hdiff output

r29833/commons.f90 2016-03-16 18:33:07.658794477 +0000 r29832/commons.f90 2016-03-16 18:33:08.974808012 +0000
108:      &        HARMONICDONTMOVE, DUMPUNIQUE, FREEZESAVE, TBP, RBSYMT, PTMCDUMPSTRUCT, PTMCDUMPENERT, PYCOLDFUSION, MONITORT,&108:      &        HARMONICDONTMOVE, DUMPUNIQUE, FREEZESAVE, TBP, RBSYMT, PTMCDUMPSTRUCT, PTMCDUMPENERT, PYCOLDFUSION, MONITORT,&
109:      &        CHARMMDFTBT, PERMINVOPT, BLOCKMOVET, MAXERISE_SET, PYT, BINARY_EXAB, CHIROT, SANDBOXT, &109:      &        CHARMMDFTBT, PERMINVOPT, BLOCKMOVET, MAXERISE_SET, PYT, BINARY_EXAB, CHIROT, SANDBOXT, &
110:      &        RESERVOIRT, DISTOPT, ONEDAPBCT, ONEDPBCT, TWODAPBCT, TWODPBCT, THREEDAPBCT, THREEDPBCT, RATIOT, &110:      &        RESERVOIRT, DISTOPT, ONEDAPBCT, ONEDPBCT, TWODAPBCT, TWODPBCT, THREEDAPBCT, THREEDPBCT, RATIOT, &
111:      &        PTRANDOM, PTINTERVAL, PTSINGLE, PTSETS, CHEMSHIFT, CHEMSHIFT2, CSH, DEBUGss2029, UNIFORMMOVE, RANSEEDT, &111:      &        PTRANDOM, PTINTERVAL, PTSINGLE, PTSETS, CHEMSHIFT, CHEMSHIFT2, CSH, DEBUGss2029, UNIFORMMOVE, RANSEEDT, &
112:      &        TTM3T, NOINVERSION, RIGIDCONTOURT, UPDATERIGIDREFT, HYBRIDMINT, COMPRESSRIGIDT, MWFILMT, &112:      &        TTM3T, NOINVERSION, RIGIDCONTOURT, UPDATERIGIDREFT, HYBRIDMINT, COMPRESSRIGIDT, MWFILMT, &
113:      &        SUPPRESST, MFETT, POLIRT, QUIPT, SWPOTT, MWPOTT, REPMATCHT, GLJT, MLJT, READMASST, SPECMASST, NEWTSALLIST, &113:      &        SUPPRESST, MFETT, POLIRT, QUIPT, SWPOTT, MWPOTT, REPMATCHT, GLJT, MLJT, READMASST, SPECMASST, NEWTSALLIST, &
114:      &        PHI4MODELT, CUDAT, CUDATIMET, AMBER12T, ENERGY_DECOMPT, NEWMOVEST, DUMPMINT, MBPOLT, MOLECULART, GCBHT, SEMIGRAND_MUT, USEROT, & 114:      &        PHI4MODELT, CUDAT, CUDATIMET, AMBER12T, ENERGY_DECOMPT, NEWMOVEST, DUMPMINT, MBPOLT, MOLECULART, GCBHT, SEMIGRAND_MUT, USEROT, & 
115:      &        SAVEMULTIMINONLY, GRADPROBLEMT, INTLJT, CONDATT, QCIPERMCHECK, &115:      &        SAVEMULTIMINONLY, GRADPROBLEMT, INTLJT, CONDATT, QCIPERMCHECK, &
116:      &        INTCONSTRAINTT, INTFREEZET, CHECKCONINT, CONCUTABST, CONCUTFRACT, INTERPCOSTFUNCTION, &116:      &        INTCONSTRAINTT, INTFREEZET, CHECKCONINT, CONCUTABST, CONCUTFRACT, INTERPCOSTFUNCTION, &
117:      &        RBAAT, FREEZENODEST, DUMPINTEOS, DUMPINTXYZ, QCIPOTT, QCIPOT2T, INTSPRINGACTIVET, LPERMDIST, LOCALPERMDIST, QCIRADSHIFTT, &117:      &        RBAAT, FREEZENODEST, DUMPINTEOS, DUMPINTXYZ, QCIPOTT, QCIPOT2T, INTSPRINGACTIVET, LPERMDIST, LOCALPERMDIST, QCIRADSHIFTT, &
118:      &        MLP3T, MKTRAPT118:      &        MLP3T
119: !119: !
120:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: SEMIGRAND_MU(:) 120:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: SEMIGRAND_MU(:) 
121:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE:: ATMASS(:)121:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE:: ATMASS(:)
122:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE:: SPECMASS(:) 122:       DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE:: SPECMASS(:) 
123: 123: 
124: ! csw34> FREEZEGROUP variables124: ! csw34> FREEZEGROUP variables
125: !125: !
126:       INTEGER :: GROUPCENTRE126:       INTEGER :: GROUPCENTRE
127:       DOUBLE PRECISION :: GROUPRADIUS127:       DOUBLE PRECISION :: GROUPRADIUS
128:       CHARACTER (LEN=2) :: FREEZEGROUPTYPE128:       CHARACTER (LEN=2) :: FREEZEGROUPTYPE


r29833/finalio.f90 2016-03-16 18:33:07.862796576 +0000 r29832/finalio.f90 2016-03-16 18:33:09.174810068 +0000
627:               ENDDO627:               ENDDO
628:            ENDDO628:            ENDDO
629:         ELSE629:         ELSE
630:             IF (CSMT.AND.(.NOT.SYMMETRIZECSM)) THEN630:             IF (CSMT.AND.(.NOT.SYMMETRIZECSM)) THEN
631:                 WRITE(MYUNIT3,'(I6)') NATOMS631:                 WRITE(MYUNIT3,'(I6)') NATOMS
632:                 WRITE(MYUNIT3,'(A,I6,2(A,G20.10))') 'averaged structure for final solution ',J1, &632:                 WRITE(MYUNIT3,'(A,I6,2(A,G20.10))') 'averaged structure for final solution ',J1, &
633:                 ' CSM=',QMINAV(J1),' CSM for reference structure=',QMIN(J1)633:                 ' CSM=',QMINAV(J1),' CSM for reference structure=',QMIN(J1)
634:                 WRITE(MYUNIT3,30) (QMINPCSMAV(J1,J2),J2=1,3*(NATOMS-NS))634:                 WRITE(MYUNIT3,30) (QMINPCSMAV(J1,J2),J2=1,3*(NATOMS-NS))
635:             ENDIF635:             ENDIF
636:             WRITE(MYUNIT2,30) (QMINP(J1,J2),J2=1,3*(NATOMS-NS))636:             WRITE(MYUNIT2,30) (QMINP(J1,J2),J2=1,3*(NATOMS-NS))
637: 30          FORMAT('BE ',3F20.10)637: 30          FORMAT('SI ',3F20.10)
638:         ENDIF638:         ENDIF
639: 639: 
640:         !|gd351>640:         !|gd351>
641:         IF (ASAOOS) THEN641:         IF (ASAOOS) THEN
642:             LUNIT=GETUNIT()642:             LUNIT=GETUNIT()
643:             OPEN(LUNIT,file='particles.xyz')643:             OPEN(LUNIT,file='particles.xyz')
644:             WRITE(LUNIT,*) NATOMS644:             WRITE(LUNIT,*) NATOMS
645:             WRITE(LUNIT,*) ' '645:             WRITE(LUNIT,*) ' '
646:             DO J2=1,NATOMS646:             DO J2=1,NATOMS
647:                 WRITE(LUNIT,'(A,3F20.10)') 'H  ',(QMINP(J1,3*(J2-1)+J3),J3=1,3)647:                 WRITE(LUNIT,'(A,3F20.10)') 'H  ',(QMINP(J1,3*(J2-1)+J3),J3=1,3)


r29833/io1.f 2016-03-16 18:33:08.090798920 +0000 r29832/io1.f 2016-03-16 18:33:09.374812124 +0000
690:           SELECT CASE(CUDAPOT)690:           SELECT CASE(CUDAPOT)
691:               CASE('L')691:               CASE('L')
692:                   WRITE(MYUNIT,'(A,I4,A)') 'LBFGS minimisation on the GPU with ', NATOMS,' LJ atoms'692:                   WRITE(MYUNIT,'(A,I4,A)') 'LBFGS minimisation on the GPU with ', NATOMS,' LJ atoms'
693:               CASE('A')693:               CASE('A')
694:                   WRITE(MYUNIT,'(A,I4,A)') 'LBFGS minimisation on the GPU with ', NATOMS,' AMBER12 atoms'694:                   WRITE(MYUNIT,'(A,I4,A)') 'LBFGS minimisation on the GPU with ', NATOMS,' AMBER12 atoms'
695:               CASE DEFAULT695:               CASE DEFAULT
696:                   WRITE(MYUNIT,'(A,I4,A)') 'LBFGS minimisation on the GPU with ', NATOMS,' atoms. Potential not recognised. '696:                   WRITE(MYUNIT,'(A,I4,A)') 'LBFGS minimisation on the GPU with ', NATOMS,' atoms. Potential not recognised. '
697:           END SELECT697:           END SELECT
698:       ELSEIF (QCIPOTT.OR.INTCONSTRAINTT) THEN698:       ELSEIF (QCIPOTT.OR.INTCONSTRAINTT) THEN
699:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' QCI atoms'699:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' QCI atoms'
700:       ELSEIF (MKTRAPT) THEN 
701:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' MK trapped ions' 
702:       ELSEIF (MLP3T) THEN700:       ELSEIF (MLP3T) THEN
703:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' link weights for MLP3'701:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' link weights for MLP3'
704:       ELSE702:       ELSE
705:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' LJ atoms'703:          WRITE(MYUNIT,'(I4,A)') NATOMS,' LJ atoms'
706:       ENDIF704:       ENDIF
707:       IF (PYGPERIODICT.OR.PYBINARYT) CALL INITIALISEPYGPERIODIC705:       IF (PYGPERIODICT.OR.PYBINARYT) CALL INITIALISEPYGPERIODIC
708:       IF (LJCAPSIDT) CALL INITIALISELJCAPSIDMODEL706:       IF (LJCAPSIDT) CALL INITIALISELJCAPSIDMODEL
709:       IF (PYT) call py_input707:       IF (PYT) call py_input
710:       IF (INTMINT)  WRITE(MYUNIT,'(A)') 'Internal coordinate transformation will be used'708:       IF (INTMINT)  WRITE(MYUNIT,'(A)') 'Internal coordinate transformation will be used'
711:       IF (STAR) THEN709:       IF (STAR) THEN
862: !           ENDDO860: !           ENDDO
863: !            WRITE(MYUNIT, '(A,G15.5,A,G15.5)') 'Maximum step size scaled by estimated nearest neighbour distance of ',861: !            WRITE(MYUNIT, '(A,G15.5,A,G15.5)') 'Maximum step size scaled by estimated nearest neighbour distance of ',
864: !    &                    0.677441D0-0.0037582*NATOMS+9.40318D-6*NATOMS**2-6.21931D-9*NATOMS**3,' to give ',STEP(1)862: !    &                    0.677441D0-0.0037582*NATOMS+9.40318D-6*NATOMS**2-6.21931D-9*NATOMS**3,' to give ',STEP(1)
865:          ELSEIF (MULLERBROWNT) THEN 863:          ELSEIF (MULLERBROWNT) THEN 
866:             RADIUS=100.0D0864:             RADIUS=100.0D0
867:          ELSE 865:          ELSE 
868:             RADIUS=RADIUS*2.0D0**(1.0D0/6.0D0)866:             RADIUS=RADIUS*2.0D0**(1.0D0/6.0D0)
869:          ENDIF867:          ENDIF
870:       ENDIF868:       ENDIF
871:       IF ((.NOT.PERIODIC).AND.(.NOT.AMBER).AND.(.NOT.BLNT).AND.(.NOT.MULLERBROWNT).AND.(.NOT.MODEL1T).AND.(.NOT.PERCOLATET) 869:       IF ((.NOT.PERIODIC).AND.(.NOT.AMBER).AND.(.NOT.BLNT).AND.(.NOT.MULLERBROWNT).AND.(.NOT.MODEL1T).AND.(.NOT.PERCOLATET) 
872:      &                    .AND.(.NOT.QCIPOTT).AND.(.NOT.INTCONSTRAINTT).AND.(.NOT.MLP3T).AND.(.NOT.MKTRAPT)) 870:      &                    .AND.(.NOT.QCIPOTT).AND.(.NOT.INTCONSTRAINTT).AND.(.NOT.MLP3T)) 
873:      1                    WRITE(MYUNIT,'(A,F20.10)') 'Container radius=',RADIUS871:      1                    WRITE(MYUNIT,'(A,F20.10)') 'Container radius=',RADIUS
874:       RADIUS=RADIUS**2872:       RADIUS=RADIUS**2
875:       IF (PERCOLATET) WRITE(MYUNIT,'(A,F20.10)') 'Checking for percolated structure, cutoff=',PERCCUT873:       IF (PERCOLATET) WRITE(MYUNIT,'(A,F20.10)') 'Checking for percolated structure, cutoff=',PERCCUT
876:       PERCCUT=PERCCUT**2874:       PERCCUT=PERCCUT**2
877:       IF (NPAR.GT.1) THEN875:       IF (NPAR.GT.1) THEN
878:          WRITE(MYUNIT,'(I2,A)') NPAR,' parallel runs'876:          WRITE(MYUNIT,'(I2,A)') NPAR,' parallel runs'
879:          IF (TABOOT) WRITE(MYUNIT,'(A,I4,A)') 'Taboo lists contain the lowest ',NTAB,' minima'877:          IF (TABOOT) WRITE(MYUNIT,'(A,I4,A)') 'Taboo lists contain the lowest ',NTAB,' minima'
880:       ELSE IF (TABOOT) THEN878:       ELSE IF (TABOOT) THEN
881:          WRITE(MYUNIT,'(A,I4,A)') 'Taboo list contains the lowest ',NTAB,' minima'879:          WRITE(MYUNIT,'(A,I4,A)') 'Taboo list contains the lowest ',NTAB,' minima'
882:       ENDIF880:       ENDIF


r29833/keywords.f 2016-03-16 18:33:08.298801059 +0000 r29832/keywords.f 2016-03-16 18:33:09.578814222 +0000
2027:             CALL MMEINITWRAPPER(TRIM(ADJUSTL(PRMTOP))//C_NULL_CHAR, IGB, SALTCON, RGBMAX, CUT)2027:             CALL MMEINITWRAPPER(TRIM(ADJUSTL(PRMTOP))//C_NULL_CHAR, IGB, SALTCON, RGBMAX, CUT)
2028:         END IF2028:         END IF
2029: 2029: 
2030: !2030: !
2031: ! The maximum number of constraints to use in the constrained potential.2031: ! The maximum number of constraints to use in the constrained potential.
2032: ! The deafult is 4.2032: ! The deafult is 4.
2033: !2033: !
2034:       ELSE IF (WORD.EQ.'MAXCON') THEN2034:       ELSE IF (WORD.EQ.'MAXCON') THEN
2035:          CALL READI(MAXCONUSE)2035:          CALL READI(MAXCONUSE)
2036: !2036: !
2037: ! MK ion trap 
2038: ! 
2039:       ELSE IF (WORD.EQ.'MKTRAP') THEN 
2040:          MKTRAPT=.TRUE. 
2041: ! 
2042: ! Three layer neural network (multilayer perceptron) with2037: ! Three layer neural network (multilayer perceptron) with
2043: ! MLPIN inputs (columns per data item)2038: ! MLPIN inputs (columns per data item)
2044: ! MLPOUT outputs2039: ! MLPOUT outputs
2045: ! MLPHIDDEN hidden nodes2040: ! MLPHIDDEN hidden nodes
2046: ! MLPDATA data lines in MLPdata file (last column MLPIN+1 for correct outputs, numbered one to MLPOUT)2041: ! MLPDATA data lines in MLPdata file (last column MLPIN+1 for correct outputs, numbered one to MLPOUT)
2047: ! MLPLAMBDA coefficient for regularisation2042: ! MLPLAMBDA coefficient for regularisation
2048: !2043: !
2049:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLP3') THEN2044:       ELSE IF (WORD.EQ.'MLP3') THEN
2050:          MLP3T=.TRUE.2045:          MLP3T=.TRUE.
2051:          CALL READI(MLPIN)2046:          CALL READI(MLPIN)


r29833/potential.f90 2016-03-16 18:33:08.538803527 +0000 r29832/potential.f90 2016-03-16 18:33:09.778816279 +0000
264:          CALL QCIPOT2(EREAL,X,GRAD)264:          CALL QCIPOT2(EREAL,X,GRAD)
265:       ELSE265:       ELSE
266:          CALL QCIPOT(EREAL,X,GRAD)266:          CALL QCIPOT(EREAL,X,GRAD)
267:       ENDIF267:       ENDIF
268: 268: 
269:    ELSE IF (TOSI) THEN269:    ELSE IF (TOSI) THEN
270:       CALL RAD(X, GRAD, EREAL, GRADT)270:       CALL RAD(X, GRAD, EREAL, GRADT)
271:       IF (EVAPREJECT) RETURN271:       IF (EVAPREJECT) RETURN
272:       CALL TOSIFUMI(X, GRAD, EREAL, GRADT, SECT)272:       CALL TOSIFUMI(X, GRAD, EREAL, GRADT, SECT)
273: 273: 
274:    ELSE IF (MKTRAPT) THEN 
275:       CALL MKTRAP(NATOMS, X, GRAD, EREAL) 
276:  
277:    ELSE IF (WELCH) THEN274:    ELSE IF (WELCH) THEN
278:       CALL RAD(X, GRAD, EREAL, GRADT)275:       CALL RAD(X, GRAD, EREAL, GRADT)
279:       CALL WEL(X, GRAD, EREAL, GRADT, SECT)276:       CALL WEL(X, GRAD, EREAL, GRADT, SECT)
280: 277: 
281:    ELSE IF (SCT) THEN278:    ELSE IF (SCT) THEN
282:       CALL RAD(X, GRAD, EREAL, GRADT)279:       CALL RAD(X, GRAD, EREAL, GRADT)
283:       CALL SC(X, GRAD, EREAL, GRADT)280:       CALL SC(X, GRAD, EREAL, GRADT)
284:       IF (CPMD) EREAL=EREAL+1.0D6281:       IF (CPMD) EREAL=EREAL+1.0D6
285: 282: 
286:    ELSE IF (MSCT) THEN283:    ELSE IF (MSCT) THEN


r29833/takestep.f 2016-03-16 18:33:08.758805790 +0000 r29832/takestep.f 2016-03-16 18:33:09.970818254 +0000
 62: ! 62: !
 63: !  Calling CENTRE if NORESET is .TRUE. can lead to problems with COORDSO containing an atom 63: !  Calling CENTRE if NORESET is .TRUE. can lead to problems with COORDSO containing an atom
 64: !  outside the permitted radius. Then it may be impossible to take a step that keeps all the 64: !  outside the permitted radius. Then it may be impossible to take a step that keeps all the
 65: !  atoms inside. 65: !  atoms inside.
 66: ! 66: !
 67:       PISQ = PI*PI 67:       PISQ = PI*PI
 68:       NTRIESMAX=100 68:       NTRIESMAX=100
 69:  69: 
 70: !     IF (CENT.AND.(.NOT.SEEDT)) CALL CENTRE2(COORDS(1:3*NATOMS,NP)) ! COORDS might have been shifted by symmetry 70: !     IF (CENT.AND.(.NOT.SEEDT)) CALL CENTRE2(COORDS(1:3*NATOMS,NP)) ! COORDS might have been shifted by symmetry
 71:       IF ((.NOT.NORESET).AND.(.NOT.PERMOPT).AND.(.NOT.DIFFRACTT).AND.(.NOT.BLNT).AND.(.NOT.PERIODIC)  71:       IF ((.NOT.NORESET).AND.(.NOT.PERMOPT).AND.(.NOT.DIFFRACTT).AND.(.NOT.BLNT).AND.(.NOT.PERIODIC) 
 72:      &                  .AND.(.NOT.PERMINVOPT).AND.(.NOT.QCIPOTT).AND.(.NOT.MLP3T).AND.(.NOT.MKTRAPT) 72:      &                  .AND.(.NOT.PERMINVOPT).AND.(.NOT.QCIPOTT).AND.(.NOT.MLP3T)
 73:      &     .AND.(.NOT.GAUSST).AND.(.NOT.(CSMT.AND.(.NOT.SYMMETRIZECSM))).AND.(.NOT.PERCOLATET)) THEN 73:      &     .AND.(.NOT.GAUSST).AND.(.NOT.(CSMT.AND.(.NOT.SYMMETRIZECSM))).AND.(.NOT.PERCOLATET)) THEN
 74: ! 74: !
 75: !        csw34> CHECK NOTHING HAS MOVED OUTSIDE THE CONTAINER RADIUS  75: !        csw34> CHECK NOTHING HAS MOVED OUTSIDE THE CONTAINER RADIUS 
 76: ! 76: !
 77:          DO J1=1,NATOMS 77:          DO J1=1,NATOMS
 78:             IF ((.NOT.RIGID).OR.(J1.LE.NATOMS/2)) THEN 78:             IF ((.NOT.RIGID).OR.(J1.LE.NATOMS/2)) THEN
 79:                J2=3*J1 79:                J2=3*J1
 80:                DUMMY2=COORDS(J2-2,NP)**2+COORDS(J2-1,NP)**2+COORDS(J2,NP)**2 80:                DUMMY2=COORDS(J2-2,NP)**2+COORDS(J2-1,NP)**2+COORDS(J2,NP)**2
 81:                IF (DUMMY2.GT.RADIUS) THEN 81:                IF (DUMMY2.GT.RADIUS) THEN
 82:                   IF (AMBERT) THEN ! jmc49 We don't really want a container at all in amber9, but this bit of code is being used  82:                   IF (AMBERT) THEN ! jmc49 We don't really want a container at all in amber9, but this bit of code is being used 
589: !             COORDS(J2-1,NP)=COORDS(J2-1,NP)+LOCALSTEP*RANDOM*CMDIST(J1)/CMMAX589: !             COORDS(J2-1,NP)=COORDS(J2-1,NP)+LOCALSTEP*RANDOM*CMDIST(J1)/CMMAX
590:               COORDS(J2-1,NP)=COORDS(J2-1,NP)+LOCALSTEP*RANDOM*DUMMY590:               COORDS(J2-1,NP)=COORDS(J2-1,NP)+LOCALSTEP*RANDOM*DUMMY
591:               RANDOM=(DPRAND()-0.5D0)*2.0D0591:               RANDOM=(DPRAND()-0.5D0)*2.0D0
592: !             COORDS(J2,NP)=COORDS(J2,NP)+LOCALSTEP*RANDOM*CMDIST(J1)/CMMAX592: !             COORDS(J2,NP)=COORDS(J2,NP)+LOCALSTEP*RANDOM*CMDIST(J1)/CMMAX
593:               IF (.NOT.TWOD) COORDS(J2,NP)=COORDS(J2,NP)+LOCALSTEP*RANDOM*DUMMY593:               IF (.NOT.TWOD) COORDS(J2,NP)=COORDS(J2,NP)+LOCALSTEP*RANDOM*DUMMY
594:            ENDIF594:            ENDIF
595: !595: !
596: ! Stop atoms leaving the container in this step596: ! Stop atoms leaving the container in this step
597: !597: !
598:            IF ((.NOT.PERIODIC).AND.(.NOT.AMBERT).AND.(.NOT.(RIGID.AND.((J1.GT.NATOMS/2)))).AND.(.NOT.BLNT).AND.(.NOT.MLP3T)598:            IF ((.NOT.PERIODIC).AND.(.NOT.AMBERT).AND.(.NOT.(RIGID.AND.((J1.GT.NATOMS/2)))).AND.(.NOT.BLNT).AND.(.NOT.MLP3T)
599:      1     .AND.(.NOT.PERCOLATET).AND.(.NOT.DIFFRACTT).AND.(.NOT.THOMSONT).AND.(.NOT.GAUSST).AND.(.NOT.QCIPOTT)599:      1     .AND.(.NOT.PERCOLATET).AND.(.NOT.DIFFRACTT).AND.(.NOT.THOMSONT).AND.(.NOT.GAUSST).AND.(.NOT.QCIPOTT)) THEN
600:      2     .AND.(.NOT.MKTRAPT)) THEN 
601: !          IF ((.NOT.PERIODIC).AND.(.NOT.AMBER).AND.(.NOT.(RIGID.AND.(LOCALSTEP.EQ.0.0D0))).AND.(.NOT.BLNT)) THEN600: !          IF ((.NOT.PERIODIC).AND.(.NOT.AMBER).AND.(.NOT.(RIGID.AND.(LOCALSTEP.EQ.0.0D0))).AND.(.NOT.BLNT)) THEN
602:               DUMMY=COORDS(J2-2,NP)**2+COORDS(J2-1,NP)**2+COORDS(J2,NP)**2601:               DUMMY=COORDS(J2-2,NP)**2+COORDS(J2-1,NP)**2+COORDS(J2,NP)**2
603: !602: !
604: !  Simply rescaling the radius of an atom that leaves the container will bias the sampling603: !  Simply rescaling the radius of an atom that leaves the container will bias the sampling
605: !  of configuration space. However, we are not using takestep for bspt thermodynamic sampling!604: !  of configuration space. However, we are not using takestep for bspt thermodynamic sampling!
606: !  So, put the atom back in the container on the other side!605: !  So, put the atom back in the container on the other side!
607: !606: !
608: !              IF (DUMMY.GT.RADIUS) THEN607: !              IF (DUMMY.GT.RADIUS) THEN
609: !                 COORDS(J2-2,NP)=(SQRT(RADIUS)-0.5D0)*COORDS(J2-2,NP)/SQRT(DUMMY)608: !                 COORDS(J2-2,NP)=(SQRT(RADIUS)-0.5D0)*COORDS(J2-2,NP)/SQRT(DUMMY)
610: !                 COORDS(J2-1,NP)=(SQRT(RADIUS)-0.5D0)*COORDS(J2-1,NP)/SQRT(DUMMY)609: !                 COORDS(J2-1,NP)=(SQRT(RADIUS)-0.5D0)*COORDS(J2-1,NP)/SQRT(DUMMY)


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0