hdiff output

r31556/GMIN.tex 2017-01-21 10:35:53.314250000 +0000 r31555/GMIN.tex 2017-01-21 10:35:53.846250000 +0000
1364: $n = 4$: TIP4P water; and $n = 5$: TIP5P water.1364: $n = 4$: TIP4P water; and $n = 5$: TIP5P water.
1365: 1365: 
1366: \item {\it ODIHE \/}: order parameter---requires documentation.1366: \item {\it ODIHE \/}: order parameter---requires documentation.
1367: 1367: 
1368: \item {\it OEINT \/}: interaction energy between 2 peptides will be used as an order parameter---requires 1368: \item {\it OEINT \/}: interaction energy between 2 peptides will be used as an order parameter---requires 
1369: further documentation.1369: further documentation.
1370: 1370: 
1371: \item {\it OHCELL \/}: allow point group operations for a cubic1371: \item {\it OHCELL \/}: allow point group operations for a cubic
1372: supercell in subroutine {\tt minpermdist.f90} permutational distance minimisation.1372: supercell in subroutine {\tt minpermdist.f90} permutational distance minimisation.
1373: 1373: 
1374: \item {\it OPEP option\/}: specifies the use of the OPEP poetential, {\it option\/} is either PROTEIN or RNA. The following additional files are needed: 
1375: {\textrm conf_initiale.pdb}, which contains the starting configuration and the atom information, {\textrm OPEP_params}, which can contain additional settings for example for debugging, 
1376: {\textrm ichain.dat}, which specifies the chains of the molecule, {\textrm scale.dat}, which is needed for sclaing of the forces, {\textrm parametres.top} and {\textrm parametres.list}, 
1377:  which are both files needed by the OPEP potential. Additionally, an AMBER style restart file {\textrm coords.inpcrd} is needed for the number of atoms within GMIN. 
1378:  
1379: \item {\it ORGYR \/}: radius of gyration will be calculated as an order parameter---requires 1374: \item {\it ORGYR \/}: radius of gyration will be calculated as an order parameter---requires 
1380: further documentation.1375: further documentation.
1381: 1376: 
1382: \item {\it OSASA \/}: order parameter---requires documentation.1377: \item {\it OSASA \/}: order parameter---requires documentation.
1383: 1378: 
1384: \item {\it P46\/}: specifies a 46-bead three-colour model polypeptide.1379: \item {\it P46\/}: specifies a 46-bead three-colour model polypeptide.
1385: See also the {\it BLN} keyword, which implements this potential in a more1380: See also the {\it BLN} keyword, which implements this potential in a more
1386: general way and uses unit bond lengths.1381: general way and uses unit bond lengths.
1387: 1382: 
1388: \item {\it PACHECO\/}: specifies the intermolecular Pacheco-Ramelho potential for C$_{60}$.1383: \item {\it PACHECO\/}: specifies the intermolecular Pacheco-Ramelho potential for C$_{60}$.


r31556/keywords.f 2017-01-21 10:35:53.554250000 +0000 r31555/keywords.f 2017-01-21 10:35:54.078250000 +0000
4911:       ELSE IF (WORD.EQ.'ONEDPBC') THEN4911:       ELSE IF (WORD.EQ.'ONEDPBC') THEN
4912:          ONEDPBCT=.TRUE.4912:          ONEDPBCT=.TRUE.
4913:          IF (NITEMS.GT.1) CALL READI(NONEDAPBC)4913:          IF (NITEMS.GT.1) CALL READI(NONEDAPBC)
4914:          IF (MOD(NONEDAPBC,3).NE.0) THEN4914:          IF (MOD(NONEDAPBC,3).NE.0) THEN
4915:             WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keywords> ERROR *** lattice dimension must be a multiple of three'4915:             WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keywords> ERROR *** lattice dimension must be a multiple of three'
4916:             STOP4916:             STOP
4917:          ENDIF4917:          ENDIF
4918: 4918: 
4919:       ELSE IF (WORD.EQ.'OPEP') THEN4919:       ELSE IF (WORD.EQ.'OPEP') THEN
4920:          OPEPT=.TRUE.4920:          OPEPT=.TRUE.
 4921:          CALL READI(NATOMS)
 4922:          WRITE(MYUNIT,'(A,I6)') 'keyword> OPEP number of atoms:',NATOMS
4921:          CALL READA(OPEP_DUMMY)4923:          CALL READA(OPEP_DUMMY)
4922:          IF (OPEP_DUMMY.EQ.'RNA') THEN4924:          IF (OPEP_DUMMY.EQ.'RNA') THEN
4923:             OPEP_RNAT = .TRUE.4925:             OPEP_RNAT = .TRUE.
4924:             WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> RNA simulation using OPEP'4926:             WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> RNA simulation using OPEP'
4925:          ELSE4927:          ELSE
4926:             WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> Protein simulation using OPEP'4928:             WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> Protein simulation using OPEP'
4927:          ENDIF4929:          ENDIF
4928:          IF(.NOT.ALLOCATED(COORDS1)) ALLOCATE(COORDS1(3*NATOMS))4930:          IF(.NOT.ALLOCATED(COORDS1)) ALLOCATE(COORDS1(3*NATOMS))
4929:          IF(ALLOCATED(COORDS)) DEALLOCATE(COORDS)4931:          IF(ALLOCATED(COORDS)) DEALLOCATE(COORDS)
4930:          CALL OPEP_INIT(NATOMS, COORDS1(:),OPEP_RNAT)4932:          CALL OPEP_INIT(NATOMS, COORDS1(:),OPEP_RNAT)


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0