoms are listed in a file called 'frozen'. The first line 
3604:       ! of the file contains the number of frozen atoms, subsequent lines contain atoms to freeze 
3605:             INQUIRE(FILE='frozen',EXIST=YESNO) 
3606:             IF (YESNO) THEN 
3607:                 FUNIT=GETUNIT() 
3608:                 OPEN(FUNIT,FILE='frozen',STATUS='OLD') 
3609:                 READ(FUNIT,*) NFREEZE 
3610:                 DO J1=1,NFREEZE 
3611:                    READ(FUNIT,*) NDUMMY 
3612:                    FROZEN(NDUMMY)=.TRUE. 
3613:                 ENDDO 
3614:             ELSE 
3615:                 WRITE (*,'(A)') ' ERROR: FREEZE specified incorrectly' 
3616:                 WRITE(*,*) "Specify frozen atoms either on the keyword line, or in a file called 'frozen'" 
3617:                 STOP 
3618:            ENDIF 
3619:          ENDIF 
3620:  
3621:  
3622:       ELSE IF (WORD.EQ.'FREEZENODES') THEN3594:       ELSE IF (WORD.EQ.'FREEZENODES') THEN
3623:          FREEZENODEST=.TRUE.3595:          FREEZENODEST=.TRUE.
3624:          CALL READF(FREEZETOL)3596:          CALL READF(FREEZETOL)
3625: 3597: 
3626: !3598: !
3627: ! sf344> unfreeze everything at the final quenches3599: ! sf344> unfreeze everything at the final quenches
3628: !3600: !
3629:       ELSE IF (WORD.EQ.'UNFREEZEFINALQ') THEN3601:       ELSE IF (WORD.EQ.'UNFREEZEFINALQ') THEN
3630:         UNFREEZEFINALQ=.TRUE.3602:         UNFREEZEFINALQ=.TRUE.
3631: !3603: !


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0