hdiff output

r30546/commons.f90 2016-07-06 15:36:54.672294301 +0100 r30545/commons.f90 2016-07-06 15:36:55.360303602 +0100
 32:      &        MYEUNIT, MYMUNIT, MYBUNIT, MYRUNIT, MYPUNIT, NFREEZETYPEA, & 32:      &        MYEUNIT, MYMUNIT, MYBUNIT, MYRUNIT, MYPUNIT, NFREEZETYPEA, &
 33:      &        TBPSTEPS, TBPCI, TBPBASIN, NTSITES, NRBGROUP, NZERO, PTMCDS_FRQ, PTMCDUMPENERFRQ, MONITORINT, NBLOCKS, & 33:      &        TBPSTEPS, TBPCI, TBPBASIN, NTSITES, NRBGROUP, NZERO, PTMCDS_FRQ, PTMCDUMPENERFRQ, MONITORINT, NBLOCKS, &
 34:      &        BINARY_EXAB_FRQ, NRESMIN, USERES, EXEQ, NONEDAPBC, STRUC, CHEMSHIFTITER, GRIDSIZE, MFETRUNS, BESTINVERT, GCNATOMS, & 34:      &        BINARY_EXAB_FRQ, NRESMIN, USERES, EXEQ, NONEDAPBC, STRUC, CHEMSHIFTITER, GRIDSIZE, MFETRUNS, BESTINVERT, GCNATOMS, &
 35:      &        GCINT, GCRELAX, MTARGETS, & 35:      &        GCINT, GCRELAX, MTARGETS, &
 36:      &        INTCONSEP, INTREPSEP, NCONSTRAINTON, CPREPSEP, CPCONSEP, NCONGEOM, & 36:      &        INTCONSEP, INTREPSEP, NCONSTRAINTON, CPREPSEP, CPCONSEP, NCONGEOM, &
 37:      &        NCPREPULSIVE, NCPCONSTRAINT, MAXCONUSE, INTCONSTEPS, INTRELSTEPS, INTSTEPS1, INTLJSTEPS, & 37:      &        NCPREPULSIVE, NCPCONSTRAINT, MAXCONUSE, INTCONSTEPS, INTRELSTEPS, INTSTEPS1, INTLJSTEPS, &
 38:      &        NTRAPPOW, MAXINTIMAGE, CHECKREPINTERVAL, INTFREEZEMIN, INTNTRIESMAX, INTIMAGEINCR, & 38:      &        NTRAPPOW, MAXINTIMAGE, CHECKREPINTERVAL, INTFREEZEMIN, INTNTRIESMAX, INTIMAGEINCR, &
 39:      &        NCONSTRAINTFIX, INTIMAGECHECK, NREPULSIVEFIX, INTIMAGE, NREPULSIVE, & 39:      &        NCONSTRAINTFIX, INTIMAGECHECK, NREPULSIVEFIX, INTIMAGE, NREPULSIVE, &
 40:      &        NNREPULSIVE, NCONSTRAINT, INTMUPDATE, DUMPINTEOSFREQ, DUMPINTXYZFREQ, & 40:      &        NNREPULSIVE, NCONSTRAINT, INTMUPDATE, DUMPINTEOSFREQ, DUMPINTXYZFREQ, &
 41:      &        LOCALPERMNEIGH, LOCALPERMMAXSEP, MAXNACTIVE, QCIPERMCHECKINT, & 41:      &        LOCALPERMNEIGH, LOCALPERMMAXSEP, MAXNACTIVE, QCIPERMCHECKINT, &
 42:      &        MLPIN, MLPSTART, MLPOUT, MLPHIDDEN, MLPDATA, NMLP, DJWRBID, NHEXAMERS 42:      &        MLPIN, MLPOUT, MLPHIDDEN, MLPDATA, NMLP, DJWRBID, NHEXAMERS
 43:   43:  
 44:       DOUBLE PRECISION RHO, GAMMA, SIG, SCEPS, SCC, TOLB, T12FAC, XMOVERENORM, RESIZE, QTSALLIS, & 44:       DOUBLE PRECISION RHO, GAMMA, SIG, SCEPS, SCC, TOLB, T12FAC, XMOVERENORM, RESIZE, QTSALLIS, &
 45:      &                 CQMAX, RADIUS, BQMAX,  MAXBFGS, DECAYPARAM, SYMTOL1, SYMTOL2, SYMTOL3, SYMTOL4, SYMTOL5, PGSYMTOLS(3),& 45:      &                 CQMAX, RADIUS, BQMAX,  MAXBFGS, DECAYPARAM, SYMTOL1, SYMTOL2, SYMTOL3, SYMTOL4, SYMTOL5, PGSYMTOLS(3),&
 46:      &                 ECONV, TOLD, TOLE, SYMREM(120,3,3), GMAX, CUTOFF, PCUT, EXPFAC, EXPD, CENTX, CENTY, CENTZ, & 46:      &                 ECONV, TOLD, TOLE, SYMREM(120,3,3), GMAX, CUTOFF, PCUT, EXPFAC, EXPD, CENTX, CENTY, CENTZ, &
 47:      &                 BOXLX, BOXLY, BOXLZ, BOX3D(3), PCUTOFF, SUPSTEP, SQUEEZER, SQUEEZED, COOPCUT, STOCKMU, STOCKLAMBDA, & 47:      &                 BOXLX, BOXLY, BOXLZ, BOX3D(3), PCUTOFF, SUPSTEP, SQUEEZER, SQUEEZED, COOPCUT, STOCKMU, STOCKLAMBDA, &
 48:      &                 TFAC(3), RMS, TEMPS, SACCRAT, CEIG, PNEWJUMP, EAMP, DISTFAC, ODDCHARGE, COULQ, COULSWAP, & 48:      &                 TFAC(3), RMS, TEMPS, SACCRAT, CEIG, PNEWJUMP, EAMP, DISTFAC, ODDCHARGE, COULQ, COULSWAP, &
 49:      &                 COULTEMP, APP, AMM, APM, XQP, XQM, ALPHAP, ALPHAM, ZSTAR, K_COMP, DGUESS, GUIDECUT, EFAC,&  49:      &                 COULTEMP, APP, AMM, APM, XQP, XQM, ALPHAP, ALPHAM, ZSTAR, K_COMP, DGUESS, GUIDECUT, EFAC,& 
 50:      &                 TRENORM, HISTMIN, HISTMAX, HISTFAC, EPSSPHERE, FINALCUTOFF, SHELLPROB, RINGROTSCALE, & 50:      &                 TRENORM, HISTMIN, HISTMAX, HISTFAC, EPSSPHERE, FINALCUTOFF, SHELLPROB, RINGROTSCALE, &
 51:      &                 HISTFACMUL, HPERCENT, AVOIDDIST, MAXERISE, MAXEFALL, TSTART, MATDIFF, STICKYSIG, SDTOL, & 51:      &                 HISTFACMUL, HPERCENT, AVOIDDIST, MAXERISE, MAXEFALL, TSTART, MATDIFF, STICKYSIG, SDTOL, &
 52:      &                 MinimalTemperature, MaximalTemperature, SwapProb, hdistconstraint, COREFRAC, TSTAR, & 52:      &                 MinimalTemperature, MaximalTemperature, SwapProb, hdistconstraint, COREFRAC, TSTAR, &
109:      &        HARMONICDONTMOVE, DUMPUNIQUE, FREEZESAVE, TBP, RBSYMT, PTMCDUMPSTRUCT, PTMCDUMPENERT, PYCOLDFUSION, MONITORT,&109:      &        HARMONICDONTMOVE, DUMPUNIQUE, FREEZESAVE, TBP, RBSYMT, PTMCDUMPSTRUCT, PTMCDUMPENERT, PYCOLDFUSION, MONITORT,&
110:      &        CHARMMDFTBT, PERMINVOPT, BLOCKMOVET, MAXERISE_SET, PYT, BINARY_EXAB, CHIROT, SANDBOXT, &110:      &        CHARMMDFTBT, PERMINVOPT, BLOCKMOVET, MAXERISE_SET, PYT, BINARY_EXAB, CHIROT, SANDBOXT, &
111:      &        RESERVOIRT, DISTOPT, ONEDAPBCT, ONEDPBCT, TWODAPBCT, TWODPBCT, THREEDAPBCT, THREEDPBCT, RATIOT, &111:      &        RESERVOIRT, DISTOPT, ONEDAPBCT, ONEDPBCT, TWODAPBCT, TWODPBCT, THREEDAPBCT, THREEDPBCT, RATIOT, &
112:      &        PTRANDOM, PTINTERVAL, PTSINGLE, PTSETS, CHEMSHIFT, CHEMSHIFT2, CSH, DEBUGss2029, UNIFORMMOVE, RANSEEDT, &112:      &        PTRANDOM, PTINTERVAL, PTSINGLE, PTSETS, CHEMSHIFT, CHEMSHIFT2, CSH, DEBUGss2029, UNIFORMMOVE, RANSEEDT, &
113:      &        TTM3T, NOINVERSION, RIGIDCONTOURT, UPDATERIGIDREFT, HYBRIDMINT, COMPRESSRIGIDT, MWFILMT, &113:      &        TTM3T, NOINVERSION, RIGIDCONTOURT, UPDATERIGIDREFT, HYBRIDMINT, COMPRESSRIGIDT, MWFILMT, &
114:      &        SUPPRESST, MFETT, POLIRT, QUIPT, SWPOTT, MWPOTT, REPMATCHT, GLJT, MLJT, READMASST, SPECMASST, NEWTSALLIST, &114:      &        SUPPRESST, MFETT, POLIRT, QUIPT, SWPOTT, MWPOTT, REPMATCHT, GLJT, MLJT, READMASST, SPECMASST, NEWTSALLIST, &
115:      &        PHI4MODELT, CUDAT, CUDATIMET, AMBER12T, ENERGY_DECOMPT, NEWMOVEST, DUMPMINT, MBPOLT, MOLECULART, GCBHT, SEMIGRAND_MUT, USEROT, & 115:      &        PHI4MODELT, CUDAT, CUDATIMET, AMBER12T, ENERGY_DECOMPT, NEWMOVEST, DUMPMINT, MBPOLT, MOLECULART, GCBHT, SEMIGRAND_MUT, USEROT, & 
116:      &        SAVEMULTIMINONLY, GRADPROBLEMT, INTLJT, CONDATT, QCIPERMCHECK, &116:      &        SAVEMULTIMINONLY, GRADPROBLEMT, INTLJT, CONDATT, QCIPERMCHECK, &
117:      &        INTCONSTRAINTT, INTFREEZET, CHECKCONINT, CONCUTABST, CONCUTFRACT, INTERPCOSTFUNCTION, &117:      &        INTCONSTRAINTT, INTFREEZET, CHECKCONINT, CONCUTABST, CONCUTFRACT, INTERPCOSTFUNCTION, &
118:      &        RBAAT, FREEZENODEST, DUMPINTEOS, DUMPINTXYZ, QCIPOTT, QCIPOT2T, INTSPRINGACTIVET, LPERMDIST, LOCALPERMDIST, QCIRADSHIFTT, &118:      &        RBAAT, FREEZENODEST, DUMPINTEOS, DUMPINTXYZ, QCIPOTT, QCIPOT2T, INTSPRINGACTIVET, LPERMDIST, LOCALPERMDIST, QCIRADSHIFTT, &
119:      &        MLP3T, MKTRAPT, MLPB3T, MLPB3NEWT, MULTIPOTT, QCIAMBERT, MLPNEWREG, DJWRBT, STEALTHYT, LJADDT119:      &        MLP3T, MKTRAPT, MLPB3T, MULTIPOTT, QCIAMBERT, MLPNEWREG, DJWRBT, STEALTHYT, LJADDT
120: !120: !
121:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: SEMIGRAND_MU(:) 121:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: SEMIGRAND_MU(:) 
122:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE:: ATMASS(:)122:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE:: ATMASS(:)
123:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE:: SPECMASS(:) 123:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE:: SPECMASS(:) 
124: 124: 
125: ! csw34> FREEZEGROUP variables125: ! csw34> FREEZEGROUP variables
126: !126: !
127:       INTEGER :: GROUPCENTRE127:       INTEGER :: GROUPCENTRE
128:       DOUBLE PRECISION :: GROUPRADIUS128:       DOUBLE PRECISION :: GROUPRADIUS
129:       CHARACTER (LEN=2) :: FREEZEGROUPTYPE129:       CHARACTER (LEN=2) :: FREEZEGROUPTYPE


r30546/keywords.f 2016-07-06 15:36:55.024299060 +0100 r30545/keywords.f 2016-07-06 15:36:55.708308308 +0100
2131:          IF (MLPNORM) THEN2131:          IF (MLPNORM) THEN
2132:             MLPMEAN(1:MLPIN)=MLPMEAN(1:MLPIN)/MLPDATA 2132:             MLPMEAN(1:MLPIN)=MLPMEAN(1:MLPIN)/MLPDATA 
2133:             WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> Rescaling inputs by mean absolute values:'2133:             WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> Rescaling inputs by mean absolute values:'
2134:             WRITE(MYUNIT,'(6G20.10)') MLPMEAN(1:MLPIN)2134:             WRITE(MYUNIT,'(6G20.10)') MLPMEAN(1:MLPIN)
2135:             DO J1=1,MLPIN2135:             DO J1=1,MLPIN
2136:                MLPDAT(1:MLPDATA,J1)=MLPDAT(1:MLPDATA,J1)/MLPMEAN(J1)2136:                MLPDAT(1:MLPDATA,J1)=MLPDAT(1:MLPDATA,J1)/MLPMEAN(J1)
2137:             ENDDO2137:             ENDDO
2138:          ENDIF2138:          ENDIF
2139:          DEALLOCATE(MLPMEAN)2139:          DEALLOCATE(MLPMEAN)
2140:          MLPDONE=.TRUE.2140:          MLPDONE=.TRUE.
2141:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLPB3NEW') THEN 
2142:          MLP3T=.TRUE. 
2143:          MLPB3NEWT=.TRUE. 
2144:          CALL READI(MLPIN)      ! number of inputs (data items after outcome) 
2145:          CALL READI(MLPSTART) ! starting position in data list, not counting outcome 
2146:          CALL READI(MLPHIDDEN) 
2147:          CALL READI(MLPOUT) 
2148:          CALL READI(MLPDATA) 
2149:          IF (NITEMS.GT.5) CALL READF(MLPLAMBDA) 
2150:          WRITE(MYUNIT,'(A,5I8,G20.10)') 'MLP3 new potential bias nodes and Nin, Ninstart, Nhidden, Nout, Ndata, lambda=', 
2151:      &                                MLPIN,MLPSTART,MLPHIDDEN,MLPOUT,MLPDATA,MLPLAMBDA   
2152:          NMLP=MLPHIDDEN*(MLPIN+MLPOUT)+1 
2153:          IF (NMLP.NE.NATOMS) THEN 
2154:             PRINT '(A,2I8)', 'keywords> ERROR *** NATOMS,NMLP=',NATOMS,NMLP 
2155:             STOP 
2156:          ENDIF 
2157:     
2158:          LUNIT=GETUNIT() 
2159:          OPEN(LUNIT,FILE='MLPdata',STATUS='OLD') 
2160:          ALLOCATE(MLPDAT(MLPDATA,MLPIN),MLPOUTCOME(MLPDATA),MLPMEAN(MLPIN)) 
2161:          MLPMEAN(1:MLPIN)=0.0D0 
2162:          DO J1=1,MLPDATA 
2163:             READ(LUNIT,*) MLPOUTCOME(J1),(DUMMY,J2=1,MLPSTART-1),MLPDAT(J1,1:MLPIN) 
2164:             MLPOUTCOME(J1)=MLPOUTCOME(J1)+1 ! to shift the range to 1 to 4 
2165:             WRITE(MYUNIT,'(9G20.10,I8)') MLPOUTCOME(J1),MLPDAT(J1,1:MLPIN) 
2166:             DO J2=1,MLPIN 
2167:                MLPMEAN(J2)=MLPMEAN(J2)+ABS(MLPDAT(J1,J2)) 
2168:             ENDDO 
2169:          ENDDO 
2170:          CLOSE(LUNIT) 
2171:          IF (MLPNORM) THEN 
2172:             MLPMEAN(1:MLPIN)=MLPMEAN(1:MLPIN)/MLPDATA  
2173:             WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> Rescaling inputs by mean absolute values:' 
2174:             WRITE(MYUNIT,'(6G20.10)') MLPMEAN(1:MLPIN) 
2175:             DO J1=1,MLPIN 
2176:                MLPDAT(1:MLPDATA,J1)=MLPDAT(1:MLPDATA,J1)/MLPMEAN(J1) 
2177:             ENDDO 
2178:          ENDIF 
2179:          DEALLOCATE(MLPMEAN) 
2180:          MLPDONE=.TRUE. 
2181:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLPNEWREG') THEN2141:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLPNEWREG') THEN
2182:          MLPNEWREG=.TRUE.2142:          MLPNEWREG=.TRUE.
2183:          WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> Including reciprocals in regularisation'2143:          WRITE(MYUNIT,'(A)') 'keyword> Including reciprocals in regularisation'
2184: !2144: !
2185: ! MLPNORM directs OPTIM to rescale the input data columns by dividing each one by the2145: ! MLPNORM directs OPTIM to rescale the input data columns by dividing each one by the
2186: ! average of the mean magnitude2146: ! average of the mean magnitude
2187: ! Arranged so that MLPNORM can come before of after MLPB3/MLP32147: ! Arranged so that MLPNORM can come before of after MLPB3/MLP3
2188: !2148: !
2189:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLPNORM') THEN2149:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLPNORM') THEN
2190:          MLPNORM=.TRUE.2150:          MLPNORM=.TRUE.


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0