hdiff output

r31013/commons.f90 2016-08-15 12:30:08.343670143 +0100 r31012/commons.f90 2016-08-15 12:30:09.703688553 +0100
352: !ds656> Stress tensor 352: !ds656> Stress tensor 
353:       LOGICAL :: STRESST353:       LOGICAL :: STRESST
354:       INTEGER :: STRESS_MODE354:       INTEGER :: STRESS_MODE
355:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: STRESS(:,:,:)355:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: STRESS(:,:,:)
356: 356: 
357: !ds656> A saw-tooth temperature protocol357: !ds656> A saw-tooth temperature protocol
358:       LOGICAL :: SAWTOOTH358:       LOGICAL :: SAWTOOTH
359:       INTEGER :: SAWTOOTH_NREJMAX359:       INTEGER :: SAWTOOTH_NREJMAX
360:       DOUBLE PRECISION :: SAWTOOTH_TMAX, SAWTOOTH_TFAC, &360:       DOUBLE PRECISION :: SAWTOOTH_TMAX, SAWTOOTH_TFAC, &
361:            SAWTOOTH_SFAC, SAWTOOTH_SFAC2361:            SAWTOOTH_SFAC, SAWTOOTH_SFAC2
362:  
363: !ds656> Dump current Markov state at regular intervals 
364:       LOGICAL :: DUMP_MARKOV 
365:       INTEGER :: DUMP_MARKOV_NWAIT, DUMP_MARKOV_NFREQ 
366:       362:       
367: !   allocatables363: !   allocatables
368: 364: 
369:       INTEGER,ALLOCATABLE,DIMENSION(:) :: MOVABLEATOMLIST         ! a list containing the movable atom indices365:       INTEGER,ALLOCATABLE,DIMENSION(:) :: MOVABLEATOMLIST         ! a list containing the movable atom indices
370:       LOGICAL,ALLOCATABLE,DIMENSION(:) :: MOVABLEATOMLISTLOGICAL  ! is atom i movable?366:       LOGICAL,ALLOCATABLE,DIMENSION(:) :: MOVABLEATOMLISTLOGICAL  ! is atom i movable?
371:       INTEGER,ALLOCATABLE,DIMENSION(:) :: ATOMSINBLOCK            ! for BLOCKMOVE, to split movableatoms into separate blocks367:       INTEGER,ALLOCATABLE,DIMENSION(:) :: ATOMSINBLOCK            ! for BLOCKMOVE, to split movableatoms into separate blocks
372:       INTEGER,ALLOCATABLE,DIMENSION(:) :: NSPECIES(:), NSPECIES_INI(:)             ! for multicomponent systems368:       INTEGER,ALLOCATABLE,DIMENSION(:) :: NSPECIES(:), NSPECIES_INI(:)             ! for multicomponent systems
373: 369: 
374:       INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: NT, NQ, BLOCK, JUMPINT, JUMPTO, NCORE, NSURFMOVES  ! dimension will be NPAR370:       INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: NT, NQ, BLOCK, JUMPINT, JUMPTO, NCORE, NSURFMOVES  ! dimension will be NPAR
375:       INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: HISTVALS, LHISTVALS  ! dimension declared HBINS in keyword371:       INTEGER, ALLOCATABLE, DIMENSION(:) :: HISTVALS, LHISTVALS  ! dimension declared HBINS in keyword


r31013/keywords.f 2016-08-15 12:30:08.607673713 +0100 r31012/keywords.f 2016-08-15 12:30:09.963692072 +0100
263:       AXTELL=.FALSE.263:       AXTELL=.FALSE.
264:       ZSTAR=0.0D0264:       ZSTAR=0.0D0
265:       GROUND=.FALSE.265:       GROUND=.FALSE.
266:       ARGON=.FALSE.266:       ARGON=.FALSE.
267:       ARNO=.FALSE.267:       ARNO=.FALSE.
268:       STAR=.FALSE.268:       STAR=.FALSE.
269:       PLUS=.FALSE.269:       PLUS=.FALSE.
270:       TWOPLUS=.FALSE.270:       TWOPLUS=.FALSE.
271:       DIPOLE=.FALSE.271:       DIPOLE=.FALSE.
272:       DUMPT=.FALSE.272:       DUMPT=.FALSE.
273: !ds656> 
274:       DUMP_MARKOV=.FALSE. 
275:       DUMP_MARKOV_NWAIT=0 
276:       DUMP_MARKOV_NFREQ=1 
277: !<ds656 
278:       TARGET=.FALSE.273:       TARGET=.FALSE.
279:       SORTT=.FALSE.274:       SORTT=.FALSE.
280:       NTARGETS=0275:       NTARGETS=0
281:       MSORIGT=.FALSE.276:       MSORIGT=.FALSE.
282:       MSTRANST=.FALSE.277:       MSTRANST=.FALSE.
283:       FRAUSIT=.FALSE.278:       FRAUSIT=.FALSE.
284:       ANGST=.FALSE.279:       ANGST=.FALSE.
285:       MORSET=.FALSE.280:       MORSET=.FALSE.
286:       LB2T=.FALSE.281:       LB2T=.FALSE.
287:       DZTEST=.FALSE.282:       DZTEST=.FALSE.
3292:             DONTMOVERES(NDUMMY)=.FALSE.3287:             DONTMOVERES(NDUMMY)=.FALSE.
3293:          ENDDO3288:          ENDDO
3294:          DONTMOVEREST=.TRUE.3289:          DONTMOVEREST=.TRUE.
3295:          3290:          
3296:       ELSE IF (WORD.EQ.'DUMP') THEN3291:       ELSE IF (WORD.EQ.'DUMP') THEN
3297:          DUMPT=.TRUE.3292:          DUMPT=.TRUE.
3298: 3293: 
3299:       ELSE IF (WORD.EQ.'DUMPINT') THEN3294:       ELSE IF (WORD.EQ.'DUMPINT') THEN
3300:          CALL READI(DUMPINT)3295:          CALL READI(DUMPINT)
3301: 3296: 
3302:       ELSE IF (WORD.EQ.'DUMP_MARKOV') THEN 
3303:          DUMP_MARKOV=.TRUE. 
3304:          CALL READI(DUMP_MARKOV_NWAIT) 
3305:          CALL READI(DUMP_MARKOV_NFREQ) 
3306:  
3307:       ELSE IF (WORD.EQ.'DZUGUTOV') THEN3297:       ELSE IF (WORD.EQ.'DZUGUTOV') THEN
3308:          DZTEST=.TRUE.3298:          DZTEST=.TRUE.
3309:          CALL READF(DZP1)3299:          CALL READF(DZP1)
3310:          CALL READF(DZP2)3300:          CALL READF(DZP2)
3311:          CALL READF(DZP3)3301:          CALL READF(DZP3)
3312:          CALL READF(DZP4)3302:          CALL READF(DZP4)
3313:          CALL READF(DZP5)3303:          CALL READF(DZP5)
3314:          CALL READF(DZP6)3304:          CALL READF(DZP6)
3315:          CALL READF(DZP7)3305:          CALL READF(DZP7)
3316: 3306: 


r31013/main.F 2016-08-15 12:30:09.191681620 +0100 r31012/main.F 2016-08-15 12:30:10.211695430 +0100
371:       FF(1:NSAVE)=0 ! to prevent reading from uninitialised memorY371:       FF(1:NSAVE)=0 ! to prevent reading from uninitialised memorY
372:       VATO(1:NATOMSALLOC,1:NPAR)=0.0D0 ! to prevent reading from uninitialised memory372:       VATO(1:NATOMSALLOC,1:NPAR)=0.0D0 ! to prevent reading from uninitialised memory
373:       ALLOCATE(ESAVE(NTAB,NPAR),XINSAVE(NTAB,NPAR))373:       ALLOCATE(ESAVE(NTAB,NPAR),XINSAVE(NTAB,NPAR))
374:       ALLOCATE(VEC(NVEC))374:       ALLOCATE(VEC(NVEC))
375: 375: 
376: !     IF (SYMMETRIZE.AND.(.NOT.CENT)) THEN376: !     IF (SYMMETRIZE.AND.(.NOT.CENT)) THEN
377: !        PRINT '(A)','Probable input error - SYMMETRIZE true but CENT false'377: !        PRINT '(A)','Probable input error - SYMMETRIZE true but CENT false'
378: !        STOP378: !        STOP
379: !     ENDIF379: !     ENDIF
380: 380: 
381:       IF (DUMPT .OR. DUMP_MARKOV) THEN381:       IF (DUMPT) THEN
382:          IF (CHRMMT) THEN382:          IF (CHRMMT) THEN
383:             OPEN(UNIT=719,FILE='dump.crd',STATUS='UNKNOWN')383:             OPEN(UNIT=719,FILE='dump.crd',STATUS='UNKNOWN')
384:             OPEN(UNIT=720,FILE='dump.pdb',STATUS='UNKNOWN')384:             OPEN(UNIT=720,FILE='dump.pdb',STATUS='UNKNOWN')
385:          ENDIF385:          ENDIF
386: !386: !
387: ! dump.1.xyz is partly filled with control characters for no apparent reason.387: ! dump.1.xyz is partly filled with control characters for no apparent reason.
388: ! Suspect a compiler or mpi bug? DJW388: ! Suspect a compiler or mpi bug? DJW
389: ! dump.1.xyz is fine with debug compilation, so it is a compiler bug!389: ! dump.1.xyz is fine with debug compilation, so it is a compiler bug!
390: !390: !
391:          ALLOCATE(DUMPXYZUNIT(NPAR),DUMPVUNIT(NPAR))391:          ALLOCATE(DUMPXYZUNIT(NPAR),DUMPVUNIT(NPAR))


r31013/mc.F 2016-08-15 12:30:09.451685141 +0100 r31012/mc.F 2016-08-15 12:30:10.471698950 +0100
2136: #else2136: #else
2137:             IF (HIT) GOTO 372137:             IF (HIT) GOTO 37
2138:             IF (EPREV(JP)<EBEST(JP)) EBEST(JP)=EPREV(JP)2138:             IF (EPREV(JP)<EBEST(JP)) EBEST(JP)=EPREV(JP)
2139:             IF ((REPMATCHT).AND.(ABS(MAXVAL(EBEST(:))-MINVAL(EBEST(:)))<ECONV)) GOTO 372139:             IF ((REPMATCHT).AND.(ABS(MAXVAL(EBEST(:))-MINVAL(EBEST(:)))<ECONV)) GOTO 37
2140: #endif2140: #endif
2141:             IF (DUMPINT.GT.0) THEN2141:             IF (DUMPINT.GT.0) THEN
2142:                IF (MOD(J1,DUMPINT).EQ.0) THEN2142:                IF (MOD(J1,DUMPINT).EQ.0) THEN
2143:                   CALL DUMPSTATE(NQ(JP),EBEST,BESTCOORDS,JBEST,JP)2143:                   CALL DUMPSTATE(NQ(JP),EBEST,BESTCOORDS,JBEST,JP)
2144:                ENDIF2144:                ENDIF
2145:             ENDIF2145:             ENDIF
2146:              
2147:             IF (DUMP_MARKOV) THEN  
2148:                ! ds656> Dump current Markov state to XYZ for post-processing  
2149:                ! (e.g. characterisation of equilibrium structure) 
2150:                J2=J1-1-DUMP_MARKOV_NWAIT 
2151:                IF(J2.GE.0 .AND.  
2152:      &              MOD(J2,DUMP_MARKOV_NFREQ).EQ.0) THEN 
2153:                   WRITE(DUMPXYZUNIT(JP),'(I4)') NATOMS 
2154:                   WRITE(DUMPXYZUNIT(JP),'(A,I9,A,F20.10)')  
2155:      &                 'MC step ',J1,' Markov energy ', EPREV(JP) 
2156:                   DO J2=1,NATOMS 
2157:                      WRITE(DUMPXYZUNIT(JP),'(A,4(1X,F10.5))') 
2158:      &                    'X ', (COORDSO(3*(J2-1)+J3,JP), J3=1,3),  
2159:      &                    VATO(J2,JP) 
2160:                   ENDDO 
2161:                ENDIF 
2162:             ENDIF 
2163: !2146: !
2164: ! Accept/reject step over grand canonical relxation blocks.2147: ! Accept/reject step over grand canonical relxation blocks.
2165: !2148: !
2166:             IF (GCBHT.AND.(QGCBH.EQ.GCRELAX)) THEN2149:             IF (GCBHT.AND.(QGCBH.EQ.GCRELAX)) THEN
2167: !2150: !
2168: ! did the GC potential decrease overall in the GC relax block?2151: ! did the GC potential decrease overall in the GC relax block?
2169: ! this is accept/reject for potential compared with previous best value in previous relaxation block2152: ! this is accept/reject for potential compared with previous best value in previous relaxation block
2170: ! (not the value in the Markov chain, the lowest value in the previous block)2153: ! (not the value in the Markov chain, the lowest value in the previous block)
2171: !2154: !
2172:                IF (MOD(J1-1,PRTFRQ).EQ.0) 2155:                IF (MOD(J1-1,PRTFRQ).EQ.0) 


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0