hdiff output

r29124/chirality.F90 2015-11-17 23:33:20.520779955 +0000 r29123/chirality.F90 2015-11-17 23:33:20.904785104 +0000
356:       do j = 1, 4356:       do j = 1, 4
357:          atom_number = sr_atoms(i, j + 1) 357:          atom_number = sr_atoms(i, j + 1) 
358:          neighbour_coords(3 * j - 2) = coords(3 * atom_number - 2)358:          neighbour_coords(3 * j - 2) = coords(3 * atom_number - 2)
359:          neighbour_coords(3 * j - 1) = coords(3 * atom_number - 1)359:          neighbour_coords(3 * j - 1) = coords(3 * atom_number - 1)
360:          neighbour_coords(3 * j    ) = coords(3 * atom_number    )360:          neighbour_coords(3 * j    ) = coords(3 * atom_number    )
361:       end do361:       end do
362:       sr_states(i) = chirality_sr(neighbour_coords, centre_coords)362:       sr_states(i) = chirality_sr(neighbour_coords, centre_coords)
363:    end do 363:    end do 
364: 364: 
365: ! Print the chiral states365: ! Print the chiral states
366: !   call file_open('chiral_states', file_unit, .true.)366:    call file_open('chiral_states', file_unit, .true.)
367: !   write(file_unit, '(10l2)') sr_states(:)367:    write(file_unit, '(10l2)') sr_states(:)
368: !   close(file_unit)368:    close(file_unit)
369: 369: 
370: ! Compare the values in sr_states to those in sr_states_initial. If all the370: ! Compare the values in sr_states to those in sr_states_initial. If all the
371: ! values are the same, set same_chirality to .true.371: ! values are the same, set same_chirality to .true.
372:    if (.not. allocated(same_chirality_array)) allocate(same_chirality_array(num_chiral_centres))372:    if (.not. allocated(same_chirality_array)) allocate(same_chirality_array(num_chiral_centres))
373:    same_chirality_array = (sr_states .eqv. sr_states_initial)373:    same_chirality_array = (sr_states .eqv. sr_states_initial)
374:    same_chirality = all(same_chirality_array) 374:    same_chirality = all(same_chirality_array) 
375: 375: 
376: ! For debugging, print out chiral states that invert.376: ! For debugging, print out chiral states that invert.
377:    do i = 1, num_chiral_centres377:    do i = 1, num_chiral_centres
378:       if (.not. same_chirality_array(i)) then378:       if (.not. same_chirality_array(i)) then
425:       do j = 1, 4425:       do j = 1, 4
426:          atom_number = cis_trans_atoms(i, j) 426:          atom_number = cis_trans_atoms(i, j) 
427:          peptide_coords(3 * j - 2) = coords(3 * atom_number - 2)427:          peptide_coords(3 * j - 2) = coords(3 * atom_number - 2)
428:          peptide_coords(3 * j - 1) = coords(3 * atom_number - 1)428:          peptide_coords(3 * j - 1) = coords(3 * atom_number - 1)
429:          peptide_coords(3 * j    ) = coords(3 * atom_number    )429:          peptide_coords(3 * j    ) = coords(3 * atom_number    )
430:       end do430:       end do
431:       cis_trans_states(i) = cis_trans(peptide_coords)431:       cis_trans_states(i) = cis_trans(peptide_coords)
432:    end do 432:    end do 
433: 433: 
434: ! Print the cis/trans states434: ! Print the cis/trans states
435: !   call file_open('cis_trans_states', file_unit, .true.)435:    call file_open('cis_trans_states', file_unit, .true.)
436: !   write(file_unit, '(10A2)') cis_trans_states(:)436:    write(file_unit, '(10A2)') cis_trans_states(:)
437: !   close(file_unit)437:    close(file_unit)
438: 438: 
439: ! Compare the values in cis_trans_states to those in cis_trans_states_initial. If all the439: ! Compare the values in cis_trans_states to those in cis_trans_states_initial. If all the
440: ! values are the same, set same_cis_trans to .true.440: ! values are the same, set same_cis_trans to .true.
441:    if (.not. allocated(same_cis_trans_array)) allocate(same_cis_trans_array(num_peptide_bonds))441:    if (.not. allocated(same_cis_trans_array)) allocate(same_cis_trans_array(num_peptide_bonds))
442:    same_cis_trans_array = (cis_trans_states == cis_trans_states_initial)442:    same_cis_trans_array = (cis_trans_states == cis_trans_states_initial)
443:    same_cis_trans = all(same_cis_trans_array) 443:    same_cis_trans = all(same_cis_trans_array) 
444: 444: 
445: ! For debugging, print out cis/trans states that change.445: ! For debugging, print out cis/trans states that change.
446:    do i = 1, num_peptide_bonds446:    do i = 1, num_peptide_bonds
447:       if (.not. same_cis_trans_array(i)) then447:       if (.not. same_cis_trans_array(i)) then


legend
Lines Added 
Lines changed
 Lines Removed

hdiff - version: 2.1.0