hdiff output

r31118/keywords.f 2016-09-06 10:30:11.251562100 +0100 r31117/keywords.f 2016-09-06 10:30:12.011572286 +0100
 42:       USE MBPOLMOD, ONLY: MBPOLINIT 42:       USE MBPOLMOD, ONLY: MBPOLINIT
 43:       USE SWMOD, ONLY: SWINIT, MWINIT 43:       USE SWMOD, ONLY: SWINIT, MWINIT
 44:       USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY : AMBER12_SETUP, AMBER12_GET_COORDS, AMBER12_ATOMS, 44:       USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY : AMBER12_SETUP, AMBER12_GET_COORDS, AMBER12_ATOMS,
 45:      &                                  AMBER12_RESIDUES, POPULATE_ATOM_DATA 45:      &                                  AMBER12_RESIDUES, POPULATE_ATOM_DATA
 46:       USE CHIRALITY, ONLY : CIS_TRANS_TOL 46:       USE CHIRALITY, ONLY : CIS_TRANS_TOL
 47:       USE ISO_C_BINDING, ONLY: C_NULL_CHAR 47:       USE ISO_C_BINDING, ONLY: C_NULL_CHAR
 48:       USE PARSE_POT_PARAMS, ONLY : PARSE_MGUPTA_PARAMS, PARSE_MSC_PARAMS,  48:       USE PARSE_POT_PARAMS, ONLY : PARSE_MGUPTA_PARAMS, PARSE_MSC_PARAMS, 
 49:      &     PARSE_MLJ_PARAMS 49:      &     PARSE_MLJ_PARAMS
 50:       USE ROTAMER, ONLY: ROTAMER_MOVET, ROTAMER_SCRIPT, ROTAMER_INIT 50:       USE ROTAMER, ONLY: ROTAMER_MOVET, ROTAMER_SCRIPT, ROTAMER_INIT
 51:       USE HINGE_MOVES, ONLY: HINGE_INITIALISE 51:       USE HINGE_MOVES, ONLY: HINGE_INITIALISE
 52:       USE MOLECULAR_DYNAMICS, ONLY : MDT, MD_TSTEP, MD_GAMMA, MD_NWAIT, MD_NFREQ, MD_NSTEPS 52:       USE MD, ONLY : MDT, MD_TSTEP, MD_GAMMA, MD_NWAIT, MD_NFREQ, MD_NSTEPS
 53:        53:       
 54:       IMPLICIT NONE 54:       IMPLICIT NONE
 55:  55: 
 56:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MLPMEAN(:) 56:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: MLPMEAN(:)
 57:       INTEGER ITEM, NITEMS, LOC, LINE, NCR, NERROR, LAST, IX, J1, JP, NPCOUNT, NDUMMY, INDEX, J2, J3, J4 57:       INTEGER ITEM, NITEMS, LOC, LINE, NCR, NERROR, LAST, IX, J1, JP, NPCOUNT, NDUMMY, INDEX, J2, J3, J4
 58:       INTEGER DATA_UNIT 58:       INTEGER DATA_UNIT
 59:       INTEGER MOVABLEATOMINDEX 59:       INTEGER MOVABLEATOMINDEX
 60:       LOGICAL CAT, YESNO, PERMFILE, CONFILE 60:       LOGICAL CAT, YESNO, PERMFILE, CONFILE
 61:       COMMON /BUFINF/ ITEM, NITEMS, LOC(80), LINE, SKIPBL, CLEAR, NCR, 61:       COMMON /BUFINF/ ITEM, NITEMS, LOC(80), LINE, SKIPBL, CLEAR, NCR,
 62:      &                NERROR, ECHO, LAST, CAT 62:      &                NERROR, ECHO, LAST, CAT


r31118/main.F 2016-09-06 10:30:11.499565423 +0100 r31117/main.F 2016-09-06 10:30:12.255575551 +0100
 27:       USE MODAMBER 27:       USE MODAMBER
 28:       USE MODAMBER9, only : AMBFINALIO_NODE,MDCRD_UNIT,MDINFO_UNIT,AMBPDB_UNIT, ATMASS1 28:       USE MODAMBER9, only : AMBFINALIO_NODE,MDCRD_UNIT,MDINFO_UNIT,AMBPDB_UNIT, ATMASS1
 29:       USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY : AMBER12_MASSES 29:       USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY : AMBER12_MASSES
 30:       USE MODCHARMM 30:       USE MODCHARMM
 31:       USE PORFUNCS 31:       USE PORFUNCS
 32:       USE TWIST_MOD 32:       USE TWIST_MOD
 33:       USE HOMOREFMOD 33:       USE HOMOREFMOD
 34:       USE GENRIGID, only : RIGIDINIT, GENRIGID_READ_FROM_FILE, DEGFREEDOMS 34:       USE GENRIGID, only : RIGIDINIT, GENRIGID_READ_FROM_FILE, DEGFREEDOMS
 35:       USE MULTIPOT, only: MULTIPOT_INITIALISE 35:       USE MULTIPOT, only: MULTIPOT_INITIALISE
 36:       USE GAUSS_MOD, ONLY: KEGEN 36:       USE GAUSS_MOD, ONLY: KEGEN
 37:       USE MOLECULAR_DYNAMICS, ONLY : MDT, MD_NSTEPS, MD_NWAIT, MDRUN 37:       USE MD, ONLY : MDT, MD_NSTEPS, MD_NWAIT, MDRUN
 38:  38: 
 39:       IMPLICIT NONE 39:       IMPLICIT NONE
 40:       !EXTERNAL READ_CMD_ARGS 40:       !EXTERNAL READ_CMD_ARGS
 41: #ifdef MPI 41: #ifdef MPI
 42:       INCLUDE 'mpif.h' 42:       INCLUDE 'mpif.h'
 43: #endif 43: #endif
 44:       INTEGER J1,J2, JP, MPIERR, NDUMMY3,NPTOTAL,VERSIONTEMP,GETUNIT,LUNIT 44:       INTEGER J1,J2, JP, MPIERR, NDUMMY3,NPTOTAL,VERSIONTEMP,GETUNIT,LUNIT
 45:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: SCREENC(:) 45:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: SCREENC(:)
 46:       DOUBLE PRECISION POTEL, DUMMY, INTFREEZETOLSAVE, RMAT(3,3), DUMMY2, DIST2, LINTCONSTRAINTTOL 46:       DOUBLE PRECISION POTEL, DUMMY, INTFREEZETOLSAVE, RMAT(3,3), DUMMY2, DIST2, LINTCONSTRAINTTOL
 47:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: TMPCOORDS(:), ENDCOORDS(:,:) 47:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: TMPCOORDS(:), ENDCOORDS(:,:)


r31118/md.f90 2016-09-06 10:30:11.747568746 +0100 r31117/md.f90 2016-09-06 10:30:12.503578875 +0100
  9: !  9: !
 10: !  GMIN is distributed in the hope that it will be useful, 10: !  GMIN is distributed in the hope that it will be useful,
 11: !  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of 11: !  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
 12: !  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the 12: !  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
 13: !  GNU General Public License for more details. 13: !  GNU General Public License for more details.
 14: ! 14: !
 15: !  You should have received a copy of the GNU General Public License 15: !  You should have received a copy of the GNU General Public License
 16: !  along with this program; if not, write to the Free Software 16: !  along with this program; if not, write to the Free Software
 17: !  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA 17: !  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
 18: ! 18: !
 19: MODULE MOLECULAR_DYNAMICS 19: MODULE MD
 20:   ! 20:   !
 21:   USE COMMONS, ONLY : NATOMS, MYUNIT, ATMASS, PRTFRQ, DUMPXYZUNIT 21:   USE COMMONS, ONLY : NATOMS, MYUNIT, ATMASS, PRTFRQ, DUMPXYZUNIT
 22:   !  22:   ! 
 23:   IMPLICIT NONE 23:   IMPLICIT NONE
 24:   ! 24:   !
 25:   ! Parameters set in the 'keywords' routine are to be saved! 25:   ! Parameters set by keywords
 26:   LOGICAL, SAVE :: MDT 26:   LOGICAL :: MDT
 27:   INTEGER, SAVE :: MD_NWAIT, MD_NFREQ, MD_UNIT, MD_NSTEPS 27:   INTEGER :: MD_NWAIT, MD_NFREQ, MD_UNIT, MD_NSTEPS
 28:   DOUBLE PRECISION, SAVE :: MD_GAMMA, MD_TSTEP 28:   DOUBLE PRECISION :: MD_GAMMA, MD_TSTEP
 29:   ! 29:   !
 30:   ! MD-specific variables 30:   ! MD-specific variables
 31:   DOUBLE PRECISION :: EPOT, EKIN 31:   DOUBLE PRECISION :: EPOT, EKIN
 32:   DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: FORCE(:), VEL(:)  32:   DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: FORCE(:), VEL(:) 
 33:   ! 33:   !
 34: CONTAINS 34: CONTAINS
 35:   ! 35:   !
 36:   !============================================================ 36:   !============================================================
 37:   ! 37:   !
 38:   SUBROUTINE MDRUN(POS,NSTEPS,TEMP,DUMP) 38:   SUBROUTINE MDRUN(POS,NSTEPS,TEMP,DUMP)
268:     !268:     !
269:     DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3) :: CROSS269:     DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3) :: CROSS
270:     DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3), INTENT(IN) :: A,B270:     DOUBLE PRECISION, DIMENSION(3), INTENT(IN) :: A,B
271:     !271:     !
272:     CROSS(1) = A(2) * B(3) - A(3) * B(2)272:     CROSS(1) = A(2) * B(3) - A(3) * B(2)
273:     CROSS(2) = A(3) * B(1) - A(1) * B(3)273:     CROSS(2) = A(3) * B(1) - A(1) * B(3)
274:     CROSS(3) = A(1) * B(2) - A(2) * B(1)274:     CROSS(3) = A(1) * B(2) - A(2) * B(1)
275:     !275:     !
276:   END FUNCTION CROSS276:   END FUNCTION CROSS
277:   !277:   !
278: END MODULE MOLECULAR_DYNAMICS278: END MODULE MD


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0