hdiff output

r29151/keywords.f 2015-11-17 23:33:32.864945501 +0000 r29150/keywords.f 2015-11-17 23:33:33.632955803 +0000
 39:       USE GLJYMOD 39:       USE GLJYMOD
 40:       USE CHIRO_MODULE, ONLY: CHIRO_SIGMA, CHIRO_MU, CHIRO_GAMMA, CHIRO_L 40:       USE CHIRO_MODULE, ONLY: CHIRO_SIGMA, CHIRO_MU, CHIRO_GAMMA, CHIRO_L
 41:       USE MBPOLMOD, ONLY: MBPOLINIT 41:       USE MBPOLMOD, ONLY: MBPOLINIT
 42:       USE SWMOD, ONLY: SWINIT, MWINIT 42:       USE SWMOD, ONLY: SWINIT, MWINIT
 43:       USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY : AMBER12_SETUP, AMBER12_GET_COORDS, AMBER12_ATOMS, 43:       USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY : AMBER12_SETUP, AMBER12_GET_COORDS, AMBER12_ATOMS,
 44:      &                                  AMBER12_RESIDUES, POPULATE_ATOM_DATA 44:      &                                  AMBER12_RESIDUES, POPULATE_ATOM_DATA
 45:       USE CHIRALITY, ONLY : CIS_TRANS_TOL 45:       USE CHIRALITY, ONLY : CIS_TRANS_TOL
 46:       USE ISO_C_BINDING, ONLY: C_NULL_CHAR 46:       USE ISO_C_BINDING, ONLY: C_NULL_CHAR
 47:       USE PARSE_POT_PARAMS, ONLY : PARSE_MGUPTA_PARAMS, PARSE_MSC_PARAMS,  47:       USE PARSE_POT_PARAMS, ONLY : PARSE_MGUPTA_PARAMS, PARSE_MSC_PARAMS, 
 48:      &     PARSE_MLJ_PARAMS 48:      &     PARSE_MLJ_PARAMS
 49:       USE ROTAMER, ONLY: ROTAMER_MOVET, ROTAMER_SCRIPT, ROTAMER_INIT 49:       USE ROTAMER, ONLY: ROTAMER_MOVET, ROTAMER_SCRIPT
 50:       IMPLICIT NONE 50:       IMPLICIT NONE
 51:  51: 
 52:       INTEGER ITEM, NITEMS, LOC, LINE, NCR, NERROR, LAST, IX, J1, JP, NPCOUNT, NDUMMY, INDEX, J2, J3, J4 52:       INTEGER ITEM, NITEMS, LOC, LINE, NCR, NERROR, LAST, IX, J1, JP, NPCOUNT, NDUMMY, INDEX, J2, J3, J4
 53:       INTEGER DATA_UNIT 53:       INTEGER DATA_UNIT
 54:       INTEGER MOVABLEATOMINDEX 54:       INTEGER MOVABLEATOMINDEX
 55:       LOGICAL CAT, YESNO, PERMFILE, CONFILE 55:       LOGICAL CAT, YESNO, PERMFILE, CONFILE
 56:       COMMON /BUFINF/ ITEM, NITEMS, LOC(80), LINE, SKIPBL, CLEAR, NCR, 56:       COMMON /BUFINF/ ITEM, NITEMS, LOC(80), LINE, SKIPBL, CLEAR, NCR,
 57:      &                NERROR, ECHO, LAST, CAT 57:      &                NERROR, ECHO, LAST, CAT
 58:        DOUBLE PRECISION XX, ROH, ROM, WTHETA  58:        DOUBLE PRECISION XX, ROH, ROM, WTHETA 
 59:       LOGICAL END, SKIPBL, CLEAR, ECHO 59:       LOGICAL END, SKIPBL, CLEAR, ECHO
3754:                NDIHEDRAL_BB_GROUPS = NDIHEDRALGROUPS3754:                NDIHEDRAL_BB_GROUPS = NDIHEDRALGROUPS
3755:             ENDIF3755:             ENDIF
3756:             !WRITE(MYUNIT,*) "HELIX MOVES turned on, with (Phi0, Psi0)=",PHI0,PSI0,"*pi rad; (PHIk,PSIk)=",PHIk,PSIk3756:             !WRITE(MYUNIT,*) "HELIX MOVES turned on, with (Phi0, Psi0)=",PHI0,PSI0,"*pi rad; (PHIk,PSIk)=",PHIk,PSIk
3757: 3757: 
3758:       ELSE IF (WORD.EQ.'ROTAMERMOVE') THEN3758:       ELSE IF (WORD.EQ.'ROTAMERMOVE') THEN
3759:          STOP 'Rotamer moves not implemented yet.'3759:          STOP 'Rotamer moves not implemented yet.'
3760:          ROTAMER_MOVET = .TRUE.3760:          ROTAMER_MOVET = .TRUE.
3761:          IF (NITEMS .GT. 1) THEN3761:          IF (NITEMS .GT. 1) THEN
3762:             CALL READA(ROTAMER_SCRIPT)3762:             CALL READA(ROTAMER_SCRIPT)
3763:          END IF3763:          END IF
3764:          CALL ROTAMER_INIT()3764: 
3765:       ELSE IF (WORD.EQ.'GUIDE') THEN3765:       ELSE IF (WORD.EQ.'GUIDE') THEN
3766:          CALL READF(GUIDECUT)3766:          CALL READF(GUIDECUT)
3767: 3767: 
3768:       ELSE IF (WORD.EQ.'GUPTA') THEN3768:       ELSE IF (WORD.EQ.'GUPTA') THEN
3769:          GUPTAT=.TRUE.3769:          GUPTAT=.TRUE.
3770:          CALL READI(GATOM)3770:          CALL READI(GATOM)
3771: 3771: 
3772: !3772: !
3773: ! js850> Add a harmonic field to the given particles so they dont stray very far3773: ! js850> Add a harmonic field to the given particles so they dont stray very far
3774: !        from their initial conditions.3774: !        from their initial conditions.


r29151/Makefile 2015-11-17 23:33:32.668942883 +0000 r29150/Makefile 2015-11-17 23:33:33.432953112 +0000
659: tosifumi.o:    commons.o modhess.o659: tosifumi.o:    commons.o modhess.o
660: welch.o:       commons.o660: welch.o:       commons.o
661: waterpdc.o:    commons.o661: waterpdc.o:    commons.o
662: waterpkz.o:    commons.o662: waterpkz.o:    commons.o
663: zwischen.o:    commons.o modf1com.o precision.o663: zwischen.o:    commons.o modf1com.o precision.o
664: stock.o:       commons.o664: stock.o:       commons.o
665: sticky.o:      commons.o665: sticky.o:      commons.o
666: tether.o:      tetherfunc.o666: tether.o:      tetherfunc.o
667: mycpu_time.o:  commons.o667: mycpu_time.o:  commons.o
668: gauss.o:       commons.o precision.o668: gauss.o:       commons.o precision.o
669: mc.o:          qmod.o modcharmm.o porfuncs.o mc.f mc.F commons.o grouprotation.o operations.o utils.o rotations.o vec3.o bhpt.o hbondmatrix.o Gthomson.o  chirality.o mbpol.o ${AMB12DUM} rotamer_move.o669: mc.o:          qmod.o modcharmm.o porfuncs.o mc.f mc.F commons.o grouprotation.o operations.o utils.o rotations.o vec3.o bhpt.o hbondmatrix.o Gthomson.o  chirality.o mbpol.o ${AMB12DUM}
670: mc.f: mc.F670: mc.f: mc.F
671: reservoir_utils.o: commons.o random_normal.o671: reservoir_utils.o: commons.o random_normal.o
672: biased_torsional_sampling.o: commons.o random_normal.o672: biased_torsional_sampling.o: commons.o random_normal.o
673: bspt_utils.o:      commons.o grouprotation.o mymylbfgs.o dprand.o perc.o porfuncs.o673: bspt_utils.o:      commons.o grouprotation.o mymylbfgs.o dprand.o perc.o porfuncs.o
674: bspt.f: bspt.F674: bspt.f: bspt.F
675: bspt.o:          qmod.o modcharmm.o porfuncs.o tetherfunc.o bspt.f bspt.F utils.o overlap.o tryexchange.o bspt_utils.o675: bspt.o:          qmod.o modcharmm.o porfuncs.o tetherfunc.o bspt.f bspt.F utils.o overlap.o tryexchange.o bspt_utils.o
676: bspt_one_atom.f: bspt_one_atom.F676: bspt_one_atom.f: bspt_one_atom.F
677: bspt_one_atom.o:          qmod.o modcharmm.o porfuncs.o tetherfunc.o bspt_one_atom.f bspt_one_atom.F utils.o overlap.o ljpshift.o tryexchange.o bspt_utils.o677: bspt_one_atom.o:          qmod.o modcharmm.o porfuncs.o tetherfunc.o bspt_one_atom.f bspt_one_atom.F utils.o overlap.o ljpshift.o tryexchange.o bspt_utils.o
678: GMINdump.o: commons.o qmod.o porfuncs.o output.o678: GMINdump.o: commons.o qmod.o porfuncs.o output.o
679: output.o: commons.o file_manager.o679: output.o: commons.o file_manager.o


r29151/mc.F 2015-11-17 23:33:33.056948080 +0000 r29150/mc.F 2015-11-17 23:33:33.824958375 +0000
 27:       USE modcharmm 27:       USE modcharmm
 28:       USE MODAMBER9, ONLY : MDSTEPT,CISARRAY1,CHIARRAY1,NOCISTRANSDNA,NOCISTRANSRNA, 28:       USE MODAMBER9, ONLY : MDSTEPT,CISARRAY1,CHIARRAY1,NOCISTRANSDNA,NOCISTRANSRNA,
 29:      &                      SETCHIRAL,AMCHPMAX,DOLIGMOVE,LIGMOVEFREQ, AMCHNMAX, ROTAMERT, 29:      &                      SETCHIRAL,AMCHPMAX,DOLIGMOVE,LIGMOVEFREQ, AMCHNMAX, ROTAMERT,
 30:      &                      E_IGB, E_BOND, E_ANGLE, E_DIHEDRAL, 30:      &                      E_IGB, E_BOND, E_ANGLE, E_DIHEDRAL,
 31:      &                      E_VDW, E_14_VDW, E_ELEC, E_14_ELEC, IGB 31:      &                      E_VDW, E_14_VDW, E_ELEC, E_14_ELEC, IGB
 32:       USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY : AMBER12_WRITE_RESTART, AMBER12_WRITE_PDB, POT_ENE_REC_C 32:       USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY : AMBER12_WRITE_RESTART, AMBER12_WRITE_PDB, POT_ENE_REC_C
 33:       USE CHIRALITY, ONLY : INIT_CHIRAL, INIT_CIS_TRANS 33:       USE CHIRALITY, ONLY : INIT_CHIRAL, INIT_CIS_TRANS
 34:       USE porfuncs 34:       USE porfuncs
 35:       USE AMHGLOBALS, ONLY: NMRES,OMOVI,AVEP,NUMPRO,IRES 35:       USE AMHGLOBALS, ONLY: NMRES,OMOVI,AVEP,NUMPRO,IRES
 36:       USE AMH_INTERFACES, ONLY:E_WRITE 36:       USE AMH_INTERFACES, ONLY:E_WRITE
 37:       USE ROTAMER 
 38:  37: 
 39:       IMPLICIT NONE 38:       IMPLICIT NONE
 40: #ifdef MPI 39: #ifdef MPI
 41:       INCLUDE 'mpif.h' 40:       INCLUDE 'mpif.h'
 42:       INTEGER MPIERR 41:       INTEGER MPIERR
 43:       LOGICAL HITANY 42:       LOGICAL HITANY
 44: #endif 43: #endif
 45:  44: 
 46:       INTEGER J1, NSUCCESS(NPAR), NFAIL(NPAR), NFAILT(NPAR), NSUCCESST(NPAR), J2, NSTEPS, JP,  45:       INTEGER J1, NSUCCESS(NPAR), NFAIL(NPAR), NFAILT(NPAR), NSUCCESST(NPAR), J2, NSTEPS, JP, 
 47:      1        UNT, ITERATIONS, NSUPERCOUNT, NQTOT, JACCPREV, NREN, NLAST, NSTEPREN, BRUN,QDONE,JBEST(NPAR),GCJBEST(NPAR), 46:      1        UNT, ITERATIONS, NSUPERCOUNT, NQTOT, JACCPREV, NREN, NLAST, NSTEPREN, BRUN,QDONE,JBEST(NPAR),GCJBEST(NPAR),
1091:                         CALL TAKESTEP(JP)1090:                         CALL TAKESTEP(JP)
1092:                      ELSE1091:                      ELSE
1093: !     msb50> New AMBER dihedral move routine1092: !     msb50> New AMBER dihedral move routine
1094:                         CALL TAKESTEPAMM(COORDS(:,JP), DEBUG, STEP(JP))1093:                         CALL TAKESTEPAMM(COORDS(:,JP), DEBUG, STEP(JP))
1095:                      ENDIF1094:                      ENDIF
1096: ! Do group rotation moves1095: ! Do group rotation moves
1097:                      IF (GROUPROTT.AND.DOGROUPROT) CALL GROUPROTSTEP(JP)1096:                      IF (GROUPROTT.AND.DOGROUPROT) CALL GROUPROTSTEP(JP)
1098:                      IF (DIHEDRALROTT.AND.DODIHEDRALROT) CALL DIHEDRALROTSTEP(DUMMY1,JP,DUMMY2,DUMMY3)1097:                      IF (DIHEDRALROTT.AND.DODIHEDRALROT) CALL DIHEDRALROTSTEP(DUMMY1,JP,DUMMY2,DUMMY3)
1099: ! hk286 - Do damped group moves1098: ! hk286 - Do damped group moves
1100:                      IF (DAMPEDGMOVET.AND.DODGROUPMOVET) CALL DAMPEDMOVESTEP(JP) 1099:                      IF (DAMPEDGMOVET.AND.DODGROUPMOVET) CALL DAMPEDMOVESTEP(JP) 
1101: ! Rotamer moves 
1102:                      IF (ROTAMER_MOVET) CALL ROTAMER_STEP(COORDS(:, JP)) 
1103: 1100: 
 1101: !
1104: !     csw34> Check distances for groups defined in movableatoms file1102: !     csw34> Check distances for groups defined in movableatoms file
1105: !            If A->B > ABTHRESH or A->C > ACTHRESH, the step is discarded and we try again 1103: !            If A->B > ABTHRESH or A->C > ACTHRESH, the step is discarded and we try again 
1106:                      IF (LOCALSAMPLET) THEN1104:                      IF (LOCALSAMPLET) THEN
1107:                         CALL A9DISTCHECK(COORDS(:,JP),DISTOK)1105:                         CALL A9DISTCHECK(COORDS(:,JP),DISTOK)
1108:                         IF (.NOT.DISTOK) COORDS(:,JP)=SAVECOORDS(:)1106:                         IF (.NOT.DISTOK) COORDS(:,JP)=SAVECOORDS(:)
1109:                      ELSE1107:                      ELSE
1110:                         DISTOK=.TRUE.1108:                         DISTOK=.TRUE.
1111:                      ENDIF1109:                      ENDIF
1112:                   ENDDO1110:                   ENDDO
1113: ! AMBER12 step taking1111: ! AMBER12 step taking
1114:                ELSE IF (AMBER12T) THEN1112:                ELSE IF (AMBER12T) THEN
1115: ! Do group rotation moves1113: ! Do group rotation moves
1116:                   CALL CARTESIAN_SPHERE(COORDS(:,JP), STEP(JP))1114:                   CALL CARTESIAN_SPHERE(COORDS(:,JP), STEP(JP))
1117:                   IF (GROUPROTT.AND.DOGROUPROT) CALL GROUPROTSTEP(JP)1115:                   IF (GROUPROTT.AND.DOGROUPROT) CALL GROUPROTSTEP(JP)
1118:                   IF (DIHEDRALROTT.AND.DODIHEDRALROT) CALL DIHEDRALROTSTEP(DUMMY1,JP,DUMMY2,DUMMY3)1116:                   IF (DIHEDRALROTT.AND.DODIHEDRALROT) CALL DIHEDRALROTSTEP(DUMMY1,JP,DUMMY2,DUMMY3)
1119:                   IF (ROTAMER_MOVET) CALL ROTAMER_STEP(COORDS(:, JP)) 
1120: ! jdf43> MWFILM1117: ! jdf43> MWFILM
1121:                ELSE IF ((MWFILMT).AND.(PERIODIC)) THEN1118:                ELSE IF ((MWFILMT).AND.(PERIODIC)) THEN
1122:                   CALL MWSTEP(COORDS,JP,NPAR,NATOMS,STEP(JP),BOXLX,BOXLY,BOXLZ,LAT)1119:                   CALL MWSTEP(COORDS,JP,NPAR,NATOMS,STEP(JP),BOXLX,BOXLY,BOXLZ,LAT)
1123: ! vr274> DMACRYS steps taking1120: ! vr274> DMACRYS steps taking
1124:                ELSE IF (DMACRYST) THEN1121:                ELSE IF (DMACRYST) THEN
1125:                   call DMACRYS_TAKESTEP(JP)1122:                   call DMACRYS_TAKESTEP(JP)
1126: !ds656> Enumerate permutations1123: !ds656> Enumerate permutations
1127:                ELSE IF (ENPERMST) THEN1124:                ELSE IF (ENPERMST) THEN
1128:                   CALL ENPERMS_TAKESTEP(JP,COMPLETE)1125:                   CALL ENPERMS_TAKESTEP(JP,COMPLETE)
1129:                   !write(*,*) COMPLETE1126:                   !write(*,*) COMPLETE


r29151/rotamer_move.F90 2015-11-17 23:33:33.244950596 +0000 r29150/rotamer_move.F90 2015-11-17 23:33:34.008960844 +0000
  1: MODULE ROTAMER  1: MODULE ROTAMER
  2:    IMPLICIT NONE  2:    IMPLICIT NONE
  3:    LOGICAL                 :: ROTAMER_MOVET  3:    LOGICAL                 :: ROTAMER_MOVET
  4:    CHARACTER(LEN=100)      :: ROTAMER_SCRIPT  4:    CHARACTER(LEN=100)      :: ROTAMER_SCRIPT
  5:   5: 
  6: CONTAINS  6: CONTAINS
  7:   7: 
  8: SUBROUTINE ROTAMER_INIT()  8: SUBROUTINE ROTAMER_INITIALISE()
  9:    USE PORFUNCS  9:    USE PORFUNCS
 10:    IMPLICIT NONE 10:    IMPLICIT NONE
 11:  11: 
 12: ! If the Makefile/CMake have defined _SVN_ROOT_, we can use that to show where the 12: ! If the Makefile/CMake have defined _SVN_ROOT_, we can use that to show where the
 13: ! rotamer python script should be. If not, rely on the user-defined location. 13: ! rotamer python script should be. If not, rely on the user-defined location.
 14: #ifdef _SVN_ROOT_ 14: #ifdef _SVN_ROOT_
 15:    CALL SYSTEM(_SVN_ROOT_ // '/SCRIPTS/AMBER/rotamer/rotamer.py' // ' init coords.prmtop') 15:    CALL SYSTEM(_SVN_ROOT_ // '/SCRIPTS/AMBER/rotamer/rotamer.py' // ' coords.prmtop')
 16: #else 16: #else
 17:    CALL SYSTEM(TRIM(ADJUSTL(ROTAMER_SCRIPT)) // ' init coords.prmtop') 17:    CALL SYSTEM(TRIM(ADJUSTL(ROTAMER_SCRIPT)) // ' coords.prmtop')
 18: #endif  18: #endif 
 19:  19: END SUBROUTINE ROTAMER_INITIALISE
 20: END SUBROUTINE ROTAMER_INIT 
 21:  
 22: SUBROUTINE ROTAMER_STEP(COORDS) 
 23: ! Main driver routine for rotamer moves. 
 24: ! 
 25: ! COORDS is the coordinates to be changed by the step. Most of the work is done by the rotamer.py 
 26: ! script, which is also used for initialisation. Settings are controlled by the file 
 27: ! rotamer_settings in the working directory. 
 28:    USE PORFUNCS 
 29:    IMPLICIT NONE 
 30: ! Arguments 
 31:    DOUBLE PRECISION, INTENT(INOUT)  :: COORDS(:) 
 32:  
 33:    CALL DUMP_COORDS(COORDS) 
 34: #ifdef _SVN_ROOT_ 
 35:    CALL SYSTEM(_SVN_ROOT_ // '/SCRIPTS/AMBER/rotamer/rotamer.py' // ' step coords.prmtop') 
 36: #else 
 37:    CALL SYSTEM(TRIM(ADJUSTL(ROTAMER_SCRIPT)) // ' step coords.prmtop') 
 38: #endif  
 39:    CALL READ_NEW_COORDS(COORDS) 
 40:  
 41: END SUBROUTINE ROTAMER_STEP 
 42:  20: 
 43: SUBROUTINE DUMP_COORDS(COORDS) 21: SUBROUTINE DUMP_COORDS(COORDS)
 44: ! Dump coordinates in Amber restart format to .coords_before_rotamer.rst for rotamer moves. 22: ! Dump coordinates in Amber restart format to .coords_before_rotamer.rst for rotamer moves.
 45:    USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY: AMBER12_WRITE_RESTART 23:    USE AMBER12_INTERFACE_MOD, ONLY: AMBER12_WRITE_RESTART
 46:    USE COMMONS, ONLY: AMBERT, AMBER12T, NATOMS 24:    USE COMMONS, ONLY: AMBERT, AMBER12T, NATOMS
 47:    IMPLICIT NONE 25:    IMPLICIT NONE
 48: ! Arguments 26: ! Arguments
 49:    DOUBLE PRECISION, INTENT(IN)  :: COORDS(:) 27:    DOUBLE PRECISION, INTENT(IN)  :: COORDS(:)
 50:  28: 
 51:    IF (AMBERT) THEN 29:    IF (AMBERT) THEN
 63: END SUBROUTINE DUMP_COORDS 41: END SUBROUTINE DUMP_COORDS
 64:  42: 
 65: SUBROUTINE READ_NEW_COORDS(COORDS) 43: SUBROUTINE READ_NEW_COORDS(COORDS)
 66: ! Read the new coordinates (after rotamer moves). 44: ! Read the new coordinates (after rotamer moves).
 67:    IMPLICIT NONE 45:    IMPLICIT NONE
 68: ! Arguments 46: ! Arguments
 69:    DOUBLE PRECISION, INTENT(OUT) :: COORDS(:) 47:    DOUBLE PRECISION, INTENT(OUT) :: COORDS(:)
 70: ! Variables 48: ! Variables
 71:    INTEGER                       :: UNIT_NUM 49:    INTEGER                       :: UNIT_NUM
 72:    CHARACTER(LEN=100)            :: FILE_NAME 50:    CHARACTER(LEN=100)            :: FILE_NAME
 73:    INTEGER                       :: N_LINES, I 51: 
 74:    UNIT_NUM = 5827 52:    UNIT_NUM = 5827
 75:    FILE_NAME = '.coords_after_rotamer.xyz' 53:    FILE_NAME = '.coords_after_rotamer.rst'
 76:    OPEN(UNIT=UNIT_NUM, FILE=FILE_NAME, STATUS='UNKNOWN') 54:    OPEN(UNIT=UNIT_NUM, FILE=FILE_NAME, STATUS='UNKNOWN')
 77:    READ(UNIT_NUM, '(I10)') N_LINES 55:    READ(UNIT_NUM, '(3F20.10)') COORDS(:)
 78:    DO I = 1, N_LINES 
 79:       READ(UNIT_NUM, '(3F20.10)') COORDS(3*I-2:3*I) 
 80:    END DO 
 81:    CLOSE(UNIT_NUM) 56:    CLOSE(UNIT_NUM)
 82:  57: 
 83: END SUBROUTINE READ_NEW_COORDS 58: END SUBROUTINE READ_NEW_COORDS
 84:  59: 
 85: END MODULE ROTAMER 60: END MODULE ROTAMER


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0